基因诊断与基因治疗g.ppt
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1、 第十八章第十八章 基因诊断与基因治疗基因诊断与基因治疗 (gene diagnosis and therapy)(gene diagnosis and therapy)1本章讨论二大方面内容 基因诊断基因诊断 基因治疗基因治疗2 一一.基因诊断基因诊断概念概念 :利用现代分子生物学和分子遗传学利用现代分子生物学和分子遗传学的技术方法,的技术方法,直接检测基因结构及其表直接检测基因结构及其表达水平是否异常达水平是否异常,从而对疾病作出诊断,从而对疾病作出诊断的方法。的方法。第一节第一节 基基 因因 诊诊 断断3二二.基因诊断基因诊断特点特点:针对性强,特异性高针对性强,特异性高 检测灵敏度和精
2、确性高检测灵敏度和精确性高 实用性强,诊断范围广实用性强,诊断范围广 4三三.基因诊断常用技术方法基因诊断常用技术方法 核酸分子杂交技术核酸分子杂交技术 聚合酶链反应(聚合酶链反应(PCRPCR)技术)技术 生物芯片生物芯片 基因测序基因测序5(一)核酸分子杂交技术(一)核酸分子杂交技术 核酸分子杂交核酸分子杂交 是指单链核酸分子(是指单链核酸分子(DNA或或RNA)在特定条件下,)在特定条件下,与另一条互补的特异核酸链形成稳定双链的过程。与另一条互补的特异核酸链形成稳定双链的过程。主要依据:主要依据:碱基互补、变性和复性碱基互补、变性和复性 DNA与与DNA杂交:杂交:A=T、GC;DNA与
3、与RNA杂杂交交:A=U、GC;变性:变性:在一定温度下,使核酸双链解开为两条单链;在一定温度下,使核酸双链解开为两条单链;复性:复性:随温度逐渐恢复,变性的两条单链重新形成互补双链随温度逐渐恢复,变性的两条单链重新形成互补双链碱基互补碱基互补6 hybridizationDNA:DNA 5 A T G C C G A T 3 T A C G G C DNA:RNA 5 A T G C G T A 3 U A C G C A U RNA:RNA 5 A U G C U A C G 3 U A C G A U G C7 利用核酸双链的利用核酸双链的碱基互补、变性和复性的碱基互补、变性和复性的原理
4、,原理,可以可以用已知碱基序列的单链核酸片段用已知碱基序列的单链核酸片段作为作为探针探针,与待,与待测样本中的单链核酸互补配对,以判断有无互补的同测样本中的单链核酸互补配对,以判断有无互补的同源核酸序列的存在。源核酸序列的存在。核酸探针核酸探针 是指带有标记的某一特定是指带有标记的某一特定DNA或或RNA片断,能与片断,能与待测样本中单链核酸分子互补配对结合,进而检测同待测样本中单链核酸分子互补配对结合,进而检测同源序列。源序列。探针标记物探针标记物 有有放射性核素放射性核素或或非放射性核素非放射性核素(生物素、地高辛、(生物素、地高辛、荧光素等)两大类。荧光素等)两大类。8 1.1.核酸分子
5、杂交的分类核酸分子杂交的分类 液相杂交液相杂交:待测核酸样本与特异性探针同时溶于杂交液待测核酸样本与特异性探针同时溶于杂交液中进行杂交反应;中进行杂交反应;固相杂交固相杂交:待测核酸样本先结合到固相支持物上,再与待测核酸样本先结合到固相支持物上,再与溶液中的特异性探针进行杂交反应。溶液中的特异性探针进行杂交反应。常用固相杂交支持物:常用固相杂交支持物:硝酸纤维素膜、尼龙膜等硝酸纤维素膜、尼龙膜等 92.2.核酸分子杂交(固相杂交)操作程序核酸分子杂交(固相杂交)操作程序制备待测核酸样品制备待测核酸样品分离、变性、转移、固化分离、变性、转移、固化DNA片段片段杂交杂交加入标记核酸探针加入标记核酸
6、探针检测杂交信号检测杂交信号标记核酸探针标记核酸探针预杂交预杂交制备核酸探针制备核酸探针漂洗去除未参与杂交的标记探针漂洗去除未参与杂交的标记探针10 3.3.常用固相核酸杂交方法常用固相核酸杂交方法 Southern 印迹杂交法印迹杂交法(Southern blotting)Northern 印迹杂交法印迹杂交法(Northern blotting)斑点杂交或狭缝杂交法斑点杂交或狭缝杂交法 (Spot/Slot blot hybridization)菌落杂交菌落杂交(colony hybridization)夹心杂交法(夹心杂交法(sanwich hybridization)原位杂交原位杂交(
7、nucleic acid hybridization in situnucleic acid hybridization in situ)11 (1)Southern 印迹杂交法印迹杂交法 (Southern blotting)限制性内切酶酶切 检测杂交信号检测杂交信号 提取提取DNADNA Southern 法可用于检测特异的法可用于检测特异的DNA序列片断、序列片断、基因定位、分子量测定等。基因定位、分子量测定等。12(2 2)Northern Northern 印迹杂交法印迹杂交法 (Northern blotting Northern blotting)(其基本过程类似于上述(其基本过
8、程类似于上述SouthernSouthern法)法)提取提取RNARNA样本样本RNARNA变性变性琼脂糖凝胶电泳分离琼脂糖凝胶电泳分离转移至膜转移至膜探针(标记探针(标记DNADNA或或RNARNA)与之杂交)与之杂交显影显影或显色或显色检测信号。检测信号。NorthernNorthern法可用于检测组织细胞中总法可用于检测组织细胞中总RNARNA或或mRNAmRNA 13(3 3)斑点杂交或狭缝杂交法:)斑点杂交或狭缝杂交法:基本过程:基本过程:将变性的将变性的DNADNA或或RNARNA直接点到固相支持滤膜上直接点到固相支持滤膜上用标记探针与之杂交用标记探针与之杂交自显影或显色反应自显影
9、或显色反应检测杂检测杂交信号交信号分析结果。分析结果。优点:优点:简便、快速、灵敏、样本用量少;简便、快速、灵敏、样本用量少;缺点:缺点:特异性不高,有一定比例的假阳性。特异性不高,有一定比例的假阳性。14(4 4)菌落杂交)菌落杂交(colony hybridizationcolony hybridization)该法可从大量细菌中筛选含特异的DNA序列及基因工程重组体。15(5 5)夹心杂交法)夹心杂交法(sanwich hybridizationsanwich hybridization)ABREREREREABAB固相支持物片段片段B捕捉探针捕捉探针 片断片断A 检测探针检测探针 本法
10、优点:本法优点:特异性强,对样本纯度要求不高,定量较准确。特异性强,对样本纯度要求不高,定量较准确。16(6 6)原位杂交)原位杂交(nucleic acid hybridization in situnucleic acid hybridization in situ)将标记探针与细胞或组织切片中的核酸进行杂交,将标记探针与细胞或组织切片中的核酸进行杂交,进而检测特异的进而检测特异的DNADNA或或RNARNA序列。序列。细胞原位杂交细胞原位杂交 组织切片原位杂交组织切片原位杂交 DNA-DNADNA-DNA RNA-DNA RNA-DNA 三类杂交三类杂交 RNA-RNARNA-RNA 该
11、法优点:该法优点:不需提取核酸,不需提取核酸,故可完整保持组织或细胞的故可完整保持组织或细胞的形态,因而更能准确地反映组织细胞的功能状态。形态,因而更能准确地反映组织细胞的功能状态。有有17(二)聚合酶链反应(二)聚合酶链反应(PCR,polymerase chain reaction)技术技术 PCRPCR是体外基因扩增技术。它利用体内是体外基因扩增技术。它利用体内DNADNA复制的复制的原理和原理和DNADNA变性与复性的性质进行目的基因变性与复性的性质进行目的基因DNADNA的大量的大量扩增。扩增。1.1.PCRPCR基本原理:基本原理:PCR技术技术在模板、在模板、dNTPdNTP、M
12、gMg2+2+等条件下,用耐热等条件下,用耐热的的TaqTaq酶代替酶代替DNADNA聚合酶聚合酶,用合成的,用合成的DNADNA引物代替引物代替RNARNA引引物物,经过,经过DNADNA变性、变性、引物与引物与模板结合(复性)和延伸模板结合(复性)和延伸3 3个步骤的循环过程(个步骤的循环过程(2525 3030个循环),目的个循环),目的DNADNA可可扩增扩增100100万倍以上。万倍以上。18(1 1)DNADNA模板的模板的变性变性 将待扩增将待扩增DNADNA加热到加热到95950 0C C左右,使双链左右,使双链DNADNA解开成解开成为单链为单链(即:使模板(即:使模板DNA
13、DNA或延伸后的双链或延伸后的双链DNADNA发生热变性发生热变性),),并游离于反应体系中作为模板;并游离于反应体系中作为模板;(2 2)模板与引物的结合()模板与引物的结合(退火或复性退火或复性)将将体体系系温温度度降降至至合合适适温温度度(55550 0C C左左右右),使使加加入入的的引引物物与与模模板板DNADNA两两端端(33端端)碱碱基基序序列列互互补补结结合合。(由由于于加加入入的的引引物物量量远远多多于于模模板板量量,所所以以引引物物与与模模板板的的结结合合比比例远大于模板自身的复性);例远大于模板自身的复性);19(3 3)引物)引物延伸延伸 将将体体系系温温度度升升到到7
14、2720 0C C左左右右,TaqTaq聚聚合合酶酶催催化化dNTPdNTP按按碱碱基基互互补补原原则则连连接接在在DNADNA引引物物33端端,使使引引物物延延伸伸,形成两条与模板互补的新链。形成两条与模板互补的新链。以上为一次以上为一次PCRPCR循环循环(变性、复性和延伸)(变性、复性和延伸)(新合成的链可作为下一轮循环的模板)(新合成的链可作为下一轮循环的模板)按照上述步骤重复操作,按照上述步骤重复操作,PCR产物呈指数扩增。产物呈指数扩增。模板模板DNA 扩增倍数扩增倍数T=2n(n:循环次数循环次数)。20 PCRPCR技术原理示意图技术原理示意图21 2.PCR 2.PCR各要素
15、及其作用各要素及其作用(1 1)模板模板 PCR PCR模板可以是模板可以是DNADNA或或RNARNA。以线性以线性DNADNA模板为佳,量适中,一般为模板为佳,量适中,一般为10102 2 10105 5个拷贝;个拷贝;RNARNA作为模板时,作为模板时,需要:需要:RNA cDNA PCR,RNA cDNA PCR,称此为称此为RT-PCR.RT-PCR.(2 2)耐热)耐热DNADNA聚合酶聚合酶(Taq DNATaq DNA聚合酶聚合酶)是是从从耐耐热热细细菌菌体体内内提提取取的的一一种种DNA聚聚合合酶酶,可可在在95稳稳定定30分分钟钟。从从而而保保证证PCR在在 9494变变性
16、性 55退退火火7171延伸延伸 循环循环30次过程中不变性失活。次过程中不变性失活。在在PCR中,中,Taq DNA聚合酶应用最广泛。聚合酶应用最广泛。逆转录逆转录22(3 3)引物)引物 引物是根据已知序列的模板引物是根据已知序列的模板DNADNA待扩增区待扩增区两端而设计的一对寡核苷酸小片断,长度一两端而设计的一对寡核苷酸小片断,长度一般为般为1515 3030个碱基。个碱基。引物是引物是保证保证PCRPCR扩增产物的大小和特异性扩增产物的大小和特异性的关键因素,其设计与合成对的关键因素,其设计与合成对PCRPCR的成功至关的成功至关重要。重要。引物设计原则如下:引物设计原则如下:23
17、引物设计应符合以下基本原则:引物设计应符合以下基本原则:长度适宜,一般为长度适宜,一般为15 30个碱基;个碱基;G+C含量,一般为含量,一般为40 60;4种碱基应随机性分布;种碱基应随机性分布;引物自身不应存在互补序列;引物自身不应存在互补序列;两个引物之间不应有多于两个引物之间不应有多于4个碱基的互补;个碱基的互补;引物引物3端不应有任何修饰;端不应有任何修饰;引物引物5可以修饰。可以修饰。24(4 4)缓冲溶液与)缓冲溶液与MgMg2+2+PCRPCR技技术术常常用用1010 50mmol/L 50mmol/L Tris-HClTris-HCl、Ph8.3Ph8.3 8.888.88、
18、偏偏碱碱缓缓冲冲液液;并并含含有有一一定定量量的的MgMg2+2+浓度;浓度;(5 5)dNTPdNTP浓度浓度 PCRPCR一一般般用用5050 200200mol/Lmol/L的的dNTPdNTP;并并且且4 4种种dNTPdNTP浓度应相等;浓度应相等;25(6 6)参数)参数 变性温度与时间变性温度与时间 一般选择:一般选择:94940 0C C,3030秒秒 退火温度与时间退火温度与时间 取决于引物长度、浓度取决于引物长度、浓度 和和G+CG+C含量,含量,一般选择:一般选择:Tm-5Tm-5 延伸温度与时间延伸温度与时间 一般选择:一般选择:7070 7575循环次数循环次数 取决
19、于模板浓度,取决于模板浓度,一般循环:一般循环:3030次次26 PCRPCR操作操作 各种各种PCRPCR反应的操作基本相同,只是根据反应的操作基本相同,只是根据 引物与靶序引物与靶序列不同,选择不同的反应体系和循环参数。列不同,选择不同的反应体系和循环参数。将将PCRPCR反应管置于反应管置于DNADNA自动化热循环仪上,输入各种循自动化热循环仪上,输入各种循环参数,使环参数,使DNADNA扩增在热循环仪上很方便地完成。扩增在热循环仪上很方便地完成。PCRPCR技术优点技术优点 特异性强、灵敏度高、操作简便、省时,对样本质量特异性强、灵敏度高、操作简便、省时,对样本质量要求不高,能快速、特
20、异地扩增任何要求不高,能快速、特异地扩增任何DNADNA片断。片断。PCRPCR缺点缺点 由于高灵敏度,使易出现假阴性或假阳性结果。由于高灵敏度,使易出现假阴性或假阳性结果。27 3.PCR3.PCR产物分析产物分析(1 1)凝胶电泳分析法)凝胶电泳分析法 可可用用琼琼脂脂糖糖(AgroseAgrose)或或聚聚丙丙烯烯酰酰胺胺(PAGEPAGE)凝凝胶电泳检测胶电泳检测PCRPCR扩增产物的大小。扩增产物的大小。同同时时应应以以标标准准DNADNA分分子子量量作作平平行行对对照照,凝凝胶胶中中加加入入溴溴化化乙乙锭锭,电电泳泳后后,紫紫外外检检测测仪仪下下观观察察结结果果并并拍拍照。照。(在
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