伯杰氏细菌系统分类学手册.docx

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1、伯杰氏细菌系统分类学手册伯杰氏细菌系统分类学手册伯杰氏细菌系统分类学手册（“Bergrys Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters 和 Nenise B. Searles第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。参照了 16S rDNA 的序列。编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的 5、6 年间，可能会再发现 100 多个新属。他们会不断修

2、订错误，在后继出版的各卷中， 出一个新的分类大纲。伯杰氏手册公司的网站（www.cme.msu.edu/bergeys）也会定期更新。第二版的第一卷在 2001 年 5 月出版；第二卷在 2004 年 2 月出版。古生菌域 （Domain “Archaea”）1. 第 AI 门 泉古生菌门(Crenarchaeota phy. nov.)第 I 纲 热变形菌纲(Thermoprotei class. nov.)第 I 目 热变形菌目(Thermoproteales)第 I 科 热变形菌科(Thermoproteaceae)第 I 属 热变形菌属(Thermoproteus) 第 II 属 热杆

3、菌属(Caldivirga)第 III 属 热棒菌属(Pyrobaculum) 第 IV 属 热枝菌属(Thermocladium) 第 II 科 热丝菌科(Thermofilaceae) 第 I 属 热丝菌属(Thermofilum)第 II 目 硫还原古球菌目(Desulfurococcales ord. nov.)第 I 科 硫还原古球菌科(Desulfurococcaceae) 第 I 属 硫还原古球菌属(Desulfurococcus)第 II 属 (Acidolobus)第 III 属 气热菌属(Aeropyrum)第 IV 属 浆果状火球菌属(Ignicoccus) 第 V 属

4、葡萄嗜热菌属(Staphylothermus) 第 VI 属 斯梯特氏菌属(Stetteria)第 VII 属 恐硫球菌属(Sulfophobococcus)第 VIII 属 热盘菌属(Thermodiscus gen. nov.)第 IX 属 耐热球菌属(Thermosphaera) 第 II 科 热网菌科(Pyrodictiaceae)第 I 属 热网菌属(Pyrodictium)第 II 属 栖高温菌属(Hyperthermus) 第 III 属 热叶菌属(Pyrolobus)第 III 目 硫化叶菌目(Sulfolobales) 第 I 科 硫化叶菌科(Sulfolobaceae) 第

5、 I 属 硫化叶菌属(Sulfolobus)第 II 属 酸菌属(Acidianus)第 III 属 生金球菌属(Metallosphaera)第 IV 属 栖冥河菌属(Stygiolobus)第 V 属 硫代谢球菌属(Sulfurisphaera) 第 VI 属 硫化球菌属(Sulfurococcus)2. 第 AII 门 广古生菌门(Euryarchaeota phy. no)v.第 I 纲 甲烷杆菌纲(Methanobacteria class. nov.) 第 I 目 甲烷杆菌目(Methanobacteriales)第 I 科 甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae) 第

6、 I 属 甲烷杆菌属(Methanobacterium)第 II 属 甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter) 第 III 属 甲烷球形菌属(Methanosphaera)第 IV 属 甲烷嗜热杆菌属(Methanothermobacter) 第 II 科 甲烷嗜热菌科(Methanothermaceae)第 I 属 甲烷嗜热菌属(Methanothermus)第 II 纲 甲烷球菌纲(Methanococci class. nov.) 第 I 目 甲烷球菌目(Methanococcales)第 I 科 甲烷球菌科(Methanococcaceae) 第 I 属 甲烷球菌属(Met

7、hanococcus)第 II 属 甲烷嗜热球菌属(Methanothermococcus gen. nov.) 第 II 科 甲烷热球菌科(Methanocaldococcaceae fam. nov.) 第 I 属 甲烷热球菌属(Methanocaldococcus gen. nov.)第 II 属 甲烷干热菌属(Methanotorris gen. nov.)第 II 目 甲烷微菌目(Methanomicrobiales) 第 I 科 甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae) 第 I 属 甲烷微菌属(Methanomicrobium) 第 II 属 甲烷袋状菌属(Methan

8、oculleus)第 III 属 产甲烷袋菌属(Methanofollis) 第 IV 属 产甲烷菌属(Methanogenium) 第 V 属 叶形甲烷菌属(Methanolacinia) 第 VI 属 甲烷盘菌属(Methanoplanus)第 II 科 甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae) 第 I 属 甲烷粒菌属(Methanocorpusculum)第 III 科 甲烷螺菌科(Methanospirillaceae fam. nov.) 第 I 属 甲烷螺菌属(Methanospirillum)未定属第 I 属 产甲烷石状菌属(Methanocalculus)第 I

9、II 目 甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales) 第 I 科 甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae) 第 I 属 甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)第 II 属 甲烷拟球菌属(Methanococcoides) 第 III 属 甲烷喜盐菌属(Methanohalobium) 第 IV 属 甲烷嗜盐菌属(Methanohalophilus) 第 V 属 甲烷叶菌属(Methanolobus)第 VI 属 甲烷微球菌属(Methanomicrococcus) 第 VII 属 甲烷盐菌属(Methanosalsum gen.nov.)第 II 科 鬃毛甲烷菌

10、科(Methanosaetaceae fam.nov.)第 I 属 鬃毛甲烷菌科属(Methanosaeta)第 III 纲 盐杆菌纲(Halobacteria class. nov.)第 I 目 盐杆菌目(Halobacteriales) 第 I 科 盐杆菌科(Halobacteriaceae) 第 I 属 盐杆菌属(Halobacterium) 第 II 属 盐盒菌属(Haloarcula)第 III 属 盐棒杆菌属(Halobaculum) 第 IV 属 盐球菌属(Halococcus)第 V 属 富盐菌属(Haloferax)第 VI 属 盐几何形菌属(Halogeometricum)

11、 第 VII 属 盐杆状菌属(Halorhabdus)第 VIII 属 盐红菌属(Halorubrum) 第 IX 属 盐栖菌属(Haloterrigena) 第 X 属 无色嗜盐菌属(Natrialba) 第 XI 属 钠线菌属(Natrinema)第 XII 属 嗜盐碱杆菌属（Natronobacterium） 第 XIII 属 嗜盐碱球菌属(Natronococcus)第 XIV 属 嗜盐碱单胞菌属(Natronomonas) 第 XV 属 碱红菌属(Natronorubrum)第 IV 纲 热原体纲(Thermoplasmata class. nov.) 第 I 目 热原体目(Ther

12、moplasmatales ord. nov.) 第 I 科 热原体科(Thermoplasmataceae fam. nov.) 第 I 属 热原体属(Thermoplasma)第 II 科 嗜酸古菌科(Picrophilaceae) 第 I 属 嗜酸古菌属(Picrophilus)第 III 科 铁原体科(Ferroplasmataceae) 第 I 属 铁原体属(Ferroplasma)第 V 纲 热球菌纲(Thermococci class. nov.)第 I 目 热球菌目(Thermococcales) 第 I 科 热球菌科(Thermococcaceae) 第 I 属 嗜热球菌属(

13、Thermococcus) 第 II 属古老球菌属(Palaeococcus) 第 III 属 热球菌属(Pyrococcus)第 VI 纲 古生球菌纲(Archaeoglobi class. nov.) 第 I 目 古生球菌目(Archaeoglobales ord. nov.) 第 I 科 古生球菌科(Archaeoglobaceae fam. nov.) 第 I 属 古生球菌属(Archaeoglobus)第 II 属 铁球菌属(Ferroglobus)第 VII 纲 甲烷嗜高热菌纲(Methanopyri class. nov.) 第 I 目 甲烷嗜高热菌目(Methanopyrale

14、s ord. nov.) 第 I 科 甲烷嗜高热菌科(Methanopyraceae fam. nov.) 第 I 属 甲烷嗜高热菌属(Methanopyrus)3. 细菌域“Bacteria”第 BI 门 产液菌门(Aquificae phy. nov.)第 I 纲 产液菌纲(Aquificae class. nov.)第 I 目 产液菌目(Aquificales ord. nov.)第 I 科 产液菌科 (Aquificaceae fam. nov.)第 I 属 产液菌属(Aquifex)第 II 属 热杆菌属(Calderobacterium) 第 III 属 氢杆菌属(Hydrogen

15、obacter) 第 IV 属 热发状菌属(Thermocrinis) 未定属第 I 属 脱硫杆状菌属(Desulfurobacterium)4. 第 BII 门 栖热袍菌门(Thermotogae phy. nov.)第 I 纲 栖热袍菌纲(Thermotogae class. nov.) 第 I 目 栖热袍菌目(Thermotogales ord. nov.) 第 I 科 栖热袍菌科(Thermotogaceae fam. nov.) 第 I 属 栖热袍菌属(Thermotoga)第 II 属 闪烁杆菌属(Fervidobacterium) 第 III 属 地袍菌属(Geotoga)第 I

16、V 属 石袍菌属(Petrotoga)第 V 属 栖热腔菌属(Thermosipho)5. 第 BIII 门 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria phy. nov.)第 I 纲 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria class. nov.)第 I 目 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales ord. nov.) 第 I 科 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.) 第 I 属 热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)6. 第 BIV 门 异常球菌栖热菌门(Dein

17、ococcus-Thermus)第 I 纲 异常球菌纲(Deinococci class. nov.)第 I 目 异常球菌目(Deinococcales) 第 I 科 异常球菌科(Deinococcaceae) 第 I 属 异常球菌属(Deinococcus)第 II 目 栖热菌目(Thermales ord. nov.)第 I 科 栖热菌科(Thermaceae fam. nov.)第 I 属 栖热菌属(Thermus)第 II 属 稍热菌属(Meiothermus)7. 第 BV 门 金矿菌门(Chrysiogenetes phy. nov.)第 I 纲 金矿菌纲(Chrysiogenet

18、es class. nov.) 第 I 目 金矿菌目(Chrysiogenales ord. nov.) 第 I 科 金矿菌科(Chrysiogenaceae fam. nov.) 第 I 属 金矿菌属(Chrysiogenes)8. 第 BVI 门 绿屈挠菌门(Chloroflexi phy. nov.)第 I 纲 绿屈挠菌纲(Chloroflexi)第 I 目 绿屈挠菌目(Chloroflexales) 第 I 科 绿屈挠菌科 (Chloroflexaceae) 第 I 属 绿屈挠菌属（Chloroflexus） 第 II 属 绿丝菌属(Chloronema)第 III 属 螺丝菌属(He

19、liothrix)第 II 科 颤绿细菌科 (Oscillochloridaceae)第 I 属 绿颤细菌属(Oscillochloris) 第 II 目 滑柱菌目(Herpetosiphonales)第 I 科 滑柱菌科(Herpetosiphonaceae) 第 I 属 滑柱菌属(Herpetosiphon)第 BVII 门 热微菌门(Thermomicrobia phy. nov.)第 I 纲 热微菌纲(Thermomicrobia class. nov.)第 I 目 热微菌目(Thermomicrobiales ord. nov.) 第 I 科 热微菌科(Thermomicrobiac

20、eae fam. nov.) 第 I 属 热微菌属(Thermomicrobium)第 BVIII 门 硝化螺菌门(Nitrospira phy. nov.)第 I 纲 硝化螺菌纲(Nitrospira) 第 I 目 硝化螺菌目(Nitrospirales)第 I 科 硝化螺菌科(Nitrospiraceae) 第 I 属 硝化螺菌属(Nitrospira)第 II 属 钩端螺菌属(Leptospirillum) 第 III 属 磁细菌属(Magnetobacterium)第 IV 属 热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)第 BIX 门 铁还原杆菌门(Deferribacte

21、res phy. nov.)第 I 纲 铁还原杆菌纲(Deferribacteres class. nov.) 第 I 目 铁还原杆菌目(Deferribacterales ord. nov.) 第 I 科 铁还原杆菌科(Deferribacteraceae fam. nov.) 第 I 属 铁还原杆菌属(Deferribacter)第 II 属 氮还原弧菌属(Denitrovibrio) 第 III 属 弯枝菌属(“Flexistipes”)第 IV 属 地弧菌属(Geovibrio) 未定属第 I 属 互养菌属(Synergistes)第 BX 门 蓝细菌门(Cyanobacteria)第

22、 I 纲 蓝细菌(Cyanobacteria) 第 I 亚组第I 科第 I 形态属 管孢蓝细菌属(Chamaesiphon) 第 II 形态属 色球蓝细菌属(Chroococcus) 第 III 形态属 蓝细菌属(Cyanobacterium) 第 IV 形态属 蓝菌属(Cyanobium)第 V 形态属 蓝丝菌属(Cyanothece) 第 VI 属 蓝菌属(Dactylococcopsis)第 VII 形态属 粘杆菌属(Gloeobacter)第 VIII 形态属 粘球蓝细菌属(Gloeocapsa) 第 IX 形态属 粘杆蓝细菌属(Gloeothece) 第 X 形态属 微囊蓝胞菌属(M

23、icrocystis)第 XI 形态属 原绿球菌属(Prochlorococcus) 第 XII 形态属 原绿蓝细菌属(Prochloron)第 XIII 形态属 聚球蓝细菌属(Synechococcus) 第 XIV 形态属 集胞蓝细菌属(Synechocystis) 第 II 亚组第 I 科第 I 形态属 蓝囊胞菌属(Cyanocystis)第 II 形态属 小皮果蓝细菌属(Dermocarpella) 第 III 形态属 斯塔尼尔氏菌属(Stanieria)第 IV 形态属 异球蓝细菌属(Xenococcus) 第 II 科第 I 形态属 拟色球蓝细菌属(Chroococcidiopsi

24、s) 第 II 形态属 粘八叠球菌属(Myxosarcina)第 III 形态属 宽球蓝细菌属(Pleurocapsa) 第 III 亚组第一科第 I 形态属 节螺蓝细菌属(Arthrospira) 第 II 形态属 博氏蓝细菌属(Borzia)第 III 形态属 发毛针蓝细菌属(Crinalium)第 IV 形态属 吉特勒氏线状蓝细菌属(Geitlerinema)第 V 属 盐螺旋藻属(Halospirulina)第 VI 形态属 纤发鞘丝蓝细菌属(Leptolyngbya) 第 VII 形态属 湖丝蓝细菌属(Limnothrix)第 VIII 形态属 鞘丝蓝细菌属(Lyngbya) 第 I

25、X 形态属 微鞘蓝细菌属(Microcoleus) 第 X 形态属 颤蓝细菌属(Oscillatoria)第 XI 形态属 浮霉丝状蓝细菌属(Planktothrix) 第 XII 形态属 原绿丝蓝细菌属(Prochlorothrix) 第 XIII 形态属 假鱼腥蓝细菌属(Pseudanabaena) 第 XIV 形态属 螺旋蓝细菌属(Spirulina)第 XV 形态属 斯塔尔氏蓝细菌属(Starria) 第 XVI 形态属 束蓝细菌属(Symploca)第 XVII 形态属 束毛蓝细菌属(Trichodesmium) 第 XVIII 形态属 灰线蓝细菌属(Tychonema)第 IV 亚

26、组第 I 科第 I 形态属 鱼腥蓝细菌属(Anabaena)第 II 形态属 项圈蓝细菌属(Anabaenopsis)第 III 形态属 蓝束丝蓝细菌属(Aphanizomenon) 第 IV 形态属 蓝螺菌属(Cyanospira)第 V 形态属 拟筒孢蓝细菌属(Cylindrospermopsis) 第 VI 形态属 筒孢蓝细菌属(Cylindrospermum)第 VII 形态属 节球蓝细菌属(Nodularia) 第 VIII 形态属 念珠蓝细菌属(Nostoc) 第 IX 形态属 伪枝蓝细菌属(Scytonema) 第 II 科第 I 形态属 眉蓝细菌属(Calothrix)第 II

27、 形态属 胶须蓝细菌属(Rivularia) 第 III 形态属 单歧蓝细菌属(Tolypothrix) 第 V 亚组第 I 科第 I 形态属 拟绿胶蓝细菌属(Chlorogloeopsis) 第 II 形态属 飞氏蓝细菌属(Fischerella)第 III 形态属 吉特勒氏蓝细菌属(Geitleria) 第 IV 形态属 (Iyengariella)第 V 形态属 拟念珠蓝细菌属(Nostochopsis) 第 VI 形态属 真枝蓝细菌属(Stigonema)第 BXI 门 绿菌门(Chlorobi phy. nov.)第 I 纲 “绿菌纲”(“Chlorobia”) 第 I 目 绿菌目(

28、Chlorobiales) 第 I 科 绿菌科(Chlorobiaceae) 第 I 属 绿菌属(Chlorobium)第 II 属 绿臂菌属(Ancalochloris) 第 III 属 绿滑菌属(Chloroherpeton) 第 IV 属 暗网菌属(Pelodictyon)第 V 属 突柄绿菌属(Prosthecochloris)第 BXII 门 变形杆菌门(Proteobacteria phy. nov.)第 I 纲 “阿耳法变形杆菌纲”(“Alphaproteobacteria”)第 I 目 红螺菌目(Rhodospirillales) 第 I 科 红螺菌科 (Rhodospiril

29、laceae) 第 I 属 红螺菌属(Rhodospirillum)第 II 属 固氮螺菌属(Azospirillum)第 III 属 磁螺菌属(Magnetospirillum) 第 IV 属 棕色螺菌属(Phaeospirillum) 第 V 属 红篓菌属(Rhodocista)第 VII 属 红螺旋菌属(Rhodospira)第 VII 属 海玫瑰菌属(Rhodothalassium) 第 VIII 属 玫瑰弧菌属(Rhodovibrio)第 IX 属 蔷薇螺菌属(Roseospira)第 X 属 斯科曼氏球菌属(Skermanella) 第 II 科 醋杆菌科(Acetobactera

30、ceae) 第 I 属 醋杆菌属(Acetobacter)第 II 属 嗜酸菌属(Acidiphilium)第 III 属 酸球形菌属(Acidisphaera) 第 IV 属 酸胞菌属(Acidocella)第 V 属 酸单胞菌属(Acidomonas) 第 VI 属 (Asaia)第 VII 属 脆弱球菌属(Craurococcus)第 VIII 属 葡糖酸醋杆菌属(Gluconacetobacter) 第 IX 属 葡糖杆菌属(Gluconobacter)第 X 属 副脆弱球菌属(Paracraurococcus) 第 XI 属 红球形菌属(Rhodopila)第 XII 属 玫瑰球菌属

31、(Roseococcus) 第 XIII 属 星状菌属(Stella)第 XIV 属 扎瓦尔金氏菌属(Zavarzinia) 第 II 目 立克次氏体目(Rickettsiales)第 I 科 立克次氏体科(Rickettsiaceae) 第 I 属 立克次氏体属(Rickettsia)第 II 属 东方体属(Orientia)第 III 属 沃尔巴克氏体属(Wolbachia) 第 II 科 埃里希氏体科(Ehrlichiaceae) 第 I 属 埃里希氏体属(Ehrlichia)第 II 属 埃及小体属(Aegyptianella) 第 III 属 无形小体属(Anaplasma)第 IV

32、 属 考德里氏体属(Cowdria)第 V 属 新立克次氏体属(Neorickettsia) 第 VI 属 (Xenohaliotis)第 III 科 “全孢螺菌科”(“Holosporaceae”)第 I 属 全孢螺菌属(Holospora) 第 II 属 杀手杆菌屑(Caedibacter) 第 III 属 溶菌属(Lyticum)第 IV 属 多核杆菌属(Polynucleobacter)第 V 属 类杀手杆菌属(Pseudocaedibacter) 第 VI 属 共生小体属(Symbiotes)第 VII 属 罩杆菌属(Tectibacter) 第 VIII 属 (Odyssella)

33、第 III 目 红杆菌目(Rhodobacterales) 第 I 科 红杆菌科(Rhodobacteraceae) 第 I 属 红杆菌属(Rhodobacter)第 II 属 阿赫兰氏菌属(Ahrensia)第 III 属 下水道球菌属(Amaricoccus) 第 IV 属 南极杆菌属(Antarctobacter) 第 V 属 芽殖杆菌属(Gemmobacte r) 第 VI 属 海氏菌属(Hirschia)第 VII 属 生丝单胞菌属(Hyphomonas) 第 VIII 属 海洋杆状菌属(Maricaulis) 第 IX 属 甲基盒菌属(Methylarcula) 第 X 属 十八杆

34、菌属(Octadecabacter) 第 XI 属 副球菌属(Paracoccus)第 XII 属 小红卵菌属(Rhodovulum) 第 XIII 属 玫瑰菌属(Roseibium)第 XIV 属 (Roseinatronobacter)第 XV 属 粉红活动菌属(Roseivivax) 第 XVI 属 玫瑰杆菌属(Roseobacter)第 XVII 属 玫瑰变色菌属(Roseovarius) 第 XVIII 属 红色单胞菌属(Rubrimonas) 第 XIX 属 鲁杰氏菌属(Ruegeria)第 XX 属 箭头菌属(Sagittula)第 XXI 属 斯塔雷氏菌属(Staleya) 第

35、 XXII 属 斯塔普氏菌属(Stappia)第 XXIII 属 亚硫酸盐杆菌属（Sulfitobacter） 第 IV 目 鞘氨醇单胞菌目(“Sphingomonadales”) 第 I 科 鞘氨醇单胞菌科(“Sphingomonadaceae”) 第 I 属 鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）第 II 属 芽单泡菌属(Blastomonas) 第 III 属 赤细菌属(Erythrobacter)第 IV 属 赤微菌属(Erythromicrobium) 第 V 属 红单胞菌属(Erythromonas)第 VI 属 产卟啉杆菌属(Porphyrobacter) 第 VII 嘱 根

36、单胞菌属(Rhizomonas)第 VIII 属 橙色杆菌属（Sandaracinobacter） 第 IX 属 发酵单咆菌属(Zymomonas)第 V 目 柄杆菌目(Caulobacterales) 第 I 科 柄杆菌科(Caulobacteraceae) 第 I 属 柄杆菌属(Caulobacter)第 II 属 不粘柄菌属(Asticcacaulis)第 III 属 短波单胞菌属(Brevundimonas) 第 IV 属 苯基杆菌属(Phenylobacterium) 第 VI 目 “根瘤菌目”(“Rhizobiales”)第 I 科 根瘤菌科(Rhizobiaceae) 第 I 属

37、 根瘤菌属(Rhizobium)第 II 属 土壤杆菌属(Agrobacterium) 第 III 属 嗜碳菌属(Carbophilus)第 IV 属 螯合杆菌属(Chelatobacter) 第 V 属 剑菌属(Ensifer)第 VI 属 中华根瘤菌属(Sinorhizobium) 第 II 科 巴尔通氏体科(Bartonellaceae) 第 I 属 巴尔通氏体属(Bartonella)第 III 科 市鲁氏菌科(Brucellaceae) 第 I 属 布鲁氏菌属(Brucella)第 II 属 枝面菌属(Mycoplana)第 III 属 苍白杆菌属(Ochrobactrum)第 IV

38、 科 “叶瘤杆菌科”(“Phyllobacteriaceae”)第 I 属 叶瘤杆菌属(Phyllobacterium) 第 II 属 异根瘤菌属(Allorhizobium) 第 III 属 氨基杆菌属(Aminobacter) 第 IV 属 污水菌属(Aquamicrobium) 第 V 属 废水杆菌属(Defluvibacter)第 VI 属 中间根瘤菌属(Mesorhizobium)第 VII 属 假氨基酸杆菌属(Pseudaminobacter) 第 V 科 “甲基孢囊菌科”(“Methylocystaceae”) 第 I 属 甲基孢囊菌属(Methylocystis)第 II 属

39、甲基球形菌属(Methylopila) 第 III 属 甲基弯曲菌属(Methylosinus)第 VI 科 “拜叶林克氏菌科”(“Beijerinckiaceae”)第 I 属 拜叶林克氏菌属(Beijerinckia) 第 II 属 螯台球菌属(Chelatococcus) 第 III 属 德克斯氏菌属(Derxia)第 IV 属 （Methylocella）第 VII 科 “慢生根瘤菌科”(“Bradyrhizobiaceae”)第 I 属 慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium) 第 II 属 阿菲波菌属(Afipia)第 III 属 土壤单胞菌属(Agromonas) 第 IV

40、属 芽生杆菌属(Blastobacter) 第 V 属 包西氏菌属(Bosea)第 VI 属 硝化杆菌属(Nitrobacter) 第 VII 属 寡养菌属(Oligotropha)第 VIII 属 红假单胞菌属(Rhodopseudomonas) 第 VIII 科 生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae) 第 I 属 生丝微菌属(Hyphomicrobium)第 II 属 臂微菌属(Ancalomicrobium) 第 III 属 屈曲杆菌属(Ancylobacter) 第 IV 属 角微菌属(Angulomicrobium) 第 V 属 水杆菌属(Aquabacter)第 VI 属

41、 固氮根瘤菌属(Azorhizobium) 第 VII 属 绿芽菌属(Blastochloris)第 VIII 属 戴沃斯菌属(Devosia)第 IX 属 双歧微菌属(Dichotomicrobium) 第 X 属 线状微球菌属(Filomicrobium) 第 XI 属 芽殖菌属(Gemmiger)第 XII 属 双头菌属(Labrys)第 XIII 属 耗甲基杆菌属(Methylorhabdus) 第 XIV 属 土微菌属(Pedomicrobium)第 XV 属 突柄微菌属(Prosthecomicrobium) 碧 XVI 属 红微菌属(Rhodomicrobium)第 XVII 属

42、 红游动菌属(Rhodoplanes) 第 XVIII 属 塞里伯氏菌属(Seliberia) 第 XIX 属 (Starkeya)第 XX 属 黄色杆菌属(Xanthobacter)第 IX 科 “甲基杆菌科”(“Methylobacteriaceae”)第 I 属 甲基杆菌属(Methylobacterium) 第 II 属 甲基杆菌属(Protomonas)第 III 属 玫瑰单胞菌属(Roseomonas) 第 X 科 “红菌科”(“Rhodobiaceae”) 第 I 属 红菌属(Rhodobium)第 II 纲 “贝塔变形杆菌纲”(“Betaproteobacteria”) 第 I

43、 目 “伯克霍尔德氏菌目”(“Burkholderiales”) 第 I 科 “伯克霍尔德氏菌科”(“Burkholderiaceae”) 第 I 属 伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)第 II 属 贪铜菌属(Cupriavidus)第 III 属 劳特罗普氏菌属(Lautropia) 第 IV 属 (Pandoraea)第 V 属 热丝菌属(Thermothrix)第 II 科 “罗尔斯通氏菌科”(“Ralstoniaceae”)第 I 属 罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)第 III 科 “草酸杆菌科”(“Oxalobacteraceae”)第 I 属 草酸杆菌属(Oxalob

44、acter) 第 II 属 杜擀氏菌属(Duganella)第 III 属 草螺菌属(Herbaspirillum)第 IV 属 紫色杆菌属(Janthinobacterium) 第 V 属 (Massilia)第 VI 属 地神菌属(Telluria)第 IV 科 产碱杆菌科(Alcaligenaceae) 第 I 属 产碱杆菌属(Alcaligenes)第 II 属 无色杆菌属(Achromobacter) 第 III 属 鲍特氏菌属(Bordetella)第 IV 属 居鸽菌属(Pelistega) 第 V 属 萨特氏菌属(Sutterella)第 VI 属 泰勒氏菌属(Taylorel

45、la)第 V 科 丛毛单胞菌科(Comamonadaceae) 第 I 属 丛毛单胞菌属(Comamonas)第 II 属 食酸菌属(Acidovorax)第 III 属 水杆菌属(Aquabacterium) 第 IV 属 短单胞菌属(Brachymonas) 第 V 属 戴尔福特菌属(Delftia)第 VI 属 氢噬胞菌属(Hydrogenophaga) 第 VII 属 艾德昂菌属(Ideonella)第 VIII 属 纤发菌属(Leptothrix) 第 IX 属 极胞菌属(Polaromonas) 第 X 属 红育菌属(Rhodoferax)第 XI 属 玫瑰色半光合菌属(Rosea

46、teles) 第 XII 属 红长命菌属(Rubrivivax)第 XIII 属 球衣菌属(Sphaerotilus) 第 XIV 属 (Tepidimonas)第 XV 属 硫单胞菌属(Thiomonas) 第 XVI 属 贪噬菌属(Variovorax)第 II 目“嗜氢菌目”(“Hydrogenophilales”) 第 I 科“嗜氢菌科”(“Hydrogenophilaceae”) 第 I 属 嗜氢菌属(Hydrogenophilus)第 II 属 硫杆菌属(Thiobacillus)第 III 目 “嗜甲基菌目”(“Methylophilales”) 第 I 科 “嗜甲基菌科”(“M

47、ethylophilaceae”) 第 I 属 嗜甲基菌属(Methylophilus)第 II 属 甲基小杆菌属(Methylobacillus) 第 III 属 食甲基菌属(Methylovorus)第 IV 目 奈瑟氏球菌目(“Neisseriales”) 第 I 科 奈瑟氏球菌科(Neisseriaceae) 第 I 属 奈瑟氏球菌属(Neisseria)第 II 属 小链菌属(Alysiella)第 III 属 水螺菌属(Aquaspirillum) 第 IV 属 链状球菌属(Catenococcus)第 V 属 色杆菌属(Chromobacterium) 第 VI 属 艾肯氏菌属(

48、Eikenella)第 VII 属 甲酸弧菌属(Formivibrio) 第 VIII 属 紫色小杆菌属(Iodobacter) 第 IX 属 金氏菌属(Kingella)第 X 属 微枝杆菌属(Microvirgula)第 XI 属 嗜脯氨酸菌属(Prolinoborus) 第 XII 属 西蒙斯氏菌属(Simonsiella) 第 XIlI 属 透明颤菌属(Vitreoscilla) 第 XIV 属 福格斯氏菌属(Vogesella)第 V 目 “亚硝化单胞菌目”(“Nitrosomonadales”) 第 I 科 “亚硝化单胞菌科”(“Nitrosomonadaceae”) 第 I 属 亚硝化单胞菌属