第十章-基因工程菌发酵ppt课件.ppt
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1、第十章第十章 基因工程菌的发酵基因工程菌的发酵 基因工程是指在基因水平上,采基因工程是指在基因水平上,采基因工程是指在基因水平上,采基因工程是指在基因水平上,采用与工程设计十分类似的方法,用与工程设计十分类似的方法,用与工程设计十分类似的方法,用与工程设计十分类似的方法,根据人们的意愿,主要是在体外根据人们的意愿,主要是在体外根据人们的意愿,主要是在体外根据人们的意愿,主要是在体外进行基因切割、拼接和重新组合,进行基因切割、拼接和重新组合,进行基因切割、拼接和重新组合,进行基因切割、拼接和重新组合,再转入生物体内,产生出人们所再转入生物体内,产生出人们所再转入生物体内,产生出人们所再转入生物体
2、内,产生出人们所期望的产物,或创造出具有新的期望的产物,或创造出具有新的期望的产物,或创造出具有新的期望的产物,或创造出具有新的遗传特征的生物类型,并能使之遗传特征的生物类型,并能使之遗传特征的生物类型,并能使之遗传特征的生物类型,并能使之稳定地遗传给后代。稳定地遗传给后代。稳定地遗传给后代。稳定地遗传给后代。基因工程基因工程基因工程基因工程 基因工程的核心技术是基因工程的核心技术是基因工程的核心技术是基因工程的核心技术是DNADNADNADNA的重组技术。的重组技术。的重组技术。的重组技术。除除除除DNADNADNADNA重组技术外,基因工程还应包括基因的表重组技术外,基因工程还应包括基因的
3、表重组技术外,基因工程还应包括基因的表重组技术外,基因工程还应包括基因的表达技术,基因的突变技术,基因的导入技术等。达技术,基因的突变技术,基因的导入技术等。达技术,基因的突变技术,基因的导入技术等。达技术,基因的突变技术,基因的导入技术等。l l基因工程一般分为基因工程一般分为基因工程一般分为基因工程一般分为4 4 4 4个步骤:个步骤:个步骤:个步骤:取得符合人们要求的取得符合人们要求的取得符合人们要求的取得符合人们要求的DNADNADNADNA片片片片段,这种段,这种段,这种段,这种DNADNADNADNA片段被称为片段被称为片段被称为片段被称为“目的基因目的基因目的基因目的基因”;将目
4、的基因与质粒或病毒将目的基因与质粒或病毒将目的基因与质粒或病毒将目的基因与质粒或病毒DNADNADNADNA连接成重组连接成重组连接成重组连接成重组DNADNADNADNA;把重组把重组把重组把重组DNADNADNADNA引人某种细胞;引人某种细胞;引人某种细胞;引人某种细胞;把目的基因能表达的受体细胞把目的基因能表达的受体细胞把目的基因能表达的受体细胞把目的基因能表达的受体细胞挑选出来挑选出来挑选出来挑选出来。工程菌的获得工程菌的获得工程菌的获得工程菌的获得l l确定目的产物,找出产该产物的细胞。确定目的产物,找出产该产物的细胞。确定目的产物,找出产该产物的细胞。确定目的产物,找出产该产物的
5、细胞。l l将细胞破碎后提纯出全部信使将细胞破碎后提纯出全部信使将细胞破碎后提纯出全部信使将细胞破碎后提纯出全部信使RNARNARNARNA。这些信使中包含了该这些信使中包含了该这些信使中包含了该这些信使中包含了该细胞内表达的所有蛋白质的合成信息。细胞内表达的所有蛋白质的合成信息。细胞内表达的所有蛋白质的合成信息。细胞内表达的所有蛋白质的合成信息。l l利用基因扩增技术(利用基因扩增技术(利用基因扩增技术(利用基因扩增技术(PCRPCRPCRPCR),),),),找出所需的目的基因。找出所需的目的基因。找出所需的目的基因。找出所需的目的基因。l l将目的基因连接到设计好的质粒载体,形成了重组将
6、目的基因连接到设计好的质粒载体,形成了重组将目的基因连接到设计好的质粒载体,形成了重组将目的基因连接到设计好的质粒载体,形成了重组DNADNADNADNA分分分分子。子。子。子。l l将重组后将重组后将重组后将重组后DNADNADNADNA分子引入到受体细胞内,然后选择合适的培分子引入到受体细胞内,然后选择合适的培分子引入到受体细胞内,然后选择合适的培分子引入到受体细胞内,然后选择合适的培养条件使细胞繁殖。根据选择性标记,从菌落中筛选出目的养条件使细胞繁殖。根据选择性标记,从菌落中筛选出目的养条件使细胞繁殖。根据选择性标记,从菌落中筛选出目的养条件使细胞繁殖。根据选择性标记,从菌落中筛选出目的
7、基因的重组基因的重组基因的重组基因的重组(工程工程工程工程)菌。菌。菌。菌。工程菌具备的条件工程菌具备的条件工程菌具备的条件工程菌具备的条件l l发酵产品是高浓度、高转化率和高产率的,同时是分泌型发酵产品是高浓度、高转化率和高产率的,同时是分泌型发酵产品是高浓度、高转化率和高产率的,同时是分泌型发酵产品是高浓度、高转化率和高产率的,同时是分泌型菌株。菌株。菌株。菌株。l l菌株能利用常用的碳源,并可进行连续发酵。菌株能利用常用的碳源,并可进行连续发酵。菌株能利用常用的碳源,并可进行连续发酵。菌株能利用常用的碳源,并可进行连续发酵。l l菌株不是致病株,也不产内毒素。菌株不是致病株,也不产内毒素
8、。菌株不是致病株,也不产内毒素。菌株不是致病株,也不产内毒素。l l代谢控制容易进行。代谢控制容易进行。代谢控制容易进行。代谢控制容易进行。l l能进行适当的能进行适当的能进行适当的能进行适当的DNADNADNADNA重组,并且稳定,重组的重组,并且稳定,重组的重组,并且稳定,重组的重组,并且稳定,重组的DNADNADNADNA不易脱不易脱不易脱不易脱落。落。落。落。l基因工程菌发酵动力学基因工程菌发酵动力学l基因工程菌发酵设备基因工程菌发酵设备l基因工程菌的高密度发酵和控制基因工程菌的高密度发酵和控制l基因工程菌发酵的后处理技术基因工程菌发酵的后处理技术l基因工程菌的不稳定性及对策基因工程菌
9、的不稳定性及对策l应用案例与分析应用案例与分析基因工程菌发酵动力学基因工程菌发酵动力学l基因工程菌发酵动力学模型分类基因工程菌发酵动力学模型分类l基因工程菌培养过程的动力学模型基因工程菌培养过程的动力学模型理想情况:把理想情况:把细胞群体处理细胞群体处理为一种溶质为一种溶质不考虑细胞不考虑细胞结构,但各结构,但各种细胞均种细胞均一细胞之间不均一细胞之间不均一细胞内部多组分细胞内部多组分细胞之间无差异细胞之间无差异细胞内部多组分细胞内部多组分均衡生长均衡生长均衡生长均衡生长非结构模型非结构模型结构模型结构模型平均细胞近似平均细胞近似平均细胞近似平均细胞近似非非离离散散模模型型离离散散模模型型 非
10、离散、非结构模型(均衡生长模型)非离散、非结构模型(均衡生长模型)非离散、非结构模型(均衡生长模型)非离散、非结构模型(均衡生长模型)l l假设培养体系是均一的,忽略细胞间的差异和不同时期组假设培养体系是均一的,忽略细胞间的差异和不同时期组假设培养体系是均一的,忽略细胞间的差异和不同时期组假设培养体系是均一的,忽略细胞间的差异和不同时期组成及代谢特性的差异成及代谢特性的差异成及代谢特性的差异成及代谢特性的差异l l适于研究细胞群体代谢生长代谢规律适于研究细胞群体代谢生长代谢规律适于研究细胞群体代谢生长代谢规律适于研究细胞群体代谢生长代谢规律离散非结构模型离散非结构模型离散非结构模型离散非结构模
11、型l l培养体系中的细胞被区分成许多不同的状态和功培养体系中的细胞被区分成许多不同的状态和功培养体系中的细胞被区分成许多不同的状态和功培养体系中的细胞被区分成许多不同的状态和功能类型,对培养过程中细胞存在明显差异的系统能类型,对培养过程中细胞存在明显差异的系统能类型,对培养过程中细胞存在明显差异的系统能类型,对培养过程中细胞存在明显差异的系统是适合的。是适合的。是适合的。是适合的。结构非离散模型结构非离散模型结构非离散模型结构非离散模型l l细胞被分散成多个不同功能的部分,各部分相细胞被分散成多个不同功能的部分,各部分相细胞被分散成多个不同功能的部分,各部分相细胞被分散成多个不同功能的部分,各
12、部分相互协调作用,对分析胞内代谢调控有应用价值。互协调作用,对分析胞内代谢调控有应用价值。互协调作用,对分析胞内代谢调控有应用价值。互协调作用,对分析胞内代谢调控有应用价值。离散结构模型离散结构模型离散结构模型离散结构模型l l细胞培养过程的实际情况,模拟单个细胞内细胞培养过程的实际情况,模拟单个细胞内细胞培养过程的实际情况,模拟单个细胞内细胞培养过程的实际情况,模拟单个细胞内的生化反应体系,通过单细胞模型的不同组的生化反应体系,通过单细胞模型的不同组的生化反应体系,通过单细胞模型的不同组的生化反应体系,通过单细胞模型的不同组合建立高层次的离散结构模型合建立高层次的离散结构模型合建立高层次的离
13、散结构模型合建立高层次的离散结构模型1 1 1 1 基因工程菌基因工程菌基因工程菌基因工程菌 细胞细胞细胞细胞 的生长动力学模型的生长动力学模型的生长动力学模型的生长动力学模型l l以对数生长期为例以对数生长期为例以对数生长期为例以对数生长期为例,处于该时期的微生物生长的数学处于该时期的微生物生长的数学处于该时期的微生物生长的数学处于该时期的微生物生长的数学模型如下:模型如下:模型如下:模型如下:l l其中其中其中其中 为细胞数量为细胞数量为细胞数量为细胞数量 为培养时间为培养时间为培养时间为培养时间 拜为比生长速率拜为比生长速率拜为比生长速率拜为比生长速率10.1.2 基因工程菌培养过程中的
14、动力学模型基因工程菌培养过程中的动力学模型由上式可以推导出由上式可以推导出由上式可以推导出由上式可以推导出l l可用以推算在间歇发酵中可用以推算在间歇发酵中可用以推算在间歇发酵中可用以推算在间歇发酵中f f f f 值随世代数值随世代数值随世代数值随世代数n n n n的变化情况的变化情况的变化情况的变化情况,这在基因工程菌株的发酵中是非常重要的参数这在基因工程菌株的发酵中是非常重要的参数这在基因工程菌株的发酵中是非常重要的参数这在基因工程菌株的发酵中是非常重要的参数,例如例如例如例如,假设从斜面培养到假设从斜面培养到假设从斜面培养到假设从斜面培养到33000L33000L33000L3300
15、0L发酵培养需要发酵培养需要发酵培养需要发酵培养需要25252525代时间代时间代时间代时间,25,25,25,25代代代代后含质粒细胞还占多少后含质粒细胞还占多少后含质粒细胞还占多少后含质粒细胞还占多少,即即即即f f f f25252525为多少就是一个必需考为多少就是一个必需考为多少就是一个必需考为多少就是一个必需考虑到的问题。分析结果表明虑到的问题。分析结果表明虑到的问题。分析结果表明虑到的问题。分析结果表明f f f f值随值随值随值随p p p p和和和和 的增大而减小。的增大而减小。的增大而减小。的增大而减小。2 外源基因的表达和控制机制外源基因的表达和控制机制外源基因的表达和控
16、制机制外源基因的表达和控制机制 提高质粒稳定性的目的是为了提高克隆菌的发酵生产提高质粒稳定性的目的是为了提高克隆菌的发酵生产率,但外源基因表达水平越高,重组质粒往往越不稳定。率,但外源基因表达水平越高,重组质粒往往越不稳定。可采用可采用两阶段培养法,即在发酵前期控制外源基因不过,即在发酵前期控制外源基因不过量表达,使重组质粒稳定地遗传;到后期通过提高质粒的拷量表达,使重组质粒稳定地遗传;到后期通过提高质粒的拷贝数或转录、翻译效率使外源基因高效表达。贝数或转录、翻译效率使外源基因高效表达。1)可诱导性启动子 在在构建构建表达载体时,可使用可诱导性的启动子,如:表达载体时,可使用可诱导性的启动子,
17、如:laclac、trptrp、P PL L等等 在在用用含有这些启动子的克隆菌进行发酵生产时,可以选含有这些启动子的克隆菌进行发酵生产时,可以选择培养条件使启动子受阻遏(抑制)到一定时期;然后去择培养条件使启动子受阻遏(抑制)到一定时期;然后去阻遏(诱导)使质粒高效表达。阻遏(诱导)使质粒高效表达。例如:例如:利用利用3-3-吲哚乙酸可使吲哚乙酸可使trptrp启动子去阻遏启动子去阻遏2 2)温度敏感型质粒)温度敏感型质粒 一些温度敏感型质粒在温度较低时质粒拷贝数较少,一些温度敏感型质粒在温度较低时质粒拷贝数较少,当温度升高到一定值时质粒大量扩增当温度升高到一定值时质粒大量扩增 脱缰质粒(r
18、unaway plasmid)如:如:pKN410pKN410在在3030时的拷贝数为时的拷贝数为202050/50/E.coliE.coli细胞;在细胞;在3535时质粒大量复制。时质粒大量复制。将将-内酰氨酶基因接在其上,经热诱导后,酶活可扩增内酰氨酶基因接在其上,经热诱导后,酶活可扩增400400倍。倍。l l质粒的行为规律与宿主、质粒本身外界环质粒的行为规律与宿主、质粒本身外界环质粒的行为规律与宿主、质粒本身外界环质粒的行为规律与宿主、质粒本身外界环境等密切相关境等密切相关境等密切相关境等密切相关l l工程菌培养过程中会发现工程菌培养过程中会发现工程菌培养过程中会发现工程菌培养过程中会
19、发现质粒丢失质粒丢失质粒丢失质粒丢失现象,现象,现象,现象,严重影响外源基因产物的产量和质量严重影响外源基因产物的产量和质量严重影响外源基因产物的产量和质量严重影响外源基因产物的产量和质量3 3 质粒的行为规律质粒的行为规律 原原 因因分配的不稳定性分配的不稳定性结构不稳定性结构不稳定性质粒不同拷贝状态质粒不同拷贝状态质粒不同拷贝状态质粒不同拷贝状态l l分配不稳定:分配不稳定:分配不稳定:分配不稳定:这是由于在细胞分裂过程中质这是由于在细胞分裂过程中质这是由于在细胞分裂过程中质这是由于在细胞分裂过程中质粒缺失分配到子细胞中而导致整个质粒丢失。粒缺失分配到子细胞中而导致整个质粒丢失。粒缺失分配
20、到子细胞中而导致整个质粒丢失。粒缺失分配到子细胞中而导致整个质粒丢失。l l结构性不稳定:结构性不稳定:结构性不稳定:结构性不稳定:由于重组质粒由于重组质粒由于重组质粒由于重组质粒DNADNADNADNA发生缺失、发生缺失、发生缺失、发生缺失、插入或重排引起的质粒结构变化。插入或重排引起的质粒结构变化。插入或重排引起的质粒结构变化。插入或重排引起的质粒结构变化。质粒保持率质粒保持率质粒保持率质粒保持率 l l为考察质粒稳定性,在此引入质粒保持率为考察质粒稳定性,在此引入质粒保持率为考察质粒稳定性,在此引入质粒保持率为考察质粒稳定性,在此引入质粒保持率F F F Fn n n n的概念,的概念,
21、的概念,的概念,FnFnFnFn表示分批培养中细胞分裂表示分批培养中细胞分裂表示分批培养中细胞分裂表示分批培养中细胞分裂n n n n次后,培养液中基因次后,培养液中基因次后,培养液中基因次后,培养液中基因工程细胞数与总细胞数的比值,即工程细胞数与总细胞数的比值,即工程细胞数与总细胞数的比值,即工程细胞数与总细胞数的比值,即 表达效率及质粒拷贝数控制表达效率及质粒拷贝数控制表达效率及质粒拷贝数控制表达效率及质粒拷贝数控制 l l在工程菌培养过程中,表达效率与质粒拷贝数有关。在质在工程菌培养过程中,表达效率与质粒拷贝数有关。在质在工程菌培养过程中,表达效率与质粒拷贝数有关。在质在工程菌培养过程中
22、,表达效率与质粒拷贝数有关。在质粒稳定基础上,粒稳定基础上,粒稳定基础上,粒稳定基础上,应尽可能提高细胞内质粒拷贝数应尽可能提高细胞内质粒拷贝数应尽可能提高细胞内质粒拷贝数应尽可能提高细胞内质粒拷贝数。l l在工业生产中易于操作的在工业生产中易于操作的在工业生产中易于操作的在工业生产中易于操作的方法是在培养的不同阶段,采用方法是在培养的不同阶段,采用方法是在培养的不同阶段,采用方法是在培养的不同阶段,采用不同培养温度达到提高拷贝数目的不同培养温度达到提高拷贝数目的不同培养温度达到提高拷贝数目的不同培养温度达到提高拷贝数目的,在前培养阶段采用低,在前培养阶段采用低,在前培养阶段采用低,在前培养阶
23、段采用低温,以减少细胞负荷,此时拷贝数较低,而比生长速率升温,以减少细胞负荷,此时拷贝数较低,而比生长速率升温,以减少细胞负荷,此时拷贝数较低,而比生长速率升温,以减少细胞负荷,此时拷贝数较低,而比生长速率升高,在主培养中途升高温度,质粒拷贝数增加,目的基因高,在主培养中途升高温度,质粒拷贝数增加,目的基因高,在主培养中途升高温度,质粒拷贝数增加,目的基因高,在主培养中途升高温度,质粒拷贝数增加,目的基因产量提高。产量提高。产量提高。产量提高。质粒行为动力学模型的建立意义质粒行为动力学模型的建立意义质粒行为动力学模型的建立意义质粒行为动力学模型的建立意义控控制制质质粒粒的的稳稳定定性性确确定定
24、质质粒粒的的复复制制速速率率表表达达产产物物合合成成条条件件10.2 10.2 基因工程菌发酵设备基因工程菌发酵设备l l机械搅拌发酵罐机械搅拌发酵罐机械搅拌发酵罐机械搅拌发酵罐l l气升式发酵罐气升式发酵罐气升式发酵罐气升式发酵罐l l利用机械搅拌作用,使空气利用机械搅拌作用,使空气利用机械搅拌作用,使空气利用机械搅拌作用,使空气和搅拌液充分混合,促进氧和搅拌液充分混合,促进氧和搅拌液充分混合,促进氧和搅拌液充分混合,促进氧的溶解和传递,满足微生物的溶解和传递,满足微生物的溶解和传递,满足微生物的溶解和传递,满足微生物生长代谢对溶氧的需求生长代谢对溶氧的需求生长代谢对溶氧的需求生长代谢对溶氧
25、的需求l l原理:原理:原理:原理:无菌压缩空气作为液体的提升无菌压缩空气作为液体的提升无菌压缩空气作为液体的提升无菌压缩空气作为液体的提升力,使发酵液上下翻动实现混合和传力,使发酵液上下翻动实现混合和传力,使发酵液上下翻动实现混合和传力,使发酵液上下翻动实现混合和传质传热过程。质传热过程。质传热过程。质传热过程。l l优点:优点:优点:优点:无机械搅拌机构最大限度的减无机械搅拌机构最大限度的减无机械搅拌机构最大限度的减无机械搅拌机构最大限度的减少了染菌率,减少了机械剪切力,对少了染菌率,减少了机械剪切力,对少了染菌率,减少了机械剪切力,对少了染菌率,减少了机械剪切力,对长菌丝的各种真菌尤为适
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