3聚类分析.ppt
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1、聚类分析与判别分析聚类分析与判别分析分类学是人类认识世界的基础科学。聚类分析和判别分分类学是人类认识世界的基础科学。聚类分析和判别分析是研究事物分类的基本方法,广泛地应用于自然科学、析是研究事物分类的基本方法,广泛地应用于自然科学、社会科学、工农业生产的各个领域。社会科学、工农业生产的各个领域。俗语说,物以类聚、人以群分。但什么是分类的根据呢?比如,要想把中国的县分成若干类,就有很多种分类法;可以按照自然条件来分,比如考虑降水、土地、日照、湿度等各方面;也可以考虑收入、教育水准、医疗条件、基础设施等指标;既可以用某一项来分类,也可以同时考虑多项指标来分类。聚类分析聚类分析根据事物本身的特性研究
2、个体分类的方法,原则是同一根据事物本身的特性研究个体分类的方法,原则是同一类中的个体有较大的相似性,不同类中的个体差异很大。类中的个体有较大的相似性,不同类中的个体差异很大。对对于于一一个个数数据据,人人们们既既可可以以对对变变量量(指指标标)进进行行分分类类(相相当当于于对对数数据据中中的的列列分分类类),也也可可以以对对观观测测值值(事事件件,样品)来分类(相当于对数据中的行分类)。样品)来分类(相当于对数据中的行分类)。比比如如学学生生成成绩绩数数据据就就可可以以对对学学生生按按照照理理科科或或文文科科成成绩绩(或者综合考虑各科成绩)分类,(或者综合考虑各科成绩)分类,当当然然,并并不不
3、一一定定事事先先假假定定有有多多少少类类,完完全全可可以以按按照照数数据本身的规律来分类。据本身的规律来分类。本本章章要要介介绍绍的的分分类类的的方方法法称称为为聚聚类类分分析析(clusteranalysis)。对对变变量量的的聚聚类类称称为为R型型聚聚类类,而而对对观观测测值值聚聚类类称称为为Q型型聚聚类类。这这两两种种聚聚类类在在数数学学上上是是对对称称的的,没没有什么不同。有什么不同。聚类分析与判别分析的聚类分析与判别分析的SPSS过程过程在在AnalyzeClassify下:下:1.K-MeansCluster:观测量快速聚类分观测量快速聚类分析过程析过程2.Hierarchical
4、Cluster:分层聚类(进行分层聚类(进行观测量聚类和变量聚类的过程观测量聚类和变量聚类的过程3.Discriminant:进行判别分析的过程进行判别分析的过程快速样本聚类过程快速样本聚类过程(QuickCluster)使用使用k均值分类法对观测量进行聚类均值分类法对观测量进行聚类可使用系统的默认选项或自己设置选项,如分为几类、可使用系统的默认选项或自己设置选项,如分为几类、指定初始类中心、是否将聚类结果或中间数据数据存入指定初始类中心、是否将聚类结果或中间数据数据存入数据文件等。数据文件等。快速聚类实例快速聚类实例:使用系统的默认值进行:对运动员的分使用系统的默认值进行:对运动员的分类(分
5、为类(分为4类)类)nAnalyzeClassifyK-MeansClusterwVariables:x1,x2,x3wLabelCaseBy:nowNumberofCluster:4w比较有用的结果:聚类结果形成的最后四类中心点比较有用的结果:聚类结果形成的最后四类中心点(FinalClusterCenters)和每类的观测量数目(和每类的观测量数目(NumberofCasesineachCluster)w但不知每个运动员究竟属于哪一类?这就要用到但不知每个运动员究竟属于哪一类?这就要用到Save选项选项快速样本聚类过程快速样本聚类过程(QuickCluster)中的选项中的选项使用快速聚类
6、的选择项:使用快速聚类的选择项:w类中心数据的输入与输出:类中心数据的输入与输出:Centers选项选项w输出数据选择项:输出数据选择项:Save选项选项w聚类方法选择项:聚类方法选择项:Method选项选项w聚类何时停止聚类何时停止选择项:选择项:Iterate选项选项w输出统计量选择项:输出统计量选择项:Option选项选项指定初始类中心的聚类方法例题指定初始类中心的聚类方法例题数据同上(数据同上(data14-01a):):以四个四类成绩突出者的数据为初始以四个四类成绩突出者的数据为初始聚类中心聚类中心(种子种子)进行聚类。类中心数据文件进行聚类。类中心数据文件data14-01b(但缺
7、一但缺一列列Cluster_,不能直接使用,要修改)。对运动员的分类(还是分不能直接使用,要修改)。对运动员的分类(还是分为为4类)类)AnalyzeClassifyK-MeansClusternVariables:x1,x2,x3nLabelCaseBy:nonNumberofCluster:4nCenter:Readinitialfrom:data14-01bnSave:Clustermembership和和DistancefromClusterCentern比较有用的结果(可将结果与前面没有初始类中心比较):比较有用的结果(可将结果与前面没有初始类中心比较):w聚类结果形成的最后四类中心
8、点聚类结果形成的最后四类中心点(FinalClusterCenters)w每类的观测量数目(每类的观测量数目(NumberofCasesineachCluster)w在在数据文件中的两个新变量数据文件中的两个新变量qc1_1(每个观测量最终被分配每个观测量最终被分配到哪一类)和到哪一类)和qc1_2(观测量与所属观测量与所属类中心点的距离)类中心点的距离)分层聚类(Hierarchical Cluster)分层聚类方法:分层聚类方法:n分解法分解法:先视为一大类,再分成几类先视为一大类,再分成几类n凝聚法凝聚法:先视每个为一类先视每个为一类,再合并为几大类再合并为几大类可用于观测量可用于观测量
9、(样本样本)聚类聚类(Q型型)和变量聚类和变量聚类(R型型)一般分为两步(自动一般分为两步(自动,可从可从Paste的语句知道的语句知道,P359):):nProximities:先对数据进行的预处理先对数据进行的预处理(标准化和计算距离等标准化和计算距离等)nCluster:然后进行聚类分析然后进行聚类分析两种统计图:树形图两种统计图:树形图(Dendrogram)和冰柱图和冰柱图(Icicle)各类型数据的标准化、距离和相似性计算各类型数据的标准化、距离和相似性计算P348-354n定距变量、分类变量、二值变量定距变量、分类变量、二值变量n标准化方法标准化方法p353:ZScores、Ra
10、nge-1to1、Range0to1等等用分层聚类法进行观测量聚类实例用分层聚类法进行观测量聚类实例对对20种啤酒进行分类种啤酒进行分类(data14-02),变量包括变量包括:Beername(啤酒名称啤酒名称)、calorie(热量热量)、sodium(钠含量钠含量)、alcohol(酒精含量酒精含量)、cost(价格价格)AnalyzeClassifyHierarchicalCluster:nVariables:calorie,sodium,alcohol,cost成分和价格成分和价格nLabelCaseBy:BeernamenCluster:Case,Q聚类聚类nDisplay:选中选
11、中Statistics,单击单击StatisticswAgglomeration Schedule Agglomeration Schedule 凝聚状态表凝聚状态表wProximity matrixProximity matrix:距离矩阵距离矩阵wCluster membershipCluster membership:Single solutionSingle solution:4 4 显示分为显示分为4 4类时,各观测量类时,各观测量所属的类所属的类nMethod:Cluster(FurthestNeighbor),Measure-Interval(SquaredEuclideandi
12、stance),TransformValue(Range0-1/Byvariable(值值-最小值最小值)/极差极差)nPlots:(Dendrogram)Icicle(Specifiedrangeofcluster,Start-1,Stop-4,by-1),Orientation(Vertical纵向作图纵向作图)nSave:ClusterMembership(Singlesolution4)n比较有用的结果:根据需要进行分类,在数据文件中的分类新变量比较有用的结果:根据需要进行分类,在数据文件中的分类新变量clu4_1等等用分层聚类法进行变量聚类用分层聚类法进行变量聚类变量聚类,是一种降维
13、的方法,用于在变量聚类,是一种降维的方法,用于在变量众多时寻找有代表性的变量,以便变量众多时寻找有代表性的变量,以便在用少量、有代表性的变量代替大变量在用少量、有代表性的变量代替大变量集时,损失信息很少。集时,损失信息很少。与进行观测量聚类雷同,不同点在于:与进行观测量聚类雷同,不同点在于:w选择选择Variable而非而非CasewSave选项失效,不建立的新变量选项失效,不建立的新变量变量聚类实例变量聚类实例上面啤酒分类问题上面啤酒分类问题data14-02。AnalyzeClassifyHierarchicalCluster:nVariables:calorie,sodium,alcoh
14、ol,cost成分和价格成分和价格nCluster:Variable,R聚类聚类nMethod:wClusterMethod:FurthestNeighborwMeasure-Interval:PearsonCorrelationwTransformValues:ZScore(ByVariable)nPlots:Dendrogram树树型图型图nStatistics:Proximity matrixProximity matrix:相关矩阵相关矩阵n比较有用的结果:根据相关矩阵和树型图,可知比较有用的结果:根据相关矩阵和树型图,可知calorie(热量热量)和和alcohol(酒精含量酒精含量
15、)的相关系数最大,首先聚为一类。从整体上看,聚为的相关系数最大,首先聚为一类。从整体上看,聚为三类是比较好的结果。至于热量和酒精含量选择哪个作为典型指标代替三类是比较好的结果。至于热量和酒精含量选择哪个作为典型指标代替原来的两个变量,可以根据专业知识或测度的难易程度决定。原来的两个变量,可以根据专业知识或测度的难易程度决定。变量聚类实例2有有10个测试项目,分别用变量个测试项目,分别用变量X1-X10表示,表示,50名学生参加测试。想从名学生参加测试。想从10个变量中选择几个变量中选择几个典型指标。个典型指标。data14-03AnalyzeClassifyHierarchicalCluste
16、r:nVariables:X1-X10nCluster:Variable,R聚类聚类nMethod:wClusterMethod:FurthestNeighborwMeasure-Interval:PearsonCorrelationnPlots:Dendrogram树型图树型图nStatistics:Proximity matrixProximity matrix相关矩阵相关矩阵n比较有用的结果:可以从树型图中看出聚类过程比较有用的结果:可以从树型图中看出聚类过程。具体聚为几类最为合理,具体聚为几类最为合理,根据专业知识来定。而每类中的典型指标的选择,可用根据专业知识来定。而每类中的典型指标
17、的选择,可用p370的相关指数公式的相关指数公式的计算,然后比较类中各个变量间的相关指数,哪个大,就选哪个变量作为的计算,然后比较类中各个变量间的相关指数,哪个大,就选哪个变量作为此类的代表变量。此类的代表变量。饮料数据(饮料数据(drink.sav)16种饮料的热量、咖啡因、钠及价格四种变量 如何度量远近如何度量远近?如果想要对100个学生进行分类,如果仅仅知道他们的数学成绩,则只好按照数学成绩来分类;这些成绩在直线上形成100个点。这样就可以把接近的点放到一类。如果还知道他们的物理成绩,这样数学和物理成绩就形成二维平面上的100个点,也可以按照距离远近来分类。三维或者更高维的情况也是类似;
18、只不过三维以上的图形无法直观地画出来而已。在饮料数据中,每种饮料都有四个变量值。这就是四维空间点的问题了。两个距离概念两个距离概念按按照照远远近近程程度度来来聚聚类类需需要要明明确确两两个个概概念念:一一个个是是点点和和点点之之间的距离,一个是类和类之间的距离。间的距离,一个是类和类之间的距离。点点间间距距离离有有很很多多定定义义方方式式。最最简简单单的的是是歐歐氏氏距距离离,还还有有其其他的距离。他的距离。当当然然还还有有一一些些和和距距离离相相反反但但起起同同样样作作用用的的概概念念,比比如如相相似似性等,两点越相似度越大,就相当于距离越短。性等,两点越相似度越大,就相当于距离越短。由由一
19、一个个点点组组成成的的类类是是最最基基本本的的类类;如如果果每每一一类类都都由由一一个个点点组组成成,那那么么点点间间的的距距离离就就是是类类间间距距离离。但但是是如如果果某某一一类类包包含不止一个点,那么就要确定类间距离,含不止一个点,那么就要确定类间距离,类类间间距距离离是是基基于于点点间间距距离离定定义义的的:比比如如两两类类之之间间最最近近点点之之间间的的距距离离可可以以作作为为这这两两类类之之间间的的距距离离,也也可可以以用用两两类类中中最最远远点点之之间间的的距距离离作作为为这这两两类类之之间间的的距距离离;当当然然也也可可以以用用各各类类的的中中心心之之间间的的距距离离来来作作为
20、为类类间间距距离离。在在计计算算时时,各各种种点点间间距距离离和和类类间间距距离离的的选选择择是是通通过过统统计计软软件件的的选选项项实实现现的的。不同的选择的结果会不同,但一般不会差太多。不同的选择的结果会不同,但一般不会差太多。向量向量x=(x1,xp)与与y=(y1,yp)之间的距离或相似系数之间的距离或相似系数:欧氏距离欧氏距离:Euclidean平方欧氏距离平方欧氏距离:Squared Euclidean夹角余弦夹角余弦(相似系数相似系数1):cosinePearson correlation(相似系数相似系数2):Chebychev:Maxi|xi-yi|Block(绝对距离绝对距
21、离):S Si|xi-yi|Minkowski:当当变量的测量值相差悬殊时变量的测量值相差悬殊时,要先进行要先进行标准化标准化.如如R为为极差极差,s 为为标准差标准差,则标则标准化的数据为每个观测值减去均值后准化的数据为每个观测值减去均值后再除以再除以R或或s.当观测值大于当观测值大于0时时,有人有人采用采用Lance和和Williams的的距离距离类类Gp与类与类Gq之间的距离之间的距离Dpq(d(xi,xj)表示表示点点xiGp和和xjGq之间的距离之间的距离)最短距离法最短距离法:最长距离法最长距离法:重心法重心法:离差平方和离差平方和:(Wald)类平均法类平均法:(中间距离中间距离
22、,可变平均法可变平均法,可变法等可参考各可变法等可参考各书书).在用欧氏距离时在用欧氏距离时,有统一的递推公式有统一的递推公式(假设假设Gr是从是从Gp和和Gq合并而来合并而来):Lance和和Williams给出给出(对欧氏距离对欧氏距离)统一统一递推递推公式公式:D2(k,r)=a apD2(k,p)+a aqD2(k,q)+b bD2(p,q)+g g|D2(k,p)-D2(k,q)|前面方法的递推公式可选择参数而得前面方法的递推公式可选择参数而得:方法方法a ai(i=p,q)b b g g最短距离最短距离 0-1/2最长距离最长距离 01/2重心重心 ni/nr -a apa aq
23、0类平均类平均 ni/nr 0 0 离差平方和离差平方和(ni+nk)/(nr+nk)-nk/(nr+nk)0 中间距离中间距离 1/2 -1/4 0 可变法可变法 (1-b b)/2 b b(1)0 可变平均可变平均 (1-b b)ni/nr b b(1)0 有了上面的点间距离和类间有了上面的点间距离和类间距离的概念,就可以介绍聚距离的概念,就可以介绍聚类的方法了。这里介绍两个类的方法了。这里介绍两个简单的方法。简单的方法。事先要确定分多少类:事先要确定分多少类:k-均值聚类均值聚类前前面面说说过过,聚聚类类可可以以走走着着瞧瞧,不不一一定定事事先先确确定定有有多多少少类类;但但是是这这里里
24、的的k-均均值值聚聚类类(k-meanscluster,也也叫叫快快速速聚聚类类,quickcluster)却却要要求求你你先先说说好好要要分分多多少少类类。看看起起来来有些主观,是吧!有些主观,是吧!假假定定你你说说分分3类类,这这个个方方法法还还进进一一步步要要求求你你事事先先确确定定3个个点点为为“聚聚类类种种子子”(SPSS软软件件自自动动为为你你选选种种子子);也也就就是是说说,把这把这3个点作为三类中每一类的基石。个点作为三类中每一类的基石。然然后后,根根据据和和这这三三个个点点的的距距离离远远近近,把把所所有有点点分分成成三三类类。再再把把这这三三类类的的中中心心(均均值值)作作
25、为为新新的的基基石石或或种种子子(原原来来的的“种子种子”就没用了),重新按照距离分类。就没用了),重新按照距离分类。如如此此叠叠代代下下去去,直直到到达达到到停停止止叠叠代代的的要要求求(比比如如,各各类类最最后后变变化化不不大大了了,或或者者叠叠代代次次数数太太多多了了)。显显然然,前前面面的的聚聚类类种种子子的的选选择择并并不不必必太太认认真真,它它们们很很可可能能最最后后还还会会分分到到同同一类中呢。下面用饮料例的数据来做一类中呢。下面用饮料例的数据来做k-均值聚类。均值聚类。假定要把这假定要把这1616种饮料分成种饮料分成3 3类。利用类。利用SPSSSPSS,只只叠代了三次就达到目
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