疾病监测数据分析和练习.pdf

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1、疾病监测数据分析和练习中国疾病预防控制中心中国现场流行病学培训项目(CF E T P)施国庆监测目的发现爆发，进行应对评价规划，调整策略发现病例，进行处理发现爆发评价规划病例处理?流行病学测量?比(R a t i o)x/y，一个数/另一个数?比例(p r o p o r t i o n)x/(x+y)，分母包含分子需要指定时间范围概率=危险?率（R a t e)一个变量相对于另一个变量的变化分母是危险人群本身带有时间单位(量纲)速度1 9 9 8 年的发病率是多少？*10 11 1212345678910 11 121234Jan 1,1998June 30,1998Dec.31,19981

2、99811199863019981231年 月 日年 月日年月日*N=100院内感染的人时发病率是多少？人代号入院日期结局天数类型日期院内感染病例其他病死亡出院院内感染病例出院出院OutcomePersonAdmTypeDateDays103/0722/0849221/0712/0822322/0730/0970403/0816/0944506/0830/0955614/0812/0927罹患率是多少？10 11 1212345678910 11 121234Jan 1,1998June 30,1998Dec.31,1998199811199863019981231年 月 日年 月日年月日*N

3、=100如图，甲肝从日托所向家庭接触者的传播。试问二代罹患率是多少？发病率与罹患率比较例子?2 0 0 0 年3 月1 日-3 月1 4 日间广州市发生甲肝爆发流行，罹患率为2 5/1 0 0 0 人?与广州市甲肝的年发病率为2 3 8/1 0 万人年相比?是否真有甲肝爆发？1 9 9 8 年9 月3 0 日时点患病“率”是多少？*10 11 1212345678910 11 121234Jan 1,1998June 30,1998Dec.31,19981 9 9 8年1月1日1 9 9 8年6月3 0日1 9 9 8年1 2月3 1日*N=1001 9 9 8 年期间患病“率”是多少？*10

4、 11 1212345678910 11 121234Jan 1,1998June 30,1998Dec.31,1998199811199863019981231年 月 日年 月日年月日*N=1001 9 9 8 年病因别死亡率是多少？*10 11 1212345678910 11 121234Jan 1,1998June 30,1998Dec.31,1998199811199863019981231年 月 日年 月日年月日*N=100病死率是多少？10 11 1212345678910 11 121234Jan 1,1998June 30,1998Dec.31,199819981119986

5、3019981231年 月 日年 月日年月日*N=1001 9 9 8 年死亡-病例比是多少？10 11 1212345678910 11 121234Jan 1,1998June 30,1998Dec.31,1998199811199863019981231年 月 日年 月日年月日*N=100问题：2 0 0 9 H 1 N 1 死亡病例不同人群所占比例受哪些因素影响？人群类型2 0 0 9 H 1 N 1%心脏病1 7 肝病9 怀孕2 0 其他人群5 4 合计1 0 0监测资料的描述分析?人、时、地分布特征爆发和流行可能突然发生010203040501917253341缓慢发展010203

6、040501917253341高水平上发生010203040501917253341描述分析练习?发病率练习1?发病率练习2?发病率练习3?发病率练习4?散点线图练习监测资料的比较分析在时间和地点不同层次上去发现异常小时天周月年村庄乡镇县市省国家哪个发病高峰是爆发？腹泻病例按周分布：约旦，腹泻病例周1 9 9 619960100200300400500600514914192429343944492Irbid腹泻病例按区分布另外个区没有腹泻爆发1996050100150200250514914192429343944492199601002003004005149141924293439444

7、921996050100150200514914192429343944492199601002003004005149141924293439444921996020406080100120514914192429343944492199602004006008001000514914192429343944492199605010015020025051491419242934394449219960100200300400500600514914192429343944492KuraAjloonJerashZarqaBani KenanaAmmanE.AmmanIrbid12 在第周有爆

8、发的几个区是邻区9-1 0流行期和非流行期比较策略：出血热发病率出血热病死率H e mo r r h a g ic F e v e r R e n a l S y n d r o me b y Mo n t h,Cit y R,2 0 0 6-2 0 1 0Month Ending666661212121212CasesDeathsCFR=33%CFR=1%201020092008200720062 0 1 0年男女性病死风险均增加，男性增加更为明显1 5-5 9岁年龄组病死风险增高年龄（岁）2 0 1 0 年病死率（%）2 0 0 6-2 0 0 9 年病死率（%）变化（%）*男性女性男性女

9、性男性女性0-1 4004.80-1 0 01 5-3 91 21 71.48.3+7 5 7+8 04 0-5 92 62 504.2+4 9 56 0-7 50002 2-1 0 0合计1 61 81.17.4+1 3 5 5+1 4 3比较分析练习建立行动的客观标准练习使用简单的图形显示可能的爆发U s e a s imp l e g r a p h ic a l d i s p la y t o v i s u a li z e p o s s ib l e o u t b r e a k s罕见疾病符合P o i s s o n概率分布2 32 42 52 62 72 82 93 0

10、20311105周病例数假设：过去 年周的均值，即周的预期病例数528-32=1.4530=1.45px=e-mmx/x!练习：第3 0周出现5例及以上的概率是多少？常见疾病更复杂的基线和阈值周/年We e k a n d Y e a r百分比P e r c e n t预期或基线水平季节性数据的移动平均A mo v in g a v e r a g e f o r d a t a wit h a s e a s o n a l p a t t e r nY e a r2 42 52 62 72 81 9 9 61 82 72 32 02 71 9 9 72 12 31 94 12 91 9 9

11、 82 52 02 12 62 91 9 9 91 72 43 22 62 72 0 0 02 52 43 12 33 7周Week2 5We e k 2 5:2 32 3.3Me d i a n =2 3;Me a n =2 3.3Y e a r2 42 52 62 72 81 9 9 61 82 72 32 02 71 9 9 72 12 31 94 12 91 9 9 82 52 02 12 62 91 9 9 91 72 43 22 62 72 0 0 02 52 43 12 33 7周中位数为，平均数为周Week2 6We e k 2 6:3 7 92 42 5.3T o t a l

12、 =3 7 9;Me d i a n =2 4;Me a n =2 5.3 Y e a r2 42 52 62 72 81 9 9 61 82 72 32 02 71 9 9 72 12 31 94 12 91 9 9 82 52 02 12 62 91 9 9 91 72 43 22 62 72 0 0 02 52 43 12 33 7周总数为，中位数为，平均数为周Week2 7We e k 2 7:4 1 12 72 7.4 T o t a l =4 1 1;Me d i a n =2 7;Me a n=2 7.4Y e a r2 42 52 62 72 81 9 9 61 82 72 3

13、2 02 71 9 9 72 12 31 94 12 91 9 9 82 52 02 12 62 91 9 9 91 72 43 22 62 72 0 0 02 52 43 12 33 7周总数为，中位数为，平均数为周Week从移动平均中得出一倍和两倍标准差On e a n d t wo s t a n d a r d d e v i a t i o n s f r o m t h e mo v in g a v e r a g e 2 42 52 62 72 81 9 9 61 82 72 32 02 71 9 9 72 12 31 94 12 91 9 9 82 52 02 12 62 9

14、1 9 9 91 72 43 22 62 72 0 0 02 52 43 12 33 7周WeekS=6.13Mean=27.42s=12.26将实际观察值与移动平均相比可以发现异常值周移动平均0100200300010203040506070周病例?5-练习：回归分析练习某地1 9 9 4-1 9 9 9 年每周腹泻报告病例数R e p o r t e d d i a r r h e a c a s e s b y we e k,D i s t r ic t X,1 9 9 4-1 9 9 9050100150200250127127127127127127例数年 周Cases1994199

15、51996199719981999/Year and week不考虑长期趋势存在的问题010020030040050060001020304050腹泻周病例数D i a r r h e a Ca s e s B y We e k01002003004005006001275379105 131 157 183 209 235 261 287 313 339计算最佳拟合的回归线Co mp u t e t h e r e g r e s s i o n li n e o f b e s t f i t.01002003004005006001275379105 131 157 183 209 23

16、5 261 287 313 339计算趋势线的残差Ca lc u l a t e t h e r e s id u a l s f r o m t h e t r e n d l i n e.01002003004005006001275379105 131 157 183 209 235 261 287 313 339残差散点图显示无偏离趋势Plotting the residuals now shows no trend.(detrending)-200-10001002003004001275379105131157183209235261287计算阈值残差的 年移动平均5Ca lc u

17、 l a t e t h e 5-y e a r mo v i n g a v e r a g e o f r e s i d u a ls wit h t h r e s h o l d s-150-100-5005010015020025030004812 16 20 24 28 32 36 4044 48 522.0 sd1.6 sd将趋势和季节性因素加在一起A d d t o g e t h e r t h e t r e n d a n d s e a s o n a l c o mp o n e n t s-150-100-50050100150013263952010020030

18、0400500600013263952050100150200250300350400450013263952WeekCasesWeekCases+=附加上误差因素A d d o n t h e E r r o r C o mp o n e n t s0100200300400500600013263952WeekCases第 年腹泻病例和阈值预测6D i a r r h e a c a s e s a n d t h r e s h o l d p r o j e c t i o n s f o r y e a r 60100200300400500600013263952WeekCases

19、校正和未校正的趋势0100200300400500600013263952010020030040050060001020304050WeekCases校正未校正6 年里有多少起暴发？发现暴发的能力是？-200-10001002003004001275379105131157183209235261287计算行动水平或阈值?移动中位数和四分位数间距范围?移动均数和方差或标准差?校正长期趋势季节性趋势?去除远离范围的异常点暴发收集数据时人为造成（如分批报告）病例定义的改变?逐步完善基线?除去 个最近的数据点后使用 个最近观测点建立阈值点计算均数计算标准差阈值点是：个点的均数加上 倍标准差画出阈值

20、散点图可以选择以前其它点和标准差使用近期数据的方法：（）27F o r e a c h t h r e s h o ld p o in t u s e 7 mo s t r e c e n t o b s e r v e d p o in t s a f t e r e x c lu d in g t h e 2 mo s t r e c e n t.C a lc u la t e t h e ir me a n C a lc u la t e t h e ir s t a n d a r d d e v ia t io n.C 2T h e C 2 t h r e s h o ld f o

21、r t h a t p o in t is:7T h e me a n o f t h e s e v e n p o in t s 3P lu s 3 X t h e s t a n d a r d d e v ia t io nP lo t t h e t h r e s h o ld v a lu eOt h e r c h o ic e s o f p r e v io u s p o in t s a n d s t a n d a r d d e v ia t io n s ma y b e u s e d.Cu S u mC2计算C2Calculating C2Brucellos

22、is-U.S.1996-2003YearCases1996200305101520253035401 9 9 6 1 9 9 7 1 9 9 8 1 9 9 9 2 0 0 0 2 0 0 1 2 0 0 2 2 0 0 3CasesC2美国年布鲁氏菌病C2C2 Ca lc u la t in g t h e Me a n计算平均数C2C2 Ca lc u la t in g S t a n d a r d D e v ia t io n计算标准差计算C2Ca lc u la t in g C2Brucellosis-U.S.1996-2003YearCases05101520253035401 9 9 6 1 9 9 7 1 9 9 8 1 9 9 9 2 0 0 0 2 0 0 1 2 0 0 2 2 0 0 3CasesC2美国年布鲁氏菌病19962003Brucellosis-U.S.1996-2003YearCases05101520253035401 9 9 6 1 9 9 7 1 9 9 8 1 9 9 9 2 0 0 0 2 0 0 1 2 0 0 2 2 0 0 3CasesC2美国年布鲁氏菌病19962003?谢谢?施国庆:s h ig u o q in g c f e t p.o r g.c n