生物信息中的计算机基础幻灯片.ppt

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1、生物信息中的计算机基础第1页，共147页，编辑于2022年，星期一WhyUnix?v功能强大，应用广泛v主要应用于高性能计算机v良好的多用户管理v与网络服务联系紧密：apache，php，WWW服务v丰富的命令和应用程序（打包、免费）第2页，共147页，编辑于2022年，星期一Unix&Bioinformaticsv在20实际中期之前，只有SGI和Sun的Unix工作站能够实时地可视化蛋白质结果数据。v生物信息学的数据库、WWW服务基于网络。而Unix在网络服务上见长。第3页，共147页，编辑于2022年，星期一Unix难学？v只需要学习部分命令子集v不需要了解或使用Unix的每一个程序和特点

2、v上手后工作效率很高第4页，共147页，编辑于2022年，星期一常见UnixvBSD(伯克利软件发布版)免费v商业版SCOUnixv工作站生产商发布版：Solaris(Sun)，IRIX(SGI)，DigitalUnix(Compaq)，HP-UX，AIX(IBM)v自由发布的、最初面向PC的Linux！第5页，共147页，编辑于2022年，星期一Linux&WhyLinuxv天才大学生LinusTorvalds开发v用于PC的免费Unixv开放源代码，业余爱好者共同开发v它的出现，使得Unix成为一个低廉或免费的OSv系统资源消耗”后接着输入第18页，共147页，编辑于2022年，星期一键盘

3、的快捷方式键盘的快捷方式 停止命令停止命令 结束传输或者文件结束传输或者文件 临时停止输出临时停止输出 恢复输出恢复输出 擦除整行擦除整行 纠正错误纠正错误第19页，共147页，编辑于2022年，星期一基础命令v命令的输入与编辑命令的输入与编辑 输入输入teln+。这样的效果和输入。这样的效果和输入telnet 相同相同 v修改口令修改口令 Passwd v查询及修改日期时间查询及修改日期时间 date MMDDhhmmCCYY.ss，date后面的部分是日期字符串，后面的部分是日期字符串，表示要修改的日期时间，表示要修改的日期时间，MM代表月份，代表月份，DD代表日期，代表日期，hh代表时，

4、代表时，mm代表分，代表分，CC代表年份的头两位，代表年份的头两位，YY代表年份的后两位，代表年份的后两位，表示括号括住表示括号括住的内容是可以省略的（以下同），如果年份被省略，则表示为当年，的内容是可以省略的（以下同），如果年份被省略，则表示为当年，ss代表代表秒。秒。v观看日历观看日历 cal 月月 年年 第20页，共147页，编辑于2022年，星期一基础命令v清屏清屏 clear v获取用户信息获取用户信息 logname Whoamiwhov与其他用户进行简单通讯与其他用户进行简单通讯 write 用户账号用户账号主机名主机名 终端号终端号 v观看主机信息观看主机信息 uname-a

5、v寻找命令使用方法寻找命令使用方法 man 第21页，共147页，编辑于2022年，星期一Linux文件系统vlinux文件命名格式v目录结构树型结构支持的文件系统v路径相对路径绝对路径第22页，共147页，编辑于2022年，星期一 Linux文件名称v包含包含 大写键、小写键、数字、大写键、小写键、数字、#、_ _v 不包含空格不包含空格v 不包含以下字符不包含以下字符*?/;$“v 不能以不能以“+”“+”或者或者“-”“-”开头开头v 区分大小写区分大小写v 最长文件名最长文件名 255 255第23页，共147页，编辑于2022年，星期一文件的类型v普通文件v目录文件v设备文件：/de

6、v/tty1 v连接文件：存放文件系统中通向文件的路径v file 文件名第24页，共147页，编辑于2022年，星期一文件的类型v普通文件v目录文件v设备文件：/dev/tty1 v连接文件：存放文件系统中通向文件的路径v file 文件名第25页，共147页，编辑于2022年，星期一普通文件v也称常规文件，包含各种长度的字符串。例如：信件、报告和脚本。v文本文件：由ASCII字符构成。v数据文件：由来自应用程序的数字型和文本型数据构成。例如：电子表格、数据库等。v可执行的二进制程序：由机器指令和数据构成。第26页，共147页，编辑于2022年，星期一Linux文件系统v相关操作命令文件及子

7、目录名称列表文件及子目录名称列表-ls显示一个文本文件的内容显示一个文本文件的内容cat改变文件、目录名称，搬移整棵目录树改变文件、目录名称，搬移整棵目录树-mv删除文件删除文件rm复制文件复制文件-cp 创建新的子目录创建新的子目录mkdir/删除目录删除目录-rmdirv通配符与多文件操作v硬链接v符号链接第27页，共147页，编辑于2022年，星期一v-1每列仅显示一个文件或目录名称v-a显示所有文件或目录，包括以“.”为名称开头字符的文件、现行目录“.”与上层目录“.”v-l使用详细格式列表。将权限标示、硬件接数目、拥有者与群组名称、文件或目录大小及更改时间一并列出v-R递归处理，将指

8、定目录下的所有文件及子目录一并处理第28页，共147页，编辑于2022年，星期一Linux文件系统-通配符与多文件操作通配表达式通配表达式含义含义A*A*以以a a开头的所有文件开头的所有文件a-zA-a-zA-Z?Z?以以英英文文字字母母（大大小小写写）开开头头，文文件件名名称称长长度度为为4 4个字符的文件个字符的文件*.html*.html以以.html.html作后缀的文件作后缀的文件F012F012文文件件名名称称开开头头字字母母为为f f，名名称称长长为为2 2个个字字符符，第二个字符为第二个字符为0 0或或1 1或或2 2F1-9F1-9文文件件名名称称长长为为2 2个个字字符符

9、，以以f f开开头头，第第二二个个字字符是符是1919九个数字中的一个九个数字中的一个*全体文件全体文件?disk*?disk*文件名称的第二到第五个字符分别为文件名称的第二到第五个字符分别为diskdisk第29页，共147页，编辑于2022年，星期一v建立目录team02,并让全部人都有rwx的权限#lsteam01#mkdirm777team02#lsteam01team02第30页，共147页，编辑于2022年，星期一v目录team03下只有dir1目录，在删除dir1的同时也删除team03v#rmdirpteam03/dir1v#lsvteam01team02第31页，共147页，

10、编辑于2022年，星期一文件属性v文件操作相关命令观看文件名称列表，命令是ls显示一个文本文件的内容，命令是cat删除一个文件，命令是rm改变一个文件的名称，命令是mv复制文件，命令是cp第32页，共147页，编辑于2022年，星期一文件操作命令vcp复制文件或目录vmv移动文件和文件换名vrm删除文件或目录vln在文件间建立连接vfind查找特定的文件vtouch改变文件的时间参数第33页，共147页，编辑于2022年，星期一复制文件或目录命令cpvcp命令用来复制文件。在缺省的情况下，这个命令工作的时候不做任何显示；只有在出现一个错误情况的时候才显示状态信息。vcp源文件名目标文件名vcp

11、r源目录名目标目录名第34页，共147页，编辑于2022年，星期一v将file1,file2复制到team01目录里，再将team01目录复制到team02目录里。#cpfile1file2team01或#cpfile*team01#cprteam01team02第35页，共147页，编辑于2022年，星期一 移动/重命名文件命令mvvmv命令用来把文件从一个位置移动到另外一个位置,也可以从一个分区移动到另外一个分区。vmv源文件列表目标文件第36页，共147页，编辑于2022年，星期一v将文件file1改名为file#mvfile1filev将目录team01下的两个文件file1、file

12、2移到team02下。#lsteam01team02#mvteam01/file1file2/team02第37页，共147页，编辑于2022年，星期一删除文件或目录rmv从文件系统中删除文件及整个目录vrm选项文件列表v-r删除文件列表中的目录v-i指定交互模式。在执行删除前提示确认。v文件列表：希望删除的用空格分隔的文件列表，可以包括目录名第38页，共147页，编辑于2022年，星期一v删除一个文件file1#rmfile1v使用-i选项#rm-ifile1rm:removefile1?Y#第39页，共147页，编辑于2022年，星期一第40页，共147页，编辑于2022年，星期一在文件间

13、建立连接lnvln命令用来建立硬连接和符号连接。硬连接是一个文件的额外的名字，没有源文件，硬连接便不能存在。而对于符号连接，当原文件被删除后，符号连接仍然存在。vln选项源文件目标文件vln选项源文件列表目标目录 第41页，共147页，编辑于2022年，星期一v-s建立一个符号连接而不是硬连接v-d建立目录的硬连接v现有文件file1,file2与目录team01,欲在team02中建立起符号连接#lns/home/file1/home/file2/home/team01team02v设dir3是一个目录的符号连接，现在建立其硬连接dir4#lnddir3dir4第42页，共147页，编辑于2

14、022年，星期一 查找文件命令findvfind命令可以根据各种检索条件查找文件vfind路径表达式v路径：准备寻找文件所在的路径以及它的子路径，也可以是多个路径。v表达式：包含要搜索文件的条件，可以包含文件名、拥有者、最后修改时间等。第43页，共147页，编辑于2022年，星期一v-atimen至少n*24小时内没有访问过的文件v-ctimen至少n*24小时内没有修改过的文件v-aminnn分钟之前访问过的文件v-cminnn分钟之前修改过的文件v-empty文件为空v-namename指定要寻找的文件或目录的名称v-typex:以文件的类型作为寻找的条件。若x为“d”,则表示寻找目录；x

15、为“f”，表示寻找普通文件；x为“c”,表示寻找字符特殊设备；x为“b”,表示寻找特殊块设备；x为“p”，表示寻找命名管道；x为“l”,表示寻找符号连接；x为“s”，表示寻找套接字。第44页，共147页，编辑于2022年，星期一v如果想查找/home子目录中至少7天没有被访问过的文件，请使用下面的命令:#find/home-atime 7-printv如果想找出/usr/src子目录中名字为core的文件并删除它们，请使用下面的命令：#find/usr/src-name core-exec rm ;v如果想找出/home中以.jpg结尾并且长度超过100K的文件，请使用下面的命令：#find/

16、home-name *.jpg -size 100k第45页，共147页，编辑于2022年，星期一改变文件的时间参数touchv改变文件访问和修改时间，或用指定时间建立新文件。vtouch选项MMDDhhmmYY文件列表v-a只更改访问时间v-c若目标文件不存在，不建立空的目标文件第46页，共147页，编辑于2022年，星期一v使用不带参数的touch命令将文件的时间修改为当前时间#ls-rw-r-r-1rootroot37350Jan272003file1#touchfile1-rw-r-r-1rootroot37350Jan116:15file1v使用选项-t直接修改时间#toucht01

17、201500file1-rw-r-r-1rootroot37350Jan2015:00file1第47页，共147页，编辑于2022年，星期一文件显示命令vcat显示和合并文件vmore分屏显示文件vhead显示文件的前几行vtail显示文件的最后几行第48页，共147页，编辑于2022年，星期一显示和合并文件命令catv可以结合多个文件，并将它们的内容输出到标准输出设备。vcat选项文件列表v-b列出文件内容时，在所有非空白列之开头标上编号，从1开始累加v-E在每一列的最后标上“$”符号v-n列出文件内容时，在每一列之开头标上编号，从1开始累加第49页，共147页，编辑于2022年，星期一v

18、让cat指令从标准输入设备（如键盘）读取数据，转而输出至标准输出设备（如显示器）$cat执行指令，不加任何参数123键入任何文字后，按下回车键123系统回应一模一样的文字v利用特殊字符“”将名称为file1与file2的文件合并成一个文件file3：$catfile1file2file3若文件file3已经存在，则其内容会被覆盖过去；欲避免这种状况发生，可用“”代替“”，新的内容就会附加在原有内容之后，而不会覆盖它。第50页，共147页，编辑于2022年，星期一分屏显示文件命令morevmore可将文件内容显示于屏幕上，每次只显示一页。可以往下浏览，但无法向上浏览,less指令可以上下浏览。v

19、more选项文件名第51页，共147页，编辑于2022年，星期一v-指定每次要显示的行数v+/在文件中查找选项中指定的字符串，然后显示字符串所在该页的内容v+从指定的行数开始显示v-n每次只显示n行v-c不滚屏，在显示下一屏之前先清屏第52页，共147页，编辑于2022年，星期一v在文件file1中查找“123”字符串，然后从改页开始显示文件的内容：#more+/123file1v显示文件file1的内容，每10行显示一次，而且在显示之前先清屏。#morec10file1第53页，共147页，编辑于2022年，星期一显示文件的前几行命令headv在屏幕上显示指定文件的开头若干行。默认值是10行

20、。vhead选项文件名v-cN：显示前N个字节v-nN：显示前N行v#head5file第54页，共147页，编辑于2022年，星期一显示文件的最后几行命令tailv在屏幕上显示指定文件的末尾若干行。默认值是10行。vtail选项文件名v-cN：显示前N个字节v-nN：显示前N行v+N：从文件开头的第N行开始显示第55页，共147页，编辑于2022年，星期一比较文件内容命令vcomm比较两个已排过序的文件vdiff比较文件的差异第56页，共147页，编辑于2022年，星期一comm命令v用来对两个已排过序的文件进行逐行比较vcomm-123file1file2v-1不显示只在第一个文件里出现过

21、的行v-2不显示只在第二个文件里出现过的行v-3不显示在第一、第二个文件里都出现过的行第57页，共147页，编辑于2022年，星期一vfile1的内容如下：file2的内容如下：main()main()printf(“Hello!n”);printf(“Good!n”);v用comm命令对这两个文件进行比较只显示它们共有的行。#comm12file1file2main()第58页，共147页，编辑于2022年，星期一diff命令v比较两个文本文件，并显示它们的不同vdiff选项file1file2v-c输出格式是带上下文的三行格式v-Cn输出格式是带上下文的n行格式v-r两个文件都是目录时，递

22、归比较找到的各子目录第59页，共147页，编辑于2022年，星期一v输出的一般形式如下：n1an3,n4n1,n2dn3n1,n2cn3,n4va-附加d-删除c-修改vfile1的内容如下：file2的内容如下：1main()1main()223printf(“Hello!n”);3intn,m;44n=10;55printf(“%dn”,m=n*10);6第60页，共147页，编辑于2022年，星期一v输入命令v#difffile1file23,5c3,63printf(“Hello!n”);43intn,m;4n=10;5printf(“%dn”,m=n*10);6第61页，共147页，

23、编辑于2022年，星期一文件权限操作vchmod改变文件或目录的许可权限vchown改变文件的所有权vchgrp改变用户分组第62页，共147页，编辑于2022年，星期一文件的保护和权限rwx rwx rwxuser group others一个普通文件一个普通文件r=可以查看文件内容w=可以修改文件内容x=可以执行文件第63页，共147页，编辑于2022年，星期一一个路径r:可以查看文件夹下的文件w:可以在文件夹下创建和删除文件x:可以进入文件夹或者访问文件夹下的文件第64页，共147页，编辑于2022年，星期一user groupothers符号rwxrw-r-二进制1111101004+

24、2+14+2+04+0+0八进制764缺省的文件权限：file -rw-r-r-644directory drwxr-xr-x 755第65页，共147页，编辑于2022年，星期一改变文件属性命令chmodv用来改变文件或目录的权限vchmod选项模式文件列表第66页，共147页，编辑于2022年，星期一改变文件的权限 u=owner of the file g=owners group o=other users on the system +=add permissions -=remove permissions =clears permissions and sets to mode

25、specified第67页，共147页，编辑于2022年，星期一v使文件file在各个级别拥有所有权限#chmod777filev允许所有人读file,但只有拥有者能改变它#chmod644filev给所有人增加写权#chmoda+wfilev对组级和其他用户除去写权和读权#chmodo-wr,g-wrfilev建立其他用户的只读权#chmodo=rfile第68页，共147页，编辑于2022年，星期一改变文件的所有权命令chownvchown命令可以把一个文件的所有权修改为别人的。只有根用户能够进行这样的操作。vchmod选项用户文件列表v-v详细说明所有权的变化v-r递归改变目录及其内容的

26、所有权第69页，共147页，编辑于2022年，星期一改变用户分组命令chgrpvchgrp命令可以改变一个文件的用户分组设置情况vchgrp选项用户文件列表v-v详细说明文件所属的用户组的变化v-r改变本目录及其所有子目录中的文件所属的用户组第70页，共147页，编辑于2022年，星期一文件备份和压缩-tarv-c：建立新的备份档文件。v-d：将备份档文件与文件系统中的原始文件进行比较。v-r：向备份档文件追加文件。v-t：列出备份档文件中所含的文件。v-x：从备份档文件中解出文件。v-f：以文件方式，或使用某设备文件所对应的设备备份文件。v-M：使用分卷（例如多张软盘）的备份文件。v-v：在

27、处理过程中显示相关信息。v-w：进行每一步操作时用户需首先进行确认。v-W：备份后校验。v-z：带压缩的备份（gzip压缩）。第71页，共147页，编辑于2022年，星期一进程管理进程组件v重要的进程信息进程的地址空间映射。进程的状态。如睡眠状态、停止状态、可运行状态等。进程执行的优先级。进程已经使用的资源信息。进程的信号掩码。进程的属主。第72页，共147页，编辑于2022年，星期一进程管理进程组件vPID进程的ID号vPPID父PIDvUID和EUID实际用户ID和有效的用户ID第73页，共147页，编辑于2022年，星期一进程管理v查询进程信息psv启动进程v中止进程killvnohup

28、和后台执行nohup&nice第74页，共147页，编辑于2022年，星期一定时执行vat设定在当天12：30将/root/abc文件以电子邮件方式向用户h1、h2发送。可以输入：at12：30此时光标停在下一行，可以开始输入要定时执行的命令：cat/root/abc|mails“fileabc”h1h2如果还有其他命令，还可继续输入，最后以+d结束。系统回应：Job35willbeexcutedusing/bin/sh“35”是对应作业号，此处表示用户所提交的定时执行作业已被接纳，系统会在指定时间以/bin/sh为Shell执行该命令。第75页，共147页，编辑于2022年，星期一定时执行v

29、查看at状态at-lv要删除正待执行的一项作业atrv定时执行shellat-f第76页，共147页，编辑于2022年，星期一定时执行crontab每行包括一个和，表示在指定的时间将被执行，而则被空格或制表符分为5栏，分别为：分钟小时日月星期。例如：0,20,40 *1-5 ls l表示从周一到周五，每隔20分钟（实际上是每小时的正点、20分、40分）执行一次lsl命令，“*”表示“任何有效值”，同一栏中如果要指定多个值，则用“,”分隔。第77页，共147页，编辑于2022年，星期一vGNUvLinux下IDE的使用vLinux下使用GNUcc开发应用程序vLinux程序的调试vLinux下使

30、用RCS/CVS来管理源程序Linux程序设计基础第78页，共147页，编辑于2022年，星期一Linux的官方定义v“Linux是一种UNIX操作系统的克隆，它（的内核）由LinusTorvalds以及网络上组织松散的黑客队伍一起从零开始编写而成。Linux的目标是保持和POSIX的兼容。v“Linux具备现代一切功能完整的UNIX系统所具备的全部特征，其中包括真正的多任务、虚拟内存、共享库、需求装载、共享的写时复制程序执行、优秀的内存管理以及TCP/IP网络支持等。v“Linux的发行遵守GNU的通用公共许可证。v“Linux起初为基于386/486的PC机开发，但现在，Linux也可以运

31、行在DECAlpha、SUNSparc、M68000，以及MIPS和PowerPC等计算机上。”第79页，共147页，编辑于2022年，星期一GNUvGNU是GNUIsNotUNIX的递归缩写v是自由软件基金会的一个项目，该项目的目标是开发一个自由的UNIX版本，这一UNIX版本称为HURD。尽管HURD尚未完成，vGNU项目开发了许多高质量的编程工具:emacs、（gcc和g+），这些编译器可以在任何计算机系统上运行。v所有的GNU软件和派生工作均适用GNU通用公共许可证，即GPL。GPL允许软件作者拥有软件版权，但授予其他任何人以合法复制、发行和修改软件的权利。第80页，共147页，编辑于

32、2022年，星期一GNU与Linux的关系vLinux的开发使用了许多GNU工具。vLinux系统上用于实现POSIX.2标准的工具几乎都是GNU项目开发的。vLinux内核、GNU工具以及其他一些自由软件组成了人们常说的Linux：符合POSIX标准的操作系统Shell和外围工具。C语言编译器和其他开发工具及函数库。XWindow窗口系统。各种应用软件，包括字处理软件、图象处理软件等。其他各种Internet软件，如FTP服务器、WWW服务器等。关系数据库管理系统等。第81页，共147页，编辑于2022年，星期一GPL(GeneralPublicLicense)vGPL和软件是否免费无关，它

33、主要目标是保证软件对所有的用户来说是自由的。GPL通过如下途径实现这一目标：它要求软件以源代码的形式发布，并规定任何用户能够以源代码的形式将软件复制或发布给别的用户。它提醒每个用户，对于该软件不提供任何形式的担保。如果用户的软件使用了受GPL保护的任何软件的一部分，那么该软件就继承了GPL软件，并因此而成为GPL软件，也就是说必须随应用程序一起发布源代码。GPL并不排斥对自由软件进行商业性质的包装和发行，也不限制在自由软件的基础上打包发行其他非自由软件。第82页，共147页，编辑于2022年，星期一GPLv遵照GPL的软件并不是可以任意传播的，这些软件通常都有正式的版权，GPL在发布软件或者复

34、制软件时声明限制条件。但是，从用户的角度考虑，这些根本不能算是限制条件，相反用户只会从中受益，因为用户可以确保获得源代码。v假如准备以二进制的形式发布应用程序（像大多数商业软件那样），则必须确保自己的程序未使用GPL保护的任何软件。如果软件通过库函数调用而使用了别的软件，则不必受到这一限制。大多数函数库，受另一种GNU公共许可证，即LGPL的保护。第83页，共147页，编辑于2022年，星期一Linux的主要发行版除表中列出的发行版之外，还有大量的发行版存在，比如Slackware、OpenLinux、Mandrake等等。建议新手使用RedHatLinux或自己喜欢的某种本地化发行版。第84

35、页，共147页，编辑于2022年，星期一UNIX,GNU,Linux的关键人物及贡献vKenThompson,DennisRitchie：UNIX；60年代末vBrianKernighan,DennisRitchie：The C Programming Language；70年代末vRichardStallman：FSF，GNU，GPL，emacs，gcc；80年代中vAndrewS.Tanenbaum：MINIX，Operating Systems:Design and Implementation；80年代末，90年代初vLinusTorvalds：Linux；90年代vEricRaymo

36、nd：黑客文化简史，如何成为一名黑客，大教堂和市集，开拓智域，魔法大锅炉第85页，共147页，编辑于2022年，星期一Linux发展的重要里程碑v1990,LinusTorvalds首次接触MINIXv1991中,LinusTorvalds开始在MINIX上编写各种驱动程序等操作系统内核组件v1991底,LinusTorvalds公开了Linux内核v1993,Linux1.0版发行，Linux转向GPL版权协议v1994,Linux的第一个商业发行版Slackware问世v1996,美国国家标准技术局的计算机系统实验室确认Linux版本1.2.13（由OpenLinux公司打包）符合POSI

37、X标准v1999,Linux的简体中文发行版相继问世v2000中,LinuxWorldChina2000展览会召开，涌现大量基于Linux的嵌入式系统。第86页，共147页，编辑于2022年，星期一C语言编程风格v良好的编程风格可以增加代码的可读性，并帮助你理清头绪vWindows所推崇的匈牙利命名法比较复杂vC语言最初来自UNIX操作系统，与UNIX的设计原则一样，C语言被广泛认可和使用的一个重要原因是它的灵活性以及简洁性。v因此，在利用C语言编写程序时，始终应当符合其简洁的设计原则，而不应当使用非常复杂的变量命名方法。第87页，共147页，编辑于2022年，星期一缩进v缩进时，使用长度为8

38、个字符宽的Tab键。如果程序的缩进超过3级，则应考虑重新设计程序。v不应过分强调注释的作用，应尽量采用好的编码风格而不是添加过多的注释。第88页，共147页，编辑于2022年，星期一大括号位置v除函数的定义体外，应当将左大括号放在行尾，而将右大括号放在行首。函数的定义体应将左右大括号放在行首。intfunction(intx,inty)if(x=y).elseif(xy).else.return0;第89页，共147页，编辑于2022年，星期一命名v与Modula-2和Pascal程序员不同，C程序员不使用ThisVariableIsATemporaryCounter这样可爱的名字。v简洁！v

39、对变量名，不赞成使用大小写混写的形式，但鼓励使用描述性的名称；v不采用匈牙利命名法表示变量的类型；v采用短小精悍的名称表示局部变量；尽可能不用全局变量；v保持函数短小，从而避免使用过多的局部变量。第90页，共147页，编辑于2022年，星期一Linux上的C/C+编译器和调试器v运行gcc/egcsvgcc/egcs的主要选项vgdbvgdb的常用命令vgdb使用范例第91页，共147页，编辑于2022年，星期一运行gcc/egcsvLinux中最重要的软件开发工具是GCCvGCC是GNU的C和C+编译器v现在的GCC支持：c、c+、java、Fortranv例子gcchello.cohell

40、o./hello第92页，共147页，编辑于2022年，星期一多个文件v$gcc-ofactorialmain.cfactorial.c$./factorial5vFactorialof5is120.第93页，共147页，编辑于2022年，星期一gcc/egcs的主要选项第94页，共147页，编辑于2022年，星期一gdbvGNU的调试器称为gdb，该程序是一个交互式工具，工作在字符模式。v在XWindow系统中，有一个gdb的前端图形工具，称为xxgdb。vgdb是功能强大的调试程序，可完成如下的调试任务：*设置断点；*监视程序变量的值；*程序的单步执行；*修改变量的值。第95页，共147页

41、，编辑于2022年，星期一gdbv在可以使用gdb调试程序之前，必须使用-g选项编译源文件。v运行gdb调试程序时通常使用如下的命令：gdbprogname第96页，共147页，编辑于2022年，星期一gdb的常用命令第97页，共147页，编辑于2022年，星期一gdb使用范例上面这个程序非常简单，其目的是接受用户的输入，然后将用户的输入打印出来。该程序使用了一个未经过初始化的字符串地址string，因此，编译并运行之后，将出现SegmentFault错误：第98页，共147页，编辑于2022年，星期一用gdb查找错误第99页，共147页，编辑于2022年，星期一VIM编辑器编辑器vVI是Li

42、nux世界里最常用的全屏编辑器,VIM是其加强版。原意：visualinterfacev用户键入的内容会立即被显示出来vVI不是一个排版程序，不象Word或WPS那样可以对字体、格式、段落等其他属性进行编排，它只是一个文本编辑程序。第100页，共147页，编辑于2022年，星期一两种操作模式v命令模式：从键盘上输入的任何字符都被作为编辑命令来解释。v输入模式：从键盘上输入的所有字符都被插入到正在编辑的缓冲区中，被当作正文。只有在Insertmode下，才可以做文字输入，按ESC键可回到命令行模式第101页，共147页，编辑于2022年，星期一进入viv#vivifile“file”New fi

43、le第102页，共147页，编辑于2022年，星期一 退 出 viv:q 退出未被编辑过的文件v:q!强行退出vi v:x 存盘退出viv:wq 存盘退出vi第103页，共147页，编辑于2022年，星期一文本输入v按i切换进入插入模式insertmode，按“i”进入插入模式后是从光标当前位置开始输入文件；v按a进入插入模式后，是从目前光标所在位置的下一个位置开始输入文字；v按o进入插入模式后，是插入新的一行，从行首开始输入文字。第104页，共147页，编辑于2022年，星期一移动光标k-Ctrl+PCtrl+Nj+Backspaceh Spacel第105页，共147页，编辑于2022年，

44、星期一v移至行首：、0v移至行尾：$v移至指定行：行号G或v下移多少行行号Enterv移至指定列：列号|第106页，共147页，编辑于2022年，星期一文本删除1.删除字符vx或nx：从光标所在的位置删除一个或n个字符vX或nX：删除光标前的一个或n个字符第107页，共147页，编辑于2022年，星期一2.删除文本对象vdd：删除光标所在的行vD：删除从光标位置开始至行尾vdw：删除从光标位置至该词末尾的所有字符vd0：删除从光标位置开始至行首vd5G：将光标所在行至第5行删除第108页，共147页，编辑于2022年，星期一复原命令vu：如果插入后用此命令，就删除刚插入的正文；如果删除后用它，

45、则插入刚删除的正文。vU：把当前行恢复成它被编辑之前的状态第109页，共147页，编辑于2022年，星期一重复命令v.：重复实现刚才的插入命令或删除命令第110页，共147页，编辑于2022年，星期一屏幕命令v滚屏命令：Ctrl+U和Ctrl+D。分别向上和向下滚动半个窗口。v翻页命令：Ctrl+F和Ctrl+B。分别向前和向后翻页第111页，共147页，编辑于2022年，星期一要遵守的步骤提要：1.进入vi键入vi并按回车2.到输入模式按3.输入文本将文本键入缓冲区4.到命令模式按5.保存缓冲区到文件键入:wfile,并按回车6.退出vi键入:q,并按回车第112页，共147页，编辑于202

46、2年，星期一Linuxshell简介u什么是ShelluShell的主要版本uShell中的命令规则，路径和文件uShell中的命令补齐、别名功能和保留字uShell中的重定向和管道uShellScript简介第113页，共147页，编辑于2022年，星期一什么是Shellvshell是linux的一个外壳，它包在linux内核的外面，为用户和内核之间的交互提供了一个接口。当用户下达指令给操作系统的时候，实际上是把指令告诉shell，经过shell解释，处理后让内核作出相应的动作。而系统的回应和输出的信息也由shell处理，然后显示在用户的屏幕上.第114页，共147页，编辑于2022年，星期

47、一Shell中的二种命令v1.内建命令:v 包含在包含在shell自身当中的，在编写自身当中的，在编写shell的时的时候就已经包含在内了。比如候就已经包含在内了。比如cd，exit。查看。查看内建命令的方法可以使用内建命令的方法可以使用help命令。命令。v2.外部命令:v 是存放于文件系统某个目录下的具体的可是存放于文件系统某个目录下的具体的可执行程序，比如执行程序，比如cp就是在就是在/bin目录下的一个目录下的一个可执行文件，外部命令也可以是某些商业或可执行文件，外部命令也可以是某些商业或自由软件，如自由软件，如netscape.第115页，共147页，编辑于2022年，星期一用户工作

48、环境v环境变量:v对环境的设置可以通过给各种环境变量赋值来实现.每一种环境变量控制了一项工作环境的设置.vv不加任何参数直接使用set命令可以显示出用户当前所有环境变量的设置.vv路径路径路径路径PATHPATH是是是是shellshell的一个环境变量。的一个环境变量。的一个环境变量。的一个环境变量。vv 每种每种每种每种shellshell都有自己的配置文件，用户可以在配置文件里设置各种环境变量。环境变量都有自己的配置文件，用户可以在配置文件里设置各种环境变量。环境变量都有自己的配置文件，用户可以在配置文件里设置各种环境变量。环境变量都有自己的配置文件，用户可以在配置文件里设置各种环境变量

49、。环境变量的配置文件有系统环境配置文件和个人环境配置文件两种。的配置文件有系统环境配置文件和个人环境配置文件两种。的配置文件有系统环境配置文件和个人环境配置文件两种。的配置文件有系统环境配置文件和个人环境配置文件两种。v 第116页，共147页，编辑于2022年，星期一常用shell环境变量说明环境变量说明LOGNAME登陆名，也就是账户名PATH命令搜索路径PS1命令提示符PWD用户的当前目录SHELL用户的shell类型TERM终端类型HOME用户主目录的位置，通常是/home/用户名第117页，共147页，编辑于2022年，星期一环境设置文件有两种v1.系统环境配置文件:v/etc/pr

50、ofile和/etc/bashrcvprofile文件在每个用户登陆系统时都会被执行，把其中的设置加入到用户的环境中.vbashrc文件用于对subshell的环境进行设置。比如新启动了一个shell，此时启动的shell就是subshell，新的shell会从/etc/bashrc文件中读取环境配置.第118页，共147页，编辑于2022年，星期一环境设置文件有两种v2.个人环境配置文件:v系统环境配置文件对所有用户对会起作用，只有root用户才有权对其进行修改。普通用户如果想定制自己的工作环境。可以编辑自己的个人环境设置文件。个人环境设置文件主要有二个:v$HOME/.bash_profi