2015年pubmed数据库使用指南.ppt

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1、PubMed数据库数据库泰山医学院图书馆文献检索教研室泰山医学院图书馆文献检索教研室第五章第二节第五章第二节 本节重点重点：Basic search（基本检索）Advanced search（高级检索）Mesh search（主题词检索）难点 details按钮的功能 主题词检索(Mesh database)美国国立医学图书馆简介(National Library of Medicine,NLM)(National Library of Medicine,NLM)美国的三大国立图书馆之一，是美国医学、药理学、医药生物学与医药化学专业情报中心，也是世界上最大的医学图书馆。NLM外景 PubMed

2、PubMed是美国国立医学图书馆下属的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的、基于WWW的查询系统。网址：或者 http:/www.pubmed.govPubMed 网上更新速度是每周一次，目前收录2400多万篇文献。PubMed数据库收录的文献大多数原始语种也是英语，一般有英文摘要，5%文献有免费全文，大部分文献有全文链接。检索区检索区高级检索高级检索临床查询临床查询主题词数据库主题词数据库基本检索基本检索出版日期出版日期按出版日期排序按出版日期排序摘要格式显示二、高级检索（Advanced search）检索框检索框编辑框编辑框检索历史检索历史Pubmed中姓名表示外文作者：如：john

3、smith用 Smith Jau中文作者：胡大一 表示为 Hu DYau 或 Hu,Da yi fau Hu,Da-yi fau在pubmed检索你的名字，该如何拼写？期刊的表示外文期刊：直接输入期刊名，最好加上字段，如：Cellta中文期刊：用汉语拼音表示，注意专有名词要拼写在一起，例如中华内科杂志Zhonghua nei ke za zhita比如黑龙江医药Heilongjiang yi yaota地址或单位的表示用地址或单位的标准英语拼写举例：检索山东大学张运老师发表在中华心血管病杂志的文章点击点击三、主题词检索三、主题词检索点击所选主题词点击所选主题词选择需要的副主题词选择需要的副主题

4、词四、检索细节（Search details）作用：1.确定检索过程是否满意；2.如不满意，修改后进一步检索。检索：高血压的检索细节Lung cancer 的检索细节检索历史五、显示结果的处理五、显示结果的处理六、Pubmed的秘密两大特点词汇自动转换功能链接功能1、词汇自动转换功能、词汇自动转换功能（1）MeSH转换表转换表（MeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和全字段词进行检索。例如：键入“Pancreatic cancer”，键入“Pancreatic cancer

5、”，系统将其转换成：“pancreatic neoplasms”MeSH Terms OR(“pancreatic”All Fields AND“neoplasms”All Fields)OR pancreatic neoplasmsAll Fields OR(pancreaticAll Fields AND cancerAll Fields)OR pancreatic cancerAll Fields”2、刊名转换表刊名转换表包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写Journal Name”后进行检索。如：在检索提问框中键入：“

6、New England journal of medicine,PubMed将其转换为N Engl J MedJournal后进行检索。注意注意：中文版直接用汉语拼音表示，如：中华内科杂志表示为：中华内科杂志表示为：zhonghua nei ke za zhi.zhonghua nei ke za zhi.短语表（确定检索词是否为固定词组）作者索引外文作者：如：john smith用 Smith Jau中文作者：胡大一 表示为 Hu DYau 或表示为 Hu,Da yifau Hu,Da-yifau3、强制检索功能、强制检索功能在PubMed主页的检索提问框中键入一个短语后点击“search”

7、，系统会高速用自动转换功能查找到相应的匹配词后再进行检索；但是，当键入的词语无匹配词时，PubMed就会将键入的词语断开后再重复上述自动词汇转换过程，若仍然没有匹配词，系统就将短语分解成单词，再用AND联在一起在全部字段中检索。很明显，这样检索的结果是不符合用户要求的。因此，PubMed允许使用双引号（“”）来强制系统进行短语检索。例如，在PubMed主页的检索提问框中键入“Single cell”，并用双引号引起来，然后点击“Search”，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功能能。Single

8、 cell 的例子免费全文链接免费全文链接 PubMed系统为免费的全文设置 【Free Article】的相关超级链接七、七、PubMed数据库使用的运算符号数据库使用的运算符号1 截词符截词符*PubMed允允许许使使用用 号号作作为为截截词词符符进进行行截截词词检检索索。如如：键键入入“physi*”，系系统统会会找找到到那那些些前前一一部部分分是是physi的的单单词词（如如phsics，physical，physiology等等），并并对对其其分分别别进进行检索。行检索。截词功能只限于单词，对词组无效。截词功能只限于单词，对词组无效。使使用用截截词词检检索索功功能能时时，PubMed

9、系系统统会会自自动动关关闭词汇转换功能。闭词汇转换功能。2、强制检索符、强制检索符“”“”3 3、布尔逻辑运算符布尔逻辑运算符 运算符号AND、OR、NOT4.字段限定检索符号 例如：“zhang y”au扩充内容寻找相关文章PubMed检索时除了在自己数据库中检索之外还可以在其他数据库中做检索。例如：BioSystems、Books、Gene、Protein（蛋白质序列数据库、Nucleotide(核酸序列)数据库、OMIM(孟德尔人类遗传)数据库、Structure（分子结构模型）数据库和Genome(基因组序列)数据库。Clinical Queries（临床查询）专为临床医生设置，通过过

10、滤的方式专门搜索治疗、诊断、病原学、预后和临床医学指南5个范围的文献。Topic-Specific Queries（主题查询）可以按临床、主题、特殊期刊、其他特殊要求查询Pubmed 临床试验数据库检索词的选择检索词的选择 尽量使用主题词。尽量使用主题词。注意先组检索词的使用注意先组检索词的使用。在利用词表查词时要找全每个词的下位词有无此先组型词组。如“乳腺癌”(Breast Cancer)，应首先在MeSH中顺着“肿瘤”的下位词去找。必须注意，词表中的上下位词是按概念成族的。因此“乳腺癌”只能作为肿瘤的下位词出现，而不会作为“乳腺”的下位词。如果词表中有“乳腺癌”这一先组式主题词，就不应该用“Breast AND Cancer”或“Breast AND Neoplasms”的提问式来检索。选择规范的专业检索词。选择规范的专业检索词。不规范的检索词易造成误检、漏检甚至检索失败。如检索某细菌的“耐药性检测”的课题，如果用“drug tolerance AND detection”就会造成检索失败，因为“tolerance”是不规范的检索词,规范的专业检索词应该是“drug resistance”。My NCBI上机作业1 检索胰腺肿瘤方面的综述综述2 检索2006-2015年中华内科杂志被PUBMED收录的文献3 检索泰山医学院2000年至今被pubmed所收录的文献THANKS!