Gaussian 09 &GaussView5.0使用教程.ppt

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1、LOGOGaussian 09&GaussView5.0 GaussView与与GaussianGaussView是是Gaussian软件的图形用户界面；软件的图形用户界面；GaussView 5.0Gaussian 09GaussView 4.0GaussView 3.0Gaussian 03GaussView 2.0GaussView 1.0Gaussian 98GaussView与与GaussianGaussView 5.0完美的支持完美的支持Gaussian09：1.搭建或者导入分子结构，用以创建输入文件；搭建或者导入分子结构，用以创建输入文件；2.以图形化的方式自然直观的查看输出结果

2、；以图形化的方式自然直观的查看输出结果；3.绘制各种图谱；绘制各种图谱；4.即时提交和监控计算（需要本机装有即时提交和监控计算（需要本机装有Gaussian软件）软件）GaussView简介简介本章提纲：本章提纲：GaussView 的窗口组成的窗口组成 GaussView鼠标键盘操作鼠标键盘操作 构建构建工具面板工具面板【Builder】文件工具栏文件工具栏【File】坐标工具栏坐标工具栏【Coordinates】视图工具栏视图工具栏【View】文件窗口工具栏文件窗口工具栏【Windows】计算工具栏计算工具栏【Calculate】查看计算结果查看计算结果【Results】GaussView

3、 的窗口组成的窗口组成 独立工具条视图独立工具条视图-分子工具栏-计算工具栏-文件工具栏-坐标工具栏-视窗工具栏-文件窗口工具栏构建工具面板GaussView 的窗口组成的窗口组成1.主控窗口主控窗口含有菜单条和当前选择的分子碎片。含有菜单条和当前选择的分子碎片。2.各类工具各类工具 默认时，位于主控窗口的菜单条下面。这些工具可以被默认时，位于主控窗口的菜单条下面。这些工具可以被 分开，分开，也可按要求重新排列在主控窗口内。也可按要求重新排列在主控窗口内。3.各类对话窗口各类对话窗口对应于对应于 GaussView 的不同用途。的不同用途。4.一个或多个分子模型视窗一个或多个分子模型视窗5.控

4、制程序功能的各类预置参数控制程序功能的各类预置参数点击点击【File】【Preferences】GaussView鼠标键盘操作鼠标键盘操作鼠标的操作鼠标的操作1.在窗口内任意位置点击鼠标在窗口内任意位置点击鼠标左左键并按住，此时键并按住，此时移动鼠标，窗口内所有分子跟随转动。移动鼠标，窗口内所有分子跟随转动。2.在窗口内任意位置点击鼠标在窗口内任意位置点击鼠标右右键并按住键并按住上下移动鼠标：分子会放大缩小上下移动鼠标：分子会放大缩小左右移动鼠标：分子沿垂直屏幕的轴转动。左右移动鼠标：分子沿垂直屏幕的轴转动。3.在窗口内任意位置点击鼠标在窗口内任意位置点击鼠标中中键（或者滚轮）键（或者滚轮）并

5、按住，此时移动鼠标，屏幕内的所有分子将并按住，此时移动鼠标，屏幕内的所有分子将跟随平移。跟随平移。4.使用使用滚轮滚轮前后滚动，当前窗口内分子放大缩小。前后滚动，当前窗口内分子放大缩小。键盘与鼠标配合键盘与鼠标配合当窗口中有多个分子当窗口中有多个分子,只想转动或者移动其中一只想转动或者移动其中一个分子个分子,按住按住键盘键盘【Alt】键键1.用鼠标用鼠标左左键点击某个分子并按住，此时移动鼠标，只有键点击某个分子并按住，此时移动鼠标，只有被点击的分子会转动；被点击的分子会转动；2.用鼠标用鼠标中中键（或滚轮）点击某个分子并按住，移动鼠标，键（或滚轮）点击某个分子并按住，移动鼠标，只有被点击的分子

6、会跟随鼠标移动只有被点击的分子会跟随鼠标移动3.用鼠标用鼠标右右键分子点击某个分子并按住，左右移动鼠标，键分子点击某个分子并按住，左右移动鼠标，只有被点击的分子会沿一个垂直屏幕的轴转动；只有被点击的分子会沿一个垂直屏幕的轴转动；4.如果鼠标没有中键如果鼠标没有中键/滚轮，或者使用中失效的处理：滚轮，或者使用中失效的处理：按住按住【Alt】+【Shift】键，用鼠标键，用鼠标左左键点击你要转动的键点击你要转动的分子并按住，只有被点击的分子会跟随鼠标移动分子并按住，只有被点击的分子会跟随鼠标移动练习练习1使用刚才讲述的键盘鼠标操作知识使用刚才讲述的键盘鼠标操作知识将三个苯环摆到相互重叠的位置将三个

7、苯环摆到相互重叠的位置GV_exercise_1.gjf GV_exercise_1_OK.gjf调出独立的调出独立的Builder面板面板点击【View】菜单中的【Builder】即可调出独立的Builder面板，该面板是一个前置的面板，即始终显示在其它面板/窗口的上方，有利于全屏幕搭建分子时使用。构建构建工具面板工具面板【Builder】v元素工具元素工具工具栏工具栏“图钉图钉”“图钉图钉”未按未按下下选择了需要的元选择了需要的元素片断之后窗口素片断之后窗口会会关闭。关闭。“图钉图钉”已按已按下下选择了需要的元选择了需要的元素片断之后窗口素片断之后窗口不不关闭。关闭。环工具环工具1常见分子

8、片断和生物分子残基常见分子片断和生物分子残基v常见分子片断和生物分子残基自定义分子片断自定义分子片断键长、键角、二面角键长、键角、二面角图形显示中的化学键图形显示中的化学键n优化完了，用优化完了，用GaussView打开，发现键断了或者打开，发现键断了或者键级变了怎么办？键级变了怎么办？1.这是很正常的现象，图形界面中为了清晰显示，使用各这是很正常的现象，图形界面中为了清晰显示，使用各种球棒模型来表示原子和化学键，用棒的多少表示键级，种球棒模型来表示原子和化学键，用棒的多少表示键级，但真实的体系中只存在很小的原子核和它们周围相互重但真实的体系中只存在很小的原子核和它们周围相互重叠的电子云。叠的

9、电子云。2.GaussView的显示也只是经验性的，不能因为的显示也只是经验性的，不能因为GaussView显示了化学键就认为原子间成键，没有显示显示了化学键就认为原子间成键，没有显示就认为没有成键。就认为没有成键。3.建模时，你可以给离得很远的两个原子之间定义化学键，建模时，你可以给离得很远的两个原子之间定义化学键，使它们一起移动，也可以移除离得很近的的两个原子之使它们一起移动，也可以移除离得很近的的两个原子之间定义的化学键来调整员之间的相对位置。间定义的化学键来调整员之间的相对位置。练习练习2v通过转动二面角将全重叠式丁烷转成全交叉式通过转动二面角将全重叠式丁烷转成全交叉式GV_exerc

10、ise_2.gjf GV_exercise_2_OK.gjf全重叠式全重叠式 全交叉式全交叉式Builder面板一些图标的意义面板一些图标的意义选择所有的原子选择所有的原子不选择任何原子不选择任何原子选择单个原子选择单个原子选择多个原子选择多个原子查询查询重新键和重新键和添加一个键合原添加一个键合原子子(默认添加默认添加H)删除一个原子删除一个原子在质心添加一个原子在质心添加一个原子/碎片碎片GaussView 5.0新增功能新增功能例如例如,在在 C60 中所有原子的质心放置一个原子中所有原子的质心放置一个原子GaussView的三个层次视图的三个层次视图 分子集合分子集合-分子模型分子模型

11、-模型视图模型视图1.分子集合（分子集合（Molecular Group）2.分子模型（分子模型（Molecule）3.模型视图（模型视图（View）分子集合分子集合(Molecule Group)1.分子集合中可以包括一个或多个分子。分子集合中可以包括一个或多个分子。2.对于包括一个以上分子的分子集合，有两种显对于包括一个以上分子的分子集合，有两种显示模式示模式:单分子视图模式和多分子视图模式。单分子视图模式和多分子视图模式。3.单分子视图模式每次只显示单个分子，当前显单分子视图模式每次只显示单个分子，当前显示的分子编号显示在工具栏上，并可在单分子示的分子编号显示在工具栏上，并可在单分子视图

12、模式和多分子视图模式间切换。视图模式和多分子视图模式间切换。4.如果有多个窗口打开同一分子，可能涉及不同如果有多个窗口打开同一分子，可能涉及不同的观察视图。因此，可以按不同视图观察、显的观察视图。因此，可以按不同视图观察、显示同一分子的不同取向和不同性质。示同一分子的不同取向和不同性质。标题栏的识别信息标题栏的识别信息每个视图上的标题栏也显示当前分子集合、分子每个视图上的标题栏也显示当前分子集合、分子模型及模型视图的信息模型及模型视图的信息1.每一个分子集合用不同颜色加以区别，与某分子集合相关每一个分子集合用不同颜色加以区别，与某分子集合相关的其他视图都将采用与分子集合相同的图标颜色，即用颜的

13、其他视图都将采用与分子集合相同的图标颜色，即用颜色识别分子集合。色识别分子集合。2.除了颜色标识外，每个视图都通除了颜色标识外，每个视图都通“Group/Molecule/View”标识符进行唯一识别。标识符进行唯一识别。该标识符由分子集合该标识符由分子集合(G)、分子、分子编号编号(M)和视图编号和视图编号(V)组成。组成。3.分子集合中的每个分子从分子集合中的每个分子从1开始连续编号，如果某个分子开始连续编号，如果某个分子被从分子集合中删除，分子将重新编号以保持其连续性。被从分子集合中删除，分子将重新编号以保持其连续性。标题栏识别标题栏识别Group 3 Molecule 2 View 1

14、视图显示设置视图显示设置文件工具栏文件工具栏【File】1.从浏览器中拖入从浏览器中拖入GV窗口窗口可以次选择多个文件用鼠标可以次选择多个文件用鼠标左左键直接拖入键直接拖入GV窗口中，此窗口中，此时默认是为每个文件创建一个分子集合窗口；时默认是为每个文件创建一个分子集合窗口；用鼠标右键拖入用鼠标右键拖入GV窗口，松开右键时可以选择打开模式窗口，松开右键时可以选择打开模式每个文件一个每个文件一个分子集合分子集合所有文件做成所有文件做成一个分子集合一个分子集合用所有文件创用所有文件创建一个分子建一个分子File菜单：文件打开保存菜单：文件打开保存【New】新建分子模型，有两种创建形式：新建分子模型

15、，有两种创建形式：(1)(1)创建新的分子集合；创建新的分子集合；(2)(2)在当前分子集合中添加新的分子。在当前分子集合中添加新的分子。【Open】打开已有模型和其他输出文件打开已有模型和其他输出文件【Recent Files】快速打开最近打开过的文件；快速打开最近打开过的文件；【Related Files】快速打开与当前活动分子相关的文件快速打开与当前活动分子相关的文件【Refresh】从原始文件重新加载当前分子。从原始文件重新加载当前分子。【View File】打开计算结果文件打开计算结果文件【Results】打开当前模型分子的结果文件。打开当前模型分子的结果文件。【Save】保存分子，

16、将当前分子保存成输入文件。保存分子，将当前分子保存成输入文件。File菜单：其它功能菜单：其它功能【Print】命令或点击打印按钮进行打印。命令或点击打印按钮进行打印。【Save Image File】将当前视图窗口中的影像保存到一个外部影像文件中。将当前视图窗口中的影像保存到一个外部影像文件中。【Save Movie】用于保存当前分子集合中的不同帧作为一个电影文件。用于保存当前分子集合中的不同帧作为一个电影文件。【Preferences】指定指定GaussView的各项默认设置。的各项默认设置。剪切、复制、粘贴、删除剪切、复制、粘贴、删除n粘贴有三种方式：粘贴有三种方式：1.添加到同一个分子

17、集合中的新的分子添加到同一个分子集合中的新的分子2.替换当前视图中的分子（替换当前视图中的分子（不可不可恢复，慎重使用！）恢复，慎重使用！）3.附加到当前视图中附加到当前视图中n删除执行后删除执行后不可不可恢复，慎重使用！恢复，慎重使用！坐标工具栏坐标工具栏【Coordinates】n原子列表编辑器原子列表编辑器【Edit】【Atom List】连接关系编辑器连接关系编辑器【Edit】【Connection】冗余坐标编辑器冗余坐标编辑器【Edit】【Redundant Coordinates】点群对称性点群对称性【Edit】【Point group】n 有对称性的分子，在计算中使用对称性能有对

18、称性的分子，在计算中使用对称性能极大的提升计算速度。极大的提升计算速度。练习练习v从头构建二茂铁分子，并从头构建二茂铁分子，并将分子对称化到将分子对称化到D5d。推荐。推荐步骤如下：步骤如下：1.搭建茂环（搭建茂环（D5h C5H5）2.将搭建好的茂环将搭建好的茂环append一份到窗一份到窗口中，然后将两个茂环放置为堆积口中，然后将两个茂环放置为堆积状态，调整环间距离约状态，调整环间距离约3.3埃埃3.旋转其中一个环，使两个茂环处于旋转其中一个环，使两个茂环处于交叉构象，并使用点群对称化。交叉构象，并使用点群对称化。4.用在质心加入原子的方法加入铁原用在质心加入原子的方法加入铁原子并对称化。

19、子并对称化。5.调整键长到标准距离并定义联接关调整键长到标准距离并定义联接关系。系。目标键长目标键长RC-C=1.44RC-H=1.07RC-Fe=2.10GV_Exercise_3_OK.gjf分子轨道编辑器分子轨道编辑器【Edit】【MOs】要查看分子要查看分子轨道图形需轨道图形需要打开要打开chk或或者者fchk文件文件一些注意事项一些注意事项v连接编辑器连接编辑器使用鼠标也可对原子进行重排，其操作以参考原子为基础使用鼠标也可对原子进行重排，其操作以参考原子为基础进行进行:左键点击。指定点击原子为参考原子。左键点击。指定点击原子为参考原子。右键点击。点击原子与参考原子交换原子标签，该原子

20、右键点击。点击原子与参考原子交换原子标签，该原子成为新的参考原子。成为新的参考原子。v冗余坐标编辑器冗余坐标编辑器用于创建和编辑冗余坐标用于创建和编辑冗余坐标,冗余坐标常用于冗余坐标常用于Gaussian 优化优化或势能面扫描中。或势能面扫描中。v分子轨道编辑器分子轨道编辑器注意需从检查点文件中读入文件。注意需从检查点文件中读入文件。计算工具栏计算工具栏【Calculate】创建创建 Gaussian 作业作业【Calculate】【Gaussian Calculation Setup】【Job Type】选项卡选项卡【Method】选项卡选项卡【Title】选项卡选项卡【Link 0】选项卡

21、选项卡【General】和和【Guess】NBO、Solvation和和PBC7.【NBO】面板面板8.【Solvation】面板面板9.【PBC】面板面板为计算设置默认值为计算设置默认值【File】【Preferences】【Gaussian Setup】1.在在 Gaussian Calculation Setup 对话框的底部可以看到对话框的底部可以看到已有的计算方案。已有的计算方案。2.点击点击【Calculate】【Gaussian Calculation Scheme】,可弹出可弹出 Gaussian Calculation Schemes 窗口，从中选择窗口，从中选择要使用的计算

22、方案，并应用到当前分子中。要使用的计算方案，并应用到当前分子中。3.对于新分子，初始将采用对于新分子，初始将采用 Default 方案。但可以在如下方案。但可以在如下对话框中查看或修改各种已有方案的属性。对话框中查看或修改各种已有方案的属性。底部按钮说明底部按钮说明【Submit】使用当前输人文件运行使用当前输人文件运行 Gaussian 计算。计算。【Quick Launch】直接运行直接运行Gaussian 作业。作业。【Cancel】关闭对话框返回所有选项为默认值。关闭对话框返回所有选项为默认值。【Edit】使用外部文本编辑器直接编辑输入文使用外部文本编辑器直接编辑输入文件，未保存之前，

23、是不可直接编辑的。件，未保存之前，是不可直接编辑的。【Retain】关闭对话框，但输入文件不会被创建或关闭对话框，但输入文件不会被创建或更新，也不会提交更新，也不会提交 Gaussian 作业。作业。【Defaults】恢复所有的选项为默认值。恢复所有的选项为默认值。【Help】提供对话框的在线帮助。提供对话框的在线帮助。快速运行作业快速运行作业1.传统方法传统方法点点【Calculate】【Gaussian Calculation Setup】，然，然后在其中修改其作业选项，完成后点击后在其中修改其作业选项，完成后点击【Submit】按钮，按钮，并为要保存的输入文件指定文件名和文件位置。并为

24、要保存的输入文件指定文件名和文件位置。2.快速运行作业快速运行作业 点击点击【Calculate】【Gaussian Quick Launch】，或，或在工具栏的图标在工具栏的图标(Quick Launch)上点击右边的下上点击右边的下拉菜单，引出含有拉菜单，引出含有【Temp File】(从临时输入文件提交从临时输入文件提交计算计算 作业作业)、【Save File】(保存输入文件后提交计算作保存输入文件后提交计算作业业)以及以及【Save and Edit File】(保存并编辑后提交计算保存并编辑后提交计算作业作业)三项的子菜单。三项的子菜单。3.本机需要安装有本机需要安装有Gaussi

25、an09软件软件观察和控制计算观察和控制计算【Calculate】【Current Jobs】1.该窗口显示了当前正在运行的由该窗口显示了当前正在运行的由 GaussView 启动的所有计启动的所有计算作业算作业(只有本次只有本次 GaussView 启动以后的作业才会显示启动以后的作业才会显示)。2.这里显示的作业包括由这里显示的作业包括由 Gaussian 对话框提交的对话框提交的 Gaussian 作业、作业、GaussView 提交的输入文件编辑的提交的输入文件编辑的 Gaussian 作业作业以及为创建和显示表面而运行的以及为创建和显示表面而运行的 Cubegen 这类这类 Gaus

26、sianUtilities 作业。作业。查看查看 Gaussian 结果结果n显示结果数据摘要显示结果数据摘要1.【Results】【Summary】2.点击点击【Results】【View File】，或在上述对话，或在上述对话框中点击框中点击【View File】按钮，可打开该计算作业的按钮，可打开该计算作业的日志文件日志文件(*.log)显示原子电荷显示原子电荷【Results】【Charge Distribution】显示表面和等高线显示表面和等高线【Results】【Surfaces/Contours】一些例子一些例子分子轨道和静电势表面分子轨道和静电势表面一些例子一些例子 映射表面映射表面 轨道等高线轨道等高线显示振动模式及光谱等显示振动模式及光谱等【Results】【Vibrations】显示紫外可见光谱显示紫外可见光谱如果计算了分子的激发态，点击【Results】【UV-VIS】将显示由激发态计算的光谱。显示显示 NMR 光谱光谱 查看其他图形查看其他图形例如观察二变量扫描计算的三维图例如观察二变量扫描计算的三维图LOGO