MEGA5构建系统发育树.ppt

《MEGA5构建系统发育树.ppt》由会员分享，可在线阅读，更多相关《MEGA5构建系统发育树.ppt（13页珍藏版）》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。

1、实验五实验五 进化树分析进化树分析实验目的实验目的1.理解系统发育分析的基本原理2.学会使用MEGA5.1软件包构建系统发育树。实验原理系统发生树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法。（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。MEGA5MEGA5可以识别可以识别fastafasta格式文件格式文件将将重命名为重命名为17-RNASE1.fasta17-RNASE1.fasta选择打开方式为

2、选择打开方式为MEGA5，打开，打开17-RNASE1.fasta，自动跳，自动跳出序列窗口出序列窗口用用ClustalW做多序列联配做多序列联配ClustalW参数设置参数设置多序列联配后结果多序列联配后结果以以.meg格式保格式保存结果存结果回到回到MEGA主窗口主窗口打开所保存的文件（打开所保存的文件（.meg）点击按钮打开文件窗口点击按钮打开文件窗口显示保守位点显示保守位点 显示变异位点显示变异位点回到回到MEGA主窗口构建进化树主窗口构建进化树当前打开的文件当前打开的文件选择邻接法建树选择邻接法建树选择选择Bootstrap检验检验作业作业1.使用MEGA5.05软件包构建蛋白质进化树的具体使用顺序，并写出具体步骤。2.以下面的序列为材料构建系统进化树，并将进化树抓图。附序列：花生SAMDC蛋白质进化树分析，见SAMDC ms.txt文档。