《基因的重组与转移》PPT课件.ppt
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1、外源外源DNA载体载体DNA重组分子重组分子原核细胞原核细胞真核细胞真核细胞扩增或表达扩增或表达表达表达连接连接转化或转导转化或转导电穿孔或显微注射电穿孔或显微注射受体细胞受体细胞一、粘性末端的连接一、粘性末端的连接第一节第一节 DNA片段的体外连接片段的体外连接(一)同一种酶产生的黏性末端的连接(一)同一种酶产生的黏性末端的连接(二)不同种酶产生的黏性末端的连接(二)不同种酶产生的黏性末端的连接二、齐平末端(二、齐平末端(blunt end)的连接)的连接5端与端与3端并列靠近的时间太短,不容易端并列靠近的时间太短,不容易被连接酶连接。被连接酶连接。1.直接连接直接连接T4DNA连接酶虽然能
2、连接平末端,但连接酶虽然能连接平末端,但效率很低,只有粘性末端的效率很低,只有粘性末端的1%。55553333-OH-OH-P-PP-P-HO-HO-53-OH-PP-HO-531972年,斯坦福大学的年,斯坦福大学的P.Labban和和P.Kaiser提出。提出。(1)同聚加尾)同聚加尾 法法 2.人工加尾形成人工加尾形成“粘性末端粘性末端”DNA末端转移酶末端转移酶能在没有模板的情况下能在没有模板的情况下给给DNA的的3-OH端端加上脱氧核苷酸。加上脱氧核苷酸。原理:原理:分别给载体和插入片断加上分别给载体和插入片断加上互补的互补的核苷酸。核苷酸。加尾加尾碱基互补碱基互补缺点缺点:优点优点
3、:能把任何能把任何片段连接片段连接起来起来不能把不能把插入片插入片段再切段再切下来。下来。非酶切位点非酶切位点用用T4 DNA连接酶连到平端连接酶连到平端DNA上,然上,然后再用酶切,形成一个人工粘性末端。后再用酶切,形成一个人工粘性末端。(2)衔接物)衔接物(linker)连接连接 linker用化学合成法合成的一段用化学合成法合成的一段10-12bp的特定限的特定限制性内切酶识别位点序列的制性内切酶识别位点序列的平端双链平端双链。GGAATTCCCCTTAAGGEcoRI linker:linker的作用的作用 缺点:缺点:1)可以用内切酶把插入片段切下来。)可以用内切酶把插入片段切下来。
4、如果插入片段内部也有该酶位点,不能如果插入片段内部也有该酶位点,不能切下完整的插入片段切下完整的插入片段2)能给载体连接上)能给载体连接上Polylinker:优点:优点:(3)DNA接头接头(adapter)连接法连接法1978年康内尔大学的吴瑞教授发明。年康内尔大学的吴瑞教授发明。5p-GATCCCGG-OH3 GGCC-p5BamHI adapter用用T4DNA连接酶连到连接酶连到DNA分子的两分子的两端,直接成为人工粘性末端。端,直接成为人工粘性末端。adapter一头平末端、另一头粘性末端(某种酶一头平末端、另一头粘性末端(某种酶切位点序列)。切位点序列)。adapter的作用的作
5、用Blunt-ended DNA5p-GATCCCGG-OH3 HO-GGCC-p5BamHI adapterP-P5p-GATCCCGG-GGCC-CCGG-GGCCCTAG-P55p-GATCCCGG-GGCC-CCGGGGCCCTAG-P5CCGGGATCCCGG-OHGGCCCTAGGGCC-P5接头自我连接接头自我连接接头与接头会彼此以粘性末端接在一起,接头与接头会彼此以粘性末端接在一起,影响与影响与DNA片段的连接。片段的连接。优点:优点:连上后就能用。连上后就能用。缺点:缺点:先用小牛肠先用小牛肠碱性磷酸酶碱性磷酸酶(CIP)处理接头,)处理接头,水解掉其水解掉其5端的磷酸,防止
6、自我连接。端的磷酸,防止自我连接。(以后再用(以后再用T4多核苷酸激酶多核苷酸激酶加上磷酸。)加上磷酸。)防止自我连接防止自我连接5p-GATCCCGG-OH HO-GGCC-P P-CCGG-OHHO-GGCCCTAG-P5 CCGGGATCCCGG-OHHO-GGCCCTAGGGCC5接头之间不能形成磷酸二酯键自我连接!接头之间不能形成磷酸二酯键自我连接!5GATCCCGG-OH HO-GGCC5 5CCGG-OHHO-GGCCCTAG5CIP处理处理-OHHO-Blunt-ended DNA5p-GATCCCGG-OH3 HO-GGCC-p5BamHI adapterP-P 5GATCC
7、CGG-HO-GGCC CCGG-OH-GGCCCTAG55GATCCCGG-OH3 HO-GGCC5缺口缺口缺口缺口HO-OHCIP处理处理T4 ligase虽然有缺口,但仍然能与虽然有缺口,但仍然能与DNADNA片断连接。片断连接。三、三、PCR产物的连接产物的连接1.在引物的在引物的5端设计酶切位点端设计酶切位点符合载体的多克隆位点;符合载体的多克隆位点;(1)设计原则)设计原则(2)带酶切位点的引物的结构)带酶切位点的引物的结构3端端1520bp与模板互补;与模板互补;5端端610bp是某个内切酶的识别序列。是某个内切酶的识别序列。(5端多余的端多余的35bp属属保护碱基保护碱基)避免
8、与所扩增的避免与所扩增的DNADNA片断内部酶切位点重复。片断内部酶切位点重复。引物引物1GCAGAATTC互补序列互补序列模板模板EcoRI位点位点5-3GCAGAATTC 互补序列互补序列5-33模板模板GCAGAATTC 互补序列互补序列 PCR产物产物5-33复性复性延伸延伸模板模板模板模板33GCTAGCCGG互补序列互补序列模板模板BamH I 位点位点-53-5复性复性延伸延伸模板模板模板模板33GCTAGCCGG互补序列互补序列-53-模板模板5GCTAGCCGGPCR产物产物 互补序列互补序列-53-引物引物2带酶切位点的带酶切位点的PCR产物产物GCAGAATTC PCR产
9、物产物5-3GCTAGCCGGPCR产物产物-53-CGTCTTAAGCGATCGGCCEcoRI位点位点BamHI位点位点AATTC PCR产物产物5-3GCTAGPCR产物产物-53-GCEcoRI BamHI两头各有一个粘性末端!两头各有一个粘性末端!2.与与T载体直接连接载体直接连接(1)PCR产物两个产物两个3端一般都有一个端一般都有一个ATaq DNA聚合酶的特性:在聚合酶的特性:在DNA双双链的链的3端再加上一个多余的核苷酸端再加上一个多余的核苷酸(优先加(优先加A)。)。(2)T载体的两个载体的两个3端人为地各加一个端人为地各加一个T利用利用Taq DNA聚合酶,当原料中只聚合
10、酶,当原料中只有有dTTP时,被迫在平端载体上添加时,被迫在平端载体上添加T!AAdNTPTTdTTPTaq DNA聚合酶聚合酶载体载体PCR产物产物TATA四、四、DNA体外连接应注意的事项体外连接应注意的事项1.插入片断与载体的酶切位点互补插入片断与载体的酶切位点互补相同的粘性末端才能有效地连接。相同的粘性末端才能有效地连接。尽量避免平端连接。尽量避免平端连接。决不能进行非粘性末端连接。决不能进行非粘性末端连接。EcoRIEcoRIEcoRI(1)用相同的酶切)用相同的酶切(2)用同尾酶切)用同尾酶切BamHI、BclI、BglII、Sau3AI、XhoII都产生都产生GATC4个碱基的粘
11、性末端。个碱基的粘性末端。2.DNA插入的方向正确插入的方向正确用双酶切用双酶切由于产生的粘性末端不同,只能以由于产生的粘性末端不同,只能以固定方向连接。固定方向连接。EcoRIBamHIEcoRIBamHIEcoRIBamHI3.插入基因的开放阅读框(插入基因的开放阅读框(ORF)正确)正确(1)DNA定向插入定向插入(2)起始密码)起始密码尤其当尤其当载体上有载体上有ATG起始密码的时起始密码的时候,更要注意。候,更要注意。ATGGAATTC载体载体ATGCGGAATTCT插入片断插入片断EcoRIEcoRIATGGAATTC T重组重组但移码突变!但移码突变!4.防止载体自身环化连接防止
12、载体自身环化连接(1)提高插入片断的用量)提高插入片断的用量连接反应体系中,插入片断比载体多连接反应体系中,插入片断比载体多10倍以上。倍以上。(2)用碱性磷酸酶处理载体)用碱性磷酸酶处理载体载体切口的载体切口的5磷酸被除去,不能自我连磷酸被除去,不能自我连接。但可以与插入片断以单链连接。接。但可以与插入片断以单链连接。53载体载体插入片断插入片断1.载体自身环化连接(能存活)载体自身环化连接(能存活)2.载体之间互相连接(能存活)载体之间互相连接(能存活)3.插入片段互相连接(不能存活)插入片段互相连接(不能存活)4.一个载体与几个插入片段重组(能存活)一个载体与几个插入片段重组(能存活)五
13、、载体和外源五、载体和外源DNA插入片段的连接结果插入片段的连接结果5.几个载体与一个插入片段重组(能存活)几个载体与一个插入片段重组(能存活)1.目的目的增加受体菌增加受体菌细胞膜的通细胞膜的通透性。透性。第二节第二节 重组体导入细菌细胞重组体导入细菌细胞一、感受态大肠杆菌的制备一、感受态大肠杆菌的制备使用丧失了使用丧失了限制体系限制体系的大肠杆菌。的大肠杆菌。如如K12系列的大肠杆菌。系列的大肠杆菌。2.菌种菌种用用CaCl2处理大肠杆菌,能增加膜的通透性。处理大肠杆菌,能增加膜的通透性。3.制备原理制备原理4.制备过程制备过程培养大培养大肠杆菌肠杆菌OD600On ice 5-10 mi
14、n4离心离心收集菌收集菌用冰冷的用冰冷的60mMCaCl2重悬重悬4离心离心收集菌收集菌4离心离心收集菌收集菌分装、分装、-70 冻存冻存用冰冷的用冰冷的60mMCaCl2重悬重悬On ice 30 min用冰冷的用冰冷的60mMCaCl2重悬重悬二、重组二、重组DNA导入大肠杆菌导入大肠杆菌(1)转化()转化(transformation)大肠杆菌捕获大肠杆菌捕获质粒质粒DNA的过程。的过程。(2)转染()转染(transfection)大肠杆菌捕获大肠杆菌捕获噬菌体噬菌体DNA的过程。的过程。1.外源外源DNA导入细菌的几种方法导入细菌的几种方法(3)转导()转导(transduction
15、)借助借助噬菌体噬菌体把外源把外源DNA导入细菌的过程。导入细菌的过程。3.转化方法转化方法 2.转化率转化率简单简单,但转化效率不高(,但转化效率不高(106-108/gDNA)。)。(1 1)热休克法()热休克法()热休克法()热休克法(heat shockheat shock)转化效率高(高于转化效率高(高于109/gDNA)。)。(2 2)电转化法)电转化法)电转化法)电转化法n n转化率是指转化率是指转化率是指转化率是指DNADNA分子转化受体菌获得转化子的效率,有两种表示方式:分子转化受体菌获得转化子的效率,有两种表示方式:分子转化受体菌获得转化子的效率,有两种表示方式:分子转化受
16、体菌获得转化子的效率,有两种表示方式:n n一是以转化子数与用于转化处理的一是以转化子数与用于转化处理的一是以转化子数与用于转化处理的一是以转化子数与用于转化处理的DNADNA分子数或质量的比率表示;分子数或质量的比率表示;分子数或质量的比率表示;分子数或质量的比率表示;n n二是以转化子数与用于转化处理的受体细胞数的比率表示。二是以转化子数与用于转化处理的受体细胞数的比率表示。二是以转化子数与用于转化处理的受体细胞数的比率表示。二是以转化子数与用于转化处理的受体细胞数的比率表示。n n用每单位质量的用每单位质量的用每单位质量的用每单位质量的DNADNA分子获得的转化子数来表示,难以反映分子大
17、小与分子获得的转化子数来表示,难以反映分子大小与分子获得的转化子数来表示,难以反映分子大小与分子获得的转化子数来表示,难以反映分子大小与转化率之间的关系。转化率之间的关系。转化率之间的关系。转化率之间的关系。10ng载载体体DNA100 L感感受态菌受态菌On ice混混合,静置合,静置10分钟分钟42C 1分钟分钟加入加入1mL LB培养基培养基37摇摇1小时小时10-100 L转化转化液涂含抗菌素液涂含抗菌素的平板的平板吸附吸附DNA摄入摄入DNA(1)热休克法)热休克法LB培养受体菌至培养受体菌至OD600冰浴冰浴15分钟,分钟,2C离心集菌离心集菌冰冷的水冰冷的水重悬菌体重悬菌体2C离
18、心离心集菌集菌冰冷的水冰冷的水重悬菌体重悬菌体2C离心离心收集菌体收集菌体少量冰冷少量冰冷的水重悬的水重悬分装成分装成50-300 L电转仪调为电转仪调为2.5kV,25 F脉冲控制器脉冲控制器200-400 0.5 g质质粒粒DNAOn ice混合混合加入加入1mLSOC培养液培养液37C中速震中速震荡荡60分钟分钟10-100 L转化液涂转化液涂含抗菌素的平板含抗菌素的平板转化转化(2)电转化法)电转化法4.平板培养平板培养基培养细菌基培养细菌10-100 L转转化液化液涂于含抗涂于含抗菌素的平菌素的平板板37过夜过夜5.影响转化率的因素影响转化率的因素(1)(1)分子质量较小的重组质粒分
19、子质量较小的重组质粒分子质量较小的重组质粒分子质量较小的重组质粒DNADNA分子转化率较高,分子转化率较高,分子转化率较高,分子转化率较高,分子质量分子质量分子质量分子质量较大的重组质粒较大的重组质粒较大的重组质粒较大的重组质粒DNADNA分子转化率较低,对于大于分子转化率较低,对于大于分子转化率较低,对于大于分子转化率较低,对于大于15kb15kb的重组的重组的重组的重组质粒则很难进行转化。质粒则很难进行转化。质粒则很难进行转化。质粒则很难进行转化。(2)(2)组成重组组成重组组成重组组成重组DNADNA分子的载体类型及其构型。分子的载体类型及其构型。分子的载体类型及其构型。分子的载体类型及
20、其构型。与受体细胞亲和与受体细胞亲和与受体细胞亲和与受体细胞亲和性性性性较强的质粒载体转化率要高于亲和性较弱的质粒载体,而较强的质粒载体转化率要高于亲和性较弱的质粒载体,而较强的质粒载体转化率要高于亲和性较弱的质粒载体,而较强的质粒载体转化率要高于亲和性较弱的质粒载体,而处于处于处于处于自然双螺旋闭环结构的质粒载体自然双螺旋闭环结构的质粒载体自然双螺旋闭环结构的质粒载体自然双螺旋闭环结构的质粒载体比开环结构、成线性结比开环结构、成线性结比开环结构、成线性结比开环结构、成线性结构的质粒载体有更高的转化率。构的质粒载体有更高的转化率。构的质粒载体有更高的转化率。构的质粒载体有更高的转化率。(3)(
21、3)重组重组重组重组DNADNA分子的浓度和纯度。分子的浓度和纯度。分子的浓度和纯度。分子的浓度和纯度。在在在在10ng10ng100u1100u1以下的以下的以下的以下的DNADNA浓度范围内,转化效率与浓度范围内,转化效率与浓度范围内,转化效率与浓度范围内,转化效率与DNADNA分子数成正比关系。分子数成正比关系。分子数成正比关系。分子数成正比关系。生长状态生长状态制备感受态菌必须使用对数生长期的菌。制备感受态菌必须使用对数生长期的菌。必须在冰冷的条件下制备。必须在冰冷的条件下制备。要充分,使细菌细胞膜失去一些蛋白。要充分,使细菌细胞膜失去一些蛋白。储存感受态菌要在储存感受态菌要在-70以
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