科内培训基因变异的表述方法专业知识讲座课件.ppt

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1、KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。上集回顾上集回顾 DNA的化学的化学结构构。查找序列找序列。正正义链和反和反义链。碱基碱基书写写顺序。序。mRNA和前体和前体mRNA。外外显子和内含子。子和内含子。CDS和和UTR。外外显子子 Coding DNA。全基因突全基因突变、热点突点突变和已知突和已知突变。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站

2、删除。HGVSHGVS规范了基因及蛋白的变异表述规范了基因及蛋白的变异表述http:/www.hgvs.org/mutnomen/表述不表述不统一将造成一将造成互相理解互相理解障碍障碍KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。“突变突变”与与“多态性多态性”的不同的不同Mutation突突变Change 改改变（罕（罕见的）的）Disease-causing change 致病改致病改变 Polymorphism多多态性性Change in 1%in populatio

3、n人人类群体中大于群体中大于1%的改的改变Not disease causing change不致病的改不致病的改变KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。建议使用的词语建议使用的词语Mutation突突变Polymorphism多多态性性负面面正面正面建建议使用使用中性中性词Variant/Alteration变异异CNV 拷拷贝数数变异异SNV（Not SNP）单核苷酸核苷酸变异异KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信

4、息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。“指南指南”的定义的定义测序技序技术的个体化医学的个体化医学检测应用技用技术指南（指南（试行）行）国家国家卫生生计生委个体化医学生委个体化医学检测技技术专家委家委员会制定会制定KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。PGMPGM中的中的VariantVariantKG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模

5、仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。VariantCallerVariantCaller的导出结果的导出结果写成写成“SNV”为好好KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。报告有待规范报告有待规范写成写成“变异异”为好好KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。规范的基因名称规范的基因名称-1-1网址：网址：www.genenames.

6、orgwww.genenames.org或搜索引擎搜索关键词或搜索引擎搜索关键词“HGNC geneHGNC gene”KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。规范的基因名称规范的基因名称-2-2KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。参考序列出处参考序列出处-1-1基因的核酸信息包括染色体基因基因的核酸信息包括染色体基因组DNA序列和序列和

7、mRNA序列，核酸序列，核酸信息参考信息参考NCBI GenBank核酸序列数据核酸序列数据库参考序列（参考序列（Reference Sequence，RefSeq）。基因）。基因组DNA序列序列GenBank注册号前面用注册号前面用NT、NC或或AC加下划加下划线进行行标注，其中以注，其中以“NT_”标注的序列注的序列为BAC克隆或克隆或鸟枪测序法序法获得的不完整的基因得的不完整的基因组测序序列。如序序列。如10号染色体上的片段号染色体上的片段NT_030059，同一序列号有不同的版本号，同一序列号有不同的版本号时，后面用点加版本号表示，后面用点加版本号表示，如如NT_030059.14。成

8、熟。成熟mRNA转录本序列的注册号前用本序列的注册号前用NM加下划加下划线（NM_）进行行标注。微小注。微小RNA（microRNA，miRNA）的核酸序列信）的核酸序列信息参考息参考miRBase序列数据序列数据库，miRNA前体序列前用前体序列前用“MI”标注，注，miRNA的成熟体序列前用的成熟体序列前用“MIMAT”标注。注。测序技序技术的个体化医学的个体化医学检测应用技用技术指南（指南（试行）行）国家国家卫生生计生委个体化医学生委个体化医学检测技技术专家委家委员会制定会制定KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学

9、依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。参考序列出处参考序列出处-2-2 美国国立生物技美国国立生物技术信息中心（信息中心（NCBI）收）收录的参考序列的参考序列编码具有具有权威性及唯一性。其中前威性及唯一性。其中前缀“NM_”表示表示为mRNA序列，序列，“NP_”表示多表示多肽序序列，列，“NG_”表示基因表示基因组序列。基因序列。基因组参考序列参考序列应列出完整基因序列，包列出完整基因序列，包括括5以及以及3非非编码区（区（UTR）。当使用某段）。当使用某段编码DNA参考序列描述突参考序列描述突变时，应选择合适的合适的转录体，且体，且转录体的起始体的起始转录点点应当明确，

10、例如当明确，例如选择最常最常见的的转录体，或者是已知的最大体，或者是已知的最大转录体，或者具有体，或者具有组织特异性的特异性的编辑转录体。体。当某一参考序列具有多种当某一参考序列具有多种转录方式方式时，选择NCBI数据数据库里里注注释最全面的版本。最全面的版本。肿瘤个体化瘤个体化检测治治疗指南（指南（试行）行）国家国家卫生生计生委个体化医学生委个体化医学检测技技术专家委家委员会制定会制定KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。参考序列出处参考序列出处-HGVS-HGV

11、S有不同看法有不同看法HGVS建建议使用使用LRG（Locus Reference Genomic）序列作）序列作为首首选参考序列。参考序列。如果如果该基因没有基因没有LRG序列，序列，则采用采用RefSeq作作为参考序列。参考序列。HGNC的页面KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。LRGLRG序列的序列的webweb页面页面点点击这些些绿色的色的+号得到有意思的内容号得到有意思的内容KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供

12、的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。前缀前缀应指出突变位于哪种序列中应指出突变位于哪种序列中“g.g.”表示基因组序列，如表示基因组序列，如g.476ATg.476AT。“c.c.”表示表示Coding DNACoding DNA（编码（编码DNADNA）序列，如）序列，如c.76ATc.76AT。“m.m.”表示线粒体表示线粒体DNADNA序列，如序列，如m.8993TCm.8993TC。“r.r.”表示表示RNARNA序列，如序列，如r.76aur.76au。“n.n.”表示非编码表示非编码RNARNA序列。序列。“p.p.”表示蛋白质序

13、列，如表示蛋白质序列，如p.Lys76Asnp.Lys76Asn。对于于DNA变异的表述，异的表述，“c.”优于于“g.”直直观地得知地得知该变异点在外异点在外显子上子上还是内含子上，会不会造成氨基酸是内含子上，会不会造成氨基酸编码改改变，与表型，与表型联系起来。系起来。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。序列位置编号序列位置编号-1-1基因组、线粒体基因组、线粒体DNADNA、RNARNA、非编码、非编码RNARNA、蛋白序列：、蛋白序列：以参考序列的第一个碱基

14、或氨基酸确立为以参考序列的第一个碱基或氨基酸确立为1 1，直接数其在对应参考序列，直接数其在对应参考序列中的位置即可。中的位置即可。如：如：g.476g.476，m.9222m.9222，p.76p.76。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。序列位置编号序列位置编号-2-2Coding DNACoding DNA（编码（编码DNADNA）序列：）序列：将将Coding DNACoding DNA看成连续的（排除内含子间隔），以起始密码子看成连续的（排除内含子间隔）

15、，以起始密码子ATGATG的第一个碱基的第一个碱基A A确立为确立为1 1，以终止密码子的最后一个碱基确立为结束，以终止密码子的最后一个碱基确立为结束N N。若碱基在。若碱基在Coding DNACoding DNA范围内，则其位置为范围内，则其位置为1N1N区间内的自然数，如区间内的自然数，如c.112c.112。起始密码子起始密码子ATGATG的上游的第一个碱基确立为的上游的第一个碱基确立为-1-1，一直向，一直向55端推移编号为端推移编号为-2-2、-3-3，整，整个个5UTR5UTR区域位置均为负数表示，如区域位置均为负数表示，如c.-72c.-72。没有没有“0 0”碱基。碱基。终止

16、密码子下游的第一个碱基确立为终止密码子下游的第一个碱基确立为*1*1，一直向，一直向33端推移编号为端推移编号为*2*2、*3*3，整个，整个3UTR3UTR区域位置均为区域位置均为“*自然数自然数”表示，如表示，如c.*85c.*85。对于内含子起始片段内的位点，以上一外显子最后一个碱基的位置、加号和距离这个碱对于内含子起始片段内的位点，以上一外显子最后一个碱基的位置、加号和距离这个碱基的位置表示，如基的位置表示，如c.77+1c.77+1；对于内含子末端的位置，以下一外显子第一个碱基的位置、减；对于内含子末端的位置，以下一外显子第一个碱基的位置、减号和距离这个碱基的位置表示，如号和距离这个

17、碱基的位置表示，如c.77-2c.77-2。“+”和和“-”的分界线需谨慎决定。的分界线需谨慎决定。5UTR5UTR若有内含子，内含子上的碱基位置以若有内含子，内含子上的碱基位置以“-23+1,-23+2,.,-22-2,-22-1-23+1,-23+2,.,-22-2,-22-1”形式形式表示；表示；3UTR 3UTR若有内含子，内含子上的碱基位置以若有内含子，内含子上的碱基位置以“*“*154+1,*154+2,.,*155-2,154+1,*154+2,.,*155-2,*155-1*155-1”形式表示。形式表示。不建议使用不建议使用c.IVS1+1Gc.IVS1+1G，c.IVS1-

18、2Gc.IVS1-2G形式的表示（形式的表示（IVSIVS：intervening sequence intervening sequence）。原因：外显子）。原因：外显子/内含子的编号比内含子的编号比Coding DNACoding DNA编号更易引起混乱。编号更易引起混乱。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。序列位置编号序列位置编号-列表举例列表举例KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科

19、学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。c.171c.171c.247c.247c.246c.246c.312c.312序列位置编号序列位置编号-外显子外显子&内含子举例内含子举例c.246+6c.246+6c.247-4c.247-4KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。序列位置编号序列位置编号-5-5端举例端举例c.-26c.-26c.-25-6c.-25-6c.-25c.-25c.1c.1KG Diagnostics Confidential

20、文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。变异的表述总体规范变异的表述总体规范-1-1“”“”（英文输入法的大于号）表示碱基替换，如（英文输入法的大于号）表示碱基替换，如c.76ATc.76AT。“_”“_”（英文输入法的下划线，不是中划线）表示从起始位置编号到终止位置编号范围的受到影响，如（英文输入法的下划线，不是中划线）表示从起始位置编号到终止位置编号范围的受到影响，如c.76_78delc.76_78del。“del”“del”表示缺失，如表示缺失，如c.76delAc.76delA。“dup”“dup”表示重复，如

21、表示重复，如c.8dupGc.8dupG（不是（不是c.8_9insGc.8_9insG，重复和插入的定义不同，见后）。，重复和插入的定义不同，见后）。“ins”“ins”表示插入，如表示插入，如c.76_77insGc.76_77insG。“delinsdelins”表示同时有缺失和插入，如表示同时有缺失和插入，如c.112_117delinsTGc.112_117delinsTG。“inv”“inv”表示倒位，如表示倒位，如c.76_83invc.76_83inv。“con”“con”表示转换，如表示转换，如c.123_678conNM_004006.1:c.123_678c.123_67

22、8conNM_004006.1:c.123_678。“fsfs”表示移码（表示移码（frame shiftframe shift），变异导致在），变异导致在起始密码子和终止密码子之间起始密码子和终止密码子之间的开放阅读框发生改变，的开放阅读框发生改变，如如p.Arg97Profsp.Arg97Profs*2323。“extext”表示延伸（表示延伸（extensionextension），变异发生在），变异发生在起始密码子或终止密码子上起始密码子或终止密码子上，导致氨基酸序列较之原序，导致氨基酸序列较之原序列变长了。如列变长了。如p.Met1ValextMet-12p.Met1ValextMe

23、t-12。“()()”（英文输入法的圆括号）表示发生变异的具体位置（英文输入法的圆括号）表示发生变异的具体位置不确定不确定，如，如c.(67_70)insGc.(67_70)insG，但是圆括号内的，但是圆括号内的位置范围要尽可能缩到最小。位置范围要尽可能缩到最小。“”“”（英文输入法的方括号）表示发生在某个等位基因上，如（英文输入法的方括号）表示发生在某个等位基因上，如c.76ATc.76AT；或者；或者已确定的数量已确定的数量，如，如c.123_1244c.123_1244。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据

24、，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。变异的表述总体规范变异的表述总体规范-2-2DNADNA：前缀（：前缀（c.c.）+位置编号（位置编号（7676）+参考序列碱基（参考序列碱基（A A）+变化（变化（）+改变后的改变后的碱基碱基（如果有）（如果有）（T T）：）：c.76ATc.76AT。碱基以大写字母表示，包括碱基以大写字母表示，包括A A、T T、G G、C C、Y Y、R R、W W等。等。RNARNA：前缀（：前缀（r.r.）+位置编号（位置编号（3939）+参考序列碱基（参考序列碱基（a a）+变化（变化（）+改变后的改变后的碱基碱基（如果有）（如果有）（u u）：

25、）：r.39aur.39au。碱基以小写字母表示，包括碱基以小写字母表示，包括a a、u u、g g、c c、y y、r r、w w等。等。蛋白：前缀（蛋白：前缀（p.p.）+参考序列氨基酸（参考序列氨基酸（TrpTrp）+位置编号（位置编号（5252）+变化（没有变化（没有“”，但，但“deldel”、“insins”等不变）等不变）+改变后的氨基酸改变后的氨基酸（如果有）（如果有）（AlaAla）：）：p.Trp52Alap.Trp52Ala。氨基酸以三字母（第一个字母大写）或单字母表示，如氨基酸以三字母（第一个字母大写）或单字母表示，如TrpTrp或或W W。建议以三字母表示（第一个字母

26、大写），不建议以单字母表示，因为单字母容建议以三字母表示（第一个字母大写），不建议以单字母表示，因为单字母容易和碱基混淆。易和碱基混淆。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。变异的表述总体规范变异的表述总体规范-关于氨基酸终止关于氨基酸终止HGVSHGVS：用：用“TerTer”或或“*”（英文输入法且英文字体下的星号键）表示氨基酸翻（英文输入法且英文字体下的星号键）表示氨基酸翻译终止，如译终止，如p.Asn26Terp.Asn26Ter或或p.Asn26p.Asn

27、26*，不使用，不使用“X X”表示氨基酸翻译终止。表示氨基酸翻译终止。原因：原因：IUPAC-IUB IUPAC-IUB(International Union of Pure and Applied Chemistry(International Union of Pure and Applied Chemistry，International Union of Biochemistry and International Union of Biochemistry and Molecular Biology)Molecular Biology)已规定已规定“X X”用来表示未指定或未知氨

28、基酸，所以不能用来表示终用来表示未指定或未知氨基酸，所以不能用来表示终止。止。“X”符号代表终止密码子。例如，p.Gly542X表示542位点的甘氨酸残基被终止密码子所代替。肿瘤个体化检测治疗指南（试行）此处存在争议KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。变异的表述变异的表述替换替换替换（替换（substitutionsubstitution）：一个碱基）：一个碱基/氨基酸被另一个碱基氨基酸被另一个碱基/氨基酸替换。氨基酸替换。特征是特征是“一对一一对一”。如果是一个

29、碱基如果是一个碱基/氨基酸变异成多个碱基氨基酸变异成多个碱基/氨基酸，那是缺失氨基酸，那是缺失-插入。插入。如果是多个碱基如果是多个碱基/氨基酸变异成一个碱基氨基酸变异成一个碱基/氨基酸，那是缺失或缺失氨基酸，那是缺失或缺失-插入。插入。如果是多个碱基如果是多个碱基/氨基酸变异成多个碱基氨基酸变异成多个碱基/氨基酸，那是缺失氨基酸，那是缺失-插入或转换。插入或转换。故没有故没有“c.76_77AGTTc.76_77AGTT”这种写法。这种写法。用用“”“”（英文输入法的大于号）表示某个碱基变成了另一个碱基，不建议使（英文输入法的大于号）表示某个碱基变成了另一个碱基，不建议使用用“A76TA76

30、T”类似的形式表示。类似的形式表示。但是氨基酸替换没有但是氨基酸替换没有“”“”，要写成，要写成“p.Trp52Alap.Trp52Ala”这样的形式。这样的形式。举例：举例：c.76AT,p.Glu26Aspc.76AT,p.Glu26Asp。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。变异的表述变异的表述缺失缺失缺失（缺失（deletiondeletion）：原本该有的没有了。）：原本该有的没有了。举例：举例：c.76del c.76del或或c.76delAc.76

31、delA；c.76_78delc.76_78del或或c.76_78delACTc.76_78delACT（可以不用写成（可以不用写成c.76_78del3c.76_78del3）；）；p.Gln8delp.Gln8del；p.Gln8_Ala10delp.Gln8_Ala10del。氨基酸移码变化见后。氨基酸移码变化见后。最靠近最靠近3端法端法则（most 3 position）：缺失的碱基，）：缺失的碱基，认为其靠近其靠近3端，而不是端，而不是5端。端。ACTTTGTGCC变成成ACTTGCC，缺失了哪三个碱基？，缺失了哪三个碱基？ACTTTGTGCC还是是ACTTTGTGCC？TGT比比

32、TTG更靠近序列的更靠近序列的3端，故端，故认为缺失了缺失了TGT（c.5_7del），而不是），而不是TTG（c.4_6del）。）。ctttagGCATG变成成cttagGCATG，写成，写成c.301-3delT，而不是，而不是c.301-4delT、c.301-5delT。但是但是该法法则有例外，在描述外有例外，在描述外显子子/内含子内含子边界的界的变异异时，认为缺失的碱基影响外缺失的碱基影响外显子大于影响内含子。子大于影响内含子。如如CAGgtg变成成CAgtg，写成，写成c.3delG，而非，而非c.3+1delG。不确定断裂位置的情况（不确定断裂位置的情况（见于使用于使用MLPA

33、和和PCR法法发现的外的外显子缺失），要使用子缺失），要使用圆括号和括号和预估的断裂位置估的断裂位置范范围，例如：，例如：c.(87+1_88-1)_(300+1_301-1)del，表示某基因，表示某基因Exon3、4缺失，缺失，5断裂点在断裂点在Intron2（c.87+1_88-1，不，不确定具体在哪确定具体在哪处），），3断裂点在断裂点在Intron4（c.300+1_301-1，不确定具体在哪，不确定具体在哪处）c.(?_-30)_(12+1_13-1)del，表示从基因，表示从基因5某个位置开始至某个位置开始至Intron1中的某个位置缺失。中的某个位置缺失。c.(?_-1)_(*

34、1_?)del，表示整个基因都缺失了。，表示整个基因都缺失了。提醒：不要随便打提醒：不要随便打“？”。能确定具体断裂位置就不要打能确定具体断裂位置就不要打问号。号。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。变异的表述变异的表述重复重复重复（重复（duplicationduplication）：碱基或氨基酸多出了一份拷贝（不是多份拷贝），并且）：碱基或氨基酸多出了一份拷贝（不是多份拷贝），并且多出来的部分直接加在其多出来的部分直接加在其33端。如果不是直接加在其端。如果不

35、是直接加在其33端，而是插到了其它地端，而是插到了其它地方，那叫方，那叫“插入插入”。举例：举例：c.7dupc.7dup或或c.7dupTc.7dupT（注意不写成（注意不写成c.7_8insTc.7_8insT）；）；c.77_79dupc.77_79dup或或c.77_79dupCTGc.77_79dupCTG；c.(87+1_88-1)_(301+1_302-1)dupc.(87+1_88-1)_(301+1_302-1)dup；p.Gly4_Gln6dupp.Gly4_Gln6dup；描述重复的位置描述重复的位置时也也须符合符合“最靠近最靠近3端法端法则”。例如：例如：MKMGHQH

36、QCC变成成MKMGHQHQHQCC，写成，写成p.His7_Gln8dup，不，不写成写成p.His5_Gln6dup.KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。变异的表述变异的表述多份重复多份重复多份拷贝重复（多份拷贝重复（repeatrepeat）：碱基或氨基酸多出了多份拷贝，并且多出来的部分直）：碱基或氨基酸多出了多份拷贝，并且多出来的部分直接加在其接加在其33端。如果不是直接加在其端。如果不是直接加在其33端，而是插到了其它地方，那叫端，而是插到了其它地方，那

37、叫“插入插入”。表示形式：表示形式：“第一个重复单元起始位置第一个重复单元起始位置_ _第一个重复单元终止位置第一个重复单元终止位置+总共的重复总共的重复数数”，如，如c.123_1244c.123_1244。或者，或者，“第一个重复单元起始位置第一个重复单元起始位置+重复单元重复单元+总共的重复数总共的重复数”，如，如c.123TG4c.123TG4。不用不用“c.123_124TG4c.123_124TG4”形式表示形式表示显得冗余。显得冗余。特殊举例：特殊举例：脆性脆性X X综合症综合症FMR1FMR1基因基因55端重复单元：端重复单元：c.-128_-12679 c.-128_-126

38、79确定共有确定共有7979个重复单元；个重复单元；c.-128_-126(600_800)c.-128_-126(600_800)重复单元数在重复单元数在600800600800之间，具体数量不确定（通过之间，具体数量不确定（通过Southern Southern BlotBlot做出的结果）。不要写成做出的结果）。不要写成c.-128GGC79c.-128GGC79，因为该基因中有的，因为该基因中有的GGCGGC重复单元可能变异为重复单元可能变异为GGAGGA单元，写成单元，写成c.-128GGC79c.-128GGC79就不符合实际情况。就不符合实际情况。亨廷顿舞蹈症亨廷顿舞蹈症HTTH

39、TT基因重复单元：基因重复单元：c.53AGC21,p.Gln23c.53AGC21,p.Gln23（为什么此处不写氨基酸编号原（为什么此处不写氨基酸编号原因不明）。因不明）。群体研究：群体研究：g.1209_452312_45g.1209_452312_45该片段在人群中重复该片段在人群中重复12451245次不等。次不等。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。变异的表述变异的表述插入插入插入（插入（insertioninsertion）：原本没有的却有了，且多出

40、的部分不是其）：原本没有的却有了，且多出的部分不是其55端紧邻的碱端紧邻的碱基或氨基酸的拷贝基或氨基酸的拷贝和和“重复重复”的区别。的区别。举例：举例：c.51_52insGAGAc.51_52insGAGA；c.123+54_123+55insAB012345.2:g.76_420c.123+54_123+55insAB012345.2:g.76_420；p.Lys2_Met3insGlnSerLysp.Lys2_Met3insGlnSerLys；p.Trp182_Gln183ins17p.Trp182_Gln183ins17；注意：注意：所描述插入位置一定是由下划所描述插入位置一定是由下划

41、线连接起来的范接起来的范围，而非，而非单个点。个点。“c.51_52insGAGA”清晰的表明了清晰的表明了插入插入位置是在位置是在c.51和和c.52之之间。“c.51insGAGA”就会引起混淆：插入位置是在就会引起混淆：插入位置是在c.51的的5端端还是是3端？端？不确定不确定时需打需打圆括号，如括号，如“c.(67_70)insG”不确定是在不确定是在c.67c.70间的哪个位置插入了的哪个位置插入了G；“c.11_12ins(2)”或者或者“c.11_12insNN”确定插入了两个碱基，但不确定插入的碱基序确定插入了两个碱基，但不确定插入的碱基序列是什么；列是什么；“c.11_12i

42、ns(100)”或者或者“c.11_12insN100”确定插入了确定插入了100个碱基，但不确定插入个碱基，但不确定插入的碱基序列是什么；的碱基序列是什么；KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。变异的表述变异的表述插入（续）插入（续）如果插入如果插入DNA或或RNA的碱基很多（多到无法把所有插入的碱基都写出来），的碱基很多（多到无法把所有插入的碱基都写出来），应尽量尽量寻找所插入的碱基来源，加入到描述中，如找所插入的碱基来源，加入到描述中，如“c.123+54_1

43、23+55insAB012345.2:g.76_420”。实在找不到插入碱基的来源，怎么在找不到插入碱基的来源，怎么办？HGVS未指明。未指明。个人看法，个人看法，仅供参考供参考：可以用：可以用“ins+插入碱基的数量（加括号）插入碱基的数量（加括号）”来表示，数来表示，数量要打括号，如量要打括号，如“c.11_12ins(100)”。不直接写成。不直接写成“c.11_12ins100”。但，在已清晰地描述了但，在已清晰地描述了DNA或或RNA的的变异基异基础上，氨基酸上，氨基酸变异描述可以不加异描述可以不加括号，直接写插入的数量，如括号，直接写插入的数量，如“p.Trp182_Gln183i

44、ns17”。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。变异的表述变异的表述缺失缺失-插入组合插入组合先缺失，再插入。同时满足缺失和插入的表述规范。先缺失，再插入。同时满足缺失和插入的表述规范。举例：举例：c.112_117delinsTGc.112_117delinsTG或者或者c.112_117delAGGTCAinsTGc.112_117delAGGTCAinsTG；c.113delinsTACTAGCc.113delinsTACTAGC或者或者c.113delGi

45、nsTACTAGCc.113delGinsTACTAGC；p.Cys28delinsTrpValp.Cys28delinsTrpVal；氨基酸的在氨基酸的在码变异（异（in frame）和移）和移码变异（异（frame shift）：）：在在码变异（异（in frame）：一个或多个氨基酸）：一个或多个氨基酸变成另外的一个或多个氨基酸，但其它氨基酸成另外的一个或多个氨基酸，但其它氨基酸编码不受影响不受影响。DNA的的单碱基替碱基替换，或碱基缺失，或碱基缺失/增加的数量是增加的数量是3的倍数，可的倍数，可导致在致在码变异。异。移移码变异（异（frame shift）：）：DNA的碱基缺失或增加的

46、碱基缺失或增加不是不是3的倍数的倍数，造成在起始密，造成在起始密码子和子和终止密止密码子之子之间的开放的开放阅读框框发生了生了变化。化。变异异发生生处C端下游的氨基酸端下游的氨基酸编码都都受到影响受到影响。注意以上概念和蛋白注意以上概念和蛋白“延伸延伸”的区的区别。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。变异的表述变异的表述移码变异移码变异在在码变异的表述：没有异的表述：没有“fs”，如，如“p.Gln8_Ala10del”；“p.Cys28delinsTrpVal”

47、。移移码变异的表述：异的表述：1、短描述：前、短描述：前缀+受影响的第一个氨基酸受影响的第一个氨基酸+fs，如，如“p.Arg97fs”。2、长描述（推荐采用）：前描述（推荐采用）：前缀+受影响的第一个氨基酸的受影响的第一个氨基酸的变异情况异情况+fsTer（或（或fs*）+变异后的新异后的新终止位置，如止位置，如“p.Arg97Glyfs*26”。不要加入。不要加入“del”、“ins”、“dup”等字眼。等字眼。关于确定关于确定变异后新的异后新的终止位置：止位置：受影响的第一个氨基酸确立受影响的第一个氨基酸确立为1，然后再新的开放，然后再新的开放阅读框中，其框中，其C端下游的氨基酸依次端下

48、游的氨基酸依次编号号为2、3#。#即即为终止密止密码子所子所对应的氨基酸位置的氨基酸位置编号。把号。把#直接直接连在在“fsTer”或或“fs*”的后面。的后面。举例：例：变异后新的开放异后新的开放阅读框框为Trp112（受影响的第一个氨基酸，原本是（受影响的第一个氨基酸，原本是Asn）,Ala113,Gln114,Asp115,Leu116,*117。则变异写作异写作“p.Asn112Trpfs*6”（117-112+1=6），不是写作），不是写作“p.Asn112Trpfs*5”，“p.Asn112Trpfs*117”，亦或，亦或“p.Asn112Trpfs*118”。在在变异后新的开放异

49、后新的开放阅读框中没有框中没有发现终止密止密码子，子，则“#”用用“？”代替，如代替，如“p.Ile327Argfs*?”。KG Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。查看移码后的翻译序列查看移码后的翻译序列-1-1http:/www.bio- Diagnostics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。查看移码后的翻译序列查看移码后的翻译序列-2-2KG Diagnos

50、tics Confidential文档来源于网络，文档所提供的信息仅供参考之用，不能作为科学依据，请勿模仿。文档如有不当之处，请联系本人或网站删除。氨基酸的特殊变化氨基酸的特殊变化-1-1#同义变化：氨基酸没有改变，用“p.(=)”表示。不使用“p.Leu54Leu”或“p.L54L”形式表示。打括号表明没有在蛋白水平和RNA水平上进行实验实证。不建议用“p.Leu54=”或“p.L54=”形式表示（仅是不建议，不是禁止）。但国内的指南对同义变化的表述没有谈及。#无义变化：用“Ter”或“*”（英文输入法且英文字体下的星号键）表示氨基酸翻译终止，如p.Asn26Ter或p.Asn26*，不使用