Chromas2操作指南.ppt

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1、Chromas2操作指南操作指南Chromas简介：简介：Chromas是一款非常简便的查看与分析基因序列的软件，安装与操作都非常简单，容易上手，非常适合初学者查看测序峰图，上图即为Chromas程序界面。1Chromas2软件下载软件下载搜索与下载搜索与下载Chromas软件安装包，以软件安装包，以Chromas2.3.1或或Chromas2.3.1为例，先点击注册补丁，为例，先点击注册补丁，再点击运行程序，弹出对话框，选择再点击运行程序，弹出对话框，选择“是是”。2Chromas2软件安装软件安装点击点击“确定确定”，运行相应程序，再点击，运行相应程序，再点击“Extract”。3Chro

2、mas2安装完成安装完成安装完成，运行程序，打开操作界面安装完成，运行程序，打开操作界面。4Chromas2打开峰图文件打开峰图文件点击右上角点击右上角“Open”,选择峰图文件（一般峰图文件为选择峰图文件（一般峰图文件为abi与与SCF格式，此以格式，此以abi格式文件为例），格式文件为例），点击点击“打开打开”。5Chromas2查看峰图文件查看峰图文件上图中，在引物段大约前上图中，在引物段大约前30个碱基机器是无法判读的，可忽略，往后拖动，便可得到下图中正常的峰个碱基机器是无法判读的，可忽略，往后拖动，便可得到下图中正常的峰形，形，4种颜色的峰图分别对应种颜色的峰图分别对应4种不同的碱基

3、种不同的碱基。6Chromas2峰图调节峰图调节在红色箭头的标注出，通过拉钮在红色箭头的标注出，通过拉钮可以完成峰图的可以完成峰图的“高高”“矮矮”和和“胖胖”“瘦瘦”的调节，使峰图观的调节，使峰图观测更加舒适测更加舒适。7Chromas2序列拷贝序列拷贝Chromas另一个重要功能是序列导出，以此点击另一个重要功能是序列导出，以此点击“Edit”“Copy Sequence”,可导出如右图可导出如右图文字序列，用于储存或与模板比对。文字序列，用于储存或与模板比对。8峰图常见情况：高背景与不识别峰图常见情况：高背景与不识别在在Sanger测序中，不足之处是会产生比较高的荧光背景，对峰图判断产生

4、一定影响，如图测序中，不足之处是会产生比较高的荧光背景，对峰图判断产生一定影响，如图红色方框内所示，其高度在红色方框内所示，其高度在25%左右，所以要求模板与测序产物最好纯化后再上机检测。左右，所以要求模板与测序产物最好纯化后再上机检测。为了方便数据分析与核查，为了方便数据分析与核查，N表示软件无法判断的位点，或发生突变，表示软件无法判断的位点，或发生突变，或杂合，或其他情况，需要人工依次排查。或杂合，或其他情况，需要人工依次排查。9峰图常见情况：峰图常见情况：SNP与杂合子与杂合子黑色箭头标注碱基为黑色箭头标注碱基为G，为，为野生型单纯合子野生型单纯合子。绿色箭头标注碱基为绿色箭头标注碱基为A，为，为突变型单纯合子突变型单纯合子。粉色箭头标注处为套峰，表粉色箭头标注处为套峰，表明模板中同一位点含有明模板中同一位点含有A和和G两种碱基，为突变型杂合两种碱基，为突变型杂合子子。10峰图常见情况：移码突变峰图常见情况：移码突变不同于单核苷酸突变不同于单核苷酸突变(SNP,单个套峰），如果峰图中出现大量连续的套峰时，说明基因序列单个套峰），如果峰图中出现大量连续的套峰时，说明基因序列发生了明显的核苷酸插入和缺失，即移码突变。可尝试将两组序列写出在一一比对，查出移发生了明显的核苷酸插入和缺失，即移码突变。可尝试将两组序列写出在一一比对，查出移码位点。码位点。11Thank you12