PubMed数据库检索系统.ppt

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1、PubMed数据库检索系统数据库检索系统耿波青岛大学医学院图书馆一.历史与背景lINDEX MEDCUSlMEDLINE(MADLARS on line)美国国立医学图书馆（National Library of Medicine,NLM）建立并维护的一个大型的医学文献数据库。属于MADLARS 检索系统中使用频率最高的数据库。Medline 数据库收录了自收录了自1966年以来年以来70多个国家多个国家40多多个语种的约个语种的约4，300多种生物医学期刊的题录及文摘，多种生物医学期刊的题录及文摘，其中其中80%以上为英文文献，以上为英文文献，75%-85%含有文摘。含有文摘。MEDLINE

2、包括三种索引：包括三种索引：医学索引医学索引（Index Medicus）、）、牙科文献索引牙科文献索引(Index to Dental Literature)、国际护理索引国际护理索引(International Nursing Index)。MEDLIN数据库涉及内容包括：基础医学、临床数据库涉及内容包括：基础医学、临床医学、护理学、口腔科学、兽医学、卫生保健、医学、护理学、口腔科学、兽医学、卫生保健、营养卫生、职业卫生、卫生管理等。营养卫生、职业卫生、卫生管理等。lMEDLARS MEDLARS（Medical Literature Analysis and Retrieval Syst

3、em），是美国国立医学图书馆建立的大型生物医学信息检索系统。于20世纪60年代开始提供脱机检索服务，70年代形成了第一个联机检索数据库MEDLARS ON-LINE，首先将MEDLINE数据库进行了联机检索，并很快建立了国际联机检索系统。lMEDLINE CDn MEDLINE WEB PubMed一、PubMed简介（一）数据库建立和维护 美国国立医学图书馆下属的生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information,NCBI)建立并维护。文献类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。特点：提供原文获取服务 （二）PubMed数据库数

4、据库来源来源 1MEDLINE 主要收录1966年至今的文献。文献标记中除了有文献标记中除了有PMID号和号和MEDLINE UI号号 外，还外，还注有注有PubMed-indexed for MEDLINE 的说明。的说明。2 PreMEDLINE 主主 要要 保保 存存 处处 于于 加加 工工 阶阶 段段 的的 文文 献献（PubMedIn process）3直接提供的其它文献记录直接提供的其它文献记录 这部分文献记录中只有这部分文献记录中只有PubMed识别码识别码PMID,另外还有另外还有PubMed in process的说明。的说明。这部分文献记录中只有这部分文献记录中只有PubM

5、ed识别码识别码PMID,另另外还有外还有PubMed-as supplied by publisher的说的说明。明。u PubMed检索检索方式PubMed主要提供以下几种检索方式：1主题词检索。2自由词检索。3索引词表检索。4字段限定检索。二、PubMed检索功能Author address AD Author AU Language LA Journal Title TA EC/RN Number RN MeSH Major Topic MAJR MeSH Subheadings SH MeSH Terms MH Publication Type PT Text Words TW Ti

6、tle TI Title/Abstract TIAB 5组配检索。注意：布尔组配符号注意：布尔组配符号ANDAND、OROR、NOT NOT 需需大写，顺序自左到右。大写，顺序自左到右。6.6.截词检索截词检索 transplant*transplant*7 7.强制检索强制检索 短语检索短语检索 “liver cancerliver cancer”u PubMed引文和期刊全文查询功能引文和期刊全文查询功能 由于由于PubMed与生物医学文献出版商联合，使其作为与生物医学文献出版商联合，使其作为检索引用文献以及链接这些出版商站点，获取全文数据的检索引用文献以及链接这些出版商站点，获取全文数据

7、的一种工具。一种工具。1.1.引文链接引文链接 2.2.全文链接全文链接 有收费全文、免费全文两种形式。有收费全文、免费全文两种形式。免费全文：出版商直接提供；免费全文：出版商直接提供；PMCPMC（PubMedPubMed Center Center）中心提供中心提供u PubMed的自动转换的自动转换 PubMed提供词语的自动转换提供词语的自动转换（Automatic Term Mapping）功能。在基本检索状态下，如果功能。在基本检索状态下，如果输入的检索词是不加限制的，输入的检索词是不加限制的，PubMed利用该功利用该功能，实现能，实现MeSH、刊名、短语的转换和著者的自刊名、短

8、语的转换和著者的自动转换。点击动转换。点击“Details”可查看转换结果。可查看转换结果。转换词表：转换词表：MeSH转换表转换表 刊名转换表刊名转换表 短语列表短语列表 著者索引表著者索引表三、三、PubMed检索界面检索界面 1PubMed检索主界面检索主界面基本检索界面基本检索界面 2.2.主题词检索界面主题词检索界面MeSH DatabaseMeSH Database 3.3.期刊检索界面期刊检索界面Journals DatabaseJournals Database 4.4.临床咨询临床咨询Clinical QueriesClinical Queries 5.5.引文匹配引文匹配C

9、itation MatcherCitation Matcher（包括单篇包括单篇引文和多篇引文匹配两种形式）引文和多篇引文匹配两种形式）（一）（一）PubMed检索主界面检索主界面 基本检索界面基本检索界面 (P273)(P273)PubMed主主页页面面是是PubMed的的基基本本检检索索界界面面，可可以以进进行行简简单单检检索索、限限定定检检索索、索索引引检检索索；并并提提供供察察看看检检索索历历史史、检检索索结结果果预预览览和和输输出出等等功能。功能。四、PubMed检索PubMed接入 网址：http:/www.nlm.nih.gov/pubmed http:/www.ncbi.nlm

10、.nih.gov/pubmed 1.简单检索（简单检索（Go）在此可以进行在此可以进行任意词语任意词语的检索。如自由词、人名、的检索。如自由词、人名、主题词、期刊名称等，系统会进行自动转换和匹配，主题词、期刊名称等，系统会进行自动转换和匹配，并显示检索结果。并显示检索结果。简单检索界面允许实现检索词的简单检索界面允许实现检索词的逻辑组配逻辑组配、截词截词(*)(*)、字段限定字段限定和和短语短语等检索等检索,但但逻辑组配需用大写逻辑组配需用大写（ANDAND；OROR；NOTNOT）。）。举例l1、bad breathl2、bad breath causesl3、“bad breath”l4、

11、lung cancer AND smok*查找作者l输入作者的姓（last name)和名(first initial)，中间不用标点符号。l例：alving c l结果包括Alving CR Alving CJ 等 2.限定检索限定检索（Limits）可可以以进进行行各各种种字字段段限限定定及及其其它它的的限限定定检检索索。以以进进一一步步缩小检索范围。缩小检索范围。包包括括：作作者者限限定定；期期刊刊限限定定；文文献献发发表表时时间间；文文献献研研究究对对象象、性性别别年年龄龄划划分分；文文献献语语种种；数数据据库库子子段段；文文献献类类型以及拟检索字段限定等。型以及拟检索字段限定等。进进

12、 行行 限限 制制 后后 只只 能能 检检 索索 medlinemedline中中 的的 内内 容容，“in in processprocess”and and“supplied supplied by by publisherpublisher”因因还还没没有有进进行字段制作，不能检索到。行字段制作，不能检索到。LimitsLimits一旦进行限定，一直存在，除非取消。一旦进行限定，一直存在，除非取消。举例l查找近两年有关子宫内膜异位症的综述文献。（endometriosis）l查找近10年发表在“Obstetrics and gynecology”杂志上的有关子宫内膜异位症的临床试验文献。

13、练习1、在基本检索界面分别输入下列词语并点击“Details”察看结果：bad breath，bad breath causes，“bad breath”，lung cancer AND smok*2、检索“p16 在肝癌中的表达”方面的文献 限定 人类，五年，免费全文，英文中文 3.索引词表检索（索引词表检索（Preview/Index）。）。该检索界面提供该检索界面提供预览预览和和索引索引两种功能。两种功能。Preview：显显示示所所输输入入检检索索式式的的检检索索记记录录数数（检检索索历历史史）；）；Index：即利用数据库中即利用数据库中索引词表索引词表进行检索。该界面进行检索。该界

14、面可以对不同的可以对不同的字段字段进行索引和检索，并提供逻辑组配检进行索引和检索，并提供逻辑组配检索功能。索功能。举例l1、Preview 功能演示：功能演示：endometriosisl2、Index：downs syndrom(e)down syndrom(e)l3、p16 在肝癌中的表达练习限定和索引综合应用：l婴幼儿巨细胞病毒感染与听力损伤。（cytomegalovirus、Hearing loss）l检索PubMed收录青岛大学医学院2000年以来所发表的文献。4.高级检索练习下面论文在下面论文在PubMed数据库能否查到全文数据库能否查到全文l作者：作者：Brown BK l题目：

15、Monoclonal antibodies to hosphatidylinositol phosphate neutralize human immunodeficiency virus type 1:role of phosphate-binding subsites.l来源：J Virol.2007 Feb;81(4):2087-91.Epub 2006 Dec 6.（二）（二）主题词检索主题词检索 利用利用MEDLINE主题词主题词/副主题词副主题词检索检索,并可提供多并可提供多个主题词之间的逻辑组配检索。个主题词之间的逻辑组配检索。注意：注意：uPubMed中的MeSH检索将查不到r

16、eferences in process 或 the publisher supplied references 中的记录，因为这些记录还未标引MeSH词。u主题词检索有时会漏检最新出版、发表的文献。u为查找到有关某一主题的相关文献，需要同时采用自由词和主题词检索.l使用该功能可选择规范化主题词、副主题词、查看词义注释、浏览树状结构表等 ，可执行主题词检索，可以提高检索效率。l点击PubMed界面左边的MeSH Database按扭，进入 主题词检索界面。在MeSH Database的检索框中，输入检索词，如果不是MeSH词，系统将提供同义或近义MeSH给于选择，同时显示MeSH树。点击点击M

17、eSHMeSH Database Database按扭，进入主题词检索界面按扭，进入主题词检索界面例例例例 ：主题词检索界面的输入框内输入主题词检索界面的输入框内输入liver cancerliver cancer，点击点击GOGO按扭，系统提示按扭，系统提示liver cancerliver cancer不是不是MeSHMeSH词，词，规范主题规范主题规范主题规范主题词词词词应该是应该是liver liver neoplasmsneoplasms。点击主题词点击主题词liver liver neoplasmsneoplasms，显示显示副主题词副主题词副主题词副主题词，可，可供选择。供选择。

18、系统同时还显示检索的限定。如系统同时还显示检索的限定。如主要主题词限定；限制主要主题词限定；限制主要主题词限定；限制主要主题词限定；限制下位词扩检。下位词扩检。下位词扩检。下位词扩检。系统同时还显示其系统同时还显示其树状结构表树状结构表树状结构表树状结构表。用用liver liver neoplasmsneoplasms选择副主题词选择副主题词radiotherapyradiotherapy、therapytherapy，点击点击send to send to 下拉菜单中的下拉菜单中的Search box with andSearch box with and，出现出现search searc

19、h PudMedPudMed 按扭，及检索策略。（见后页）按扭，及检索策略。（见后页）点击点击 search search PudMedPudMed 按扭。系统把检索词转按扭。系统把检索词转PudMedPudMed检索系统自动进行检索。检索系统自动进行检索。举例 P16在肝癌中的表达P16和P53在肝癌中的表达练习检索近两年重点研究“前列腺癌诊断”的文献。Prostate cancer要求：主要主题词检索;将检索时间限定在近两年。（三）临床咨询。（三）临床咨询。是一个关于临床治疗、诊断、病因和预后四个方是一个关于临床治疗、诊断、病因和预后四个方面的临床文献查询界面。面的临床文献查询界面。举例：

20、检索癫痫(epilepsy)的治疗方面的文献。（四）（四）期期刊浏览检索。刊浏览检索。查询特定期刊及特定期刊论文的检索界面。查询特定期刊及特定期刊论文的检索界面。u点击PubMed左面的Journals database按扭。系统转到期刊数据库首页界面。u期刊数据库，可通过刊名全称、刊名简称Medline缩写格式、ISSN号、刊名中的单个或若干个词来查找特定的期刊。u点击界面中部的links to full-text web sites将列出与PubMed有全文链接的期刊刊名，按字顺排列。可查找期刊中的文献。举例：在检索框中输入“science”查找某期刊中的文献l1、基本检索界面下，刊名可输

21、入全称；或MEDLINE认可的标准缩写形式；以及ISSN。l如 Molecular biology of the celll2、利用“Journals database”l3、利用“single citation matcher”如何查找在“science”杂志上发表的文献l1.在基本检索界面 science tal2.在期刊检索界面 science选中send to search boxsearchl3.在期刊名字的右边的 Links 按钮 点击PubMed检索该刊中的文献（五）（五）引文匹配引文匹配 提供通过已知的文献线索，查询特定文献的摘提供通过已知的文献线索，查询特定文献的摘要、作者、

22、文献题目等信息。包括单篇引文匹配和要、作者、文献题目等信息。包括单篇引文匹配和成匹引文匹配两个界面。成匹引文匹配两个界面。l检索Tang BK在Biochemical Pharmacology杂志第29卷第14期上发表的文章。要求：l用单篇引文匹配检索。练习1、期刊检索查找在“Adv Cancer Res”杂志上发表的文章。2、引文匹配检索检索Zeller JL 在JAMA 杂志2006年第296卷第14期上发表的文章。第一作者是第一作者是Challis DE,出处是出处是Pediatric Research,2000,47(3):309-15。要求写出其他合著者。要求写出其他合著者。Spec

23、ial QueriesHistory检索史 回顾检索历史 察看检索过的所有检索式 重新编辑组合检索式进行新的检索检索结果显示和下载 文献显示格式：summary；xml；abstracts；citation；medline 文献排序方式：sort by（时间、作者、期刊）每屏显示文献数量：show 20500文献输出 send to：练习l检索有关用losartan,reserpine两种药物联合治疗“高血压”(hypertension)的文献。l要求1：用词表下位词扩展检索。l要求2：对检索结果先用一个Web页显示,然后用一个文件保存下来。PubMed 个性化服务个性化服务:My NCBI

24、PubMed提供个性化服务功能，需要进行免提供个性化服务功能，需要进行免费注册，注册后即可利用该服务。内容包括：费注册，注册后即可利用该服务。内容包括：文献过滤显示功能文献过滤显示功能 保存检索式保存检索式 定题服务定题服务注册用户登录注册用户登录注册窗口注册窗口登录后进入察登录后进入察看保存检索式看保存检索式登陆后保存检索式，登陆后保存检索式，设置检索请求设置检索请求PubMed重点lPubMed数据库的建立维护机构：NCBIlNLM 和NCBI的全称和中文含义lPubMed的文献收录范围l其对应的光盘数据库（MEDLINE）和印刷型检索工具的名称（医学索引、牙科文献索引、国际护理索引）lP

25、ubMed检索方式：主题词检索、自由词检索、索引浏览检索、字段限定检索、逻辑组配检索、截词检索、强制检索（短语）lPubMed检索功能界面：基本检索、主题词检索、期刊浏览、引文匹配（单篇引文和多篇引文）、临床咨询。lPubMed不同检索界面的使用，强调不同检索不同检索界面的使用，强调不同检索内容在哪个界面使用。检索式的组配检索，检内容在哪个界面使用。检索式的组配检索，检索式表达的内容。索式表达的内容。lPubMed主题词标引所用词表：MeSHlPubMed主题词加权检索的含义（主要主题词）和扩展检索的含义（主题词及下位词同时检索）l检索结果中题录的著录格式l1、肾功能衰竭（、肾功能衰竭（Kidney failure）的饮食）的饮食疗法（疗法（Diet therapy）l2、尿激酶（、尿激酶（Urokinase，Urinary Plasminogen Activator）治疗心肌梗塞）治疗心肌梗塞（Myocardial Infarction）