qPCR实验操作流程49091.pdf

《qPCR实验操作流程49091.pdf》由会员分享，可在线阅读，更多相关《qPCR实验操作流程49091.pdf（6页珍藏版）》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。

1、Q QPCRPCR 实验流程实验流程一、一、实验前准备实验前准备,每天早上到实验室后，先把超净工作台的紫外灯打开每天早上到实验室后，先把超净工作台的紫外灯打开15152020 分钟。超净台前做实验分钟。超净台前做实验,需佩戴干净的橡胶手套需佩戴干净的橡胶手套/一次性薄膜一次性薄膜手套，手套，RNARNA 抽提需带口罩。取抽提需带口罩。取 EPEP 管管/枪头时需用镊子，不可以用枪头时需用镊子，不可以用使用过的手套直接取用。取完使用过的手套直接取用。取完 EPEP 管管/枪头后枪头后,袋子及时封好袋子及时封好.橡胶手橡胶手套须放入超净台照射紫外套须放入超净台照射紫外,实验操作过程中不得带出超净台

2、，实验操作过程中不得带出超净台，移液器在移液器在一天工作结束后调至最大量程，一天工作结束后调至最大量程，并用并用 7575乙醇清洁移液器，乙醇清洁移液器，枪头盒及枪头盒及超净台面超净台面.实验进行的过程中或观看实验时实验进行的过程中或观看实验时,没有带口罩不要在超净没有带口罩不要在超净台前讲话。台前讲话。二、二、总总 RNARNA 抽提抽提1）细胞培养皿中细胞样品用 1*PBS 洗两次后，用 1ml 枪将 PBS 吸干净，加入 1ml Trizol（Invitrogen）溶液，吹打混匀，并吸至1。5ml RNase freeEP 管中使细胞充分裂解，室温静置 5min；组织样品用液氮充分研磨，

3、加入 1ml Trizol（Invitrogen）溶液，混匀，室温放置 5min 使其充分裂解；(管盖与管壁都需标记样品名称）2）加入 200l 氯仿,剧烈振荡混匀 30s,使水相和有机相充分接触，室温静置 3-5min；（离心时离心管按顺序排放，离心完毕，离心管的顺序也按顺序排好，与第一步的顺序一致)3）4下,14,000g 离心 15min,可见分为三层，RNA 在上层水相，移至另一个新的 RNase free EP 管；（用 20200ul 的枪吸取上清，吸上清时,枪头应沿着液面上层吸取上清，枪头不可碰到、吸到中间层)4）沉淀 RNA：加入等体积异丙醇，轻柔地充分混匀(颠倒 68 次）(

4、不应用振荡器混匀），室温静置 10min；5）4下，14，000g 离心 10min，收集 RNA 沉淀（如离心后仍不见 EP管底部有沉淀,应将 EP 管放置在-80 度冰箱过夜，继续在 4下，14,000g离心 10min，收集 RNA 沉淀），去上清；6）用 75乙醇洗涤两次(12，000g 离心 5min）(加入乙醇后只需轻轻颠倒EP 管即可，不用振荡器震荡或枪头吸打沉淀），超净台风干；沉淀不能1过干或过湿，过干则不易溶解，过湿则乙醇残留。7）视沉淀量加入适量 DEPC 水（至少 15ul）溶解沉淀。三、去基因组三、去基因组使用 RNasefree 的 DNase （Promega），按

5、以下体系配置反应液,37消化 30min,65灭活 10min。RNADNase 10 xbufferH2O（RNase free)RNasin总体积然后按以下步骤操作:1）加入等体积的苯酚/氯仿，上下颠倒混匀,室温放置 5min，后 14，000rpm，离心 15min，取上清。2)加入等体积的氯仿，上下颠倒混匀，静置分层后14,000rpm，离心15min，取上清。3）加入等体积异丙醇，轻柔地充分混匀(颠倒 6-8 次），20静置 15min；4）4下，14，000g 离心 15min,收集 RNA 沉淀，去上清；5）用 75%乙醇洗涤两次（12,000g 离心 5min），超净台风干；6

6、）加入适量 DEPC 水（至少 15ul）溶解沉淀。四、总四、总 RNARNA 纯度和完整性检测纯度和完整性检测1）纯度检测：取 1l RNA 样品 50 倍稀释，在核酸蛋白检测仪上测定 OD 值，OD260/OD280的比值大于 1.8，说明制备的 RNA 较纯,无蛋白质污染。2）总 RNA 完整性检测：取RNA 样品 1l，1%琼脂糖凝胶电泳 80V20min，EB染色10min，用凝胶成像系统观察并拍照,总RNA的5s rRNA,18s rRNA和28srRNA 条带,三条条带完整的话即可证明总 RNA 抽提比较完整.五、逆转录五、逆转录1 1。mRNA:mRNA:50。5100l302

7、01039。lllll21)在 RNase free 的 PCR 管中配置下列溶液。Total RNA1。H2O0总体积12gll2)将上述溶液吹打均匀，置 85保温 5min，使 RNA 变性。随后立即冰上致冷，以防止 RNA 复性；3)在该 PCR 管中加入下列试剂（Promega）oligo（dT）Random primerRNase inhibitorM-MLV总体积4)将上述 20l 反应溶液 30保温 10min；5)42保温 50min；6)85保温 10min；7)20保存。2.microRNA2.microRNA：使用茎环逆转录法，原理如下图：0.50。50.50。58.0l

8、llllll10mM dNTP2.05 x buffer4。031）在去 RNase 的 PCR 管中配置以下溶液。2）将上述溶液混匀,85孵育 5min，以打开 RNA 二级结构。随后立即置于冰上，以防止 RNA 复性再次恢复二级结构；3）在另一去 RNase 的 PCR 管中配置以下溶液：10mMdNTP(promega)RNase inhibitor（promega)U6 逆转录引物5xbufferMMLV（promega）总体积2.00.50。54.00.57.5lllllltotal RNAX 个 miR 逆转录引物H2O总体积1.00。5X12。5lgl4）将 3）溶液加入到 1）

9、溶液中,混匀后 30保温 10min；5）42孵育 50min;6）85孵育 10min 灭活逆转录酶。四、定量四、定量 PCRPCR 检测检测1.1.引物测试：引物测试：根据 mRNA 设计的引物正式实验前需进行 qPCR 测试其特异性和扩增效率，具体反应体系和反应条件如正式实验，每对引物需做模板水对照。得到结果后，首先根据熔解曲线判断引物特异性,选择标准为：单峰且峰形偏窄、水对照无明显引物二聚体熔解曲线峰。若设计的多对引物熔解曲线均显示特异性良好，则应对比各引物的扩增曲线，优先选择 Ct 值小、扩增效率高的引物进行正式实验。2确定上机内容后,首先在记录本上编排好上机的样品排放顺序。（1）一

10、个样品的加样尽可能安排在同一行(2）如正式实验中三次重复不能安排在同一板上,4则需把三次重复中的实验分开,但同一次重复的实验不能分开两板3 3正式实验：正式实验：体系配制：H2O4ulSYBR Green PCR Master Mix10ul(TOYOBO)(使用前需振荡均匀）上游引物0.5ul（10uM)下游引物0.5ul（10uM）总体积15ul计算好实验中需用多少份体系，则按具体量配置.体系分装会有损失，一般多配 0。5 份-1 份体系。总的体系配好后，在振荡器中振荡均匀或用枪吸打均匀，然后15ul 每管分装至 8 连管中。3cDNA 用灭菌纯水稀释适当的浓度，一般为 1:20 稀释，如

11、遇到基因表达低的样品，则适当降低稀释比例至 1：10 或 1:5.cDNA 按一定顺序排好后，即可加至刚配好的反应体系中.加样完毕，盖好八连管盖，并在八连管盖最上沿的边上标记好 112 的顺序（不可将标记写在反应管的盖子上，八连管盖避免裸手触摸中间透明的荧光采集区域,且保证每孔均盖紧,否则影响重复性或可能出现熔解曲线峰漂移。)4把各排八连管放在掌上离心机上离心数秒.五上机：5。1先开电脑，进入 Windows 界面。接着打开 PCR 仪电源开关。5。2打开 7500 软件，选择“新建，在“Template”下拉菜单中选择“60”或“65（普通基因检测为“60”，MicroRNA 检测为“65”

12、）5。3打开样品架，放入八连管，关上样品架,并在软件上选择已放反应管的孔位,剔除无反应管的孔位.5。4点击 File 菜单中 Save，输入要保存结果的文件名，命名为日期上机时间客户名字简写,如 1008301008-WL 表示 8 月 30 日 10 点 08 分魏立的实验。5。5点击 Start 键，开始运行程序。55。6程序运行完毕后，取出样品架上的八连管，按顺序关闭 ABI PRISM 7500SDS软件、PCR 仪电源开关.5.7 在 7500 软件上标记好每个反应孔的样品名称及检测基因的名称，分类保存好结果文件。反应完成后，八连管应装到封口袋中,袋子上标记好文件名，客户的名字。（同一个客户的三次重复实验,则只需保存其中一次重复的反应管即可，其余可丢弃）6