PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表1.pdf

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1、PCF 设计引物时酶切位点的保护碱基表 1切割率%酶Acc I寡核苷酸序列2 hrGGTCGAC CCGGTCGAC CGCCGGTCGAC CGGoooo909090909050909020 hr00009090909090909090Afl IIICACATGGCCACATGGGCCQACATGGGGAsc IGGCGCGCCAGGCGCGCCTTGGCGCGCCAva ICCCCGGG GCCCCCGGE EGTCCCCCGGE EGAPCF 设计引物时酶切位点的保护碱基表 2切割率%酶寡核苷酸序列2 hr20 hr2590900909000901005090CGGATCGCG3GATC

2、C CGCGCGGATCGCGCAGATCGGAAGATCT TCGGAAGATCT TCCGGCGCGC CAGGCGCGCTTTGGCGCGCAA109090075250050002525BamH IBgl IIBssH IIBstE IIBstX IGGGT(A/T)ACCCAACTGCAGAACAATGCATTGGAAAACTGCACCAATGCATTOGCTGCAGACCAATGCATTGGGCATPCF 设计引物时酶切位点的保护碱基表 3切割率%酶寡核苷酸序列2 hr20 hrCla ICATCGAGGATCGACCCATCGAGGCCCATCGAGGGGGAATTC CCG3AA

3、TTC CGCCGGAATTC CGGGGGGCC CCAGC3GCGCTTTGCGGCGCAA009050909090909090001009090009050909090909090007509090EcoR IHae IIIHi nd IIICAAGCTGCCAAGCTGGCCCAAGCTGGGKpn IGGGTACC CGOGGTACC CCCGGTACC CCGPCF 设计引物时酶切位点的保护碱基表 4切割率%酶Mlu I寡核苷酸序列2 hrGACGCGTCGACGCGTG025050000075750101020 hr0500750000909002550Nco ICCCATGG

4、GCATGCCATGGATGCCATATCCCATATG GGCGCCATATG GCGGGGTTCATATGAACCCGGAATTC CATATG GAATTCCNde IGGGAATTC CATATGAATTCCCNhe IGGCTAGC CCG3CTAGC CGCTAGCTAGTAGPCF 设计引物时酶切位点的保护碱基表 5切割率%酶寡核苷酸序列2 hr 20 hrNot ITTGCGGCCGC00ATTTGCGGCCGCTAAAATATGCGGCCGATAAAATAAGAAGCGGCCGAAACTATAAGGAAAA/GCGGCCOCAAGGAAAA101025251090000000

5、750109090010109090909002590025509001090900Nsi ITGCXTGCAGCACCAATGCAT TGGTTCTGCAGTTPac ITTAATTAAGTTAATTAACCCTTAATTA/GGPme IGTTTAAACGGTTTAAAC CGCETTTAAAC CCAGCTTGTTTAAAGGCGCGCCGGGCTGCAGTGC/CTGCATGCAAACTGCAAACCAATGCATTGGAAAACTGCAGCAATGCATTGGAACTGCAGACCAATGCATTGGATGCATPst I酶切位点保护碱基表 6切割率%酶Pvu I寡核苷酸序列2 hr

6、CCGATCG GATCGATCATTCGCGATCGGACGAGCTGGCCGCGGTCGCCGCGG GGA01001005001010107500109020 hr025101009005075257510105090Sac ISac IISal IGTCGAGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGCGCGTCGAGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGGACG(GTCGAGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAASea IGAGTACCAAAAGTACT TTTCCCGGGCCCCGGG GCOCCCGGG GGTCGCCCGGG GGASma ISpe IGACTAGCGGAC

7、TAGCCCGCACTAGCCGCTACACTAGCTAG10100090905050酶切位点保护碱基表 7切割率%酶寡核苷酸序列2 hrSph I20 hr025509090900909090025750759090GGCATGC CCATGCATGCTGACATGCATGCTGT00109090900907575010100255090Stu IAAGGCCT TGAAGGCCT TCAAAAGGCCT TTTCTCTAGGGCTCTAGGCTGCTCTAGGCAXba ICTAdCTAGCTAGXho ICCTCGAG GCOCTCGAG GGCCG3TCGAGGGXma ICCCCGGG GCOCCCGGG GGCCCCCCGGG GGGTCCCCCGGG GGGA由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，PCR 引物时，人为的在因此在设计酶切位点序列的 5 端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。