物理有机化学浙江大学物理有机化学.pptx
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1、Physical Organic Chemistry(美国称呼)Theoretical Organic Chemistry(欧洲大陆称呼)前者有实验,后者以理论计算为主。物理有机化学是用物理和物化的概念、理论和方法研究有机化合物的结构和反应机理等问题的一门基础学科,作为有机化学、高分子化学、生化的理论基础,一直是有机化学中最活跃的一个领域。第1页/共125页物理有机化学萌芽于上世纪二十年代,3040年代自成学科。物理有机的内容:结构和机理结构:1、分子结构理论:价键法共振论 分子轨道法(M.O.)分子轨道对称守恒原理2、立体化学:构造、构型、构象和构象分析第2页/共125页3、结构与活性的关系
2、:三十年代:电子效应 五十年代:空间效应 六十年代:溶剂效应 半经验方法如Hammett类型的方程,是定量处理诱导效应和共扼效应的方法;又有诱导效应和共扼效应指数、同系线性 规律等计算结构与活性关系的半经验的关系式 空间匹配效应(hostgust)第3页/共125页4、酸碱理论(酸碱催化、HSAB、超强酸等)反应机理:反应过渡态和活性中间体理论常用的定性模型静态、动态研究;T.S.的Hammond假设反应机理的研究方法;各类反应机理的研究等第4页/共125页物有的作用:使有机化学从“手艺”上升为科学。Sir Robert Robinson:“Gone are the days when org
3、anic chemistry could be stigmatized as memory.”参考书:Thomas H.Lowry Mechanism and Theory in Organic Chemistry叶秀林:立体化学第5页/共125页1874年和J.A.Le Bel为了解释酒石酸的光学异构现象,提出了碳原子化合价的四面体学说,从而使得有机化学的研究进入三维空间领域,开创了立体化学此后的一百多年时间里,立体化学不断地取得进展,使人们对自然界的认识不断深入 有机立体化学现在还在飞速发展,这主要是因为现在测定分子的立体结构和构象的手段可以说具备了,例如X衍射、电镜、核磁共振等。反过来,
4、有机立体化学在理论及合成有机化学、生物、生化和医药研究中的作用也更大了。Chapter One Stereochemistry第6页/共125页一、Symmetry and Chirality化合物的对称性可以用有无对称元来加以确定。对称元又可以用一定的对称操作加以描述。Sn:即绕某轴旋转360/n,然后对垂直于该轴的平面反射,得到一个和原来化合物相同的化合物,n=2,3,4,相应地称为n重更迭对称轴。第7页/共125页不具有上述任何一种对称元素的化合物为不对称化合物1956年以前,人们常说化合物的不对称性(即不具有任何对称元素)是构成对映体的条件,但右旋或左旋酒石酸具有二重对称轴,却可以形成
5、对映异构体,因此卡恩(Cahn)等引入了手性(chirality)这个概念。一个化合物像手一样,不能和它的镜像重叠,是构成对映异构体的条件。从对称元素来看,使一个化合物不能和它的镜像重叠的条件是没有对称面、对称中心和更迭对称轴实际上,对称面可以看作是一个一重更迭对称轴,而对称中心则是一个二重更迭对称轴从这个观点来说,没有更迭对称轴(包括n=l的一重更迭对称轴在内)的分子是手性分子,它和它的镜像不能重叠,两者构成了对映异构体至于有无对称轴则不是构成手性的根本条件没有任何对称元素的分子是不对称分子,不对称分子一定是手性分子,而手性分子不一定全是不对称分子 Chirality or handedne
6、ss is an inherent geometrical property of all objects that can not be superimposed on their mirror images.第8页/共125页下列化合物具有一个四重更迭对称轴:第9页/共125页下列化合物具有一个二重更迭对称轴:第10页/共125页一个手性分子可以有手性中心,也可以有手性轴或手性面。具有手性中心的分子可以有如下几类:金刚烷类,可看成是放大的手性碳下列AABB形式和三嵌苯的手性可以从甲烷衍生物的手性得到解释:由于Y的存在使环的两边不同,成为AABB的形式。三嵌苯AAAB型第11页/共125页
7、甲烷取代成C(aabb)型分子后,分子中有一个C2轴和两个对称面。如果将a和b都用不对称桥连接起来,C2轴仍保持不变,但对称面不复存在(见图4.10),分子就应有手性。这说明没有手性碳的分子也可能整个分子有手性.实际合成了Cyclophane环芳烷第12页/共125页9,AAAA型手性轴化合物有IBrCH3ClNO2COOHNH2OCH3OHFH各种不同基团的阻转能力:第13页/共125页抗菌素菌霉素是一个天然产物,分子中就有由于丙二烯结构所引起的手性:第14页/共125页手性面化合物有m=n=2,光学活性是稳定的;m=3,n=4:可拆分,但温度高了消旋第15页/共125页反-环辛烯也是手性面
8、的化合物第16页/共125页虽无手性中心手性轴或手性面,但有左或右螺旋,就螺旋方向而言就是对映的.此外还有螺旋化合物:第17页/共125页第18页/共125页二、结构和异构现象结构和异构现象Structure and Isomerism一个分子只有在它的构造,构型和构象全部确定后,它的结构才完全确定.第19页/共125页例如,(+)酒石酒与(-)酒石酸为对映异构,但它们与meso酒石酸之间为非对映异构.概括地说,凡不属于对映异构都可以称为非对映异构.这样光学异构和几何异构的名称可以不用.按上述定义,酮-烯醇互变应属于构造异构.但如在室温下能迅速互变,不易分离,则常被称为互变异构tautomer
9、ism.此外也有一些特殊的名称.例如蛋白质和核酸的左右螺旋结构称为螺旋立体异构体.cyclostereoisomers.套环类的化合物(catenanes)称为拓扑异构体(topologicalisomer).而1与2或1与3是拓扑非对映异构体.第20页/共125页三、Sequence Rule没有顺序规则前,立体异构体的构型用D、L来表示(现在氨基酸和碳水化合物也还是用D、L).1906年Rosanoff任意选择甘油醛为相对标准.1951年Bijvoet用特殊的x射线衍射法研究了(+)-酒石酸铷钠,确定了(+)-酒石酸的绝对构型,证明原来任意定的相对构型是对的.第21页/共125页但DL这套
10、方法对二个或二个以上手性原子的化合物有困难,例如从醛基端变化成酒石酸,则为D-型()酒石酸从羟基端往下变成酒石酸,则成为(+)酒石酸第22页/共125页为方便使用,Cahn,Ingold,Prelog在1956年提出即顺序规则,到1964年得到接受和完整化,从此R,S表示法成为表示绝对构型的一个普遍而明确的体系.1.顺序按原子序数大小排列;2.原子序数相同按质量大小排列;3.有两个或二个以上的原子是相同的,则比较与它们相连的原子的大小,直到有差别为止.4关于双键:孤对电子的序列最小,例如:高价基团比低价基团占较高序列,例如第23页/共125页丙二烯型及受阻联苯型:把它们看作具手性轴的一个拉长的
11、四面体,并按近端优先的原则处理.所谓远近,是指沿手性轴任何一端看出去的远近例如27、28、29,从 X端往 y端看,X端为近端,X端的 a b,Y端的 c d a c或 ab,则顺序如 30所示,即 1 2 3 4按顺序规则使 4指向前面(最小在后面),1 2 3是顺时针方向,所以是R型如果从Y端往 X端看,则 Y端是近端,大小顺序如 31所示,结果也是R型的所以,不论从X端往Y端看,还是从Y端往X端着,结果是相同的31、32都是R型的第24页/共125页(最小的在后面)31:第25页/共125页对联苯类化合物,取两对相近而又不相同的基团,然后同样按拉长了的四面体的方法处理,例如下列化合物第2
12、6页/共125页Spiranes(螺构化合物)与丙二烯类同样处理手性面化合物:以左边与平面直接相连的亚甲基碳原子作为pilot atom,从这个原子来观察分子中的a,b,c途径,如O C C(Br)为顺时针方向,则为(R),反之为(S).用(pR),(pS)表示;p意为手性面为参比.第27页/共125页但是,RS构型表示与DL表示法之间没有内在联系.例如D-甘油醛是R-构型;但是别的化合物的R-构型不等于就是D-构型:不一定是D-构型.例如L-半胱氨酸为R-构型,但L-丝氨酸却是S-构型,实际上中心碳的构型没变,就是-OH换成了-SH.第28页/共125页又比如下列三种化合物,都是属于同一类型
13、的甘油衍生物,但由于取代情况不同,第一个是R型的(35),第二个是 S型的(36),第三个又是 R型的(37)第29页/共125页又比如下列两个甾族化合物的C13,构型完全相同,只是其中的取代基不同,绝对构型也就不同所以,顺序规则的应用,并不排斥D、L、等表示方法第30页/共125页四四、Prochirality立体化学的另一个重要发展是,对于某一对相同的基团或原子,可以根据它们在整个分子中所处的环境加以区别在某些化合物中,如CH2Cl2,两个氢是处在等同(equivalent)或等位(homotopic)情况,不论取代哪一个氢原子,都导致相同的产物第31页/共125页 在另一些化合物中情况则
14、不一定是这样取代不同的基则形成不同的产物,因此是处于异位(heterotopic)情况其中又可以分为构造异位(constitutionally heterotopic)和立体异位(stereoheterotopic)两类立体异位又可进一步分为对映异位(enantiotopic)和非对映异位(diastereotopic)这些都是所谓“地位异构”(topism).第32页/共125页第33页/共125页在以上几种位置中,等位的基团或原子可以通过Cn易位对映异位可以通过Sn(更迭对称操作)易位,而构造异位和非对映异位则不能被任何对称操作易位 一个ZAABC型分子,两个A不论是对映异位还是非对映异位
15、,当被另外一个原子或基因取代后,即产生一个新的手性中心因此,这 类 分 子 具 有 一 个 前 手 性 中 心.CH3CH2OH、CH3CH2COOH、HOOCCH2CHOHCOOH等都是前手性分子和手性轴相对应,某些分子也可以具有前手性轴 这个prochirality的概念是1966年由Hanson首先提出来的.第34页/共125页前手性化合物中两个立体异位的基,也可以利用顺序规则加以区别如果用序列号较高的基取代某一个立体异位基(如以D取代H)导致形成R型异构体,则这个立体异位基为前(潜)R型,以proR或 LR表示;如果导致形成S型异构体,则为前S型,以proS或LS表示潜手性的概念运用到
16、sp2杂化的碳原子上(平面分子),则有前手性面,第35页/共125页平面上所连的三个基团按序列大小顺时针排列的为re-面,反之为si-面.(from rectus;from sinister)对碳碳双键也同样:第36页/共125页总之,地位异构中可分为:同种原子或基团在分子中处于不同的构造环境,称为构造异位;若处于不同的立体异构环境,则是立体异位;其中当分别被同种原子取代后生成一对对映体的,它们为对映异位,而产生一对非对映体的,则为非对映异位.立体异位和前手性的概念,在生物化学中非常重要生物化学反应是借酶的催化去完成的,而酶本身是一类手性试剂,有高度的立体选择性它能区别立体异位(包括对映异位和
17、非对映异位)基,也能区别立体异位(同样包括对映异位和非对映异位)面.生物化学家首先认识到 结构中二个a基团的不等同;在四十年代,已发现柠檬酸(citric acid)中的二个-CH2COOH基团具有不同的生物来源;它们降解时也不一样,在它们组成代谢(anabolism)和分解代谢(catabolism)时,由所涉及的酶来区别.第37页/共125页酵母醇脱氢酶催化的乙醇氧化反应,要求(NAD+)作为辅酶,乙醇是潜手性分子,在氧化成乙醛的过程中,包含失去pro-R氢而转移给辅酶的过程第38页/共125页一个具有ZAABC型的化合物,并不一定都是前手性的如果B和C是两个互成对映异构的基,则一个A被其
18、他基取代后只是形成一个假不对称中心(pseudo asymmetric center),不是手性分子,下列两个化合物就是如此假不对称中心用小写的r或s表示它们的构型同样,化合物也可以有假不对称轴和假不对称面,下面就是两个具体的例子 第39页/共125页第40页/共125页另一方面,非对映异位基团的一个重要性质是:它们对于手性试剂和非手性试剂,化学上都是不等当的,并能用NMR法区别;生物有机反应机理往往也是利用同位素标记的底物在非对映异位基团之间作出区别而来进行测定的.例如苯丙氨酸用苯丙氨酸氨解酶催化转化为反-肉桂酸的反应是经过氨基和3-pro-s质子反式消去的过程第41页/共125页非对映异位
19、基团的环境在拓扑学上是不同的,其结果是遭受不同的屏蔽效应,所以在NMR中具有不同的化学位移.第42页/共125页五、旋光色散和圆二色性五、旋光色散和圆二色性 利用偏振光研究分子结构历来巳久.用钠光测定旋光度早己成为常规方法.但更有意义的问题是:有没有可能从化合物旋光性的测定中推知不对称中心的构型?这个命题现在巳有少许的答案.Djerassi研究含有手性环己酮的天然产物及甾族化合物的分子构型构象与旋光现象间的关系,得到了“八区规则”等有意义的结果.要用八区规则来判断环已酮类衍生物的构象,首先得了解旋光色散现象和旋光谱以及圆二色性等.第43页/共125页1、Optical Rotatory Dis
20、persion(ORD)and Circular Dichoism(CD)一个手性化合物,具有光学活性,就是对平面偏振光的偏振面具有旋转能力,常以比旋光度 或mol比旋光度 表示:一般用钠光D线,波长=589nm,为什么规定波长呢?因为物质的旋光度与波长是个函数关系:式中nL和nR是被测物对左旋圆偏振光和右旋圆偏振光的折射率.可见比旋光度与波长成反比,越短,则越大.从这个式子可以看出,手性物质的旋光性是由于对左旋圆偏振光和右旋圆偏振光的折射率不同而产生的。第44页/共125页但是要制造一台可以用不同波长连续测定旋光度的仪器比较困难,直到上一世纪五十年代才做到,因此这方面的研究也只能从那个时候开
21、始.一单色的平面偏振光,它的电场以正弦曲线的形式振动,同时以一定的频率向某个方向传递第45页/共125页如果我们站在t处看光源,则可看到E矢量在一个平面上作振动第46页/共125页Fresnal认为一个平面偏振光可看作是两组圆偏振光的组合,即等波长等强度的左右旋圆偏振光矢量合成的结果:第47页/共125页但如果左、右旋偏振光通过介质的速度不同,则通过介质后的左、右旋圆偏振光仍然组成一个平面偏振光,但它的偏振面却不在中心,而是旋转了一定的角度a 第48页/共125页如果在各种不同波长条件下测量比旋光度或摩尔比旋光度,则波长越短其值愈大,形成了旋光色散曲线或旋光光谱 这是化合物在测量使用的波长范围
22、内无吸收(吸收光带远在测定范围之外)的情况,即所谓平整(正常)旋光色散曲线ORDI是右旋,也称正旋光色散曲线;是左旋,也称负旋光色散曲线 第49页/共125页如果在测量范围内有吸收带,则左、右旋圆偏振光不但通过介质的速度不同,而且吸收也不同,如果以波长对比旋光度作图,对在测定的波长区域(250700nm)有紫外或可见光吸收的样品,得到的曲线不是平滑的而是有峰和谷,就称之为反常(异常)旋光色散曲线(Anomalous ORD),也称呈现Cotton效应);第50页/共125页这是因为当平面偏振光在一个旋光性的物体中传播时,通常它的两个圆偏振光不但速度不同,而且这两个圆偏振光被吸收的程度也不相等。
23、这后一性质被称为“圆二色性”(Circular Dichroism,CD),并可以用吸收系数差 表示。因为透射出具有圆二色性的旋光性物体的两个圆偏振光的强度已不再相等,所以由它们再组合成的,已不可能是一个平面偏振光,而是一个右旋或左旋椭圆偏振光。例如,在某一具有圆二色性的旋光性物体中,右旋圆偏振光被吸收的程度小于左旋圆偏振光,但传播的速度较大,于是透射出此物体的是一个右旋椭圆偏振光。第51页/共125页这可以用图解表示。其中,OR表示被吸收后的右旋圆偏振光的振幅,OL表示被吸收后的左旋圆偏振光的振幅,OE是OR和OL的向量和。是椭圆偏振光的椭圆度。在通常的情况下,因为吸收系数差的值很小,所以角
24、也很小,即这样产生的椭圆偏振光所呈现的椭圆都非常扁长。即OR和 OL矢量和OE的顶点画出的轨迹是一个椭圆第52页/共125页假如以对波长作图,得到的曲线就称为圆二色光谱CDCD曲线的形状象相应的电子跃迁,即有一个max.(吸收点过去后两个圆偏振光的强度又相等了)第53页/共125页这样,ORD和CD两种图的定义都已讲到.可以看出,CD是一种吸收现象,ORD是一种色散现象.两者都反映偏振光与手性分子之间相互作用的结果,所以从CD和ORD应该可能得出一些立体化学结构方面的信息.CD和ORD都称之为Cotton效应.在介绍Cotton效应的应用之前,还必须了解一下ORD和CD曲线的特征.第54页/共
25、125页第55页/共125页第56页/共125页第57页/共125页这些谱线中,1,4,6,7是正性谱线,2,3,5是负性谱线。所谓正性,是指谱线由长波向短波处上升;而负性谱线由长波向短波处下降。ORD谱线实际上是不同波长的左右旋偏振光通过被测旋光性物质时传播速度不同的反映;而CD是不同波长的左右旋偏振光通过被测旋光性物质时不同吸收的反映.因此,在一定的波长范围内(250700 um),如果样品没有特征吸收,就得不到具有特征的圆二色光谱,只能给出一条近似水平的直线,也就没有什么意义。当样品化合物具有特征的吸收带时,在旋光谱中出现Cotton效应的谱形,那末在接近波长K 处的的绝对值将变得比较大
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