磷酸化组氨酸相关生物化学性质研究综述,生物化学论文.docx
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1、磷酸化组氨酸相关生物化学性质研究综述,生物化学论文蛋白质磷酸化的相关研究起步于 20 世纪初尽管 Levene 等1早在 1906 年就发现卵黄素蛋白中存在磷酸基团,但直到 1932 年他们2才鉴定出该磷酸基团是磷酸化的丝氨酸此后,一系列磷酸化氨基酸得到验证,包括 9 种天然氨基酸(丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、赖氨酸、精氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、半胱氨酸和组氨酸)与羟脯氨酸磷酸化主要包含 4 种形式,即 O- 磷酸化、N- 磷酸化、S- 磷酸化和酰基磷酸化华而不实磷酸化丝氨酸、磷酸化苏氨酸与磷酸化酪氨酸已被广泛研究(图 1)它们在细胞代谢与调控中起到了重要的作用3但是,其他一些磷酸化氨基酸无论从含量
2、或者功能上都不可忽视,磷酸化组氨酸就是一个重要代表. 磷酸化组氨酸是一种广泛存在的磷酸化氨基酸,据估计其在真核细胞内含量固然不及磷酸化丝氨酸,却是磷酸化酪氨酸的数十倍4而且 N P共价键的特异性导致磷酸化组氨酸有多种不同于O P共价键连接的磷酸化丝氨酸、磷酸化苏氨酸或磷酸化酪氨酸的化学性质同时,蛋白质中组氨酸残基的磷酸化也是一种调节细胞内蛋白质功能的重要方式5本文将从磷酸化组氨酸的发现与发展历史出发,总结其相关生物化学性质的研究,并进一步综述该修饰后氨基酸生理功能的相关研究 1发现历史 磷酸化组氨酸最早由Severin 等6于1947 年实现化学合成1963 年,Boyer 小组7才在线粒体蛋
3、白质的研究中完成其生化检验人们最初认识到磷酸化组氨酸可能是一个磷酸化酶的中间体状态,而该步骤是某些酶催化经过所必需的随着研究的深切进入,人们逐步发现磷酸化组氨酸是一种广泛存在于生物界的信号调节方式81994年,Simon 等9报道了原核生物细菌中基于组氨酸磷酸化酶的 双组分 信号传递系统;1993 年,报道了酵母10中的同源序列蛋白质SLN1 与 SSK1112000 年,Muimo研究组12发现,绵羊气管上皮细胞体系中钙离子依靠性磷酸结合蛋白 annexin存在组氨酸磷酸化现象 -32P 标记的 ATP 和 GTP 及相关磷酸化氨基酸生化分析证明了这一结论这一磷酸化经过进一步导致 annex
4、in下游的信号传递因此,这个工作证明了组氨酸磷酸化在哺乳动物细胞信号传递经过中的重要作用另一方面,人们也在探寻求索磷酸化经过的逆经过,即去磷酸化经过在细菌中,很多磷酸化酶本身也具有去磷酸化作用Mizuno 小组13报道了第一个大肠杆菌中的磷酸化组氨酸去磷酸化酶SixA该酶是 ArcB 信号通路的一个重要调节因子此后,人们在哺乳动物细胞中也发现了很多磷酸化组氨酸去磷酸化酶14,而且它们具有各自不同的功能15另外,其他一些氨基酸残基的激酶也被报道利用磷酸化组氨酸作为中间体16这些信号通路与某些人体生理及病理状态直接相关,例如组蛋白上组氨酸的磷酸化与基因转录与表示出直接相关17,这些去磷酸化酶也因此
5、成为潜在的药物靶点18 2化学构造与命名法 人们对磷酸化组氨酸构造的研究持续了很长时间磷酸化组氨酸在生物体内存在两种异构体,二者的差异不同在于咪唑环上磷酸化的位点不同(图 2)这一特性与其他所有的磷酸化氨基酸都有区别另外,人们还化学合成了 1, 3- 二磷酸化组氨酸,但是其并没有在生物体系中被发现19。 值得注意的是,对于磷酸化组氨酸两种异构体的命名一直都存在分歧长久以来,大部分对于磷酸化组氨酸报道的文献中都将异构体3称为 3- 磷酸组氨酸20然而,基于对于咪唑环的传统编号命名法,也有文献21将异构体3称为 1- 磷酸组氨酸除此之外,Delbaere 等22在蛋白质晶体学的研究报道中还将2和3
6、两个异构体分别称作 N 1 位磷酸化和 Nε2 位磷酸化的组氨酸为了避免类似的命名差异,国际纯粹与应用化学联合会(IUPAC)以及国际生化联合会(IUB)联合发表了关于含有磷酸基团的诸多生物分子的推荐命名法,华而不实便包含了这一对异构体23在该命名法中,异构体2被称为3(1)- 磷酸组氨酸,而异构体3被 称 为 1 (3)- 磷 酸 组 氨 酸 , 同 时 , 词 头 由 phosphor 改为 phosphono 以表示离子状态除此之外,该命名法还推荐将异构体2称为 -磷酸组氨酸或pros-磷酸组氨酸,而异构体3称为 -磷酸组氨酸或tele-磷酸组氨酸 3主要生物化学性质 3
7、.1化学不稳定性 由于磷酸化组氨酸本身的化学不稳定性,其在生物体内研究的报道相对于其他磷酸化氨基酸的报道一直较少从热力学角度看,磷酸化组氨酸中磷酸基团与咪唑环上的 N 原子连接构成磷酰胺构造磷酰胺键本身是不够稳定的,这是由于磷酰胺构造中的P N 化学键水解经过的自由能变化(水解经过的标准吉布斯自由能变约为-12-14 kcal/mol)较磷酸酯构造(磷酸化丝氨酸、磷酸化苏氨酸、磷酸化酪氨酸)中的 P O 化学键水解经过(水解经过的标准吉布斯自由能变约为-6.5-9.5 kcal/mol)的自由能变化大了不少24从动力学的角度看,磷酸化组氨酸对酸较为敏感,而其他通过磷酸酯连接的磷酸化氨基酸对酸较
8、为稳定25实验表示清楚,1 mol/L盐酸溶液在 100条件下,游离的磷酸化丝氨酸、磷酸化苏氨酸的半衰期约为 18 h,而磷酸化酪氨酸约为 5 h1 mol/L 盐酸溶液在 49条件下,游离的磷酸化组氨酸半衰期也只要数十秒尽管两种磷酸化组氨酸的异构体都很容易在酸性溶液中发生去磷酸化,二者的热力学稳定性是有所区别的 -磷酸组氨酸相比于 -磷酸组氨酸不稳定,因而水解也就更快而 - 磷酸组氨酸和 - 磷酸组氨酸的稳定性差异被以为是N 原子上磷酸基团与质子化的 -氨基的空间距离不同所致26 3.2含有磷酸化组氨酸蛋白的制备及异构体的构成与转化 为了研究磷酸化组氨酸在蛋白质调控中的作用,我们需要首先制备
9、含有磷酸化组氨酸的蛋白,同时可以以将此作为正对照组方式方法一,最直接的方式方法是磷酸激酶磷酸化法通过酶法进行磷酸化能够实如今组氨酸特定位点的选择性磷酸化,但是只对特定酶辨别的底物有效例如酶法制备的组蛋白H4已经被广泛地应用在生化实验中27方式方法二,选择性的化学磷酸化也是一种常用的方式方法28,即利用磷酰胺钾盐在 pH 78 的条件下处理蛋白质,便能够高产率地实现组氨酸磷酸化,其他各类氨基酸残基并不会被磷酸化需要注意的是,在这里反响中, -磷酸组氨酸是动力学优势的产物而随着反响的进行,热力学较为稳定的 -磷酸组氨酸会逐步成为优势产物固然通过色谱能够将两种异构体分离,但是通过化学方式方法得到纯净
10、的 -磷酸组氨酸还是一个挑战近期,K觟nig 小组29报道了利用磷酰胺基钾(PPA)作为磷酸化试剂直接修饰天然蛋白质的工作对于含有多个组氨酸残基的模型蛋白,该处理法将得到一系列不同数目的组氨酸磷酸化产物他们利用生化手段进行了表征PPA 对所有测试的蛋白质都适用,而且还能保证其三级构造的完好性另外, -磷酸组氨酸即使在温和的碱性溶液中也缓慢地转化为 -磷酸组氨酸26,这一情况同样可能发生在分离与鉴定经过中,因此我们能够猜测从生物体内提取分离的 -磷酸组氨酸可能有一部分由 -磷酸组氨酸转化而来 4磷酸化组氨酸及其相关蛋白质的研究方式方法 由于磷酸化组氨酸具有酸不稳定性,因而传统的鉴定分离方式方法不
11、太实用相反,磷酸化组氨酸具有碱稳定性,即使在强碱的热溶液中也不降解而这样的条件能够将磷酸化丝氨酸和磷酸化苏氨酸等分解这归因于磷酰胺与磷酸酯化学性质的差异不同 4.1生化技术与分析化学技术 用非特异性蛋白酶处理磷酸化蛋白能够将其降解为相应多肽片段能够用反相薄层层析法(RP-TLC)进行鉴定,用反相电泳、反相高效液相色谱(RP-HPLC)等进行分离质谱或者串联质谱(MS/MS)也已广泛用于磷酸化蛋白的分析28需要十分注意的是,液相色谱的流动相假如含有酸性成分可能使其分解,而且质谱分析中的正离子检测形式可以能使得磷酸化组氨酸脱去磷酸基团为了克制这一技术挑战,人们做了很多相关探寻求索Ross小组30以
12、已经知道的磷酸化蛋白 HPr 为例,对样品制备、亲和分离及质谱技术进行了系统性研究最近又有一些新的技术进展31另外,由于自然条件下丰度最高的同位素31P 具有很强的核磁共振信号,因此核磁共振磷谱(31P NMR)长期被用作一种磷酸化蛋白质的分析手段32自从 Gassner 等33于 1977年报道了首个 -磷酸组氨酸与 -磷酸组氨酸1H与31P NMR的精细数据以来,人们已经将这一研究手段拓展到鉴定蛋白质中的磷酸化组氨酸异构体的研究中34同时,人们也发展了相应的生化技术来研究直接提取含有磷酸化组氨酸的蛋白质由于磷酸化蛋白质在体内的含量很低,首先需要对其进行富集磷酸化蛋白质组学为此提供了详细的研
13、究方式方法并获得了重要的突破35,人们考虑借鉴其他磷酸化氨基酸的类似研究思路用免疫亲和色谱或者固定金属亲和色谱(IMAC)进行研究例如 Napper 与其合作者36通过固定的铜离子()亲和色谱富集分离了含磷酸化组氨酸的多肽,并用 MALDI-TOF 质谱进行了研究除此之外,人们还发展了带有荧光基团或者生物素标记的分子工具用于相关研究近期,Carlson 等37设计并合成了荧光基团 -ATP 类似物相连的分子(BODIPY-FL-ATP S)由于其能够与组氨酸激酶(HK)的 ATP 结合位点相结合,因此能够被作为一种新型策略用于二组分系统的功能研究或者抑制剂挑选Boon 小组38还设计并合成了
14、ATP- -Biotin-LC-PEO- 胺分子,他们发现该分子能够作为一种生物素标记的激酶底物该分子工具能够用于对包括组氨酸磷酸化激酶或含磷酸化组氨酸蛋白的蛋白质磷酸化研究4.2磷酸化组氨酸类似物。 基于磷酸化组氨酸本身的不稳定性,人们考虑设计合成一些类似物进行模拟方式方法一, Lasker等39的研究表示清楚,含有硫代磷酸化组氨酸(tpHis)的多肽甚至在 pH 为 0 的溶液里 3 h 都保持稳定这正是由于硫原子的电负性与吸电子能力相对于氧原子都要低一些,该类似物的酸性水解稳定性得到提高tpHis(图 3, 4)能够很容易地从组氨酸化学合成得到;利用组氨酸激酶能够直接将ATP S选择性连
15、接到组氨酸残基上40,这一酶法的制备策略早已在其他磷酸化氨基酸的类似物合成中使用过41方式方法二,将易水解的磷酰胺键直接转化为难以分解的C P 共价键也是一种很自然的类似物设计法,而且也被屡次用于其他磷酸化氨基酸类似物的设计中42首先,人们发展了将二唑环改造为其他杂环类似物的策略,例如呋喃环(图 3, 5)21、吡咯环(图 3, 6)43和三唑环44(图 3, 7, 8);其次,人们还设计磷酸基团本身的类似物以实现将易水解的 P N键替代为 C N 键的目的,例如丙二酸酯衍生物45(图 3, 912)除此之外,Hedberg 等46报道了以 C S共价键进一步替换 C P 共价键得到的类似物(
16、图 3, 13)他们将其用于 Fmoc- 固相合成中,并用合成的多肽作抑制剂对组氨酸去磷酸化酶进行结合蛋白捕获(pull-down)实验十分是,这种磺酰胺类似物的氨基被以为能够模拟磷酸基团水解的过渡态同样利用铜离子催化的 Click 反响,Brimble 等47还发展了一种新型的三唑丙氨酸模拟物(图 3, 14),并将其用于多肽合成 在各种磷酸化组氨酸类似物不断设计合成的同时,对于含有翻译后修饰蛋白质的化学全合成48-53与半合成54-58技术也在不断发展人们也开场研究怎样制备含有这些类似物的多肽或者蛋白质Webb 小组59首先将化合物8应用在 Fmoc- 固相合成中,通过脱保卫得到自由的磷酸
17、基团除此之外,他们还通过理论计算证明该类似物与磷酸化组氨酸的类似性后来,该小组60又进一步对磷酸基团的保卫基进行了探寻求索与挑选,并优化了此磷酸化组氨酸类似物在Fmoc- 固相合成中的应用条件Piggott小组61也对氨基、羧基和磷酸基团的保卫基进行了系统性的合成与比拟,并将这些类似物的实用性进行了探寻求索发展磷酸化蛋白质的化学全合成是本领域重要研究方向之一 4.3抗体研究 抗体在磷酸化蛋白质的生化研究中是一个必要的研究工具,而且已经发挥了重要的作用62因而,人们也考虑到寻找磷酸化组氨酸的抗体,但均未成功究其原因可能是由于磷酸化组氨酸的不稳定性导致其在血浆里迅速发生水解而无法引发足够强度的免疫
18、应答此后,人们尝试利用无法水解的类似物来诱导抗体的探寻求索,例如含吡咯的类似物,但得到的抗体并不能正确辨别原始的磷酸化组氨酸构造43Marletta 及其合作者63用ATP S作为组氨酸磷酸化激酶的底物,并进一步用 PNBM 处理磷酸化产物构成了半合成的磷酸化组氨酸表位,获得了阶段性的成功但是得到的抗体也存在一定缺陷,即不能区别不同的磷酸化氨基酸(图 4) 值得注意的是,有些针对其他磷酸化氨基酸的抗体由于特异性不强可以以辨别磷酸化组氨酸Frackelton 研究组64发现,抗磷酸化酪氨酸的抗体MA-2G8 具有穿插作用,该抗体不能区分磷酸化组氨酸与磷酸化酪氨酸直到 2018 年,Muir 小组
19、44在研究磷酸化组氨酸类似物的同时研制出了磷酸化组氨酸的抗体蛋白他们用组蛋白 H4 的 18 位组氨酸磷酸化诱导产生了特异性抗体,这一策略对其他磷酸化蛋白质抗体的研制可能同样适用此后,Muir 等65又得到了第一个不具有序列依靠性的磷酸化组氨酸特异性抗体(pan-pHis 抗体)他们利用 -磷酸组氨酸的水解稳定类似物(pTze)作为半抗原诱导产生抗体该抗体已经被成功应用于 ELISA、Western免疫印迹、斑点杂交(Dot blot)测试和免疫沉淀等各类生化实验他们进一步在细胞裂解液中借助MS 检测鉴定出了一系列含有磷酸化组氨酸的蛋白质,并得到一系列相关生物学发现 5主要生理功能 由于含磷酸
20、化组氨酸的蛋白质在生物体中起到了重要的调节作用,人们对其生物学功能做了系统性的研究当前发现的与组氨酸磷酸化相关的蛋白主要包括 4 类66a磷酸化组氨酸作为酶的中间产物介入到磷酸基团向小分子的转运经过,包括核苷二磷酸激酶(NDPK)、ATP- 柠檬酸裂解酶等b能够被组氨酸磷酸激酶磷酸化的蛋白质,例如膜联蛋白、ATP- 柠檬酸水解酶、异质化的三聚化G 蛋白等c具有组氨酸激酶活性的蛋白质,包括二组分信号通路中的组氨酸激酶、NDPK 与组蛋白H4 组氨酸激酶等d磷酸酶,包括磷酸化组氨酸磷酸酶以及各种蛋白磷酸酶组氨酸磷酸化介入到细菌、真菌、植物中的两组分和多组分磷酸转移信号通路原核生物中比拟典型的磷酸化
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