基因组编辑的类型及其产品安全管理,分子生物学论文.docx
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1、基因组编辑的类型及其产品安全管理,分子生物学论文摘 要: 基因组编辑技术是指利用特异性核酸酶的定点剪切活性与细胞内源DNA损伤修复活性, 在基因组水平上对目的核酸序列或单个核苷酸进行定点修饰的基因工程技术, 该技术能够对生物体基因组进行精到准确敲除、插入、单碱基突变或置换等编辑。当前, 基因组编辑技术具有精到准确性、高效性及易操作性, 应用范围日益扩大。文中扼要概述了3种主要的基因组编辑技术工具及基因组编辑类型, 介绍了美国、欧盟等国家和地区对基因组编辑产品的监管体制。同时, 基于我们国家对转基因产品的安全管理原则与体系, 初步提出了基因组编辑产品的安全管理思路。根据中间材料或产品中能否含有外
2、源编辑酶蛋白基因成分对基因组编辑产品进行分类管理, 含有外源编辑酶的材料应按现有转基因安全管理办法进行管理;中间材料或产品中不含有Cas9等编辑酶的材料应根据被编辑位点的特征进行详细分类管理。 本文关键词语: 基因组编辑; 转基因; 安全管理; Abstract: Genome editing is a genetic engineering technique that uses site-directed cleavage activity of specific artificial nucleases and endogenous DNA damage repair activity
3、to generate insertions, deletions or substitutions in the targeted genomic loci.As the accuracy and efficiency of genome editing is improving and the operation is simple, the application of genome editing is expanding. This article provides an overview of the three major genome editing technologies
4、and genome editing types, and the regulatory frameworks for genome-edited products were summarized in the United States, the European Union, and other countries.At the same time, based on the Chinese safety management principles and systems for genetically modified organisms (GMOs) , the authors pro
5、posed a regulatory framework for genome-edited products. Genome-edited products should first be classified according to whether containing exogenous genetic components such as Cas9 editing enzymes or not. They should be regulated as traditional genetically modified organisms if they do. Otherwise, t
6、he regulation of genome-edited products depends on targeted modifications. Keyword: genome editing; transgene; safety regulation; 基因组编辑技术是指对基因组进行定点修饰的技术, 该技术能够对生物体基因组进行精到准确敲除、插入或置换, 华而不实CRISPR/Cas9系统最为突出, CRISPR/Cas9自2020年被Science列为年度十大科学突破之一后, 始终保持高速发展, 在医药治疗、农业生产和环境保卫等方面均具有宏大的应用潜力, 是当下生物技术的研究热门与将来
7、的发展方向。固然基因组编辑技术有很高的精到准确性, 但也存在一定程度的脱靶现象。当前, 亟需明确基因组编辑产品的安全管理思路和办法, 保障基因组编辑技术及其产业的健康有序发展。 1、 基因组编辑技术 基因组编辑是一种对生物体基因组进行定点修饰、定向敲除或插入目的基因的编辑技术1。该技术通过精到准确定位基因组的目的位点, 剪断靶标DNA片段, 实现插入、敲除或定点修改目的序列。通过基因组编辑, 特定敲除目的基因、插入特定基因或者定点突变使基因失活, 能够最直接有效地研究该基因功能以及它对各方面性状的影响。基因组编辑技术主要包括核酸酶介导的锌指核酸酶 (Zinc-finger nucleases,
8、 ZFN) 技术、转录激活因子样效应物核酸酶 (Transcription activator-like effector nucleases, TALEN) 技术和RNA引导的规律成簇间隔短回文重复序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeat, CRISPR) 技术。 ZFN是第一个针对特定DNA区段可编程的基因组编辑工具, 由特异性DNA结合构造域ZFP和DNA切割构造域Fok核酸内切酶组成。由于构造域ZFP能对基因组中特异性基因进行辨别和定点剪切, 导致基因DNA产生双链断裂 (Double strand bre
9、ak, DSB) , 再通过非同源末端连接 (Non-homologous end joining, NHEJ) 和同源重组 (Homology directed repair, HDR) 修复断裂, 进而对基因组中的特定位点进行靶向编辑2,3。然而, ZFN的设计比拟繁琐, 靶向新的DNA序列时需要定制设计新的ZFN, 存在脱靶率高、成本较高和难以使用等缺点。 TALEN也是一种核酸酶介导的基因组编辑技术, 由TALE和Fok核酸内切酶两部分组成。华而不实, TALE构造域能辨别DNA特异位点并与之结合, 而由Fok构成的切割域能执行切割功能。两者结合可使靶位点目的基因DNA产生DSB, 进
10、一步诱导DNA损伤后修复, 对基因组进行靶向编辑4。固然在易用性方面优于ZFN, 但其蛋白质设计、合成和验证工作限制了其广泛应用。 ZFN和TALEN的序列靶向通过蛋白质-DNA互相作用介导, 而CRISPR/Cas系统募集指导RNA, 通过碱基配对将核酸内切酶引导至靶DNA序列。CRISPR/Cas系统大致分为3类, 华而不实型系统的组成比拟简单, 只需要Cas9蛋白、tracrRNA和crRNA三种成分即可发挥作用5, 且具有高效性和易操作性, 成为当前应用最广泛的基因组编辑系统。型CRISPR/Cas系统的特征蛋白为Cas9, Cas9蛋白具有RuvC和HNH两个核酸酶构造域, 负责切割
11、靶DNA的两条链, 进而造成双链的断裂。华而不实HNH构造域负责切割与crRNA互补的DNA链, 切割位点位于原型间隔序列毗邻基序 (Protospacer adjacent motif, PAM) 上游3 bp处, RuvC构造域负责切割非互补链, 切割位点位于PAM上游3 8 bp处。Cas9蛋白同时具有加工产生crRNA以及切割外源核酸的功能6。crRNA通过碱基配对与tracrRNA结合构成tracrRNA/crRNA复合物, 研究者能够将tracrRNA和crRNA作为两种向导RNA (gRNA) 或者融合在一起构成单向导RNA (single guide RNA, sgRNA) 。
12、sgRNA能够与Cas9核酸内切酶结合并将Cas9引导至基因组上对靶位点进行切割。CRISPR/Cas9系统使目的基因DNA产生DSB, 特异性DSB会激活细胞内的DNA损伤修复机制, 包括易错的NHEJ修复和高保真的HDR修复。当前, CRISPR/Cas9系统已经被成功运用到玉米Zea mays7、小麦Triticum aestivum8、水稻9、大豆Glycine max10、烟草Nicotiana tabacum11和拟南芥12等植物中, 与其他编辑技术相比, 其成本低、制作简便、快速高效的优点, 成为科研、医疗等领域的有效工具。 2、 基因组编辑的类型 2.1、 单碱基替换 单碱基变
13、异是作物很多重要农艺性状发生突变的遗传基础, 常导致氨基酸的替换或蛋白质翻译终止, 使基因功能发生改变, 进而产生新性状。2021年4月, 哈fo大学David Liu首先报道了基于胞嘧啶脱氨酶 (APOBEC1) 与CRISPR/Cas9融合构成的单碱基编辑技术 (Base editor, BE) 。该技术将Cas9与胞嘧啶脱氨酶融合, 并通过sgRNA将融合蛋白靶向靶位点, 在不切割双链DNA的情况下, 在一定的突变窗口内对靶基因位点实现胞嘧啶 (Cytosine, C) 到胸腺嘧啶 (Thymine, T) 的单碱基转换13, 研发了第一代编辑系统 (BE1) , 但效率不高。在这里基础
14、上, 他们通过融合尿嘧啶糖苷酶抑制蛋白 (Uracil DNA glycosylase inhibitor, UGI) 构成了第二代编辑系统 (BE2) , 同时将dCas9突变为Cas9n (D10A) , 进一步优化产生了BE3。2021年8月, David Liu实验室又在BE3基础上通过进一步优化连接 (Linker) 序列, 同时增加一个拷贝的UGI, 构成了BE4系统14。华而不实他们实验室报道的BE3效率最高。同年11月, Li等15首先利用BE3系统构建植物表示出载体, 以水稻OsPDS和OsSBEIIb为靶标基因进行单个碱基定点替换研究, 效率最高可达20%左右。中国科学院高
15、彩霞研究组也随后报道了借鉴哺乳动物单碱基编辑方式方法, 利用改造后的Cas9蛋白 (nCas9-D10A) 融合大鼠胞嘧啶脱氨酶 (rAPOBEC1) 和UGI, 构成了高效的植物单碱基编辑系统n Cas9-PBE, 成功在小麦、水稻和玉米三大重要农作物基因组中实现高效、精到准确的单碱基定点突变16。同时, 朱健康研究组在APOBEC1功能的基础上, 对两个编码重要农艺性状的水稻基因NRT1.1B和SLR1进行C T或C G的单碱基编辑, 替换的效率为1.4% 11.5%17。 为了将单碱基编辑系统更好地应用于研究中, 2021年10月, David Liu又报道了可通过将腺苷脱氨酶与Cas9
16、融合实现腺嘌呤 (A) 到鸟嘌呤 (G) 转换的单碱基编辑系统 (Adenine base editor, ABE) 。该系统可将PAM (NGG) 上游12 17 bp处的腺嘌呤脱氨基转变为肌苷, 肌苷可与C配对, 在DNA水平被当成G进行辨别与复制, 实如今突变窗口内A到G的突变。研究者经太多次挑选, 构建了在人类细胞中编辑效率可达50%左右的高精到准确度的单碱基编辑系统18。2021年2月, 朱健康研究组通过ABE单碱基编辑系统成功地对水稻基因组中的OsSPL14和SLR1位点进行了单碱基编辑, A T到G C的替换的效率分别为26%和12.5%19。同年5月, 高彩霞研究组在前期研究的
17、基础上, 利用nCas9-D10A融合大肠杆菌野生型腺嘌呤脱氨酶 (ecTadA) 和人工定向进化的腺嘌呤脱氨酶 (ecTadA*) 二聚体, 建立了ABE单碱基编辑系统, 在水稻和小麦中实现了高效的A T到G C碱基的替换, 并获得了通过植物ABE系统编辑的具有除草剂抗性的水稻和小麦植株20。随后, 韩国科技大学的Jin-Soo Kim团队也成功实现了拟南芥和油菜Brassica napus L.基因组A G的碱基替换, 这将为植物基因组编辑提供更多的工具选择21。单碱基编辑系统在植物中的成功利用, 有望大大加快农作物重要农艺性状的改进进程, 具有重要的应用前景。 2.2、 寡核苷酸插入或缺
18、失 CRISPR/Cas9系统使目的基因DNA产生DSB, 特异性DSB会激活细胞内的DNA损伤修复机制, 由非同源末端连接 (NHEJ) 介导的修复经过通常会导致非特异性的插入、缺失或其他突变。2021年, 朱健康课题组利用CRISPR/Cas9技术在两个广泛种植的优良粳稻品种秀水134和9522中将Waxy基因进行突变。研究结果表示清楚, Waxy基因的突变会导致这两个品种中的直链淀粉含量降低, 将非糯稻变成糯稻22。2021年, 谢传晓课题组利用CRISPR/Cas9编辑技术, 对玉米LG1 (LIGULELESS1) 基因第1外显子序列进行定向突变, 产生基因敲除突变, 获得了叶片夹角
19、表型减小的突变植株23。 2.3、 多位点编辑 基于转录后gRNA和Cas9是分离的, 各个gRNA具有独立性的特点, CRISPR/Cas9系统可在同一个体中实现多基因或多位点同时敲除。多位点编辑可提高复杂数量性状基因功能研究的效率, 构建多基因缺失突变体, 有利于功能冗余的家族基因研究和多倍体物种的研究。通过高效驱动多个gRNAs, 能够实现作物重要农艺性状的遗传改进。 2021年, 刘耀光课题组构建的CRISPR/Cas9载体系统能够在单子叶植物和双子叶植物中实现高效的多重基因组编辑, 利用该系统, 研究人员在水稻中分别编辑了46个靶位点, 突变率平均为85.4%24。2021年, 侯文
20、胜课题组利用CRISPR/Cas9系统编辑大豆开花调控途径中3个关键的整合因子GmFT2a, 介导产生提早终止密码子引起mRNA降解, 最终挑选获得了 无外源基因 (Transgene-clean) 的GmFT2a定点敲除晚花突变体, 这类突变体不含有转基因元件, 表型显着且能稳定遗传25。该研究利用CRISPR/Cas9系统实现大豆重要农艺性状遗传改进, 为大豆基因组编辑技术的育种应用提供了成功例子。2021年, 堪萨斯州立大学的科研人员针对小麦粒长、粒宽和粒重等有关的TaGW2基因和与小麦白粉病等有关的TaLpx-1、TaMLO基因, 利用串联重复的tRNA-gRNA单元构建的编辑载体,
21、成功实现了六倍体小麦3个基因的同时敲除26。 2.4、 CRISPR/Cas系统介导的大片段编辑 随着基因组编辑技术的不断发展, 除了通过引入寡核苷酸插入缺失变异来敲除基因功能外, CRISPR/Cas9还能够用来开创建立染色体异常 (如大片段缺失、易位、倒位) 的突变体。Zhou等27利用CRISPR/Cas9和一对gRNA从水稻染色体上删除了1个115 245 kb大片段, 华而不实包含了2 3个不同的基因簇, 且该突变被稳定地遗传到所有T2代植株。由于此技术在引起DSB和随后的靶基因组编辑方面到达极高的效率, 一些T0植物能够直接用于生物实验, 减少基础生物学实验所需的时间。 粳稻中的D
22、EP1 (DENSE AND ERECT PANICLE1) 突变基因, 能促进细胞分裂, 使得植株稻穗变密、枝梗数增加和每穗籽粒数增加, 进而促使水稻增产。为了使籼稻增产, 先正达生物科技 (中国) 有限公司的研发人员利用CRISPR/Cas9技术对籼稻中的DEP1基因进行了突变, 研究结果表示清楚他们成功造成了DEP1基因上10 kb大片段的缺失, 且编辑效率超过9%, 并得到了具有增产潜力的编辑后水稻材料28。 朱健康研究组对2个编码拟南芥甲基化酶的内源基因ROS1和DME分别进行了4个外源大片段敲入测试, 华而不实在ROS1蛋白C端分别敲入720 bp的绿色荧光蛋白GFP和长达1 65
23、3 bp的荧光素酶蛋白LUC, 测试均获得稳定可遗传的单株, 它能够在拟南芥基因组精准定向地实现氨基酸或大片段的插入或替换, 效率高达5% 10%29。 2.5、 CRISPR/Cas系统介导的转录调控 研究者将CRISPR-Cas9系统中Cas9蛋白的两个核酸内切酶活性的构造域HNH和RuvC进行H840A和D10A定点突变, 获得只要DNA结合能力的蛋白dCas9, 使该系统具有了调控基因表示出的新功能30。 2020年, 加州大学旧金山分校的研究人员发现CRISPR技术能够用于真核细胞转录调控研究, 并在人类和酵母细胞中均得到证实31。2021年, Lowder等32将dCas9与病毒转
24、录激活因子Vp64融合, 通过拟南芥的瞬时表示出, 表示清楚dCas9-VP64成功地激活了GUS基因的表示出。为了提高转录激活效率, Konermann等33重新设计了CRISPR/dCas9激活复合体, 使之能够大幅度提高转录激活效率, 在人类细胞中实现同时激活10个内源基因, 并能够上调长链非编码RNA (lncRNA) 的转录水平。Baazim等34则在烟草的瞬时转化中采用CRISPR/dCas9系统, 将dCas9的C-末端与激活构造域EDLL或TAD融合, 结果表示清楚dCas9-EDLL融合蛋白或dCas9-TAD融合蛋白能够激活GUS基因或PDS基因的表示出。同时, 该团队将d
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