第三章-酶学2011.09.9-生物化学-教学课件.ppt
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1、(enzyme)第一节酶是生物催化剂生物体的新陈代谢过程包含许多复杂而有规律的物质变化和能量变化。绿色植物利用光能将水和CO2、无机盐等简单物质,经过一系列化学变化,合成复杂的糖类、蛋白质、核酸和脂类等。动物能将各种食物经过复杂的分解和合成反应转化为自身的组成成分和所需的能量,得以生长、发育、运动和繁殖等。新陈代谢是生物其它仪器生命现象的基础。其中许多反应都是在酶的催化下进行的。酶是细胞所产生的、具有催化能力的生物催化剂。它和一般催化剂比较,具有以下特点。一、酶的催化特点(1)催化效率高。比非催化高108-1020倍,比其它催化剂高 107-1013倍。(2)酶的作用具有高度的专一性。一种酶只
2、能催化一个或一类十分相似的反应。通常把酶作用的物质叫做底物。相对专一性基团专一性,例如-葡萄糖苷酶键专一性,例如:脂肪酶绝对专一性:酶对底物要求绝对严格脲酶对绝对不作用。O=CNH2NH-ClO=CNH2NH2脲酶2NH3 +CO2 +H2OCH2OHOHOHCH2OHOHOHOOHOHOO-葡萄糖苷酶+H2O-葡萄糖苷酶+H2OHOOHCH2OHOHOHOCH2OOHCH2OHOOHCH 3CH2-O-CO(CH2)14-CH3CH2-O-CO(CH2)14-CH3CH-O-CO(CH2)16-CH3CH2-O-CO(CH2)16-CH3HOOC-(CH2)14-CH3HOOC-(CH2)1
3、6-CH3CH2-OHCH-O-CO(CH2)16-CH3CH2-O-CO(CH2)16-CH3CH2-O-CO(CH2)14-CH3CH-OHCH2-O-CO(CH2)17-CH3脂肪酶+H2O脂肪酶CH 3CH2-OH+HOOC-(CH2)14-CH3+H2OCH2OHHOOHOHOOHCH2OHHOOHOHOOHHOOHCH2OHOHOOHHOCH2OOHCH2OHOHHO立体专一性若酶只对旋光异构体中的 D-与L-构型中的一种物质起催化作用的现象,叫旋光异构专一性。COOHCHOHCH3D-乳酸COOHC=OCH3丙酮酸乳酸脱氢酶 NAD+NADH+H+苹果酸脱氢酶 NAD+NADH+
4、H+COOHCHOHCH2COOH苹果酸COOHC=OCH2COOH草酰乙酸(3)酶容易失活。一般催化剂在一定条件下会因中毒而失去催化能力。而酶较其他催化剂更加脆弱,更容易失去活性。强酸强碱,高温等条件都能使酶破坏而完全失去活性。只有在比较温和的条件下,如常温、常压、接近中性的pH条件等起催化作用。(4)酶活性能受到调节控制。调节方式多种多样:共价修饰、抑制调节、反馈调节、酶原激活及激素调节等。(5)酶催化活力与辅酶、辅基、金属离子有关。若将他们除去,酶就失去活性。酶催化作用的高效性、专一性以及条件的温和性使酶在生物体内新陈代谢中发挥强有力作用,酶活性的可控性是生命活动中各个反应得以有条不紊地
5、进行。二、酶的化学本质单成分酶水解后只得到氨基酸双成分酶蛋白部分-酶蛋白非蛋白部分-辅助因子酶的化学本质1980年绝大多数的酶属于此类酶。如不特别说明一般所说的酶均属此类SumherNorthrop纯化得到脲酶、胃蛋白酶、胰蛋白酶结晶而荣获1946诺贝尔奖具有催化作用的一类蛋白质-蛋白质酶类噬菌体T4RNA自我断裂、四膜虫的26SrRNA均能自我剪切形成成熟的rRNA。单链DNAE47。CechAltman获1989诺贝尔奖有自剪切或催化功能的核酸-核酶根据酶蛋白的分子特点将酶可分成三类:1.单体酶:由一条肽链组成的酶。一般都是催化水解的酶,如溶菌酶、胰蛋白酶、核糖核酸酶等。2.寡聚酶:由两个
6、及两个以上亚基组成的酶。亚基可以相同,也可以不同。亚基之间是非共价结合的、彼此可以分开。例如磷酸化酶a和3-磷酸甘油醛脱氢酶等。3.多酶复合体:有几种酶彼此嵌合形成的体系。这类酶催化效率高,容易调节,有利于一系列反应连续进行。例如丙酮酸脱氢酶复合体、脂肪酸合成酶复合体等。表:含不同亚基的寡聚酶(P326)酶名称 来源 亚基数 相对分子量F-1,6-2P激酶 兔肝 2A 229.0 2B 237.0乳酸脱氢酶 牛心 4H 435.0 牛肾 4M 435.0三、酶的化学组成分类1.单成分酶(单纯酶)。仅有氨基酸组成的酶类。2.结合酶类(双成分酶):由酶蛋白部分和非蛋白两部分组成。结合酶类决定酶的专
7、一性,即酶催化作用的底物决定酶催化作用的性质,如氧化还原反应、基团转移、水解、裂解、合成等。酶蛋白辅助因子辅助因子辅基-与酶蛋白结合较紧密,不易于脱离的辅助因子辅酶-与酶蛋白结合松弛,易于脱离的辅助因子例如NAD+,NADP+,CoASH等。例如FMN,FAD,血红素-Fe()等。结合酶最大特点是,只有当辅助因子与酶蛋白结合成全酶才具有催化活性。相反,当酶蛋白或辅助因子单独存在时不具备催化作用。总之,辅助因子在酶促反应过程中起质子、电子、基团传递者。一些酶活性中心中的残基或基团活性中心必需基团常见的有His侧链的咪唑基、Ser-CH2-OH、Cys-SH,Glu-COO-,Asp-COO-等。
8、弹性蛋白酶 His42,Asp87,Ser180.羧肽酶A Arg145,Tyr248,Glu270,Zn2+核糖核酸酶 His12,Lys41,His119溶菌酶 Glu35,Asp52酶名称 参与活性中心的残基或基团 胰蛋白酶 His42,Asp87,Ser180-胰凝乳蛋白酶 His57,Asp102,Ser195,Ile16酶活性中心必需基团按照功能分为3类与底物结合的基团影响底物某些化学键稳定性,并催化底物发生反应的基团称为催化基团。必需基团结合基团催化基团活性中心外必需基团虽不参加酶的催化过程,但确是维持酶活性中心的空间结构所必需的基团。2.酶活性中心的一般特点(1)酶的活性基团一
9、般处于酶分子的一个洞穴或裂缝中,而且是一个相对的疏水环境,其中介电常数较低,异性电荷之间的作用较强,但仍属于弱作用力,这有利于酶的催化基团对底物发挥催化作用。在生理条件下,它有一半以广义酸的形式存,另一半以广义碱的形式存在,即既能提供质子,也能接受质子。适合酸碱催化的要求。其中的共轭碱形式中1个N:具有亲核催化能力。a.咪唑基的pK值为6.77.1。咪唑基是广义的、十分有效的酸、碱催化基团,又是亲核催化基团(剂),其原因有两点:(3).咪唑基作为催化基团常出现在活性中心。(2)酶的活性中心是一个具有三维结构的实体,底物结构与其诱导匹配性决定酶的专一性。b.半衰期小于0.1ns(毫微秒)即供出质
10、子和接受质子的速度几乎相等,而且十分迅速。诱导契合学说:Koshland(1958)认为,酶分子构象是可变的,活性中心结构具有柔性。酶与底物结合时,酶分子受底物诱导,其构象发生变化,以利于催化基团和底物敏感键锲合,形成E-S复合物。第二节酶的命名和分类 1.氧化还原酶类(oxido-reductases)2转移酶类(transferases)3水解酶类(hydr0lases)4裂合酶类(裂解酶类,1yases)5异构酶类(isomerases)6.合成酶类,也称为连接酶(ligases)酶的系统名称原则(国际命名方法1961提出):“酶作用底物名”:“底物”(或辅助因子)+酶催化性质+“酶”字
11、乳酸 +NAD+=丙酮酸 +NADH +H+举例:L-乳酸:NAD+氧化还原酶(EC1.1.1.27)系统名俗名乳酸脱氢酶丙氨酸:酮戊二酸氨基转移酶(EC2.6.1.2)丙氨酸+-酮戊二酸=丙酮酸+谷氨酸谷丙转氨酶注意水解酶命名方法:“来源”+“底物”+“酶”字例如:牛胰RNase(RNAase),胰蛋白酶,嗜热菌蛋白酶,唾液淀粉酶等。乙酰辅酶A:水解酶和乙酰辅酶A:水水解酶说法那个错?酶系统命名:1 氧化还原酶类及系统名 习惯命名 催化的反应1.1 作用于供体CHOH 基1.1.1 以NAD+或NADP+为受体 1.1.1.1 醇:NAD+氧化还原酶 醇脱氢酶 醇+NAD+醛或酮+NADH1
12、.1.3 以O2为受体1.1.3.4-D葡萄糖:氧氧化还原酶 葡萄糖氧 -D-葡萄糖+O2 酸-内 化酶 酯+H2O21.2 作用于醛基或酮基1.2.1 以NAD+或NADP+为受体1.2.3 以O2为受体1.2.3.2 黄嘌呤:氧氧化还原酶 黄嘌呤氧 黄嘌呤+O2 尿酸+H2O2 化酶“底物1:底物2”+催化反应性质+”酶”字1、氧化还原酶类:顾名思义是催化氧化还原反应的酶。反应通式:AH2+B =A+BH2 如乙醇脱氢酶、3-磷酸甘油醛脱氢酶等。二、六大类酶的特征 脱氢酶类的辅酶是NAD+或NADP+,FAD或FMN。有些酶可用NAD+也可用NADP+,如L-谷氨酸脱氢酶,苹果酸脱氢酶催化
13、苹果酸脱氢的反应。1,3-二磷酸甘油酸CH2-O-OH-C-OHC-OP_=_P_3-磷酸甘油醛脱氢酶3-磷酸甘油醛CH2-O-OH-C-OHC-H_=_P_NADH+H+NAD+Pi3.1 水解酯键;3.2 水解糖苷键;3.3 水解肽键;4、裂合酶类(裂解酶类)催化底物的裂解或其逆反应。底物裂解时,一分为二;产物中往往留下双键。在逆反应中,催化某一基团加到这个双键上。如醛缩酶催化l,6-二磷酸果糖分子断裂生成磷酸二羟丙酮和3-磷酸甘油醛的反应。醛缩酶F-1,6-2PH3PO2OCH2CH2-0-PO3H2OOHOH磷酸二羟丙酮CH2-OHC=OCH2-O-PO3-3-磷酸甘油醛CHOHO-C
14、-HCH2-O-PO3-6、合成酶类 5、异构酶类催化同分异构体之间的相互转变。如磷酸丙糖异构酶催化3-磷酸甘油醛和磷酸二经丙酮之间的相互转变。该类酶包括6个亚类,亚类表示异构作用的类型.磷酸丙糖异构酶磷酸二羟丙酮CH2-OHC=OCH2-O-PO3-3-磷酸甘油醛CHOHO-C-HCH2-O-PO3-A+B+ATP A-B +ADP +Pi催化由两种或两种以上的物质合成一种物质的反应,且必须有ATP参加。反应通式:如丙酮酸羧化酶催化丙酮酸羧化为草酰乙酸的反应。判断下列说法正确与否:1.催化ATP+葡萄糖 6-磷酸葡萄糖+ADP的酶属于磷酸基团转移酶。()2.蛋白质激酶属于合成酶。()3.醛缩
15、酶属于裂合酶,所以系统名编号应该为EC4.X.X.X。()蛋白激酶 2磷酸化酶b +4ATP 磷酸化酶a +4ADP(磷酸化,激活)(无活性)(活性)糖原合成酶I +ATP 糖原合成酶D +ADP(磷酸化,失活)(活性)(无活性)催化蛋白质磷酸化的酶。1,6-二磷酸果糖3-磷酸甘油醛 磷酸二羟丙酮C6糖2C3糖实际应用IU常常很繁琐,人们往往采用习惯活力单位。蛋白酶活力单位习惯定义:1个1min内将底物酪蛋白分解产生1g酪氨酸的酶量。淀粉酶活力单位习惯定义:1小时内水解1g淀粉的酶量。有的部门则采取每小时分解1ml2%的淀粉溶液的酶量为1个活力单位。1972年国际酶学委员会由推荐一种新的酶活力
16、单位Katal(简写Kat)。1Kat为每秒钟内能使1mol底物转化为产物所需要的酶量。若每秒钟内使1mol底物转化的酶量则为1Kat。1Kat=60106IU1IU =1/60 Kat =16.67nKat(nKat:纤Kat)酶活力测定条件:最适温度、最适pH、最适底物浓度和最适缓冲溶液的离子强度。国际单位:在最适条件下(25C),每分钟内催化1mol底物转化为产物的酶量为1个酶活力单位(IU)。(1961年)计算举例:现有1g淀粉酶制剂(干粉末),用蒸馏水溶解并定溶至1000ml,从中吸取0.5ml测定该酶活性,测定得知5min分解0.25g淀粉。计算每g酶制剂(干粉末)所含的淀粉酶活力
17、单位数;经测定酶液蛋白氮为0.04mg/ml,计算淀粉酶比活力为多少?(淀粉酶活力单位规定为:在最适条件下,每小时分解1g淀粉的酶量为1个活力单位)。0.25g1000ml5min/60min0.5ml酶活力/克酶制剂=6000(u)酶比活力=60000.04mg/ml6.25 1000ml=24解题:酶比活力=活力单位数酶蛋白毫克数2.8(IU)510-3mg蛋白=560单位mg蛋白-1酶的转换数是指每摩尔的酶(单体酶)或酶活性部位的摩尔数(含多个活性部位的酶)在单位时间内转化底物的摩尔数。每个活性部位的转换数=单位时间内转化底物的mol数酶活性部位的mol数=2.8molmin-1(5g/
18、40000g mol-1)(4个部位/酶)=5600min-1练习1(自完成):碳酸酐酶催化H2O+CO2=H2CO3,碳酸酐酶的相对分子量为30000。如果10g纯的碳酸酐酶于37C及最适条件下,1min内催化0.30g的CO2水合,计算该酶的转换数。(2.010-7min-1)四、酶反应速度概念酶的反应速度用单位时间内单位体积中底物的减少量来表示。酶速度单位:底物变化量/单位时间。时间底物浓度减少量斜率=浓度/时间=v图t1时间之内,酶促反应速度保持恒定。随时间延长,酶促反应速度下降。t1因此,测定酶促反应速度应该以初速度为准。为了检验酶反应和测定反应系统是否正常,通常在测定时应该先制作两
19、种曲线(直线)。(1)酶反应进程曲线,进而确定每反应初速度(如上图)。(2)根据酶反应初速度制作酶浓度曲线t2其原因主要有:反应体系底物浓度下降,酶在一定pH及温度下部分失活,产物浓度增加对酶产生抑制及加速了逆反应速度等。CH2-CH2-C-OCH2-CH3=OH+OHHCH2-CH2CO-CH2-CH3=OH+CH2-CH2-C-OH+HOCH2-CH3=O第四节酶促反应动力学主要研究酶反应速度规律以及各种因素对与酶反应速度的影响。一、底物浓度对酶促反应速度的影响SV 一级反应混合级反应零级反应反应体系E浓度保持恒定,增加S,测定底物变化量,得如下曲线。1902年 Brown首先提出中间复合
20、物学说。Vm中间复合物学说:E+S E-S E +PE表示游离酶S表示游离底物E-S表示酶-底物络合物P酶作用的产物产物P的生成速度代表整个酶催化的反应速度。而产物的生成速度取决于ES。因此整个酶反应的速度取决于ES大小。曲线特征:S很小(低)时,酶促反应速度与S成正比,表现为一级反应。S再增大,V不再按正比升高。表现为混合级反应。S增大到一定程度,V不会随S增大而增加,表现为零级反应。并接近最大反应。E+S E-S E +P当底物浓度比较高时,溶液中的酶全部与底物结合成中间络合物,没有游离的E。增加底物浓度也不会有更多的中间络合物形成,此时底物浓度与反应速度几乎没有关系。反应达到最大反应速度
21、。二、米氏方程的导出E+S E-S E +P1913年Leonor Michaeli&Maud Menten建立了十分简单的动力学方程比较准确地反映了酶促动力学原理。1925年Briggs&Haldane对米氏方程作了修正。酶促反应分步进行,第一步是E与S结合生成酶-底物络合物(ES),经催化生成产物P并脱离酶。K1K2K3K4产物P的生成速度代表整个酶催化的反应速度。而产物的生成速度取决于ES。因此整个酶反应的速度就取决于ES。ES的形成量不仅与E+S有关,而且与P+E有关。当S很低酶反应处于初速度阶段,P的量更少,P+E生成ES的速度极小,可以忽略不计。故ES生成速度只与反应E+S E-S
22、 有关。因此:K1ES的形成速度=K1ESES的分解速度=(K2+K3)ESE+S E-S E +PK1K2K3K4从平衡式可知:酶催化反应速度取决于产物的生成速度,即反应体系中ES以及速度常数K3。V=K3ES当整个酶反应体系处于动态平衡,即ES的生成速度等于分解速度,此时有:K1ES =(K2+K3)ESES=K1ESK2+K3=ESK2+K3K1(1)(2)K1ES=ESK2+K3令:K2+K3K1Km=并代入上式,可得:ES=ESK2+K3K1ES=KmE代表的是未与底物结合的游离酶浓度,即:E=EtES(3)代入上式(3),可得:ES=ESKm(EtES)SKm=(4)整理(4)式,
23、得:ES=EtSKm+S因为:V=K3ES所以:V=K3ESK3EtSKm+S=(引入米氏常数)V=K3ESK3EtSKm+S=当底物浓度达到很高时,所有酶都被S结合成ES,即 Et=ES此时,酶促反应达到了最大反应速度:Vm=K3ES=K3Et代入上式,可得:V=K3EtSKm+SVmSKm+S=上式则为修正后的米氏方程。VmSKm+SV=(一)米氏方程讨论:V=Vm S Km+S=Vm S S=Vm=K3ES零级反应1.当S很低时,即 S Km,但 S E,这时 V S,即为一级反应;2.当S很高时,即 S Km,Km 可忽略不计:V=Vm S Km+S Vm S Km一级反应3.令V=1
24、/2 Vm,并代入米氏方程Vm S Km+S=12Vm得:即:2S=Km +S Km=S Km 含义:就是当酶促反应速度达到最大反应速度一半时的底物浓度,单位:mol/L或mmol/L。S(mol/L)V S1S2Vm1Vm21/2Vm21/2Vm1Km1Km2当某种酶能催化2种底物变化时,对于S1达到最大反应速度一半时需要的S1和催化S2达到最大反应速度一半需要S2谁大、谁小?S1S2酶对作用底物的Km 越小,表明酶对该种底物的亲和力越大。相反,酶对所作用底物的Km越大,亲和力就越小。因此,Km大小是酶对特定底物亲和力大小的度量的尺度。(二)米氏常数的意义1.Km值是酶的一个基本特征性常数对
25、于特定的反应来说Km是酶的特征性常数。它的大小与酶的性质有关,和酶的浓度无关。而与具体的底物有关,并且随温度pH和离子强度的改变而改变。不同酶对底物的Km值不同,通过 Km值,可以鉴别酶。2.从Km值可以判断酶的专一性和天然底物一些专一性差的酶往往可作用几种底物,并对应几个Km值。其中Km最小的,通常就是该酶的天然底物。天然底物天然底物酶 底物 Km (mmol/L)溶菌酶 N-乙酰氨基葡萄糖 610-6 -半乳糖苷酶 乳糖 4 10-3 碳酸酐酶 CO2 810-3 苏氨酸脱氨酶 苏氨酸 510-3 丙酮酸羧化酶 丙酮酸 4 10-4 HCO3-1 10-3 精氨酸-tRNA合成酶 精氨酸
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