常用化学软件及其应用课件.ppt

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1、常用化学软件及其应用选修说明1.对全校理工科学生开放，为理科学分。2.学分值为2学分。3.教学为辅，自己上机实练最重要。4.成绩计算：平时40，考试60缺勤5次（含）以上，直接计为F.参考书籍参考书籍参考书籍参考书籍11沈勇，张大经，郑康成编著沈勇，张大经，郑康成编著.现代化学信息现代化学信息基础教程基础教程.广州：中山大学出版社，广州：中山大学出版社，2000200022缪强缪强 编著编著.化学信息学导论化学信息学导论.北京：高等教育北京：高等教育出版社，出版社，2001200133叶卫平，方安平，于本方叶卫平，方安平，于本方.Origin7.0.Origin7.0科技绘科技绘图及数据分析图

2、及数据分析.北京：机械工业出版社北京：机械工业出版社.2004.200444郝红伟，施光凯郝红伟，施光凯.Origin6.0.Origin6.0实例教程实例教程.北京：北京：中国电力出版社，中国电力出版社，2000200055吴功宜，吴英编著吴功宜，吴英编著.Internet.Internet基础基础.北京：北京：清华大学出版社，清华大学出版社，200020006周剑平编著.精通Origin7.0.北京：北京航空航天出版社.20047胡立江等编著.精通ChemDraw.北京：清华大学出版社，200210俞庆森，朱龙观编著.分子设计导论.北京：高等教育出版社，20008赵文元，王亦军编著.计算机

3、在化学化工中的应用技术.北京：科学出版社.20019邵学广，蔡文生编著.化学信息学.北京：科学出版社.2001（二）目的要求（二）目的要求1、重点掌握origin、chemwindow、chemsketch、chemdraw等常用化学图文处理软件的使用技术2.能灵活绘制化学及其它相关学科论文所需要的各种类型的化学分子式、分子图、反应式、轨道图、能级图、实验装置图、化学工艺流程图等；会灵活应用这些软件进行科学准确的作图，合理的分析和处理实验数据。2、学会一些基本的作图方法和作图技巧，进行分子的电子结构与相关性质的计算。3、综合应用上述软件，进行简单的分子设计及化学反应机理分析。4、学会利用国际互

4、联网，对不断新推出的国内外化学软件进行跟进并进行知识更新；善于利用互联网的一切化学网络资源。第一章第一章常用化学软件介绍常用化学软件介绍计算机作为一种化学学习和研究的工具有着不可替代的作用。化学软件发展迅猛。本章介绍一些常用的能在PC机上使用的化学类软件，方便同学们在学习和研究中做出有效、快速的选择。分子绘制，模拟与计算软件质谱软件质谱软件化学贴图软件化学数据库化学数据库层析软件生物化学生物化学材料科学材料科学普通，有机，合成和分析化学软件普通，有机，合成和分析化学软件分子绘制，模拟与计算分子绘制，模拟与计算（Molecularmodelling，drawing）Alchem2000v.2.0

5、Alchem2000v.2.0TriposTripos公司开发的分子三维结构公司开发的分子三维结构模拟与计算软件。模拟与计算软件。ChemOffice2002ChemOffice2002 化学家桌面办公软件，分子结构绘化学家桌面办公软件，分子结构绘制，模拟，数据库管理及搜索引擎等。制，模拟，数据库管理及搜索引擎等。Chemistry4-DDrawStandard&ProChemistry4-DDrawStandard&Pro分子结构分子结构(4D)(4D)绘制软件。绘制软件。MolSuite2000MolSuite2000 分子三维结构模拟，物理性质计算，统分子三维结构模拟，物理性质计算，统计

6、学分析，数据库开发及管理。计学分析，数据库开发及管理。MolecularAnalysisProMolecularAnalysisPro 研究分子生物活性和化学结构研究分子生物活性和化学结构及物理性质之间的关系。及物理性质之间的关系。ChemSiteChemSite 三维分子模拟程序，模拟有机和生物分子的三维分子模拟程序，模拟有机和生物分子的动力学行为。动力学行为。质谱软件质谱软件（MassSpectroscopySoftware）NIST/EPA/NIHMassSpectralDatabaseNIST/EPA/NIHMassSpectralDatabaseChemSiteProforNISTC

7、hemSiteProforNISTElementalFormulaCalculatorElementalFormulaCalculatorEnzymeKinetics!ProTMEnzymeKinetics!ProTMGC,GC/MSGC,GC/MSInteractiveTraining-MassSpecModuleInteractiveTraining-MassSpecModuleMassSpecCalculatorTMVersion3MassSpecCalculatorTMVersion3MassSpecCalculatorTMProfessionalMassSpecCalculatorT

8、MProfessionalMassSpecToolsTMMassSpecToolsTM MassSpectrometristsPeriodicTableMassSpectrometristsPeriodicTable IsotopeRatioCalculatorIsotopeRatioCalculator ElementalCompositionWorkshopElementalCompositionWorkshop MassSeriesCalculatorMassSeriesCalculator SimpleElectrosprayCalculatorSimpleElectrosprayCa

9、lculator化学数据库化学数据库（ChemicalDatabases）AgroSynTMPesticideSynonymDatabaseAgroSynTMPesticideSynonymDatabaseChemicalStructure&InformationDatabasesChemicalStructure&InformationDatabasesChemSourcesUSAChemSourcesUSAChemSources-InternationalChemSources-InternationalGardnersChemicalSynonyms&TradeNamesGardners

10、ChemicalSynonyms&TradeNamesElectronicHandbookElectronicHandbookJuiceProductsAnalyticalDatabaseJuiceProductsAnalyticalDatabaseMerckIndexElectronicversionMerckIndexElectronicversionNutriChemTMLabDatabase-FoodNutrient&NutriChemTMLabDatabase-FoodNutrient&ChemicalElementDatabaseChemicalElementDatabasePer

11、iodicTableDatabasePeriodicTableDatabasePeriodicTableExcelPeriodicTableExcelPrescriptionDrugDatabasePrescriptionDrugDatabaseSynapseTMChemicalLibrarySynapseTMChemicalLibrary AdhesiveChemicalsandCompoundingAdhesiveChemicalsandCompoundingIngredientsIngredientsChemicalManufacturersElectronicDirectoryofCh

12、emicalManufacturersElectronicDirectoryofTradeNameProductsTradeNameProductsFillers,Extenders,andDiluentsElectronicFillers,Extenders,andDiluentsElectronicHandbookHandbookFoodPackagingChemicalsandMaterialsFoodPackagingChemicalsandMaterialsGreenChemicalsElectronicHandbookGreenChemicalsElectronicHandbook

13、IndustrialChemicalAdditivesElectronicIndustrialChemicalAdditivesElectronicHandbookHandbookIndustrialSurfactantsElectronicHandbookIndustrialSurfactantsElectronicHandbookSpecialtyChemicalsElectronicSourceBookSpecialtyChemicalsElectronicSourceBookCosmetics&PersonalCareAdditivesElectronicCosmetics&Perso

14、nalCareAdditivesElectronicHandbookHandbookFoodAdditivesElectronicHandbookFoodAdditivesElectronicHandbookPaints&CoatingsRawMaterialsElectronicPaints&CoatingsRawMaterialsElectronicHandbookHandbookPharmaceuticalAdditivesElectronicHandbookPharmaceuticalAdditivesElectronicHandbookPlasticandRubberAdditive

15、sElectronicHandbookPlasticandRubberAdditivesElectronicHandbook InteractiveTrainingTMInteractiveTrainingTM 交互式培训软件，包括交互式培训软件，包括 以下几以下几个部分：个部分：AtomicAbsorptionSpectrometryAtomicAbsorptionSpectrometry交互式原子吸收光交互式原子吸收光谱分析培训软件。谱分析培训软件。GasChromatographyGasChromatography交互式气相色谱培训软件。交互式气相色谱培训软件。AdvancedInter

16、activeGasChromatographyAdvancedInteractiveGasChromatographyTrainingTraining高级交互式气相色谱培训软件。高级交互式气相色谱培训软件。HighPerformanceLiquidChromatographyHighPerformanceLiquidChromatography交互式交互式高效液相色谱分析培训软件。高效液相色谱分析培训软件。InductivelyCoupledPlasmaSpectrometryInductivelyCoupledPlasmaSpectrometry交互式交互式感应耦合等离子体光谱分析培训软件。

17、感应耦合等离子体光谱分析培训软件。AdvancedInductivelyCoupledPlasmaAdvancedInductivelyCoupledPlasmaSpectrometrySpectrometry交互式高级感应耦合等离子体分析培训交互式高级感应耦合等离子体分析培训软件。软件。MassSpectrometryMassSpectrometry交互式质谱分析培训软件。交互式质谱分析培训软件。StatisticsforAnalyticalChemistsStatisticsforAnalyticalChemists适用于分析化学者适用于分析化学者的交互式统计学培训软件。的交互式统计学培训

18、软件。生物化学生物化学（Biochemistry）AminoAcidDatabaseTMAminoAcidDatabaseTM EnzymeKinetics!ProEnzymeKinetics!ProFluorescenceDatabaseTMFluorescenceDatabaseTM GAPTM-GelAlignmentProgram(SDSPageGels)GAPTM-GelAlignmentProgram(SDSPageGels)GPMAWTM-GeneralProteinMassAnalysisforGPMAWTM-GeneralProteinMassAnalysisforWindo

19、wsWindowsIsoPointTMIsoPointTMPeptideCompanionTMPeptideCompanionTMpHProfileTMpHProfileTMProteinToolsTMProteinToolsTM材料科学材料科学（MaterialScience）Alchemy2000byTriposTMAlchemy2000byTriposTMChemSiteProChemSiteProHSCChemistryHSCChemistryTAPPTMThermochemicalandPhysicalTAPPTMThermochemicalandPhysicalProperties

20、PropertiesReactionEquationsHeatBalancesReactionEquationsHeatBalancesEquilibriumCompositionsFormulaWeightsEquilibriumCompositionsFormulaWeightsPhaseStabilityDiagramsEh-pH-PhaseStabilityDiagramsEh-pH-DiagramsDiagrams普通，有机，合成和分析化学软件普通，有机，合成和分析化学软件（General,Organic,Synthetic&AnalyticalChemistry）BufferMak

21、erTMBufferMakerTMCertificateofAnalysis(COATM)BuilderCertificateofAnalysis(COATM)BuilderCHEMiCALC-CalculatorforChemistsCHEMiCALC-CalculatorforChemistsDetectionLimitsDetectionLimitsDilCalcTMDilCalcTMExpertLaboratorySolutionsTMExpertLaboratorySolutionsTMFlavor,FragranceandOdorSimulatorFlavor,Fragrancea

22、ndOdorSimulatorHaackerCalcTM-ElementalCompositionCalculatorHaackerCalcTM-ElementalCompositionCalculatorHeatCapacitiesofGasesHeatCapacitiesofGasesMolecularWeightCalculatorMolecularWeightCalculatorLaboratoryDocumentControlSystem-CreateSOPsUsingBuilt-inLaboratoryDocumentControlSystem-CreateSOPsUsingBui

23、lt-inTemplatesTemplatesQC-ThermTMQC-ThermTMRadCalcRadCalcReactionKineticsReactionKineticsReact-ItTMReact-ItTMStoichiometryStoichiometryUVMaxEstimateTMUVMaxEstimateTM第一节第一节化学结构式编辑软件化学结构式编辑软件有关化学结构式编辑的软件既有商品的，亦有对教育界及家用免费的。其功能主要是描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、简单的实验装置图等化学常用的平面图形的绘制。ChemDrawChemDraw为当前最常用的结构式编辑

24、软件，除为当前最常用的结构式编辑软件，除了以上所述的一般功能外，其了以上所述的一般功能外，其ultraultra版本还可以预版本还可以预测分子的常见物理化学性质如：熔点、生成热等；测分子的常见物理化学性质如：熔点、生成热等；对结构按对结构按IUPACIUPAC原则命名；预测质子及碳原则命名；预测质子及碳1313化学化学位移等。位移等。ChemWindowChemWindow的一个最突出的特点是与光谱的的一个最突出的特点是与光谱的结合，它的结合，它的6.5Spectroscopy6.5Spectroscopy版本包括了一个版本包括了一个约五万张约五万张13CNMR13CNMR的数据库的数据库(达

25、达250250兆兆)，因而，因而其预测更加精确；除了根据化合物的结构预测其预测更加精确；除了根据化合物的结构预测13CNMR13CNMR化学位移外，还能预测红外图谱、质谱化学位移外，还能预测红外图谱、质谱等，更可以读入标准格式的等，更可以读入标准格式的NMRNMR、IRIR、RamanRaman、UVUV及色谱图。及色谱图。第二节第二节三维结构显示与描绘软件三维结构显示与描绘软件比较有名的有：比较有名的有：Chem3D,WebLabViewerChem3D,WebLabViewerPro,RasWin,ChemBuilder3D,ChemSitePro,RasWin,ChemBuilder3D

26、,ChemSite等，等，它们都能够以线图它们都能够以线图(wireframe),(wireframe),球棍球棍(ball(ballandstick),CPKandstick),CPK及丝带及丝带(ribbon)(ribbon)等模式显示化等模式显示化合物的三维结构。合物的三维结构。其中的其中的RasWinRasWin和和WebLabViewerWebLabViewer的的LiteLite版只能版只能显示而无法编辑三维分子模型，为免费软件，显示而无法编辑三维分子模型，为免费软件，RasWinRasWin可以在几乎所有的化学软件站点找到，可以在几乎所有的化学软件站点找到，WebLabViewe

27、rWebLabViewer的下载地址为的下载地址为Chem3D同ChemDraw一样，是ChemOffice的组成部分，它能很好地同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二维结构式可以正确地自动转换为三维结构。它的ultra版本还包括了一个很好的半经验量子化学计算程序MOPAC97，并能与著名的从头计算程序Gaussian98连接，作为它的输入、输出界面。能够以三维的方式显示量子化学计算结果，如：分子轨道、电荷密度分布等。核磁数据处理软件核磁数据处理软件有：NUTS、MestRe-C、Gifa等；NUTS可以处理一维及二维核磁数据，其功能包括付立叶变换、相位校正、差谱、模拟谱、

28、匀场练习等几乎所有核磁仪器操作软件的功能；其演示版在下载；MestRe-C为处理一维核磁数据的免费软件，功能完善。其最新版本为2.3，有兴趣可在处查看有关信息即下载；Gifa可以处理一至三维核磁数据，为运行在LINUX操作系统中X-Window上的免费软件，有关信息可查看montp1.fr/GIFA/ChemNMR为ChemDrawUltra版本的一个插件，可以用来估算大多数有机物的1H、13C化学位移及用线图表示的相应图谱，C13ModuleforChemWindow为ChemWindow的一个插件，可以用来估算大多数有机物的13C化学位移，gNMR则可用来估算任何NMR活性核的化学位移，并

29、能画出非常逼真的图谱，该软件包所带的几个工具(gSPG,gCVT)亦可用来处理一维核磁图谱数据，并能与模拟谱进行比较，有关该程序的信息及演示版可以查阅二维核磁的解析可以使用Sparky程序程序，特别是对复杂2DNMR的解析非常有用。IRMentorPro，及IRSearchMaster为专门用来辅助红外图谱解析的工具，它们能对给定的红外图谱数据自动分析与处理，或对给定的振动谱带给出可能存在的功能团，有关的演示版可以在上下载。MassSpectraSimulator为质谱模拟程序，其有关信息可以查阅以下网址第六节第六节计算机辅助化学教学计算机辅助化学教学利用计算机动画、多媒体等功能协助学习一些比

30、利用计算机动画、多媒体等功能协助学习一些比较抽象是一种非常有用的工具。这里只介绍两个较抽象是一种非常有用的工具。这里只介绍两个有关有关有机合成路线设计和有机化合物命名有机合成路线设计和有机化合物命名的工具。的工具。CHAOSCHAOS程序程序的出现比较早，是随一本的出现比较早，是随一本OrganicChemistryinActionOrganicChemistryinAction书一起上市书一起上市的，这个短小精悍的程序可以使用的，这个短小精悍的程序可以使用“逆序法逆序法”自自动寻找目标物的合成原料，非常好用。动寻找目标物的合成原料，非常好用。前面已经介绍了ChemDraw的的ultra版本版

31、本包括了有机物的IUPAC命名功能，那是因为其中包括了一个Beilstein公司的AutoNom2.0命名软件；实际上，今年该公司推出了AutoNom 4.0版，其功能更强大，除了给出IUPAC名称外，还给出CAS名称，更增加了对立体化学的支持。该软件的演示版可以在站点下载。常用化学软件google搜索结果化学软件化学软件(Chemistry&Software)(Chemistry&Software)量子化学软件中文网量子化学软件中文网量子化学软件中文网量子化学软件中文网 化学化工天地细分：化学化工化学化工化学化工化学化工 化学教育化学教育化学教育化学教育化学绘图化学绘图化学绘图化学绘图工程绘

32、图工程绘图工程绘图工程绘图有机化学有机化学有机化学有机化学数据处理数据处理数据处理数据处理无机化学无机化学无机化学无机化学分析化学分析化学分析化学分析化学物理化学物理化学物理化学物理化学结构化学结构化学结构化学结构化学量子化学量子化学量子化学量子化学化工流程化工流程化工流程化工流程 化学信息网化学信息网 分析化学、化学计量学分析化学、化学计量学 分子模型化分子模型化 化工过程相关软件化工过程相关软件 化合物的结构处理、命名化合物的结构处理、命名 化学软件目录及网上商店化学软件目录及网上商店 化学相关软件在中国的代理商化学相关软件在中国的代理商 教学软件教学软件 数据处理数据处理 信息管理工具信息管理工具 主要化学软件产品主要化学软件产品