热力学性质计算.pptx
《热力学性质计算.pptx》由会员分享,可在线阅读,更多相关《热力学性质计算.pptx(37页珍藏版)》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。
1、MP2/6-31G*水平下水平下CH4结构优化和频率分析结构优化和频率分析wExample 1:Job Type:MP2/6-31G*OPT%chk=CH4 !Link0 命令命令:chk,rwf,nosave,mem,nproc#P MP2/6-31G*OPT FREQ TEST !作业命令行!作业命令行 !需要空行需要空行OPT And FREQ on CH4 !标题行标题行 !需要空行!需要空行0 1 !电荷和多重度!电荷和多重度C !用内坐标的分子描述!用内坐标的分子描述H 1 r H 1 r 2 aH 1 r 2 a 3 120.H 1 r 2 a 3-120.Variables !
2、变量,表示以下给变量赋值;也可以只空一行变量,表示以下给变量赋值;也可以只空一行r 1.09Constants !常数,表示以下量的值计算中不变;也可以只空一行!常数,表示以下量的值计算中不变;也可以只空一行a 109.47122 !空行,必须!空行,必须第1页/共37页输出文件的解释输出文件的解释以以CH4为例为例:输入方向输入方向:以输入的坐标为准以输入的坐标为准,不做处理不做处理 Input orientation:-Center Atomic Atomic Coordinates(Angstroms)Number Number Type X Y Z-1 6 0 0.000000 0.0
3、00000 0.000000 2 1 0 0.000000 0.000000 1.090183 3 1 0 1.027835 0.000000 -0.363394 4 1 0 -0.513917 -0.890131 -0.363394 5 1 0 -0.513917 0.890131 -0.363394-标准方向标准方向:将坐标原点放在分子的电荷中心上将坐标原点放在分子的电荷中心上 Standard orientation:-Center Atomic Atomic Coordinates(Angstroms)Number Number Type X Y Z-1 6 0 0.000000 0.
4、000000 0.000000 2 1 0 0.629418 0.629418 0.629418 3 1 0 -0.629418 -0.629418 0.629418 4 1 0 -0.629418 0.629418 -0.629418 5 1 0 0.629418 -0.629418 -0.629418-X,Y和和Z各方向上,各原子各方向上,各原子的的z坐标分量乘以自身核电荷坐标分量乘以自身核电荷后加和,结果为零。后加和,结果为零。标准方向很重要,很多计算标准方向很重要,很多计算的性质是对应于标准方向的,的性质是对应于标准方向的,如如Freq计算中的分子振动方计算中的分子振动方向向第2页/共
5、37页w对称性对称性:Stoichiometry CH4 计量化学计量化学,分子式分子式Framework group TDO(C),4C3(H)所属分子对称群所属分子对称群Deg.of freedom 1 自由度数自由度数Full point group TD NOp 24 点群点群Largest Abelian subgroup D2 NOp 4 最大阿贝尔子群最大阿贝尔子群(乘法(乘法 法可交换群)法可交换群)Largest concise Abelian subgroup D2 NOp 4 基组基组:Standard basis:6-311G(d,p)(5D,7F)There are
6、12 symmetry adapted basis functions of A symmetry.There are 10 symmetry adapted basis functions of B1 symmetry.There are 10 symmetry adapted basis functions of B2 symmetry.There are 10 symmetry adapted basis functions of B3 symmetry.(以上是各种对称性的基函数的个数)(以上是各种对称性的基函数的个数)Integral buffers will be 262144 w
7、ords long.Raffenetti 1 integral format.Two-electron integral symmetry is turned on.42 basis functions,64 primitive gaussians,43 cartesian basis functions(基函数个数(基函数个数(STOs)和)和Gaussian型函数个数(型函数个数(GTOs)5 alpha electrons 5 beta electrons (Alpha电子数和电子数和Beta电子数)电子数)nuclear repulsion energy 13.4331323697 H
8、artrees.(核推斥能)(核推斥能)第3页/共37页w初始猜:初始猜:Initial guess read from the checkpoint file:(这个作业的初始猜是从上个优化(这个作业的初始猜是从上个优化步骤地步骤地CHk文件读取的;不然的话,缺省用文件读取的;不然的话,缺省用ZNDO作为初始猜)作为初始猜)CH4.chk Initial guess orbital symmetries:(初始猜轨道的对称性)(初始猜轨道的对称性)Occupied (A1)(A1)(T2)(T2)(T2)Virtual (A1)(T2)(T2)(T2)(T2)(T2)(T2)(A1)(T2)
9、(T2)(T2)(A1)(E)(E)(T2)(T2)(T2)(T1)(T1)(T1)(T2)(T2)(T2)(A1)(E)(E)(T2)(T2)(T2)(T2)(T2)(T2)(A1)(T2)(T2)(T2)(A1)自洽场:自洽场:SCF Done:E(RHF)=-40.2089173552 A.U.after 1 cycles 自洽场收敛自洽场收敛 Convg =0.3754D-11 -V/T=2.0014 自洽场收敛判据值和维里系数自洽场收敛判据值和维里系数 S*2 =0.0000 自旋平方自旋平方维里系数应该为维里系数应该为2(一般计算的值都会接近这个数)(一般计算的值都会接近这个数)计
10、算的自旋平方值应该很接近理论值,不然自旋污染会比计算的自旋平方值应该很接近理论值,不然自旋污染会比较严重。较严重。第4页/共37页自旋污染自旋污染当两种自旋不同态(当两种自旋不同态(A和和B)的势能面比较接近的)的势能面比较接近的时候,自洽场计算时候,自洽场计算A状态的体系波函数有可能不状态的体系波函数有可能不只含有只含有A态的成分,可能还混有态的成分,可能还混有B的成分。的成分。如果混入的如果混入的B的成分过多,计算得的成分过多,计算得A态的性质就会不态的性质就会不准确。这种情况称为自旋污染。准确。这种情况称为自旋污染。第5页/共37页一般闭壳层体系的自旋污染较小,开壳一般闭壳层体系的自旋污
11、染较小,开壳层体系可能有较大的自旋污染。层体系可能有较大的自旋污染。当自旋污染严重时,计算的波函数和能量等结果当自旋污染严重时,计算的波函数和能量等结果不准确,因此需要消除自旋污染。不准确,因此需要消除自旋污染。第6页/共37页收敛判据和优化结束收敛判据和优化结束 Item Value Threshold Converged?收敛判据收敛判据 Maximum Force 0.000018 0.000450 YES 最大力最大力 RMS Force 0.000018 0.000300 YES 根均方力根均方力 Maximum Displacement 0.000012 0.001800 YES
12、最大位移最大位移 RMS Displacement 0.000012 0.001200 YES 根均方位移根均方位移 Predicted change in Energy=-1.103230D-10 预期能量变化,本身不是优化的收敛判据预期能量变化,本身不是优化的收敛判据 Optimization completed.-Stationary point found.说明发现稳定点(极小点或鞍点)说明发现稳定点(极小点或鞍点)-!Optimized Parameters !(Angstroms and Degrees)!-!Name Value Derivative information(At
13、omic Units)!-!r 1.0902 -DE/DX=0.0 !优化的变量值优化的变量值-第7页/共37页布居数分析(布居数分析(pop)w*w Population analysis using the SCF density.计算计算SCF密度的布局数分析密度的布局数分析w*w Orbital symmetries:分子轨道的对称性分子轨道的对称性w Occupied (A1)(A1)(T2)(T2)(T2)占据的分子轨道的对称性占据的分子轨道的对称性w Virtual (A1)(T2)(T2)(T2)(T2)(T2)(T2)(A1)(T2)(T2)非占据的分子轨道的对称性非占据的分
14、子轨道的对称性w (T2)(A1)(E)(E)(T2)(T2)(T2)(T1)(T1)(T1)w (T2)(T2)(T2)(A1)(E)(E)(T2)(T2)(T2)(T2)w (T2)(T2)(A1)(T2)(T2)(T2)(A1)w The electronic state is 1-A1.对称性表示的电子态对称性表示的电子态w Alpha occ.eigenvalues-11.20795 -0.94256 -0.54456 -0.54456 -0.54456 分子轨道分子轨道w Alpha virt.eigenvalues-0.16167 0.23702 0.23702 0.23702
15、0.42707 的本征值的本征值 Alpha virt.eigenvalues-0.42707 0.42707 0.75271 0.81186 0.81186 (能量)(能量)w Alpha virt.eigenvalues-0.81186 0.93616 1.20203 1.20203 1.72078w Alpha virt.eigenvalues-1.72078 1.72078 1.72333 1.72333 1.72333w Alpha virt.eigenvalues-2.18026 2.18026 2.18026 2.52071 2.62076w Alpha virt.eigenva
16、lues-2.62076 2.70222 2.70222 2.70222 2.90063w Alpha virt.eigenvalues-2.90063 2.90063 3.18837 4.19106 4.19106w Alpha virt.eigenvalues-4.19106 25.15683w布居数分析缺省是用布居数分析缺省是用SCF密度,如果想用当前方法(此例为密度,如果想用当前方法(此例为MP2方法),方法),Pop(density=Current)w 第8页/共37页电荷分析电荷分析wCondensed to atoms(all electrons):浓缩到原子上的电荷(所有电子)
17、浓缩到原子上的电荷(所有电子)w 1 2 3 4 5w 1 C 4.720460 0.410275 0.410275 0.410275 0.410275w 2 H 0.410275 0.573213 -0.024626 -0.024626 -0.024626w 3 H 0.410275 -0.024626 0.573213 -0.024626 -0.024626w 4 H 0.410275 -0.024626 -0.024626 0.573213 -0.024626w 5 H 0.410275 -0.024626 -0.024626 -0.024626 0.573213w对角线上表示分布在原子
18、上的电子;对角线上表示分布在原子上的电子;w红色数值可以看出红色数值可以看出1-2,1-3,1-4,1-5之间分布的电子,可以看出成键性之间分布的电子,可以看出成键性w Mulliken atomic charges:密立根原子电荷密立根原子电荷(Gv显示的就是这个值显示的就是这个值)w 1 C -0.361558 该该C原子上有净的负电荷原子上有净的负电荷w 2 H 0.090389 该该H原子上有净的正电荷原子上有净的正电荷w 3 H 0.090389w 4 H 0.090389w 5 H 0.090389第9页/共37页偶极矩和多极矩偶极矩和多极矩Dipole moment(field-
19、independent basis,Debye):偶极矩偶极矩(能量对电场的能量对电场的一阶导数一阶导数)X=0.0000 Y=0.0000 Z=0.0000 Tot=0.0000 Quadrupole moment(field-independent basis,Debye-Ang):反映电子分反映电子分布布 XX=-8.4219 YY=-8.4219 ZZ=-8.4219 XY=0.0000 XZ=0.0000 YZ=0.0000 Traceless Quadrupole moment(field-independent basis,Debye-Ang):XX=0.0000 YY=0.00
20、00 ZZ=0.0000 XY=0.0000 XZ=0.0000 YZ=0.0000 Octapole moment(field-independent basis,Debye-Ang*2):XXX=0.0000 YYY=0.0000 ZZZ=0.0000 XYY=0.0000 XXY=0.0000 XXZ=0.0000 XZZ=0.0000 YZZ=0.0000 YYZ=0.0000 XYZ=0.6970 Hexadecapole moment(field-independent basis,Debye-Ang*3):XXXX=-16.4867 YYYY=-16.4867 ZZZZ=-16.
21、4867 XXXY=0.0000 XXXZ=0.0000 YYYX=0.0000 YYYZ=0.0000 ZZZX=0.0000 ZZZY=0.0000 XXYY=-4.9809 XXZZ=-4.9809 YYZZ=-4.9809 XXYZ=0.0000 YYXZ=0.0000 ZZXY=0.0000第10页/共37页Summery Enter C:G03Wl9999.exe)1|1|UNPC-UNK|SP|RMP2|6-31G(d)|C1H4|PCUSER|20-May-2004|0|#P MP2(FRZNGC)/6-31G*SP|SP|0,1|C|H,1,1.0901 8312|H,1,1
22、.09018312,2,109.47122063|H,1,1.09018312,2,109.47122063,3,120.,0|H,1,1.09018312,2,109.47122063,4,120.,0|Version=x86-Win32-G03RevB.05|State=1-A1|HF=-40.1950547|MP2=-40.3325524|RMSD=2.008e-009|PG=TD O(C1),4C3(H1)|给出了计算方法,基组,作业性质,结果的总结输出。从这个给出了计算方法,基组,作业性质,结果的总结输出。从这个Summery可以看出:可以看出:这是在这是在PC上做的,上做的,MP2
23、(FC)/6-31G*的单点能计算;的单点能计算;体系电荷是体系电荷是0,多重度是多重度是1;内坐标可以看出是甲烷分子;内坐标可以看出是甲烷分子;用的是用的是G03 B.05版本版本电子态是电子态是 1A1;MP2能量是能量是-40.3325524 Hatrees;点群是点群是Td;第11页/共37页不同方法的最终能量输出不同方法的最终能量输出输出文件中:输出文件中:EUMP2=-0.11298973809868D+01 E(RB+HF-LYP)=-1.16541839959 QCISD(T)=-0.11372838215D+01 CCSD(T)=-0.11372838215D+01 归档文件
24、中:归档文件中:MP2=-1.1298974 HF=-1.1654184 QCISD(T)=-1.1372838 CCSD(T)=-1.1372838在输出文件中查找计算的体系能量:查找相应的关键词,如,在输出文件中查找计算的体系能量:查找相应的关键词,如,QCISD(T),最后的一最后的一个(收敛判据之前的)就是该方法计算的体系能量。个(收敛判据之前的)就是该方法计算的体系能量。Linux下,下,Vi打开输出文件,用打开输出文件,用“/QCISD(T)”查找(向下查找);或用查找(向下查找);或用“?QCISD(T)”向上查找;向上查找;第12页/共37页频率输出频率输出 Full mass
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 热力学 性质 计算
限制150内