分子生物学复习.ppt
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1、1一、蛋白质化学一、蛋白质化学(一)氨基酸(一)氨基酸(一)氨基酸(一)氨基酸蛋白蛋白蛋白蛋白质质的氨基酸的氨基酸的氨基酸的氨基酸组组成成成成编码编码氨基酸:氨基酸:氨基酸:氨基酸:20202020种种种种/受受受受遗传遗传密密密密码码控制控制控制控制非非非非编码编码氨基酸:翻氨基酸:翻氨基酸:翻氨基酸:翻译译后加工后加工后加工后加工编码编码氨基酸氨基酸氨基酸氨基酸结结构特点构特点构特点构特点构件分子:构件分子:构件分子:构件分子:L,L,L,L,-氨基酸氨基酸氨基酸氨基酸除除除除GlyGlyGlyGly外,其余都是外,其余都是外,其余都是外,其余都是L,L,L,L,-氨基酸氨基酸氨基酸氨基酸
2、ProProProPro为亚为亚氨基酸氨基酸氨基酸氨基酸R R R R基基基基团团的不同是分的不同是分的不同是分的不同是分类类的基的基的基的基础础编码编码氨基酸分氨基酸分氨基酸分氨基酸分类类酸性氨基酸酸性氨基酸酸性氨基酸酸性氨基酸碱性氨基酸碱性氨基酸碱性氨基酸碱性氨基酸中性氨基酸中性氨基酸中性氨基酸中性氨基酸2咪唑基胍基吡咯环吡咯环结构特点:结构特点:1.1.含苯环含苯环:phe:phe2.2.含酚羟基含酚羟基:Tyr:Tyr3.3.含吲哚环含吲哚环:Trp:Trp4.4.含羟基含羟基:Ser Thr:Ser Thr5.5.含硫含硫:Cys Met:Cys Met6.6.含胍基含胍基:Arg:
3、Arg7.7.含咪唑基含咪唑基:His:His 3(二二二二)氨基酸的理化性质氨基酸的理化性质氨基酸的理化性质氨基酸的理化性质两性两性两性两性电电离离离离等等等等电电点点点点(pI(pI(pI(pI)在水溶液中能两性在水溶液中能两性在水溶液中能两性在水溶液中能两性电电离而成兼性离子离而成兼性离子离而成兼性离子离而成兼性离子分子呈分子呈分子呈分子呈电电中性中性中性中性时时的溶液的的溶液的的溶液的的溶液的pHpHpHpH值值紫外吸收紫外吸收紫外吸收紫外吸收 芳香族氨基酸特有芳香族氨基酸特有芳香族氨基酸特有芳香族氨基酸特有(phe(phe(phe(phe,Tyr,Trp)Tyr,Trp)Tyr,Tr
4、p)Tyr,Trp)吸收峰:波吸收峰:波吸收峰:波吸收峰:波长长280nm280nm280nm280nm茚茚三三三三酮酮反反反反应应 加加加加热热氨基酸氨基酸氨基酸氨基酸 +茚茚三三三三酮酮 蓝蓝紫色化合物紫色化合物紫色化合物紫色化合物 (570nm)(570nm)(570nm)(570nm)ProProProPro +茚茚三三三三酮酮 黄色化合物黄色化合物黄色化合物黄色化合物氨基酸的定量方法氨基酸的定量方法氨基酸的定量方法氨基酸的定量方法4(三)蛋白质的结构层次(三)蛋白质的结构层次(三)蛋白质的结构层次(三)蛋白质的结构层次一一一一级结级结构构构构从从从从N-N-N-N-端到端到端到端到C
5、-C-C-C-端氨基酸(残基)排列端氨基酸(残基)排列端氨基酸(残基)排列端氨基酸(残基)排列顺顺序序序序是蛋白是蛋白是蛋白是蛋白质质的基本的基本的基本的基本结结构构构构是空是空是空是空间结间结构、生理功能的基构、生理功能的基构、生理功能的基构、生理功能的基础础维维系系系系键键肽键肽键/二硫二硫二硫二硫键键二二二二级结级结构构构构肽链肽链主主主主链链骨架原子局部空骨架原子局部空骨架原子局部空骨架原子局部空间结间结构构构构螺旋螺旋螺旋螺旋/折叠折叠折叠折叠/转转角角角角/无无无无规规卷曲卷曲卷曲卷曲/模体模体模体模体维维系系系系键键氢键氢键三三三三级结级结构构构构肽链肽链主主主主链链、侧链侧链骨
6、架原子局部空骨架原子局部空骨架原子局部空骨架原子局部空间结间结构构构构(结结构域构域构域构域/分子伴分子伴分子伴分子伴侣侣)球状或球状或球状或球状或椭圆椭圆状蛋白状蛋白状蛋白状蛋白质质 亲亲水表面和疏水内核水表面和疏水内核水表面和疏水内核水表面和疏水内核大部分蛋白大部分蛋白大部分蛋白大部分蛋白质质到三到三到三到三级结级结构已有生物活性构已有生物活性构已有生物活性构已有生物活性例如:肌例如:肌例如:肌例如:肌红红蛋白蛋白蛋白蛋白 、免疫球蛋白、免疫球蛋白、免疫球蛋白、免疫球蛋白维维系系系系键键疏水疏水疏水疏水键键 四四四四级结级结构构构构蛋白蛋白蛋白蛋白质质分子中各个分子中各个分子中各个分子中各
7、个亚亚基基基基的空的空的空的空间间排布排布排布排布举举例:血例:血例:血例:血红红蛋白(蛋白(蛋白(蛋白(2 2 2 22 2 2 2)维维系系系系键键离子离子离子离子键键5模体模体模体模体(motifmotifmotifmotif)蛋白蛋白蛋白蛋白质质分子中分子中分子中分子中2 2 2 23 3 3 3个二个二个二个二级结级结构构构构肽肽段,在空段,在空段,在空段,在空间间上上上上有有有有规规律地聚集起来,形成相律地聚集起来,形成相律地聚集起来,形成相律地聚集起来,形成相对稳对稳定、特殊的空定、特殊的空定、特殊的空定、特殊的空间间构象构象构象构象具有特殊的生理功能具有特殊的生理功能具有特殊的
8、生理功能具有特殊的生理功能例如:例如:例如:例如:-环环-钙结钙结合蛋白合蛋白合蛋白合蛋白 锌锌指指指指结结构域构域构域构域分子量大的蛋白分子量大的蛋白分子量大的蛋白分子量大的蛋白质质三三三三级结级结构可分割成构可分割成构可分割成构可分割成1 1 1 1个和数个个和数个个和数个个和数个 球状或球状或球状或球状或纤维纤维状的区域状的区域状的区域状的区域具有功能具有功能具有功能具有功能例如:例如:例如:例如:酶酶的活性中心的活性中心的活性中心的活性中心6分子伴分子伴分子伴分子伴侣侣空空空空间间构象的决定因素之一构象的决定因素之一构象的决定因素之一构象的决定因素之一(一一一一级结级结构构构构/分子伴
9、分子伴分子伴分子伴侣侣)本本本本质质是蛋白是蛋白是蛋白是蛋白质质(热热休克蛋白休克蛋白休克蛋白休克蛋白Hsp70/Hsp70/Hsp70/Hsp70/异构异构异构异构酶酶)提供一个保提供一个保提供一个保提供一个保护环护环境境境境加速蛋白加速蛋白加速蛋白加速蛋白质质折叠成天然构象或四折叠成天然构象或四折叠成天然构象或四折叠成天然构象或四级结级结构构构构亚亚基基基基在蛋白在蛋白在蛋白在蛋白质质的的的的四四四四级结级结构构构构中,每个各中,每个各中,每个各中,每个各具独立三具独立三具独立三具独立三级结级结 构构构构的多的多的多的多肽链肽链称称称称为亚为亚基基基基亚亚基基基基单单独存在不具有生物活性独
10、存在不具有生物活性独存在不具有生物活性独存在不具有生物活性7一一一一级结级结构是决定三构是决定三构是决定三构是决定三维结维结构构构构 和生物学活性的基和生物学活性的基和生物学活性的基和生物学活性的基础础牛核糖核酸牛核糖核酸牛核糖核酸牛核糖核酸酶酶的的的的变变性和复性性和复性性和复性性和复性实验实验比比比比较较几种氨基酸几种氨基酸几种氨基酸几种氨基酸顺顺序相似的序相似的序相似的序相似的 蛋白蛋白蛋白蛋白质质空空空空间结间结构和生物学活性构和生物学活性构和生物学活性构和生物学活性蛋白蛋白蛋白蛋白质结质结构与功能的范例构与功能的范例构与功能的范例构与功能的范例肌肌肌肌红红蛋白蛋白蛋白蛋白:三三三三级
11、结级结构构构构血血血血红红蛋白蛋白蛋白蛋白:四四四四级结级结构构构构 (别别构效构效构效构效应应/氧解离曲氧解离曲氧解离曲氧解离曲线线呈呈呈呈S S S S形形形形)蛋白蛋白蛋白蛋白质质折叠折叠折叠折叠 需要分子伴需要分子伴需要分子伴需要分子伴侣侣/伴伴伴伴侣侣蛋白蛋白蛋白蛋白天然非折叠蛋白天然非折叠蛋白天然非折叠蛋白天然非折叠蛋白质质(内在非内在非内在非内在非结结构蛋白构蛋白构蛋白构蛋白质质)天然蛋白天然蛋白天然蛋白天然蛋白质质,没有完全折叠成特定没有完全折叠成特定没有完全折叠成特定没有完全折叠成特定 三三三三级结级结构构构构,但具但具但具但具备备功能功能功能功能与其他蛋白与其他蛋白与其他蛋
12、白与其他蛋白质质相互作用相互作用相互作用相互作用,具有功能具有功能具有功能具有功能 多多多多样样性性性性8(四)蛋白质的理化性质(四)蛋白质的理化性质(四)蛋白质的理化性质(四)蛋白质的理化性质蛋白蛋白蛋白蛋白质质的两性的两性的两性的两性电电离离离离 大多数人体蛋白大多数人体蛋白大多数人体蛋白大多数人体蛋白质质pI=5.0pI=5.0pI=5.0pI=5.0在在在在pH7.4pH7.4pH7.4pH7.4环环境下成境下成境下成境下成阴离子阴离子阴离子阴离子蛋白蛋白蛋白蛋白质质的胶体性的胶体性的胶体性的胶体性质质水化水化水化水化层层电电荷荷荷荷层层蛋白蛋白蛋白蛋白质变质变性和复性性和复性性和复性
13、性和复性变变性性性性:空空空空间结间结构破坏构破坏构破坏构破坏,一一一一级结级结构不构不构不构不变变,生物学活性生物学活性生物学活性生物学活性丧丧失失失失蛋白蛋白蛋白蛋白质质紫外吸收紫外吸收紫外吸收紫外吸收 =280 nm=280 nm=280 nm=280 nm 有特征性吸收峰有特征性吸收峰有特征性吸收峰有特征性吸收峰蛋白蛋白蛋白蛋白质质定性、定量方法定性、定量方法定性、定量方法定性、定量方法9蛋白质的变性蛋白质的变性蛋白质的变性蛋白质的变性vv变变性因素性因素性因素性因素vv物理或化学因素物理或化学因素物理或化学因素物理或化学因素vv机制机制机制机制 vv蛋白蛋白蛋白蛋白质质空空空空间结间
14、结构破坏构破坏构破坏构破坏vv一一一一级结级结构未破坏构未破坏构未破坏构未破坏vv性性性性质质的的的的变变化化化化vv溶解度降低溶解度降低溶解度降低溶解度降低/黏度增加黏度增加黏度增加黏度增加vv结结晶能力消失晶能力消失晶能力消失晶能力消失/生物活性生物活性生物活性生物活性丧丧失失失失vv易被蛋白易被蛋白易被蛋白易被蛋白酶酶水解水解水解水解vv实际应实际应用用用用vv防止蛋白制防止蛋白制防止蛋白制防止蛋白制剂剂/蛋白蛋白蛋白蛋白质药质药物的物的物的物的变变性失活性失活性失活性失活vv使使使使细细菌蛋白菌蛋白菌蛋白菌蛋白质变质变性失活,消毒性失活,消毒性失活,消毒性失活,消毒杀杀菌菌菌菌10(五
15、)蛋白质的分离和纯化(五)蛋白质的分离和纯化(五)蛋白质的分离和纯化(五)蛋白质的分离和纯化根据分子大小根据分子大小根据分子大小根据分子大小 的的的的纯纯化方法化方法化方法化方法透析和超透析和超透析和超透析和超滤滤超速离心超速离心超速离心超速离心凝胶凝胶凝胶凝胶层层析析析析利用大分子蛋白利用大分子蛋白利用大分子蛋白利用大分子蛋白质质性性性性质质密度、形密度、形密度、形密度、形态态、沉降系数不同、沉降系数不同、沉降系数不同、沉降系数不同利用溶解度利用溶解度利用溶解度利用溶解度 差差差差别别的的的的纯纯化化化化 方法方法方法方法等等等等电电点沉淀点沉淀点沉淀点沉淀盐盐析析析析丙丙丙丙酮酮沉淀沉淀沉
16、淀沉淀利用蛋白利用蛋白利用蛋白利用蛋白质质等等等等电电点不同点不同点不同点不同破坏水化破坏水化破坏水化破坏水化层层/电电荷荷荷荷层层11根据根据根据根据电电荷不同荷不同荷不同荷不同 的的的的纯纯化方法化方法化方法化方法电电泳泳泳泳l lSDS-PAGESDS-PAGESDS-PAGESDS-PAGEl lIEFIEFIEFIEFl l双向双向双向双向电电泳泳泳泳l l(SDS-SDS-SDS-SDS-PAGE/IEFPAGE/IEFPAGE/IEFPAGE/IEF)l l毛毛毛毛细细管管管管电电泳泳泳泳蛋白蛋白蛋白蛋白质质两性两性两性两性电电离性离性离性离性质质离子交离子交离子交离子交换层换层
17、析析析析利用利用利用利用对对配体的配体的配体的配体的生物生物生物生物亲亲和力的和力的和力的和力的纯纯化方法化方法化方法化方法亲亲和和和和层层析析析析配体配体配体配体抗体抗体抗体抗体/酶酶的底物的底物的底物的底物HPLCHPLCHPLCHPLC(离子交(离子交(离子交(离子交换换/亲亲和和和和层层析析析析/凝胶凝胶凝胶凝胶层层析)析)析)析)高高高高压压液液液液泵泵作用于流作用于流作用于流作用于流动动相相相相12(六)蛋白质组和蛋白质组学(六)蛋白质组和蛋白质组学(六)蛋白质组和蛋白质组学(六)蛋白质组和蛋白质组学蛋白蛋白蛋白蛋白质组质组 指某种指某种指某种指某种细细胞或胞或胞或胞或组织组织中基
18、因中基因中基因中基因组组所表达的所表达的所表达的所表达的全部蛋白全部蛋白全部蛋白全部蛋白质质不同不同不同不同环环境境境境/状状状状态态/发发育育育育阶阶段段段段细细胞胞胞胞蛋白水平蛋白水平蛋白水平蛋白水平的的的的变变化化化化蛋白蛋白蛋白蛋白质组质组学学学学研究各种生物基因研究各种生物基因研究各种生物基因研究各种生物基因组组在在在在细细胞中表达的胞中表达的胞中表达的胞中表达的全部蛋白全部蛋白全部蛋白全部蛋白质质的分子的分子的分子的分子结结构、功能及其相互作用构、功能及其相互作用构、功能及其相互作用构、功能及其相互作用的的的的新学科新学科新学科新学科研究不同研究不同研究不同研究不同环环境境境境/状
19、状状状态态/发发育育育育阶阶段段段段/不同不同不同不同组织组织的的的的细细胞中胞中胞中胞中蛋白蛋白蛋白蛋白质质分子的种分子的种分子的种分子的种类类、结结构和功能,蛋白构和功能,蛋白构和功能,蛋白构和功能,蛋白质质相互作用相互作用相互作用相互作用发现发现新新新新药药13二、酶学二、酶学二、酶学二、酶学(一)酶的一般特性(一)酶的一般特性(一)酶的一般特性(一)酶的一般特性1 1 1 1、酶的化学本质和结构、酶的化学本质和结构、酶的化学本质和结构、酶的化学本质和结构酶酶的基本概念的基本概念的基本概念的基本概念酶酶vv生物催化生物催化生物催化生物催化剂剂vv本本本本质质:蛋白:蛋白:蛋白:蛋白质质v
20、v底物:各底物:各底物:各底物:各类类代代代代谢谢物物物物vv活活活活细细胞胞胞胞产产生、具有催化功能生、具有催化功能生、具有催化功能生、具有催化功能核核核核酶酶vv生物催化生物催化生物催化生物催化剂剂vv本本本本质质:RNARNARNARNAvv底物:核酸底物:核酸底物:核酸底物:核酸14全全全全酶酶、辅酶辅酶和和和和辅辅基基基基vv全全全全酶酶vv酶酶蛋白蛋白蛋白蛋白-催化作用催化作用催化作用催化作用(特异性)(特异性)(特异性)(特异性)vv辅辅助因子助因子助因子助因子-金属离子金属离子金属离子金属离子 小分子有机物小分子有机物小分子有机物小分子有机物(维维生素生素生素生素)vv辅辅基基
21、基基vv非蛋白非蛋白非蛋白非蛋白质质部分部分部分部分-酶酶蛋白蛋白蛋白蛋白 共价共价共价共价键键vv透析、超透析、超透析、超透析、超滤滤不能分离不能分离不能分离不能分离vv辅酶辅酶vv非蛋白非蛋白非蛋白非蛋白质质部分部分部分部分-酶酶蛋白蛋白蛋白蛋白 非非非非共价共价共价共价键键vv透析、超透析、超透析、超透析、超滤滤能能能能分离分离分离分离15酶酶的活性中的活性中的活性中的活性中心心心心酶酶分子上分子上分子上分子上必需基必需基必需基必需基团团集中的特定空集中的特定空集中的特定空集中的特定空间结间结构区域构区域构区域构区域功能功能功能功能单单位位位位1:1:1:1:与底物与底物与底物与底物结结
22、合合合合功能功能功能功能单单位位位位2:2:2:2:催化化学催化化学催化化学催化化学键键的断裂和形成的断裂和形成的断裂和形成的断裂和形成 (催化底物催化底物催化底物催化底物转变为产转变为产物物物物)vv特点特点特点特点vv辅酶辅酶的部分的部分的部分的部分结结构参与构参与构参与构参与组组成成成成酶酶的活性中心的活性中心的活性中心的活性中心vv酶酶蛋白蛋白蛋白蛋白=调节亚调节亚基基基基+催化催化催化催化亚亚基基基基vv酶酶蛋白的三蛋白的三蛋白的三蛋白的三维结维结构是正常功能必需的构是正常功能必需的构是正常功能必需的构是正常功能必需的16 酶酶-生物催化生物催化生物催化生物催化剂剂的特点的特点的特点
23、的特点vv容易失活(容易失活(容易失活(容易失活(变变性)性)性)性)vv具有极高效率具有极高效率具有极高效率具有极高效率vv对对底物底物底物底物专专一性一性一性一性强强vv酶酶活性可活性可活性可活性可调节调节vv基因表达基因表达基因表达基因表达vv激素激素激素激素vv反反反反馈馈抑制抑制抑制抑制vv抑制抑制抑制抑制剂剂和激活和激活和激活和激活剂剂vv蛋白蛋白蛋白蛋白酶酶解激活解激活解激活解激活vv可逆共价修可逆共价修可逆共价修可逆共价修饰饰vv别别构构构构调节调节17转换数(转换数(转换数(转换数(KcatKcat)w w酶酶的催化常数的催化常数的催化常数的催化常数w wKcatKcat定定
24、定定义义w w一定条件下一定条件下一定条件下一定条件下 转换转换w w每个每个每个每个酶酶分子分子分子分子 底物的分子数底物的分子数底物的分子数底物的分子数/每秒每秒每秒每秒w w一定条件下一定条件下一定条件下一定条件下 转换转换w w每每每每molmolmolmol酶酶分子分子分子分子 底物的底物的底物的底物的mol/mol/mol/mol/每秒每秒每秒每秒2 2、转换数(、转换数(、转换数(、转换数(KcatKcat)和米氏常数()和米氏常数()和米氏常数()和米氏常数(KmKm)18米氏常数(米氏常数(米氏常数(米氏常数(KmKm)w wKmKmKmKm定定定定义义w w当当当当v=1/
25、2 Vv=1/2 Vv=1/2 Vv=1/2 V时时,底物的,底物的,底物的,底物的浓浓度。度。度。度。w w单单位:位:位:位:mol/Lmol/Lmol/Lmol/Lw wKmKmKmKm意意意意义义w w酶酶的特征性常数的特征性常数的特征性常数的特征性常数w wKmKmKmKm大小大小大小大小与与与与该酶对该酶对底物底物底物底物亲亲和力大小成反比和力大小成反比和力大小成反比和力大小成反比KmKmKmKm大大大大,亲亲和力和力和力和力小小小小,反,反,反,反应应速度慢速度慢速度慢速度慢 KmKmKmKm小小小小,亲亲和力和力和力和力大大大大,反,反,反,反应应速度快速度快速度快速度快uu酶
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