PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表129370.pdf

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1、PCF 设计引物时酶切位点的保护碱基表 1 酶 寡核苷酸序列 切割率%2 hr 20 hr Acc I GGTCGAC o 0 CGGTCGACG o 0 CCGGTCGACGG o 0 Afl III CACATGG o 0 CCACATGGG 90 90 CCQACATGGGG 90 90 Asc I GGCGCGCC 90 90 AGGCGCGCC 90 90 TTGGCGCGCC 90 90 Ava I CCCCGGG 50 90 CCCCCGGEG 90 90 TCCCCCGGEGA 90 90 PCF 设计引物时酶切位点的保护碱基表 2 酶 寡核苷酸序列 切割率%2 hr 20 h

2、r BamH I CGGATCG 10 25 CG3GATCCG 90 90 CGCGGATCGCG 90 90 Bgl II CAGATCG 0 0 GAAGATCTC 75 90 GGAAGATCTCC 25 90 BssH II GGCGCGC 0 0 AGGCGCGCT 0 0 TTGGCGCGCAA 50 90 BstE II GGGT(A/T)ACCC 0 10 BstX I AACTGCAGAACAATGCATTGG 0 0 AAAACTGCACCAATGCATTOG 25 50 CTGCAGACCAATGCATTGGGCAT 25 90 PCF 设计引物时酶切位点的保护碱基表

3、3 酶 寡核苷酸序列 切割率%2 hr 20 hr Cla I CATCGAG 0 0 GATCGAC 0 0 CCATCGAGG 90 90 CCCATCGAGGG 50 50 EcoR I GGAATTC 90 90 CG3AATTCG 90 90 CCGGAATTCGG 90 90 Hae III GGGGCCC 90 90 AGC3GCGCT 90 90 TTGCGGCGCAA 90 90 Hi nd III CAAGCTG 0 0 CCAAGCTGG 0 0 CCCAAGCTGGG 10 75 Kpn I GGGTACC 0 0 GOGGTACCC 90 90 CGGTACCCG 9

4、0 90 PCF 设计引物时酶切位点的保护碱基表 4 酶 寡核苷酸序列 切割率%2 hr 20 hr Mlu I GACGCGT 0 0 CGACGCGTG 25 50 Nco I CCCATGG 0 0 CATGCCATGGATG 50 75 Nde I CCATAT 0 0 CCCATATGG 0 0 CGCCATATGCG 0 0 GGGTTCATATGAACCC 0 0 GGAATTCATATGAATTCC 75 90 GGGAATTCATATGAATTCCC 75 90 Nhe I GGCTAGC 0 0 CG3CTAGCG 10 25 CTAGCTAGTAG 10 50 PCF 设

5、计引物时酶切位点的保护碱基表 5 切割率%酶 寡核苷酸序列 2 hr 20 hr Not I TTGCGGCCGC 0 0 ATTTGCGGCCGCTA 10 10 AAATATGCGGCCGATAAA 10 10 ATAAGAAGCGGCCGAAACTAT 25 90 AAGGAAAA/GCGGCCOCAAGGAAAA 25 90 Nsi I TGCXTGCAGCA 10 90 CCAATGCATGGTTCTGCAGTT 90 90 Pac I TTAATTAA 0 0 GTTAATTAAC 0 25 CCTTAATTA/GG 0 90 Pme I GTTTAAAC 0 0 GGTTTAAA

6、C 0 25 GCETTTAAACC 0 50 AGCTTGTTTAAAGGCGCGCCGG 75 90 Pst I GCTGCAG 0 0 TGC/CTGCATGCA 10 10 AACTGCAAACCAATGCATTGG 90 90 AAAACTGCAGCAATGCATTGGAA 90 90 CTGCAGACCAATGCATTGGATGCAT 0 0 酶切位点保护碱基表 6 酶 寡核苷酸序列 切割率%2 hr 20 hr Pvu I CCGATCG 0 0 ATCGATCAT 10 25 TCGCGATCGGA 0 10 Sac I CGAGCTG 10 10 Sac II GCCGCGG

7、 0 0 TCGCCGCGGGA 50 90 Sal I GTCGAGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC 0 0 GCGTCGAGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG 10 50 ACG(GTCGAGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA 10 75 Sea I GAGTACC 10 25 AAAAGTACTTT 75 75 Sma I CCCGGG 0 10 CCCCGGG 0 10 COCCCGGGG 10 50 TCGCCCGGGGA 90 90 Spe I GACTAGC GGACTAGCC CGCACTAGCCG CTACACTAGCTAG 10 10 0 0 90

8、 90 50 50 酶切位点保护碱基表 7 酶 寡核苷酸序列 切割率%2 hr 20 hr Sph I GGCATGC 0 0 CATGCATGCTG 0 25 ACATGCATGCTGT 10 50 Stu I AAGGCCT 90 90 GAAGGCCTC 90 90 AAAAGGCCTTT 90 90 Xba I CTCTAGG 0 0 GCTCTAGGC 90 90 TGCTCTAGGCA 75 90 CTAdCTAGCTAG 75 90 Xho I CCTCGAG 0 0 COCTCGAGG 10 25 CCG3TCGAGGG 10 75 Xma I CCCCGGG 0 0 COCCCGGGG 25 75 CCCCCCGGGGG 50 90 TCCCCCGGGGGA 90 90 由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，因此在设计PCR 引物时，人为的在 酶切位点序列的 5 端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。