基于超高密度SNP连锁图的水稻“永久F2”群体产量杂种优势遗传机理研究.pdf
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1、分类号:密级:华中农业大学博士学位论文基于超高密度S N P 连锁图的水稻“永久F 2”群体产量杂种优势遗传机理研究G e n e t i cc o m p o s i t i o no fy i e l dh e t e r o s i su s i n ga nu l t r a h i g hd e n s i t yS N Pb i nm a pi na n i m m o r t a l i z e dF 2 p o p u l a t i o n研究生:周钢指导教师:张启发教授指导小组:张启发教授王石平教授熊立仲教授郑用琏教授周道绣教授专业:基因组学获得学位名称:理学博士研究方向:
2、杂种优势及生物信息学获得学位时间:华中农业大学生命科学技术学院二。一二年十二月华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书学位论文是否保密吾如需保密,解密时间年月日删I l lI M II l l I l l l l I I I I I I I I I I I I l lI l l l l l I I I I I I I I I I l U l l Il lJllfl独创性声明Y 2 3 9 4 5 6 3本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果,也不包含为获得华中农业大学或
3、其他教育机梅的学位或证书而使用过的材料,指导教师对此进行了审定。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中做了明确的说明,并表示了谢意。,研究生签名:同白刁时间:_,年f 月,尹日学位论文使用授权书槲妊m 两锄签名秘名反签名日期:W 年,月中嗣签名日期:l 弓年厂月f 牛日注:请将本表直接装订在学位论文的扉页和目录之阈基于超高密度S N P 连锁图的“永久F 2”群体产量杂种优势遗传机理研究目录目录1中文摘要iA b s t r a c t i i i缩略词表v i1 前言11 1 杂种优势与杂种优势利用。l1 1 1 杂种优势l1 1 2 杂种优势利用11 2 杂种优势遗传机理研究
4、一31 2 1 显性假说31 2 2 超显性假说41 2 3 上位性假说41 3 杂种优势与分子数量遗传学51 3 1 分子标记(m o l e c u l a rm a r k e r)51 3 2 水稻分子标记连锁图91 3 3Q T L 与杂种优势1 01 4 杂种优势分子机理研究新思路1 21 4 1 基因网络系统1 21 4 2 基因表达调控1 31 4 3 基因组甲基化1 41 4 4 组蛋白乙酰化去乙酰化1 51 4 5 非编码R N A 1 61 5 研究的目的与意义1 72 材料和方法1 82 1I M F 2 群体考种数据及基因型数据-1 82 2 数据分析1 82 2 1
5、Q T L 定位1 82 2 2 显性效应检测1 92 2 3 上位性检测2 02 2 4 杂种优势位点检测2 22 2 5 杂种优势上位性检测2 23 结果与分析2 33 1I M F 2 群体性状表现、基因型及b i n 分子标记连锁图2 33 2 产量相关性状分析2 53 2 1 性状Q T L 定位2 53 2 2Q T L 定位分析3 53 3 加性显性效应分析3 73 3 1 全基因组加性显性效应3 7华中农业大学2 0 1 2 届博士研冗生学位论文3 3 2 显著显性位点检测-3 93 3 3 单位点效应分析5 43 3 4Q T L 位点与显著显性位点5 63 4 上位性检测5
6、 73 5 杂种优势位点分析1 0 13 5 1 杂种优势位点定位1 0 13 5 2 杂种优势位点与Q T L 位点1 1 33 5。3 杂种优势位点与性状显著显性位点11 33 6 杂种优势上位性检测1 1 43 7 杂种优势遗传效应分析1 1 6z l 讨论1 2 04 1Q T L 在I M F 2 中的定位1 2 04 2 显性显著位点表现1 2 04 3Q T L 位点、显著显性位点与杂种优势位点1 2 24。4 性状上位性与杂种优势上位性1 2 24 5 杂种优势遗传效应组分1 2 35,J、结1 2 4参考文献一12 5附录1 4 4附录I 附表1 4 4附录I I 部分p e
7、 r l 程序代码1 4 9附录I I I 作者简介1 5 l至迂谢15 2基于超高密度S N P 连锁图的“永久F 2”群体产量杂种优势遗传机理研究中文摘要杂种优势是指杂种一代在性状表现上优于双亲亲本的现象。过去几十年来,人们利用杂种优势进行了多种作物的育种和遗传改良,在生产和实践中取得了巨大的成功。尽管人们针对杂种优势现象作了很多研究,但杂种优势形成的遗传机理,仍有很多未知的地方。汕优6 3“永久F 2”群体是本室构建的研究杂种优势的优良群体,包含了杂种优势形成的所有遗传效应组分,对该群体的研究表明上位性是杂种优势形成的重要遗传学基础。本研究利用基于群体测序数据获得的S N P 分子标记,
8、构建“永久F 2”群体超高密度S N P 连锁图,对“永久F 2”群体产量及产量相关性状及其杂种优势作了相关分析,具体结果如下:1 构建了包含1 6 1 9 个重组b i n 的“永久F 2”群体超高密度S N P 分子连锁图。“永久F 2”群体基因型数据由其配组亲本重组自交系基因型数据推导而成,依据2 1 0个可提供独立信息的重组自交系数据,我们获得了2 7 8 个“永久F 2”家系的基因型。该群体包含了两种来自双亲的纯合基因型(A 和B)以及一种杂合基因型(H)。2 以重组b i n 为标记,采用单因素方差分析方法鉴定了一批“永久F 2”群体产量及产量相关性状Q T L。与传统R F L
9、P S S R 遗传连锁图相比,利用新的S N P 分子标记图检测到的Q T L,不仅数目更多,定位也更准确。一些已克隆的控制农艺性状重要基因如G S 3、G W 5 q S W 5 等可以精细定位到单个b i n 标记位点。3 从全基因组水平对“永久F 2”群体的加性显性效应值作了计算,结果表明除了9 8 年单株有效穗数,所有性状都表现出了正向显性效应高于负向显性效应的现象。4 采用h 测验鉴定了一批显著显性位点,并用p e r m u t a t i o n 作了验证,获得了与全基因组水平检测一致的结果。为了更好地区分相邻标记区域是否为同一效应,我们利用重组单株数据重新做了计算并聚类,统计
10、结果同样表明,正向显性位点数目要远远多于负向显性效应位点。5 以杂种优势值为基础,定位了一批产量及产量相关性状的杂种优势位点。在华中农业大学2 0 1 2 届博士研究生学位论文四个|生状中都检测到了大量基于b i n 标记的杂种优势位点,遍布于1 2 条染色体。很多杂种优势位点可以在2 年同时被检测到,表明这些杂种优势位点可能是真实存在的。6 将杂种优势位点与性状Q T L 位点、显著显性位点作了比较,三者之间没有必然的联系。但是也有部分位点既是Q T L 位点,又是杂种优势位点,同时也表现出了显著显性,表明这些位点有可能同时对性状及杂种优势起作用。7 采用双向方差分析方法检测了基因组内所有可
11、能的性状互作位点,2 年分别做了1,2 4 8,2 5 5 和1,2 5 9,3 7 9 次计算,获得了大量显著互作位点对。对于显著互作位点用p e r m u t a t i o n 作验证并作了聚类,尽可能减少假阳性。8 我们把所有的互作类型分为四类:加性X 加性、加性X 显性、显性加性和显性X 显性。在四种互作类型中,加性X 加性互作类型最多,显性显性互作类型最少。9 同样,以杂种优势值为基础,计算了杂种优势上位性,结果与性状上位性表现一致。以加性加性互作居多,显性显性互作最少。1 0 分别比较计算了单位点水平上的显性效应、超显性效应和两位点水平的上位性效应。分析结果显示,各个效应在杂种
12、优势中的作用在不同性状中表现不同,超显性效应在产量、每穗实粒数和干粒重性状中效应最大,显性显性互作效应在单株有效穗数和千粒重性状杂种优势中起重要大作用,显性效应在各性状中作用相对较小。关键词:数量性状;显性效应;超显性效应;上位性效应;杂种优势位点:重组自交系;b i n 图基于超高密度S l f f P 连锁图的“永久F 2”群体产量杂种优势遗传机理研究A b s t r a c tH e t e r o s i s,o rh y b r i dv i g o r,r e f e r st ot h es u p e r i o rp e r f o r m a n c eo ft h eh
13、 y b r i d sr e l a t i v et ot h ep a r e n t s U t i l i z a t i o no fh e t e r o s i sh a sc o n t r i b u t e dt r e m e n d o u s l yt ot h ei n c r e a s e dp r o d u c t i v i t yi nm a n yc r o p sf o rd e c a d e s A l t h o u g ht h e r eh a v eb e e nar a n g eo fs t u d i e so nv a r i
14、o u sa s p e c t so fh e t e r o s i s,t h ek e yt ou n d e r s t a n d i n gt h eb i o l o g i c a lm e c h a n i s m so fh e t e r o t i cp e r f o r m a n c ei nc r o ph y b r i d si st h eg e n e t i cb a s i s,m u c ho fw h i c hi ss t i l lt m c h a r a c t e r i z e d W ep r e v i o u s l yc
15、o n s t r u c t e da n“i m m o r t a l i z e dF 2”(I M F 2)p o p u l a t i o nb yi n t e r c r o s s i n gr e c o m b i n a n ti n b r e dl i n e s(R I L s)d e r i v e df r o mac r o s sb e t w e e nZ h e n s h a n9 7a n dM i n g h u i6 3,t h ep a r e n t so fS h a n y o u6 3 T h ep o p u l a t i o
16、na l l o w si d e n t i f i c a t i o no fa l lt h eg e n e t i cc o m p o n e n t so fh e t e r o s i s,a n dr e s e a r c hi nt h i sp o p u l a t i o ns h o w e de p i s t a s i sp l a y sa ni m p o r t a n tr o l ea st h eg e n e t i cb a s i so fh e t e r o s i s M o r er e c e n t l yw er e s
17、e q u e n c e dt h eR I L sa n dd e v e l o p e da na l g o r i t h mf o rc o n s t r u c t i n gu l t r a-h i g hd e n s i t yb i nm a p,w h i c hp r o v i d e dm o r ep r e c i s ei n f o r m a t i o nf o rg e n e t i cm a p p i n g I nt h i ss t u d y,w eu s e da nu l t r a h i g hd e n s i t yS
18、N Pb i nm a pt od i s s e c tt h eg e n e t i cc o m p o s i t i o no fy i e l da n dy i e l dc o m p o n e n tt r a i t si nt h eI M F 2p o p u l a t i o n T h em a i nr e s u l t sa r es u m m a r i z e da sf o l l o w:1 U s i n g1619b i nm a r k e r s,w ec o n s t r u c t e da nu l t r a h i g hd
19、 e n s i t yS N Pb i nm a pf o rt h eI M F 2p o p u l a t i o n D a t af o r2 7 8c r o s s e sw e r eo b t a i n e db a s e do nt h e210R I L s,a n dg e n o t y p ef o re a c hc r o s sW a sd e d u c e do nt h eb a s i so ft h eR I L st h a tw e r eu s e da st h ep a r e n t sf o rc r o s s i n g T
20、h e r ew e r et h r e eg e n o t y p e si ne a c hb i n,ah o m o z y g o t ef o re a c ho ft h ep a r e n t a lg e n o t y p e(Aa n dB),a n dah e t e r o z y g o t e(H),淅也f r e q u e n c i e se q u i v a l e n tt ot h o s ei na nF 2p o p u l a t i o n 2 An u m b e ro fQ T Lw e r ed e t e c t e df o
21、ry i e l da n dt h r e ey i e l dc o m p o n e n tt r a i t si n19 9 8a n d19 9 9r e s p e c t i v e l y T h ea c c u r a c yo ft h eu l t r a h i 曲d e n s i t yb i nm a pW a se v a l u a t e d、i t hk n o w ng e n e s B e c a u s ew ed i dn o th a v ed a t af o rg r a i nl e n g t ho rw i d t h,w et
22、 h u sa s s e s s e dt h eq u a l i t yo ft h eI M F 2b i nm a pu s i n gr e l a t e dt r a i t s(g r a i nw e i g h tf o rG S 3a n d华中农业大学2 0 1 2 届博士研究生学位论文G W 5 q S W 5 a n dg r a i nn u m b e rf o rG h d T)T h e s eQ T Lw e r es u c c e s s f u l l ym a p p e dt ot h e i rk n o w nl o c a t i o n
23、 s,s h o w i n gt h ea c c u r a c yo ft h eb i nm a p 3 W ee s t i m a t e dt h ea d d i t i v ea n dd o m i n a n c ee f f e c t si ne a c ho ft h e1 6 1 9b i n sf o rt h ef o u rt r a i t s,b a s e do nt h eS N Pb i nm a pu s i n gt h eI M F 2d a t ac o l l e c t e di nt w oy e a r s I ng e n e r
24、 a l,t h ed a t aw e r ec o n s i s t e n ti nt w oy e a r st h a tp o s i t i v ed o m i n a n c ew a sd e t e c t e di nm u c hl a r g e rn u m b e r so fb i n st h a nt h eo n e ss h o w i n gn e g a t i v ed o m i n a n c ef o ra l lf o u rg a i t si nb o t hy e a r s T h eo n l ye x c e p t i o
25、 no c c u r r e di nt i l l e r sp e rp l a n ti n19 9 8,i nw h i c ht h en u m b e ro fb i n ss h o w i n gp o s i t i v ed o m i n a n c ew a ss l i g h t l yl o w e rt h a no n e se x h i b i t i n gn e g a t i v ed o m i n a n c e 4 W eu s e dah-s t a t i s t i ct oi d e n t i f yb i n st h a th
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