第八章-晶体结构分析在其他学科中的应用..ppt
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1、第八章第八章 晶体结构分析的应用和发展方向晶体结构分析的应用和发展方向 晶体结构的测定对学科的发展、物体性能的晶体结构的测定对学科的发展、物体性能的解释、新产品的生产和研究等方面都有很大的作解释、新产品的生产和研究等方面都有很大的作用用,其应用面很宽其应用面很宽,不能尽述不能尽述,略谈几点如下,略谈几点如下,抛砖引玉抛砖引玉:8.1 晶体结构分析的应用晶体结构分析的应用 晶体结构的成功测定晶体结构的成功测定,在晶体学学科的发展上起了决定在晶体学学科的发展上起了决定的作用。的作用。因为因为它它证实了晶体具有周期性结构这一推测证实了晶体具有周期性结构这一推测,使晶体的使晶体的许多特性得到了解释许多
2、特性得到了解释:如晶体能自发长成多面体外形如晶体能自发长成多面体外形 (自范自范性性),),如立方体的食盐、六角形的水晶等如立方体的食盐、六角形的水晶等,又如晶体各种物又如晶体各种物理性质理性质 (光性光性,导热性等导热性等)的各向异性和对称性等等。的各向异性和对称性等等。使使晶晶体学的发展有了坚实的基础。体学的发展有了坚实的基础。8.1.1 晶体结构和晶体学学科晶体结构和晶体学学科 矿物学中曾有不少矿物的元素构成很接近矿物学中曾有不少矿物的元素构成很接近,但他们的性质但他们的性质相差很远相差很远 (如石墨和金刚石都是碳如石墨和金刚石都是碳,还如一些硅酸盐还如一些硅酸盐),),而有而有的矿物其
3、物理或化学性质相近的矿物其物理或化学性质相近,但其元素组成又很不相同但其元素组成又很不相同 (如如云母类矿物等云母类矿物等),使人困惑。晶体结构的测定使性能的异同从,使人困惑。晶体结构的测定使性能的异同从结构上得到了合理的解释。如石墨因是层状结构,层间结合结构上得到了合理的解释。如石墨因是层状结构,层间结合力差,故较软,而金刚石为共价键形成的骨架结构,故结合力差,故较软,而金刚石为共价键形成的骨架结构,故结合力强,无薄弱环节力强,无薄弱环节,成为最硬的材料。成为最硬的材料。8.1.2 晶体结构和晶体性质晶体结构和晶体性质 人类和疾病作斗争人类和疾病作斗争,总离不开药物。原始的药物是天总离不开药
4、物。原始的药物是天然产物然产物,动植物或矿物。以后随着科学的发展动植物或矿物。以后随着科学的发展,开展了从天开展了从天然产物中提取有效成分的方法然产物中提取有效成分的方法,而有效成分晶体结构的测而有效成分晶体结构的测定进一步将从天然产物中提取的活性物质改变为人工合成,定进一步将从天然产物中提取的活性物质改变为人工合成,使有可能大量制造,提高了产量、降低了成本、造福于人使有可能大量制造,提高了产量、降低了成本、造福于人类。这种基于结构类。这种基于结构,设计出合成路线,工业制造的方法在设计出合成路线,工业制造的方法在药物,药物,染料,香料等许多工业部门都是广泛使用的。染料,香料等许多工业部门都是广
5、泛使用的。8.1.3 晶体结构关联天然产物和人工合成晶体结构关联天然产物和人工合成 近年,基于病毒结构、人体内各种大分子结构的测定及人近年,基于病毒结构、人体内各种大分子结构的测定及人体感染疾病途径的了解,搞清了某些疾病感染及发展的结构匹体感染疾病途径的了解,搞清了某些疾病感染及发展的结构匹配需要。人类已经根据这些结构知识设计结构上匹配的、合适配需要。人类已经根据这些结构知识设计结构上匹配的、合适的药物,来事先保护病毒和人体的结合点,或阻断病毒的自身的药物,来事先保护病毒和人体的结合点,或阻断病毒的自身繁衍,从而避免感染或控制其繁衍,而不使疾病发展繁衍,从而避免感染或控制其繁衍,而不使疾病发展
6、,这就是这就是所谓的基于结构的、合理的药物设计。所谓的基于结构的、合理的药物设计。例如艾滋病毒复制过程中不可缺的蛋白酶及人类设计的对称例如艾滋病毒复制过程中不可缺的蛋白酶及人类设计的对称性抑制剂性抑制剂 A-74704 A-74704 之间的氢键结合模式。由于抑制剂的结合阻之间的氢键结合模式。由于抑制剂的结合阻断了病毒的结合,使其无法复制。改变了过去神农尝百草型的断了病毒的结合,使其无法复制。改变了过去神农尝百草型的经验寻找药物的方法。经验寻找药物的方法。8.1.3 晶体结构与药物设计晶体结构与药物设计从前述的应用已经看出,晶体结构的测定及结构与性能关从前述的应用已经看出,晶体结构的测定及结构
7、与性能关系的研究系的研究,是今后走上人类按需设计新材料的基础。今日虽已是今后走上人类按需设计新材料的基础。今日虽已测了许多晶体的结构测了许多晶体的结构,但还有许多未能测定但还有许多未能测定,而且还不断有新化而且还不断有新化合物,新晶体出现合物,新晶体出现,因此不断的测定他们的结构因此不断的测定他们的结构,加以总结分析加以总结分析是十分必要的。是十分必要的。8.2 可能的发展方向可能的发展方向 8.2.1 数据的积累数据的积累当今已有多个晶体结构数据库,如:当今已有多个晶体结构数据库,如:(1)剑桥结构数据库()剑桥结构数据库(CSD)。包括各种有机,有机)。包括各种有机,有机金属化合物及配合物
8、的晶体学数据。金属化合物及配合物的晶体学数据。(2)无机晶体结构数据库()无机晶体结构数据库(ICSD)。)。(3)金属结晶学数据库()金属结晶学数据库(CRXSTMET)。)。(4)蛋白质数据库()蛋白质数据库(PDB)。)。(5)晶体学数据()晶体学数据(CD)。)。(6)粉末衍射卡片()粉末衍射卡片(PDF)。)。(7)有序无序结构数据库()有序无序结构数据库(OD)等。)等。20012001年年2 2月月1212日,人类基因组框架图发表。接下来的任务日,人类基因组框架图发表。接下来的任务是要把各基因的结构和功能搞清楚,有大量的基因结构需要是要把各基因的结构和功能搞清楚,有大量的基因结构
9、需要测定。世界上已经成立了结构基因组的国际合作组织,分配测定。世界上已经成立了结构基因组的国际合作组织,分配人类基因结构的测定任务。除了人类基因以外,还有水稻基人类基因结构的测定任务。除了人类基因以外,还有水稻基因组,各种病毒等范围更广的生物大分子结构需测定。生物因组,各种病毒等范围更广的生物大分子结构需测定。生物大分子的数量将会远远超过各种无机物,有机物分子的总量。大分子的数量将会远远超过各种无机物,有机物分子的总量。生物大分子结构测定将是今后晶体结构测定的主要任务生物大分子结构测定将是今后晶体结构测定的主要任务。8.2.2 各种生物大分子结构的测定各种生物大分子结构的测定 按照已知的结构和
10、性能的关系设计制造需要的新按照已知的结构和性能的关系设计制造需要的新材料是进行大量结构测定的目的。如何总结大量已材料是进行大量结构测定的目的。如何总结大量已测结构的规律并与其性能、功能相联系是今后的任测结构的规律并与其性能、功能相联系是今后的任务之一。特别是生物结构与功能的关系。进一步如务之一。特别是生物结构与功能的关系。进一步如何利用这种关系设计制造人类需要的材料,药物等何利用这种关系设计制造人类需要的材料,药物等,更是永不完结的任务。更是永不完结的任务。8.2.3 结构与性能关系的研究与应用结构与性能关系的研究与应用 目前虽已有各种方法用来解决相角的问题,但要目前虽已有各种方法用来解决相角
11、的问题,但要置换许多同晶化合物还是颇费时和颇昂贵的,如果置换许多同晶化合物还是颇费时和颇昂贵的,如果能如小分子那样用直接法来解决相角问题,将会方能如小分子那样用直接法来解决相角问题,将会方便许多。我国科学家范海福院士是研究直接法的我便许多。我国科学家范海福院士是研究直接法的我国权威人物,正在进行这方面的研究。国权威人物,正在进行这方面的研究。8.2.4 解生物大分子结构方法的发展解生物大分子结构方法的发展u 晶体结构的描述。晶体结构的描述。u X 射线结构分析和晶体学在无机、有机、天然有射线结构分析和晶体学在无机、有机、天然有 机、金属有机、催化、生物、药物、蛋白质、机、金属有机、催化、生物、
12、药物、蛋白质、矿物、材料、金属等学科中的应用。矿物、材料、金属等学科中的应用。u 电子衍射、中子衍射、粉末衍射的晶体学应用。电子衍射、中子衍射、粉末衍射的晶体学应用。8.2.5 晶体结构分析在其他学科中的应用晶体结构分析在其他学科中的应用 目前的实验室单晶体结构分析方法对于测定小分子的单目前的实验室单晶体结构分析方法对于测定小分子的单晶体结构已经是相当完美了晶体结构已经是相当完美了,但对于巨大的生物大分子就显但对于巨大的生物大分子就显得软弱无力,主要是光源强度不够,光的平行性不良,波长得软弱无力,主要是光源强度不够,光的平行性不良,波长又不好调。目前主要要依靠同步辐射作为又不好调。目前主要要依
13、靠同步辐射作为X射线源。射线源。同步辐射同步辐射 X光源光源(synchrotronradiation)比常规比常规 X 射线源射线源有许多优点有许多优点,所以用同步辐射光源测定生物大分子的结构更所以用同步辐射光源测定生物大分子的结构更有无比的优越性有无比的优越性。8.2.6 单晶体结构分析实验方法的发展单晶体结构分析实验方法的发展 8.2.6.1 同步辐射同步辐射1.同步辐射同步辐射X射线单晶衍射技术的特点射线单晶衍射技术的特点:(1)同步辐射产生高强度的同步辐射产生高强度的X射线射线,在短时间内收集衍射数据。在短时间内收集衍射数据。(2)Hajdu等用实验室等用实验室X光源光源,为收集到糖
14、原磷酸化酶为收集到糖原磷酸化酶b2.7A分率的衍射数据分率的衍射数据(约约10000个个),约一周的时间约一周的时间,而用同步辐而用同步辐射射X射线射线,只花了只花了25min收集到全部衍射数据。收集到全部衍射数据。(3)对于蛋白质晶体对于蛋白质晶体,X射线损伤的限速过程是照射产生的射线损伤的限速过程是照射产生的OH自由基的扩散自由基的扩散,常温下该扩散的时间尺度为数小时。因而常温下该扩散的时间尺度为数小时。因而,用同步辐射用同步辐射X射线测量时射线测量时,在此时间范围内即可收集到全部在此时间范围内即可收集到全部数据数据,而且晶体不至于造成损伤。而且晶体不至于造成损伤。(2)利用同步辐射波长可
15、任意改变的特性利用同步辐射波长可任意改变的特性,可以利用可以利用多波长反常散射技术多波长反常散射技术,直接确定常规直接确定常规X 射线晶体结射线晶体结构分析中最困难的相位参数。构分析中最困难的相位参数。特别是用硒代替甲硫氨酸中的硫特别是用硒代替甲硫氨酸中的硫,以及应用溴化以及应用溴化脲嘧啶等标记脲嘧啶等标记,可方便地分别用于蛋白质和核酸结可方便地分别用于蛋白质和核酸结构中相位参数的测定。构中相位参数的测定。1995年在美国年在美国NSLS的的X4A同步辐射光束线实验同步辐射光束线实验站上就发表了站上就发表了12个采用多波长反常散射法测定新的个采用多波长反常散射法测定新的生物大分子结构。生物大分
16、子结构。(3)由于同步辐射的高强度由于同步辐射的高强度,就有可能用微小的晶就有可能用微小的晶体进行结构的分析。蛋白质等晶体的培养体进行结构的分析。蛋白质等晶体的培养,目前还目前还找不到内在的规律性找不到内在的规律性,难以得到供实验室难以得到供实验室 X射线源射线源祚高分辨率测量用的大晶体。但是对于同步辐射祚高分辨率测量用的大晶体。但是对于同步辐射 X射线源射线源,则用尺度上比常规小几个数量级的晶体。则用尺度上比常规小几个数量级的晶体。例如对例如对20KD左右大小的蛋白质分子左右大小的蛋白质分子,用一般实用一般实验室验室X射线源时射线源时,晶体必须大于晶体必须大于0.13mm0.13mm0.13
17、mm。若用。若用2.5GeV同步辐射装置产生的单色同步辐射装置产生的单色X射线射线,其强度提高了其强度提高了1000倍倍,此时晶体大小为此时晶体大小为0.03mm0.03mm0.03mm。Tan用于测定用于测定(C2H8N)()(Sb4S7)的晶体结构的晶)的晶体结构的晶粒仅为粒仅为20m30m40m。比实验室。比实验室X射线源所射线源所用晶体在线度上要小用晶体在线度上要小1个数量级个数量级,在体积上要小在体积上要小3个个数量级。数量级。(4)由于同步辐射的高强度使弱衍射可以测出由于同步辐射的高强度使弱衍射可以测出,(5)这对于总结出正确的系统消光规律这对于总结出正确的系统消光规律,避免得出避
18、免得出错误错误的空间群有决定性的作用。的空间群有决定性的作用。Schomaker等等有过专门有过专门的研究的研究,Kassner等等对弱衍射与晶体对弱衍射与晶体是否有对称中心的关系进行了研究是否有对称中心的关系进行了研究,他们认为弱他们认为弱反射在决定有无对称中心中取决定性作用。反射在决定有无对称中心中取决定性作用。(5)同步辐射光源结合劳厄实验方法能在微秒同步辐射光源结合劳厄实验方法能在微秒 的时的时间尺度进行时间分辨的三维结构研究。由此将间尺度进行时间分辨的三维结构研究。由此将 传传统的静态结构分析提高到动态结构的新高度统的静态结构分析提高到动态结构的新高度,这是这是目前用其他方法不能达到
19、的。目前用其他方法不能达到的。有许多生物反应的速度是相当快的有许多生物反应的速度是相当快的,如血红蛋白如血红蛋白与一氧化碳的结合,速度在纳秒级与一氧化碳的结合,速度在纳秒级(10-9sec),要对这种反应进行动力学研究,既要有高强度脉要对这种反应进行动力学研究,既要有高强度脉冲光源冲光源,又要有快速切换的探测器以连续跟踪反又要有快速切换的探测器以连续跟踪反应。现在已有了强脉冲光源,但探测器的切换速应。现在已有了强脉冲光源,但探测器的切换速度却慢太多,需要作长时间的更大的努力。度却慢太多,需要作长时间的更大的努力。3.同步同步X射线衍射技术在三维结构生物学中的应用射线衍射技术在三维结构生物学中的
20、应用(1)细胞膜通道的研究细胞膜通道的研究 人们早就认识到水和其他物质如人们早就认识到水和其他物质如 K+、Na+、Ca2+和和Cl-等多种离子能够经过一些孔道通过细胞壁等多种离子能够经过一些孔道通过细胞壁,但是细胞膜是如何但是细胞膜是如何选择性转运离子的选择性转运离子的,以及离子的运动又是如何受调控却一直不以及离子的运动又是如何受调控却一直不为人所知。为人所知。2000年年P.Agre等等应用场发射电子源的电子衍射方应用场发射电子源的电子衍射方法得到分辨率为法得到分辨率为3.8A的的AQPl水通道电子密度图。就在同时水通道电子密度图。就在同时Robert等在美国等在美国LawrenceBer
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- 第八 晶体结构 分析 其他 学科 中的 应用
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