现代分子生物学复习笔记.doc
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1、现代分子生物学复习提纲第一章 绪论第一节 分子生物学的根本含义及主要研究内容1 分子生物学Molecular Biology的根本含义n 广义的分子生物学:以核酸与蛋白质等生物大分子的构造及其在遗传信息与细胞信息传递中的作用为研究对象,从分子水平说明生命现象与生物学规律。n 狭义的分子生物学:偏重于核酸基因的分子生物学,主要研究基因或DNA的复制、转录、表达与调控等过程,也涉及与这些过程相关的蛋白质与酶的构造与功能的研究。1.1 分子生物学的三大原那么1) 构成生物大分子的单体是一样的2) 生物遗传信息表达的中心法那么一样 3) 生物大分子单体的排列核苷酸、氨基酸的不同 1.3 分子生物学的研
2、究内容 DNA重组技术基因工程 基因的表达调控 生物大分子的构造与功能研究(构造分子生物学 基因组、功能基因组与生物信息学研究第二节 分子生物学开展简史 1 准备与酝酿阶段n 时间:19世纪后期到20世纪50年代初。 确定了生物遗传的物质根底是DNA。DNA是遗传物质的证明实验一:肺炎双球菌转化实验 DNA是遗传物质的证明实验二:噬菌体感染大肠杆菌 实验RNA也是重要的遗传物质-烟草花叶病毒的感染与繁殖过程2 建立与开展阶段n 1953年Watson与Crick的DNA双螺旋构造模型作为现代分子生物学诞生的里程碑。n 主要进展包括:v 遗传信息传递中心法那么的建立3 开展阶段n 基因工程技术作
3、为新的里程碑,标志着人类深入认识生命本质并能动改造生命的新时期开场。第三节 分子生物学与其他学科的关系思考n 证明DNA是遗传物质的实验有哪些?n 分子生物学的主要研究内容。n 列举510位获诺贝尔奖的科学家,简要说明其奉献。第二章 染色体与DNA第一节 染色体n 分子构造相对稳定n 能够自我复制n 能够指导蛋白质的合成,从而控制整个生命过程;n 能够产生遗传的变异。2 真核细胞染色体组成(1) DNA(2) 蛋白质包括组蛋白与非组蛋白(3) 少量的RNA组蛋白:呈碱性,构造稳定;与DNA结合形成、维持染色质构造,与DNA含量呈一定的比例非组蛋白:呈酸性,种类与含量不稳定;作用还不完全清楚染色
4、质是一种纤维状构造,由最根本的单位核小体(nucleosome)成串排列而成的。4. 真核生物基因组DNA的C值与重复序列C值 (C Value):指一种生物单倍体基因组的DNA总量。注意:生物体进化程度上下与C值不成明显线性相关;亲缘关系相近的生物C值却相差大。高等生物的C值不一定比低等生物的C值高。C值变化范围宽意味着生物基因组中含有大量的无编码功能的重复序列。n DNA序列可分为3类:(1)不重复序列 :是主要的构造基因(2)中度重复序列 n 各种rRNA、tRNA、组蛋白基因以及某些构造基因属于这一类。n 中度重复序列往往分散在不重复序列之间。(3)高度重复序列卫星DNA :不转录序列
5、。思考:n DNA的C值与重复序列.?1原核生物的基因组很小,大多只有一条染色体,且DNA含量少,没有重复序列。注意 :染色体外遗传基因的概念:即细菌的质粒、真核生物的线粒体、高等植物的叶绿体等所含有的DNA与功能基因。 2构造简练3存在转录单元:n 原核DNA序列中功能相关的基因丛集在基因组的特定部位,形成转录单元,它们可被一起转录为可翻译多个蛋白质的mRNA分子,这种mRNA叫多顺反子mRNA。注意:原核生物的mRNA是多顺反子mRNA;真核生物mRNA是单顺反子mRNA4有重叠基因:在一些细菌与动物病毒中同一段DNA能携带两种不同蛋白质的信息。n 真核基因组庞大n 存在大量的重复序列n
6、90%以上为非编码序列 n 转录产物为单顺反子n 断裂基因,含有内含子n 有大量顺式作用元件见第八章n 存在大量的DNA多态性n 具有端粒构造第二节 DNA的构造1.DNA的一级构造: 指四种核苷酸(dAMP、dCMP、dGMP、dTMP)按照一定的排列顺序,通过磷酸二酯键连接形成的多核苷酸,也称为碱基顺序2. DNA的二级构造定义:指两条多核苷酸链反向平行盘绕所产生的双螺旋构造。3.DNA双螺旋构造模型的要点: 脱氧核糖与磷酸通过3,5磷酸二酯键交互连接,成为螺旋链的骨架。 碱基互补配对 螺旋参数:螺旋直径nm。螺旋每旋转一周10对碱基,每个碱基的旋转角度为36;螺距;碱基平面之间的距离为。
7、 大沟小沟 :大沟(2. 2nm)小沟(1. 2nm)DNA双螺旋的力:氢键、碱基堆集力包括疏水作用力与范德华力。、磷酸基团间的静电斥力、碱基分子内能 总之: 氢键与碱基堆集力有利于DNA维持双螺旋构造,而静电斥力与碱基分子内能那么不利于DNA维持双螺旋构造。 : A,B,Z型双螺旋Z-DNA有什么生物学意义呢n Z-DNA在热力学上是不利的。带负电荷的磷酸根距离太近,产生静电排斥。n DNA链的局部不稳定区的存在就成为潜在的解链位点。n DNA解链是DNA复制与转录等过程中必要的环节,因此Z-DNA的构造与基因表达调控有关。6. DNA的超螺旋构造(三级构造)超螺旋的类型:负超螺旋、松弛DN
8、A、正超螺旋转化相关物质:拓扑异构酶、溴化乙锭超螺旋的意义:超螺旋形式是DNA分子复制与转录的需要; 超螺旋可使DNA分子形成高度致密的状态从而 得以容纳于有限的空间。7. DNA的理化性质-变性与复性常用的变性方法:热变性、碱变性核酸变性程度的鉴定紫外测定法:第三节 DNA的复制概述1 DNA复制的根本机理半保存复制DNA半保存复制的意义:保证DNA代谢的稳定性。稳定性是相对的,变异是绝对的2 DNA复制的起点、方向与速度1)起点:复制子: 从复制原点ori 到终点,组成一个复制单位。原核生物:只有一个复制子真核生物: 多个复制子2)方向:双向等速复制:大多数生物体内DNA。单向进展:有些病
9、毒如腺病毒等、质粒DNA及线粒体DNA。不对称复制:在一定时期内DNA只复制一条链的情况。如线粒体的D-环复制与噬菌体的滚环复制方式。3 复制的几种方式1) 线状DNA双链的复制2) 环状DNA双链的复制:型、滚环复制、D环思考:n 原核生物基因组特点。n DNA双螺旋构造模型的要点?n DNA的变性与复性?n DNA复制的几种方式。第四节 原核生物与真核生物DNA复制特点1 原核生物复制的特点1) DNA双螺旋的解旋解旋酶 (helicase):解开氢键,形成单链。利用ATP水解获得的能量来打断氢键;二聚体或六聚体形式存在;作用方向:大局部为53,单链结合蛋白SSBP:功能:稳定单链DNA。
10、特点:SSBP与螺旋酶不一样,不具备酶的活性,不与ATP结合。SSBP可以重复使用DNA拓扑异构酶(DNA topoisomerase):既能水解 、又能连接磷酸二酯键DNA拓扑异构酶功能:在DNA复制时,拓扑酶可松驰超螺旋,有利于复制叉的前进。DNA复制完成后,拓扑酶可将DNA分子引入超螺旋,使DNA形成染色质。2) DNA复制的引发 引发:DNA复制需要合成RNA引物,这段RNA引物的合成称为引发。 DNA复制为什么需要引物(Primer)?答案:DNA聚合酶只能催化dNTP到已有核酸链的游离3-OH上,而不能从游离核苷酸起始DNA链的合成。3) 冈崎片段与半不连续复制4) 复制的终止:5
11、) DNA聚合酶 2 真核生物复制的特点1多个复制子,双向复制2复制子相对较小3复制终止通过复制叉的相遇而终止4复制起点为自主复制序列ARS 3 DNA复制的调控原核生物与真核生物DNA复制的比拟 一样点:1半保存复制方式 2半不连续复制3 DNA 螺旋酶, SSBP4 RNA 引物不同点:1 复制起点单、多2复制子大小、多少3复制叉移动的速度 4冈崎片段的大小5端粒与端粒酶6DNA聚合酶7引物酶思考题名词解释 复制子 半保存复制 岗崎片段简答题1. DNA复制为何选择RNA作为引物?2. 大肠杆菌DNA复制起始过程如何,有哪些因子参与?3. 原核生物DNA复制的形式有哪几类?4. 真核与原核
12、复制的比拟第五节 DNA的修复1 错配修复2 切除修复碱基、核甘酸3 重组修复4 DNA直接修复5 SOS系统: SOS修复是指DNA受到严重损伤、细胞处于危急状态时所诱导的一种DNA修复方式,修复结果只是能维持基因组的完整性,提高细胞的生成率,但留下的错误较多,故又称为错误倾向修复,细胞有较高的突变率。SOS反响是生物在不利环境中求得生存的一种根本功能。对原核生物将会产生高变异,对高等动物那么是致癌的。第六节 DNA的转座1.转座子transponson,简称Tn, 又称易位子,是指存在于染色体DNA上可以自主复制与位移的一段DNA序列。2.转座子类型: 细菌转座子1IS 插入序列2) Tn
13、 复合转座子3TnA TnA family 真核生物转座子特点:1两端有IR2内部有转座酶等基因;3.转座的遗传学效应:引起插入突变、产生新基因、引起染色体畸变、引起生物进化1)自主性元件: Ac 有自主剪接与转座的能力。2) 非自主性元件:Ds单独存在是稳定的;不能自发地转座,当基因组中存在与非自主性元件同家族的自主性元件时,它才具备转座功能,成为与自主性因子一样的转座子,不管这自主元件位于何处。问答题 什么是转座子?转座子有哪几种类型? 什么叫做Ds-Ac因子? 错配修复与切除修复的机制。第三章 生物信息的传递上从DNA到RNA1. 根本概况编码链与模板链:与mRNA序列一样的那条DNA链
14、称为编码链有意义链、正(+)链 ;将另一条根据碱基互补原那么指导mRNA合成的DNA链称为模板链无意义链、负(-)链。构造基因: DNA分子上转录出RNA的区段,称为构造基因。转录单元: 一段从启动子开场至终止子完毕的DNA序列。RNA合成的根本特征:1) 53 方向;2) 底物三磷酸核苷酸NTP3) 不对称转录,以单链DNA为模板。4) 不需要引物,合成是连续的。5) 对一个基因组来说,转录只发生在一局部基因,且每个基因的转录都受到相对独立的控制。2. 转录的根本过程1模板识别 :与原核生物的不同,真核生物的RNA聚合酶不能直接识别基因的启动子区,需要一些被称为转录调控因子的辅助蛋白质按特定
15、顺序结合于启动子上,RNA聚合酶才能与之相结合并形成复杂的前起始复合物,以保证有效地起始转录。2)转录起始3)转录延伸:即是RNA聚合酶释放因子离开启动子后,核心酶沿着模板DNA移动并使新生RNA链不断伸长的过程。4)转录终止 3. 转录机器的主要成分转录酶:原核生物的RNA聚合酶、真核生物的RNA聚合酶(RNA pol、RNA pol、RNA pol )转录复合物思考: RNA聚合酶如何找到DNA上需要转录的那个基因的特异性启动子?s 因子功能特点1 因子负责模板链的选择与转录的起始2提高RNA聚合酶对启动子区的亲与力3 因子不参与转录延伸过程,在转录起始后RNA聚合酶上释放出来n 只有全酶
16、才能在正确位置起始转录。核心酶能在DNA模板上合成RNA,但不能在正确位置起始转录。 核心酶与全酶的区别:核心酶没有因子4. 启动子与转录过程1原核生物的启动子构造特点:转录起始点: 常见序列为CAT,A为起始点-10区: 构造特点:保守序列:TATAAT A.T较丰富,易于解链。功能:(1) RNA pol结合位点 ;(2) 形成开放启动复合体;(3) 使RNA pol定向转录。-35区:构造特点:其保守序列 TTGACA 与-10序列,相隔16-19bp功能:(1) RNA pol的识别位点。(2) 不同亚基识别不同启动子,调控不同基因的转录起始。增强子 :具有增加启动子的作用。增强子的特
17、点: 远距离效应。 无方向性。可位于靶基因的上游、下游或内部。 顺式调节。只调节位于同一染色体上的靶基因。 无物种与基因特异性。可连接到异源基因上发挥作用 有组织特异性。需要特定的蛋白因子参与。 有相位性。其作用与DNA的构象有关。2)真核生物的启动子 核心启动子:保证RNA聚合酶转录正常起始所必需的、最少的DNA序列,包括转录起始位点及转录起始位点上游TATA区。作用:选择正确的转录起始位点,保证准确起始 上游启动子元件:控制转录效率、频率 其他元件:八碱基区域、KB元件 、ATF元件 思考:n RNA聚合酶如何找到DNA上的一个特异性的启动子?n 原核生物启动子的构造特点?n 真核生物启动
18、子的构造特点?转录因子:但凡转录起始过程必需的蛋白质,只要它不是聚合酶的组成成分,就可将其定义为转录因子transcription factor, TF).抗终止作用:因子的作用被抵消,使得RNA聚合酶通过终止子继续转录后面的基因5. 原核生物与真核生物mRNA的特征比拟原核生物mRNA的特征 mRNA转录产物是成熟的,不需修饰即可 直接进展翻译; 半衰期短 多以多顺反子的形式存在5 端无“帽子构造, 3 端没有或只有较短的polyA构造。无内含子,mRNA是连续的S D 序列:使 rRNA正确定位于起始密码子真核生物mRNA的特征 5 端存在“帽子构造 多数mRNA 3 端具有polyA尾巴
19、组蛋白除外 以单顺反子的形式存在 前体mRNA有内含子,是断裂基因。注意:单顺反子mRNA:只编码一个蛋白质的mRNA。多顺反子mRNA:编码多个蛋白质的mRNA。5端帽子构造的功能:a. 翻译起始的必要构造,b. 增加mRNA的稳定性c. 有助于mRNA越过核膜polyA尾巴的功能: 与mRNA从细胞核转送到细胞质有关。稳定mRNA构造,保持生物半衰期。与真核mRNA的翻译效率有关:6. 内含子的剪接、编辑、再编码及化学修饰核酶(ribozyme) (核糖核酸酯酶):具有催化功能的RNA分子。作用特点:核酶既是催化剂又是底物,随着反响最终消失。思考题名词解释:转录单位、转录起点、启动子、终止
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