生物化学生物合成和加工.ppt
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1、关于生物化学的生物合成和加工第一张,PPT共九十页,创作于2022年6月转录转录 (transcription)生物体以生物体以DNA为模板合成为模板合成RNA的过程的过程 。转转录录RNADNA 经转录生成的经转录生成的RNA有多种,主要的是有多种,主要的是rRNA,tRNA,mRNA,snRNA 和和 hnRNA第二张,PPT共九十页,创作于2022年6月参与转录的物质参与转录的物质原料原料:NTP(ATP,UTP,GTP,CTP)模板模板:DNA酶酶:RNA聚合酶聚合酶(RNA-pol)其他蛋白质因子其他蛋白质因子第三张,PPT共九十页,创作于2022年6月主要内容主要内容第一节 模板和
2、酶第二节 转录过程第三节 转录后加工第四节 RNA复制和逆转录第四张,PPT共九十页,创作于2022年6月模板和酶模板和酶第一节第一节第五张,PPT共九十页,创作于2022年6月一、转录模板一、转录模板 DNA分子上转录出分子上转录出RNA的区段,称为结构基因。的区段,称为结构基因。DNA双双链链中中按按碱碱基基配配对对规规律律能能指指引引转转录录生生成成RNA的的一一股股单单链链,称称为为模模板板链链(templatestrand),也也称称作作负负链链。相对的另一股单链是编码链相对的另一股单链是编码链(codingstrand),也称为正链。,也称为正链。第六张,PPT共九十页,创作于20
3、22年6月5GCAGTACATGTC33cgtgatgtacag55GCAGUACAUGUC3NAlaValHisValC编码链编码链模板链模板链mRNA蛋白质蛋白质转录转录翻译翻译第七张,PPT共九十页,创作于2022年6月5 5 3 3 3 3 5 5 模板链模板链编码链编码链编码链编码链模板链模板链结构基因结构基因转录方向转录方向转录方向转录方向第八张,PPT共九十页,创作于2022年6月不对称转录不对称转录 在在DNA分子双链上某一区段,一股链用作模板指分子双链上某一区段,一股链用作模板指引转录,另一股链不转录引转录,另一股链不转录;模板链并非永远在同一条单链上。模板链并非永远在同一条
4、单链上。5335模板链(含结构基因)模板链(含结构基因)编码链编码链第九张,PPT共九十页,创作于2022年6月二、二、RNA聚合酶聚合酶(一)原核生物的(一)原核生物的RNA聚合酶聚合酶第十张,PPT共九十页,创作于2022年6月核心酶核心酶全酶全酶 此外,每个此外,每个RNARNA聚合酶还含有聚合酶还含有2 2个个ZnZn离子。离子。第十一张,PPT共九十页,创作于2022年6月f亚亚基基由由基基因因rpoZrpoZ编编码码,MrMr为为1.10101.10104 4,曾曾长长期期被被忽忽略略,甚甚至至许许多多人人不不把把它它作作为为聚聚合合酶酶的的组组分分。然然而而,现现在在已已经经肯肯
5、定定,亚亚基基是是嗜嗜热热水水生生菌菌RNA RNA polpol必必不不可可少少的的组组分分,也也是是体体外外变变性性的的RNA RNA polpol成成功功复复性性所所必必需需的的,它它与与亚亚基基一一起构成催化中心,稳定其与起构成催化中心,稳定其与 亚基的结合。亚基的结合。第十二张,PPT共九十页,创作于2022年6月E.coliE.coli不同不同因子的性质与功能比较因子的性质与功能比较第十三张,PPT共九十页,创作于2022年6月(二)真核生物的(二)真核生物的RNA聚合酶聚合酶(458)(458)第十四张,PPT共九十页,创作于2022年6月三、启动子和转录因子三、启动子和转录因子
6、原原核核生生物物一一个个转转录录区区段段可可视视为为一一个个转转录录单单位位,称称为为操操纵纵子子(operon),包包括括若若干干个个结结构构基基因因及及其其上上游游的调控序列。的调控序列。5 3 3 5 结构基因结构基因调控序列调控序列RNA-polRNA聚合酶识别聚合酶识别、结合和开始转录的一段结合和开始转录的一段DNA序列,称为启动子序列,称为启动子(promoter)。第十五张,PPT共九十页,创作于2022年6月RNA聚合酶聚合酶保护法保护法第十七张,PPT共九十页,创作于2022年6月开始转录开始转录TTGACAAACTGT-35区区(Pribnowbox)TATAATPuATA
7、TTAPy-10区区1-30-5010-10-40-205 3 3 5 原核生物启动子保守序列原核生物启动子保守序列RNA-pol辨认位点辨认位点(recognitionsite)5 5 RNA聚合酶保护区聚合酶保护区结构基因结构基因3 3 RNARNA聚合酶全酶结合位点聚合酶全酶结合位点第十九张,PPT共九十页,创作于2022年6月第二十张,PPT共九十页,创作于2022年6月转录过程转录过程 第二节第二节 第二十一张,PPT共九十页,创作于2022年6月大肠杆菌RNA聚合酶的作用起始阶段起始阶段:在在DNA分子上搜索启动子,并将分子上搜索启动子,并将DNA双螺旋解开一小段。双螺旋解开一小段
8、。延伸阶段延伸阶段:选择正确的核苷三磷酸(选择正确的核苷三磷酸(NTP),催化磷),催化磷酸二酯键的形成。酸二酯键的形成。终止阶段终止阶段:检测检测RNA合成的终止信号,停止合成的终止信号,停止RNA的合成。的合成。特点:不需引物;无核酸外切酶活性。特点:不需引物;无核酸外切酶活性。错误率高:错误率高:1/104105核苷酸核苷酸,是是DNA复制的复制的105倍。倍。第二十二张,PPT共九十页,创作于2022年6月(一)转录起始(一)转录起始转录起始需解决两个问题:转录起始需解决两个问题:1.RNA聚合酶必须准确地结合在转录模板的起始聚合酶必须准确地结合在转录模板的起始区域。区域。2.DNA双
9、链解开,使其中的一条链作为转录的模双链解开,使其中的一条链作为转录的模板。板。一、原核生物的转录过程一、原核生物的转录过程第二十三张,PPT共九十页,创作于2022年6月RNA聚合酶全酶在转录起始区的结合聚合酶全酶在转录起始区的结合第二十四张,PPT共九十页,创作于2022年6月2.DNA双链解开,约解开双链解开,约解开17个碱基对。(酶与启动个碱基对。(酶与启动子结合的部位是子结合的部位是AT富集区,有利于解链)富集区,有利于解链)1.RNA聚合酶全酶聚合酶全酶(2)与模板结合与模板结合5-pppG-OH+NTP5-pppGpN-OH3+ppi转录起始过程转录起始过程 3.3.第第一一个个核
10、核苷苷三三磷磷酸酸(常常常常是是GTPGTP或或ATP)ATP)结结合合到到全全酶酶上上,形形成成“启启动动子子-全全酶酶-核核苷苷三三磷磷酸酸”三三元元起始复合物。起始复合物。4.4.第二个核苷酸参入,连结到第一个核苷酸的第二个核苷酸参入,连结到第一个核苷酸的33羟基上,形成了第一个磷酸二酯键。羟基上,形成了第一个磷酸二酯键。第二十五张,PPT共九十页,创作于2022年6月因子从全酶上掉下,又去结合其它的核心酶。因子从全酶上掉下,又去结合其它的核心酶。RNApol(2)-DNA-pppGpN-OH3 转录起始复合物转录起始复合物:第二十六张,PPT共九十页,创作于2022年6月(二)转录延长
11、(二)转录延长1.亚基脱落,亚基脱落,RNApol聚合酶核心酶变构,与模聚合酶核心酶变构,与模板结合松弛,沿着板结合松弛,沿着DNA模板前移;模板前移;2.在在核心酶核心酶作用下,作用下,NTP不断聚合,不断聚合,RNA链不断链不断沿沿53方向方向延长。延长。(NMP)n+NTP(NMP)n+1+PPi第二十七张,PPT共九十页,创作于2022年6月 DNADNA上上的的解解螺螺旋旋区区:在在RNARNA链链延延伸伸的的同同时时,RNARNA聚聚合合酶酶继继续续解解开开它它前前方方的的DNADNA双双螺螺旋旋,暴暴露露出出新新的的模模板板链链,而而后后面面被被解解开开的的两两条条DNADNA单
12、单链链又又重重新新形形成成双双螺旋,螺旋,DNADNA上的解螺旋区保持约上的解螺旋区保持约1717个碱基对的长度。个碱基对的长度。第二十八张,PPT共九十页,创作于2022年6月转录空泡转录空泡(transcriptionbubble):RNA-pol(核心酶)(核心酶)DNARNA第二十九张,PPT共九十页,创作于2022年6月RNA链的延伸图解35RNA-DNA杂交螺旋杂交螺旋聚合酶的移动方向聚合酶的移动方向新生新生RNA复链复链解链解链编码链编码链模板链模板链延长部位延长部位第三十张,PPT共九十页,创作于2022年6月5 3 DNA原核生物转录过程中的羽毛状现象原核生物转录过程中的羽毛
13、状现象核糖体核糖体RNARNA聚合酶聚合酶第三十二张,PPT共九十页,创作于2022年6月f依赖依赖Rho()因子的转录终止因子的转录终止f不依赖不依赖Rho因子的转录终止因子的转录终止(三)转录终止(三)转录终止指指RNA聚聚合合酶酶在在DNA模模板板上上停停顿顿下下来来不不再再前前进进,转转录录产产物物RNA链链从从转转录录复复合合物物上上脱脱落落下下来。来。分类分类第三十三张,PPT共九十页,创作于2022年6月A T P1.依赖依赖Rho因子的转录终止因子的转录终止第三十四张,PPT共九十页,创作于2022年6月因子是因子是基因编码的蛋白质,是一种酶,基因编码的蛋白质,是一种酶,在水在
14、水解解ATP的情况下,它沿着的情况下,它沿着53方向转录物的方向转录物的3端端前进,直到遇到暂停在终止点位置的前进,直到遇到暂停在终止点位置的RNA聚合酶。聚合酶。随后随后因子通过解链酶的活性解开转录泡因子通过解链酶的活性解开转录泡(transcription bubble)上的)上的RNA/DNA形成的形成的杂交双螺旋,使杂交双螺旋,使RNA转录物得到释放,从而终止转录物得到释放,从而终止转录。转录。依赖因子(rho factor)的终止子第三十五张,PPT共九十页,创作于2022年6月2.不依赖不依赖Rho因子的转录终止因子的转录终止DNA模板上靠近终止处,有些特殊的碱基序列,模板上靠近终
15、止处,有些特殊的碱基序列,转录出转录出RNA后,后,RNA产物形成特殊的结构来终止产物形成特殊的结构来终止转录。转录。第三十六张,PPT共九十页,创作于2022年6月这类终止子结构上有这类终止子结构上有2个特征个特征(2)发夹结构末端紧跟)发夹结构末端紧跟6个连续的个连续的U,这,这发夹发夹结构阻碍了聚合酶的进一步延伸,结构阻碍了聚合酶的进一步延伸,RNA链的链的合成就终止,酶和合成就终止,酶和mRNA就从模板就从模板DNA上释放。上释放。(1)DNA链的链的3端附近有回文结构,富端附近有回文结构,富含含G-C碱基,随后紧跟的是碱基,随后紧跟的是A-T碱基,碱基,转录而形成转录而形成的的RNA
16、具有茎环的发夹具有茎环的发夹形结构形结构。不依赖于因子的终止第三十七张,PPT共九十页,创作于2022年6月回文结构回文结构AT富集区富集区GC富集区富集区不依赖不依赖因子的终因子的终止子结构止子结构第三十八张,PPT共九十页,创作于2022年6月茎环结构使转录终止的机理茎环结构使转录终止的机理使使RNA聚合酶变构,转录停顿;聚合酶变构,转录停顿;使转录复合物趋于解离,使转录复合物趋于解离,RNA产物释放。产物释放。5pppG5 3 3 5 RNA-pol第三十九张,PPT共九十页,创作于2022年6月RNARNA合成过程合成过程起始起始双链双链DNA局部解开局部解开磷酸二酯键磷酸二酯键形成形
17、成终止阶段终止阶段解链区到达基解链区到达基因终点因终点延长阶段延长阶段5 3 RNA启动子启动子(promoter)终止子终止子(terminator)5 RNA聚合酶聚合酶 5 3 5 3 5 5 3 离开离开第四十张,PPT共九十页,创作于2022年6月二、真核生物的转录过程二、真核生物的转录过程(一)转录起始(一)转录起始真真核核生生物物的的转转录录起起始始上上游游区区段段比比原原核核生生物物多多样样化化,转转录录起起始始时时,RNA-pol不不直直接接结结合合模模板板,其其起起始始过过程比原核生物复杂。程比原核生物复杂。第四十一张,PPT共九十页,创作于2022年6月TATA盒盒CAA
18、T盒盒GC盒盒增强子增强子顺式作用元件顺式作用元件结构基因结构基因-GCGC-CAAT-TATA转录起始转录起始真核生物启动子保守序列真核生物启动子保守序列1.转录起始前的上游区段转录起始前的上游区段 第四十二张,PPT共九十页,创作于2022年6月转录起始点转录起始点TATA盒盒CAAT盒盒GC盒盒 增强子增强子顺式作用元件顺式作用元件(cis-actingelement)AATAAA切离加尾切离加尾 转录终止点转录终止点 修饰点修饰点 外显子外显子 翻译起始点翻译起始点内内含含子子 OCT-1OCT-1:ATTTGCAT八聚体八聚体第四十三张,PPT共九十页,创作于2022年6月2.转录因
19、子转录因子 能直接、间接辨认和结合转录上游区段能直接、间接辨认和结合转录上游区段DNA的蛋白质,或具有识别的蛋白质,或具有识别RNA聚合酶的作用,现已聚合酶的作用,现已发现数百种,统称为反式作用因子发现数百种,统称为反式作用因子(trans-actingfactors)。又称为转录因子。又称为转录因子(transcriptionalfactors,TF)。第四十四张,PPT共九十页,创作于2022年6月3.转录起始前复合物转录起始前复合物(PIC)真核生物真核生物RNA-pol不与不与DNA分子直接结合,分子直接结合,而需依靠众多的转录因子帮助间接结合到而需依靠众多的转录因子帮助间接结合到DN
20、A分分子上。子上。第四十五张,PPT共九十页,创作于2022年6月(二)转录延长(二)转录延长真核生物转录延长过程与原核生物大致相似,真核生物转录延长过程与原核生物大致相似,但因有核膜相隔,没有转录与翻译同步的现象。但因有核膜相隔,没有转录与翻译同步的现象。第四十七张,PPT共九十页,创作于2022年6月5-AAUAAA-5-AAUAAA-核酸酶核酸酶-GUGUGUGRNA-polAATAAAGTGTGTG转录终止的修饰点转录终止的修饰点5 5 3 3 3 3 加尾加尾AAAAAAA3 mRNA(三)转录终止(三)转录终止 和转录后修饰密切相关。和转录后修饰密切相关。第四十八张,PPT共九十页
21、,创作于2022年6月DNA复制与转录的比较复制与转录的比较性性质质复复制制转转录录相相同同点点模模板板两股两股DNA单链均作为模板单链均作为模板为模板链为模板链原原料料dNTPNTP合成方式合成方式半保留复制半保留复制不对称转录不对称转录聚合酶种类聚合酶种类DNA聚合酶聚合酶RNA聚合酶聚合酶RNA引物引物需要需要不需要不需要产产物物半保留的双链半保留的双链DNA单链单链RNA不不同同点点需要需要DNA为模板为模板需要核苷三磷酸为原料需要核苷三磷酸为原料遵循碱基配对原则遵循碱基配对原则新链合成方向均为新链合成方向均为53第四十九张,PPT共九十页,创作于2022年6月1.1.嘌呤和嘧啶类似物
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