《几种分子标记技术》PPT课件.ppt

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1、几种分子标记技术几种分子标记技术目 录分子标记简介分子标记简介RFLPRFLP标记标记RAPD RAPD 标记标记AFLP AFLP 标记标记SSRSSR标记标记四种分子标记方法比较四种分子标记方法比较实验室课题组分子标记技术应用两个实例实验室课题组分子标记技术应用两个实例2分子标记简介分子标记简介广广义义的的分分子子标标记记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。狭狭义义的的分分子子标标记记是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段。是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接的反映。应应用用：随着分子生物学技术的发展，现在DNA分子标

2、记技术已有数十种，广泛应用于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面。DNADNA分分子子标标记记具具有有的的优优越越性性有有：大多数分子标记为共显性，对隐性的性状的选择十分便利；基因组变异极其丰富，分子标记的数量几乎是无限的；在生物发育的不同阶段，不同组织的DNA都可用于标记分析；分子标记揭示来自DNA的变异；表现为中性，不影响目标性状的表达，与不良性状无连锁；检测手段简单、迅速。3一、一、RFLPRFLP标记标记限制性片断长度多态性限制性片断长度多态性(Restriction Fragment Length(Restriction Fragment Le

3、ngth Polymorphism,RFLPs)Polymorphism,RFLPs)标记标记,原原理理：由于不同基因型之中内切酶位点的碱基插入、缺失、重组或突变,利用限制内切酶消化基因组DNA 时,会产生大小不同的DNA 片段,电泳后Southern 印迹杂交,将这些大小不同的DNA 片段转移到硝酸纤维膜或尼龙膜上,然后用特异的探针进行杂交,最后通过放射性自显影或其他显色技术显示杂交结果,从而揭示出DNA 的多态性。4二、二、RAPD RAPD 标记标记随机扩增多态性随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA DNA(Random Amplifie

4、d Polymorphic DNA,RAPDs),RAPDs)标记标记原原理理：以PCR技术为基础，以一系列人工合成的不同的随机排列顺序的寡聚核苷酸单链（通常为十聚体）为引物对所研究的基因组DNA进行PCR酶促体外扩增，扩增产物通过聚丙烯酰胺凝胶或琼脂糖凝胶电泳分离，经EB染色（或银染、放射自显影）来检验扩增产物DNA片段的多态性。扩增片段多态性便反映了基因组相应区域的DNA多态性。5三、三、AFLP AFLP 标记标记扩增片断长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphisms,AFLPs):标记系统由Zabeau 和Ros 发明,并已获欧洲专利局的发明

5、专利。AFLPs 是基于PCR 反应的一种选择性扩增限制性片段的方法。原原理理：基于PCR技术扩增基因组DNA限制性片段，基因组DNA先用限制性内切酶切割，然后将双链接头连接到DNA片段的末端，接头序列和相邻的限制性位点序列，作为引物结合位点。限制性片段用二种酶切割产生，一种是罕见切割酶，一种是常用切割酶。它结合了RFLP和PCR技术特点，具有RFLP技术的可靠性和PCR技术的高效性。由于AFLP扩增可使某一品种出现特定的DNA谱带，而在另一品种中可能无此谱带产生，因此，这种通过引物诱导及DNA扩增后得到的DNA多态性可做为一种分子标记。6四、四、SSRSSR标记标记简单重复序简单重复序(SS

6、R)(SSR)也称微卫星DNA，其串联重复的核心序列为1一6 bp，其中最常见是双核昔酸重复双核昔酸重复，即(CA)n和(TG)n每个微卫星DNA的核心序列结构相同，重复单位数目10一60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。原原理理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。7四种分子标记方法比较四种分子标记方法比较81.利用PCR-RFLP PCR-RFLP 技术技术分析拟穴青蟹抗菌肽基因SCY2 的SNP 位点

7、实验室课题组分子标记技术应用两个实例实验室课题组分子标记技术应用两个实例：2.利用微卫星标记微卫星标记比较分析拟穴青蟹不同家系的遗传多样性9本研究根据公布的锯缘青蟹S CY2 基因序列设计引物SC Y2-RFLPs 和SC Y2-RFLPa,利用PCR-RFLP 技术分析了5 个地理群体(宁德、汕头、万宁、东方、三亚)共计148 个拟穴青蟹SC Y2 基因的多态性.。基因组DNA 的提取及引物设计10PCR扩增反应11酶切反应体系12结果：结果：13PCR-RFLP PCR-RFLP 技术技术结合了PCR 和RFLP 两种技术的优点,首先利用PCR 富集目的片段,然后利用限制性内切酶的专一性识别特点对目的片段进行酶切,最后在琼脂糖凝胶中分离、检测多态性片段。利用PCR-RFLP 技术研究基因组DNA 的遗传变异从而揭示SN P 位点或对已知SNP 位点进行基因分型的策略越来越受到青睐。小结：小结：1415谢谢！谢谢！谢谢！谢谢！The End！16