生物化学章16RNA的生物合成-(试讲课件1)培训资料.ppt
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1、目录目录生物化学章16RNA的生物合成-(试讲课件1)目录目录本章内容 原核生物RNA的合成的反应体系原核生物RNA的合成过程 真核生物RNA的合成过程 转录后加工及其机制n在生物界,在生物界,RNARNA合成有两种方式合成有两种方式一一是是DNA指指导导的的RNA合合成成,也也叫叫转转录录,此此为为生生物物体内的主要合成方式,也是体内的主要合成方式,也是本章介绍的主要内容本章介绍的主要内容。另另一一种种是是RNA指指导导的的RNA合合成成,也也叫叫RNA复复制制(RNAreplication),由由RNA依依赖赖的的RNA聚聚合合酶酶催催化化,常常见见于于病病毒毒,是是逆逆转转录录病病毒毒以
2、以外外的的RNA病病毒毒在在宿宿主主细胞以病毒的单链细胞以病毒的单链RNA为模板合成为模板合成RNA的方式。的方式。中心法则中心法则(TheCentralDogma)转转录录翻翻 译译逆转录逆转录复复 制制转录转录 (transcription)是是生物体以生物体以DNA为为模板合成模板合成RNA的过程。的过程。转转录录的的知知识识是是理理解解许许多多生生物物学学现现象象和和医医学学问问题题所所必需的。必需的。对对于于RNA生生物物过过程程的的调调节节可可以以导导致致蛋蛋白白质质合合成成速速率率的的改改变变,以以及及由由此此而而引引发发的的一一系系列列代代谢谢变变化化,因因此此,了了解解RNA
3、代代谢谢的的基基本本原原理理就就甚甚为为重重要要。这这些些原原理理既既关关系系到到所所有有生生物物是是如如何何适适应应环环境境变变化化的的,也关系到细胞结构和功能的分化机制。也关系到细胞结构和功能的分化机制。复制和转录的区别复制和转录的区别引物引物 需要需要 不需要不需要特点特点 双向复制(半保留)双向复制(半保留)单向转录单向转录(无校对功能)(无校对功能)复制和转录的共同点复制和转录的共同点:DNA 模板模板依赖依赖DNA的聚合酶的聚合酶碱基配对规律碱基配对规律生成磷酸二酯键生成磷酸二酯键链延长方向链延长方向5353原核生物转录的模板和酶原核生物转录的模板和酶Templates&Enzym
4、es in prokaryotic transcription第一节第一节n参与转录的物质:参与转录的物质:原料原料:NTP(ATP,UTP,GTP,CTP)模板模板:DNA酶酶 :RNA聚合酶聚合酶(RNApolymerase,RNA-pol)其他蛋白质因子及其他蛋白质因子及MgMg2+2+和和MnMn2+2+等等合成方向合成方向5 3,核苷酸间的连接方式为核苷酸间的连接方式为3,5-磷酸二酯键。磷酸二酯键。一、原核生物转录的模板一、原核生物转录的模板DNA分分子子上上转转录录出出RNA的的区区段段,称称为为结结构构基基因因(structuralgene)。转转录录的的这这种种选选择择性性称
5、称为为不不对对称称转转录录(asymmetrictranscription),它它有有两两方方面面含含义义:在在DNA分分子子双双链链上上,一一股股链链用用作作模模板板指指引引转转录录,另另一一股股链链不不转录;其二是模板链并非总是在同一单链上。转录;其二是模板链并非总是在同一单链上。5GCAGTACATGTC3编码链编码链3CGTCATGTACAG5模板链模板链5GCAGUACAUGUC3mRNANAlaValHisValC蛋白质蛋白质转录转录翻译翻译DNA双双链链中中按按碱碱基基配配对对规规律律能能指指引引转转录录生生成成RNA的的一一股股单单链链,称称为为模模板板链链(templates
6、trand)。相相对对的另一股单链是的另一股单链是编码链编码链(codingstrand)。5 5 3 3 3 3 5 5 模板链模板链编码链编码链编码链编码链模板链模板链结构基因结构基因转录方向转录方向转录方向转录方向n不对称转录不对称转录转录的特点转录的特点1.转录的不对称性转录的不对称性2.转录方向的单向性转录方向的单向性3.转录过程有特定起始和终止点转录过程有特定起始和终止点二、二、RNA聚合酶催化聚合酶催化RNA合成合成(一)(一)RNA聚合酶能从头启动聚合酶能从头启动RNA链的合成链的合成DNA依赖的依赖的RNA聚合酶催化合成聚合酶催化合成RNA;RNA合成的化学机制与合成的化学机
7、制与DNA依赖的依赖的DNA聚合酶聚合酶催化催化DNA合成相似。合成相似。(NMP)n+NTP(NMP)n+1+PPiRNA延长的延长的RNADNA聚聚合合酶酶在在启启动动DNA链链延延长长时时需需要要引引物物存存在在,而而RNA聚聚合合酶酶不不需需要要引引物物就就能能直直接接启启动动RNA链的延长。链的延长。RNA聚聚合合酶酶和和DNA的的特特殊殊序序列列启启动动子子(promoter)结合后,就能启动结合后,就能启动RNA合成。合成。(二)(二)RNA聚合酶由多个亚基组成聚合酶由多个亚基组成不详(不做要求)、解链、解链、结合、结合核心酶核心酶(coreenzyme)全酶全酶(holoenz
8、yme)转录起始阶段转录起始阶段转录延长阶段转录延长阶段nRNA聚合酶全酶在转录起始区的结合聚合酶全酶在转录起始区的结合利福平利福平能与细菌的能与细菌的RNARNA聚合酶聚合酶亚基结合亚基结合,从,从而阻断转录的启动而阻断转录的启动 因子有多种:因子有多种:原原核核生生物物一一个个转转录录区区段段可可视视为为一一个个转转录录单单位位,称称为为操操纵纵子子(operon(operon),包包括括若若干干个个结结构构基基因因及及其其上上游游(upstream)(upstream)的的调控序列。调控序列。三、三、RNA聚合酶结合到聚合酶结合到DNA的启动子的启动子上起动转录上起动转录转录是不连续、分
9、区段进行的。转录是不连续、分区段进行的。调调控控序序列列中中的的启启动动子子是是RNA聚聚合合酶酶结结合合模模板板DNA的的部部位位,也也是是控控制制转转录录的的关关键键部部位位。原原核核生生物物以以RNA聚聚合合酶酶全全酶酶结结合合到到DNA的的启启动动子子上上而而起起动动转转录,其中录,其中由由亚基辨认启动子亚基辨认启动子,其他亚基相互配合。,其他亚基相互配合。启动子:启动子:是是DNA分子上能够被分子上能够被RNA聚合酶识别、结合聚合酶识别、结合并起动转录的并起动转录的DNADNA序列。序列。对启动子的研究,常采用一种巧妙的方法即对启动子的研究,常采用一种巧妙的方法即RNA聚聚合酶保护法
10、合酶保护法。根据对根据对100100多个基因碱基序列的分析,大肠杆菌的多个基因碱基序列的分析,大肠杆菌的启启动子至少两处共同顺序动子至少两处共同顺序:约约12bp12bp的的RNARNA聚合酶全酶识别部位(聚合酶全酶识别部位(-35-35顺序顺序),),和和约含约含7bp7bp的的RNARNA聚合酶全酶紧密结合部位(聚合酶全酶紧密结合部位(-10-10顺顺序序,又称为,又称为TATATATA框框或或Prinow boxPrinow box).-10.-10序列处的碱序列处的碱基富含基富含ATAT,有助于,有助于DNADNA双螺旋的局部解链。双螺旋的局部解链。开始转录开始转录TTGACAAACT
11、GT-35区区(Pribnowbox)TATAATPuATATTAPy-10区区1-30-5010-10-40-205 3 3 5 RNA-pol辨认位点辨认位点(recognitionsite)5 5 RNA聚合酶保护区聚合酶保护区结构基因结构基因3 3 nRNA聚合酶保护法研究转录起始区聚合酶保护法研究转录起始区目录目录启动子的结构(碱基序列)是启动子的结构(碱基序列)是不对称的,它决不对称的,它决定着转录的方向定着转录的方向。大肠杆菌转录启动子的一个。大肠杆菌转录启动子的一个理想序列如下:理想序列如下:15-19原核生物的转录过程原核生物的转录过程The Process of Trans
12、cription in Prokaryote第二节第二节原核生物的转录过程可分为转录起始、原核生物的转录过程可分为转录起始、转录延长和转录终止三个阶段。转录延长和转录终止三个阶段。RNA聚合酶必须准确地结合在转录模板的聚合酶必须准确地结合在转录模板的起始区域。起始区域。DNA双链解开,使其中的一条链作为转录双链解开,使其中的一条链作为转录的模板。的模板。一、转录起始需要一、转录起始需要RNA聚合酶全酶聚合酶全酶n转录起始需解决两个问题:转录起始需解决两个问题:2.DNA双双 链链 打打 开开,形形 成成 开开 放放 转转 录录 复复 合合 体体(opentranscriptioncomplex
13、);DNA分分子子接接近近-10区区域域的的部部分分双双螺螺旋旋解解开开后后转转录录开开始始。DNA双双链链解解开开的的范范围围只只在在17bp左右左右。1.RNA聚聚合合酶酶全全酶酶(2)识识别别并并结结合合启启动动子子,形形成成闭合转录复合体(闭合转录复合体(closedtranscriptioncomple);3.在在RNA聚聚合合酶酶作作用用下下发发生生第第一一次次聚聚合合反反应应,形形成成第第一一个磷酸二酯键:个磷酸二酯键:RNApol(2)-DNA-pppGpN-OH3 转录起始复合物转录起始复合物:5-pppG-OH+NTP5-pppGpN-OH3+ppin转录起始过程:转录起始
14、过程:nE.coli的转录起始和延长的转录起始和延长第一个进处的核苷酸一般是嘌呤核苷酸,以GTP最常见。第第一一个个磷磷酸酸二二酯酯键键生生成成后后,转转录录复复合合体体的的构构象象发发生生改改变变,亚亚基基即即从从转转录录起起始始复复合合物物上上脱脱落落,核核心心酶酶连连同同四四磷磷酸酸二二核核苷苷酸酸,继继续续结结合合于于DNA模模板板上上,酶酶沿沿DNA链链前前移移,进进入入延延长长阶阶段。段。在转录起始复合物形成的过程中,第一个进在转录起始复合物形成的过程中,第一个进 处的核苷酸一般是处的核苷酸一般是嘌呤核苷酸,以嘌呤核苷酸,以GTP最常见。最常见。对 亚基脱落的不同说法亚基脱落的不同
15、说法-北大朱玉贤编现代分子生物学第4版教材P76当当RNA聚合酶合成新的RNA链达到910核苷酸时,亚基才被释放,转录起始复合物才通过上游启动子区并生成由核心酶、DNA和新生成的RNA所组成的转录延伸复合物。新进展新进展二、二、RNApol核心酶独立延长核心酶独立延长RNA链链1.亚基脱落,亚基脱落,RNApol聚合酶核心酶变构,聚合酶核心酶变构,与模板结合松弛,沿着与模板结合松弛,沿着DNA模板前移;模板前移;2.在在核心酶核心酶作用下,作用下,NTP不断聚合,不断聚合,RNA链链不断延长。不断延长。(NMP)n+NTP(NMP)n+1+PPi大肠杆菌的转录泡局部结构示意大肠杆菌的转录泡局部
16、结构示意转录空泡转录空泡(transcriptionbubble):RNA-pol(核心酶)(核心酶)DNARNA转录延长以下特点转录延长以下特点 核心酶负责核心酶负责RNA链延长反应;链延长反应;RNA链链从从5-端端向向3 -端端延延长长,新新的的核核苷苷酸酸都都是是加加到到3-OH上;上;对对DNA模模板板链链的的阅阅读读方方向向是是3-端端向向5-端端,合合成成的的RNA链链与与之之呈呈反反向向互互补补,即即酶酶是是沿沿着着模模板板链链的的3 向向5 方方向向或或沿着编码链的沿着编码链的5 向向3 方向前进的;方向前进的;合成区域存在着动态变化的合成区域存在着动态变化的8 bp 的的R
17、NA-DNA杂合双链;杂合双链;模模板板DNA的的双双螺螺旋旋结结构构随随着着核核心心酶酶的的移移动动发发生生解解链链和和再再复合的动态变化。复合的动态变化。转录过程中转录过程中DNA的超螺旋结构变化的超螺旋结构变化转录过程中DNA的超螺旋结构变化三三、原原核核生生物物转转录录延延长长与与蛋蛋白白质质的的翻翻译译同同时进行时进行5 3 DNA核糖体核糖体RNARNA聚合酶聚合酶在同一在同一DNA模板上,有多个转录同时在进行;模板上,有多个转录同时在进行;转录尚未完成,翻译已在进行。转录尚未完成,翻译已在进行。依赖依赖 因子的转录终止因子的转录终止非依赖非依赖 因子的转录终止因子的转录终止四、原
18、核生物转录终止分为依赖四、原核生物转录终止分为依赖 因子与因子与非依赖非依赖 因子两大类因子两大类转转转转录录录录终终终终止止止止指指指指RNARNA聚聚聚聚合合合合酶酶酶酶在在在在DNADNA模模模模板板板板上上上上停停停停顿顿顿顿下下下下来来来来不不不不再再再再前前前前进进进进,转转转转录录录录产产产产物物物物RNARNA链链链链从从从从转转转转录录录录复复复复合物上脱落下来。合物上脱落下来。合物上脱落下来。合物上脱落下来。n依依据据是是否否需需要要蛋蛋白白质质因因子子的的参参与与,原原核核生生物物转录终止分为:转录终止分为:因因子子是是由由相相同同亚亚基基组组成成的的六六聚聚体体蛋蛋白白
19、质质,亚亚基分子量基分子量46kD。因因子子能能结结合合RNA,又又以以对对polyC的的结结合合力力最最强强,但但对对polydC/dG组组成成的的DNA的的结结合合能能力力就就低得多。低得多。因因子子还还有有ATP酶酶活活性性和和解解螺螺旋旋酶酶(helicase)的的活性。活性。(一)依赖(一)依赖 因子的转录终止因子的转录终止n 因子:因子:n 因子的作用原理(热追踪假说):因子的作用原理(热追踪假说):课外有趣的思考:课外有趣的思考:1、原核生物中转录和翻译同时进行,链上有核糖体,因子怎么追过去?因子怎么追过去?2 2、因子追上因子追上RNARNARNARNA聚合酶是速度更快?还是聚
20、合酶是速度更快?还是聚合酶是速度更快?还是聚合酶是速度更快?还是RNARNARNARNA聚合酶在聚合酶在聚合酶在聚合酶在终止子处等待?终止子处等待?终止子处等待?终止子处等待?(二)(二)非依赖非依赖 因子的转录终止因子的转录终止DNA模板上靠近终止处,有些特殊的碱基序模板上靠近终止处,有些特殊的碱基序列,转录出列,转录出RNA后,后,RNA产物形成特殊的结构来产物形成特殊的结构来终止转录。终止转录。n茎环结构使转录终止的机制茎环结构使转录终止的机制使使RNA聚合酶变构,转录停顿;聚合酶变构,转录停顿;局部局部RNA/DNA杂化短链的碱基配对是最不稳定的。杂化短链的碱基配对是最不稳定的。RNA
21、链上的多聚链上的多聚U也是促使也是促使RNA链从模板上脱落的重链从模板上脱落的重要因素。要因素。真核生物真核生物RNA的生物合成的生物合成TheBiosynthesisofEukaryoteRNA第三节第三节真真核核生生物物的的转转录录过过程程比比原原核核复复杂杂。二二者者的的转转录录起始过程有较大区别,转录终止也不相同。起始过程有较大区别,转录终止也不相同。一、一、真核生物有三种真核生物有三种DNA依赖的依赖的RNA聚合酶聚合酶n真核生物具有真核生物具有3种不同的种不同的RNA聚合酶聚合酶:RNA聚合酶聚合酶(RNAPol)RNA聚合酶聚合酶(RNAPol)RNA聚合酶聚合酶(RNAPol)
22、真核生物的真核生物的RNA聚合酶聚合酶种类种类转录产物转录产物rRNA的前体的前体45SrRNAmRNA前体前体hnRNA,lncRNA,piRNA,miRNAtRNA,5SrRNAsnRNA对鹅膏蕈碱对鹅膏蕈碱的反应的反应耐受耐受敏感敏感高浓度下敏感高浓度下敏感细胞内定位细胞内定位核仁核仁核内核内核内核内真核生物真核生物RNA聚合酶的特点聚合酶的特点真真核核生生物物RNA聚聚合合酶酶的的结结构构比比原原核核生生物物复复杂杂,所所有有真真核核生生物物的的RNA聚聚合合酶酶都都有有两两个个不不同同的的大大亚亚基基和和十十几几个个小小亚亚基基.大亚基功能各不相同。大亚基功能各不相同。RNApol在
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