分子杂交及生物芯片技术.ppt
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1、厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交及生物芯片技术分子杂交及生物芯片技术申川军申川军广州中医药大学生物化学教研室广州中医药大学生物化学教研室2021/9/21厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术参考书参考书屈伸屈伸刘志国刘志国2021/9/212厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术 目目 录录 第一章第一章 生物大分子制备和分析常用技术生物大分子制备和分析常用技术 第二章第二章 蛋白质、核酸的提取与分离
2、蛋白质、核酸的提取与分离 第三章第三章 PCR技术技术 第四章第四章 分子杂交与印迹技术分子杂交与印迹技术 第五章第五章 分子克隆技术分子克隆技术 第六章第六章 外源基因转移技术外源基因转移技术 第七章第七章 蛋白质表达技术蛋白质表达技术 第八章第八章 分子标技术分子标技术 第九章第九章 分子改造技术分子改造技术 第十章第十章 测序及人工合成技术测序及人工合成技术 第十一章第十一章 基因组学技术基因组学技术 第十二章第十二章 蛋白质组学技术蛋白质组学技术 第十三章第十三章 生物芯片技术生物芯片技术 第十四章第十四章 生物信息学技术生物信息学技术 2021/9/213厚德厚德 博学博学 精诚精诚
3、 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术参考书参考书马文丽马文丽郑文岭郑文岭彭翼飞彭翼飞 2021/9/214厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术 目录目录n第一章核酸的分子结构与分子杂交的基本原理第一章核酸的分子结构与分子杂交的基本原理n第二章核酸分子杂交的类型第二章核酸分子杂交的类型n第一节固相核酸分子杂交类型第一节固相核酸分子杂交类型n一、菌落原位杂交(一、菌落原位杂交(colonyinsituhybridization)n二、斑点杂交(二、斑点杂交(dotblot)n三、三、southern印迹
4、杂交(印迹杂交(southernblot)n四、四、northern印迹杂交(印迹杂交(northernblot)n五、组织原位杂交(五、组织原位杂交(tissueinsituhybridization)n第三章核酸探针的种类、标记及检测第三章核酸探针的种类、标记及检测n第一节核酸探针的种类第一节核酸探针的种类ndna探针探针 cdna探针探针 rna探针探针 寡核苷酸探针寡核苷酸探针n第二节核酸探针的标记和检测第二节核酸探针的标记和检测n放射性同位素非放射性核酸探针放射性同位素非放射性核酸探针n第四章核酸分子杂交实验因素的优化第四章核酸分子杂交实验因素的优化n探针选择探针选择 标记方法标记方
5、法 浓度浓度 杂交率杂交率 杂交最适温度杂交最适温度n杂交的严格性杂交的严格性 反应时间反应时间 杂交促进剂杂交促进剂n第五章斑点杂交第五章斑点杂交2021/9/215厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术n第六章第六章southern印迹杂交印迹杂交n第一节第一节southern印迹杂交的基本原理印迹杂交的基本原理n一、一、dna从凝胶到膜上的转移方法从凝胶到膜上的转移方法n二、二、southern杂交膜杂交膜n三、核酸探针的标记三、核酸探针的标记n第二节第二节southern印迹法的基本过程印迹法的基本过程n一、一、dna样品的酶
6、切和电泳样品的酶切和电泳n二、准备用于转移的凝胶二、准备用于转移的凝胶n三、三、dna从琼脂糖凝胶转移到固相支持物从琼脂糖凝胶转移到固相支持物n四、探针标记四、探针标记n五、杂交五、杂交n六、洗膜六、洗膜n七、杂交结果的检测七、杂交结果的检测n八、杂交膜的重复使用八、杂交膜的重复使用n九、注意事项九、注意事项n十、杂交严谨性十、杂交严谨性n第七章第七章northern印迹杂交印迹杂交n第八章原位杂交第八章原位杂交n第九章菌落原位杂交第九章菌落原位杂交n第十章第十章dna芯片技术芯片技术2021/9/216厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子
7、杂交技术基本概念基本概念n变性变性/复性:复性:n分子杂交分子杂交:异源互补的核苷酸序列通过:异源互补的核苷酸序列通过Walson-Crick碱基配对碱基配对形成稳定的杂合双链形成稳定的杂合双链分子的过程称为分子杂交。分子的过程称为分子杂交。n分子杂交技术:分子杂交技术:凝胶电泳凝胶电泳分离待测分离待测DNA、RNA、Pr并并转移固定转移固定到支持物或结合物上,到支持物或结合物上,然后与探针然后与探针/抗体抗体杂交分析。杂交分析。n探针探针(Probe):已知序列的标记单链核酸片断,已知序列的标记单链核酸片断,用于检测与其互补的待测核酸。用于检测与其互补的待测核酸。2021/9/217厚德厚德
8、 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术BasepairingoccursinduplexDNAandalsoinintra-andinter-molecularinteractionsinsingle-strandedRNA(orDNA).2021/9/218厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术基本概念基本概念n原位杂交(原位杂交(In situ hybridization,ISH):):n菌落原位杂交菌落原位杂交(Colony ISH)n组织原位杂交组织原位杂交(Tissue I
9、SH):n胚胎原位杂交胚胎原位杂交(Embryo ISH):n斑点斑点/狭缝杂交狭缝杂交(Dot/slot blot):2021/9/219厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术基本概念基本概念nBio-chip(生物芯片)(生物芯片)nDNA chip/microarraynGene chip/microarraynOligonucleotide microarrayncDNA chipnProtein chipnmicroRNA chipnLab-on-chip(芯片实验室)(芯片实验室)2021/9/2110厚德厚德 博学博学
10、精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术2021/9/2111厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术2021/9/2112厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术生物大分子的印迹杂交技术生物大分子的印迹杂交技术2021/9/21厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术n定义:定义:凝胶电泳凝胶电泳分离待测分离待测DNA、RNA、Pr并并
11、转移固定转移固定到结合物上,然后与探针到结合物上,然后与探针/抗体抗体杂交杂交分析分析n原理:核酸变复性(序列互补)原理:核酸变复性(序列互补)/抗原抗原-抗体抗体n基本工艺:基本工艺:n凝胶电泳(原位处理)凝胶电泳(原位处理)n样品转移及固定样品转移及固定n杂交分析(免疫结合分析)杂交分析(免疫结合分析)2021/9/2114厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术n1969,In situ hybridization(ISH)n1975,Southern,Southern blot:DNAn1977,Alwi
12、ne,Northern blot:RNAn1979,Towbin,Western blot:Prn1982,Reinher,Eastern blot:Pr(IEF)2021/9/2115厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术-探针探针n探针基本条件(特点)探针基本条件(特点)n标记物(标记物(32p,35S,125I,Digoxigenin,FITC)n单链核酸(单链核酸(ssDNA,sscDNA(更常用更常用))n高特异性(高特异性(500bp)n标记物稳定灵敏,检测方便安全标记物稳定灵敏,检测方便安全202
13、1/9/2116厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术-探针探针n探针的种类探针的种类nDNA probe(基因(基因copy数、病原基因诊断)数、病原基因诊断)ncDNA probe(基因表达等最常用)(基因表达等最常用)nRNA probe(ISH)nOligonuleotide-probe(2550bp;基因诊;基因诊断,断,SNP分析、测序、点突变检测)分析、测序、点突变检测)2021/9/2117厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交
14、技术分子杂交技术-探针探针n探针标记物探针标记物n放射性标记物(放射性标记物(-*N-dNTP)n32p(14d)、35S(87d)、3H(12y)、125I(60d)n非放射性标记物非放射性标记物n半抗原:生物素、半抗原:生物素、地高辛地高辛n荧光素:异硫氰酸荧光素(荧光素:异硫氰酸荧光素(FITC)2021/9/2118厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术-探针探针n-32P-dNTP结构结构A、G、C或或 TNHHPP32POOOOOOHOH OHHOOOHHHHOCH22021/9/2119厚德厚德
15、博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术-探针探针2021/9/2120厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术-探针探针n探针标记探针标记n随机引物法随机引物法n缺口平移法缺口平移法(DNaseI and DNA聚合酶聚合酶I)n末端标记法末端标记法n碱性磷酸酶碱性磷酸酶-T4多核苷酸激酶多核苷酸激酶-32p-ATP标记标记DNA/RNA-5n末端末端转转移移酶酶(poly(N*)n)nT4DNA聚合聚合酶酶/Klenow片断片断(粘末端(
16、粘末端补补平)平)2021/9/2121厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术-探针探针n探针纯化探针纯化n乙醇沉淀法乙醇沉淀法 n凝胶过滤法凝胶过滤法(G-50 Spin column)2021/9/2122厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术印迹印迹n印迹(转膜)支持物:印迹(转膜)支持物:n硝酸纤维素膜(硝酸纤维素膜(NC膜)膜)n尼龙膜尼龙膜 nN+-nylon(DNA/RNA)n中性膜中性膜nPVDF膜(膜(west
17、ern blot)2021/9/2123厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术印迹印迹n印迹(转膜)方法:印迹(转膜)方法:n毛细管虹吸转移法毛细管虹吸转移法n真空转移法真空转移法n电转移法电转移法2021/9/2124厚德厚德 博学博学 精诚精诚 济世济世分子生物学分子生物学 第五章第五章 分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术分子杂交技术印迹印迹湿滤纸湿滤纸缓冲液缓冲液滤纸桥滤纸桥凝胶凝胶硝酸纤硝酸纤维素膜维素膜吸水纸吸水纸玻璃板玻璃板支持台支持台容器容器重物重物n毛细管虹吸转移法毛细管虹吸转移法2021/9
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