第四讲 马氏链模型优秀PPT.ppt
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1、第四讲 马氏链模型第一页,本课件共有39页例例1 设某商店经营情况可能有三种状态:好设某商店经营情况可能有三种状态:好(S1:利润丰厚)、一般(:利润丰厚)、一般(S2)和不好()和不好(S3:亏损)。根据统计资料,上月状态为:亏损)。根据统计资料,上月状态为Si,下月状态为下月状态为Sj的概率为的概率为pij(i=1,2,3;j=1,2,3),),0pij1例例1 中的关系既可用一转移矩阵表示中的关系既可用一转移矩阵表示 第二页,本课件共有39页例例2 研究某一草原生态系统中物质磷的循环,考虑研究某一草原生态系统中物质磷的循环,考虑土壤中含磷、牧草含磷、牛羊体内含磷和流失于系土壤中含磷、牧草
2、含磷、牛羊体内含磷和流失于系统之外四种状态,分别统之外四种状态,分别 以以S1,S2,S3和和S4表示这表示这四种状态。以年为时间参数,一年内如果土壤中的四种状态。以年为时间参数,一年内如果土壤中的磷以磷以0.4的概率被牧草生长吸收,水土流失于系统外的概率被牧草生长吸收,水土流失于系统外的概率为的概率为 0.2;牧草中的含磷以;牧草中的含磷以 0.6的概率被牛羊吃的概率被牛羊吃掉而转换到牛羊体内,掉而转换到牛羊体内,0.1的概率随牧草枯死腐败归的概率随牧草枯死腐败归还土壤;牛羊体中的磷还土壤;牛羊体中的磷 以以0.7的概率因粪便排泄而的概率因粪便排泄而还归土壤,又以自还归土壤,又以自 身身0.
3、1的比率因屠宰后投放市场而的比率因屠宰后投放市场而转移到系统外。我们可以建立一个马尔柯夫链来研转移到系统外。我们可以建立一个马尔柯夫链来研究此生态系统问题,其转移概率列表于下:究此生态系统问题,其转移概率列表于下:1000S4流失系流失系统统外外0.10.200.7S3羊体含羊体含磷磷00.60.30.1S2牧草含牧草含磷磷0.200.40.4S1土壤含土壤含磷磷i时时段状段状态态S4S3S2S1i+1时时段状段状态态状状态转态转移概率移概率第三页,本课件共有39页相相应应的的转转移矩移矩阵阵 为为:且且Sj+1=SjM马氏链模型的性质完全由其转移矩马氏链模型的性质完全由其转移矩 阵决定,故研
4、究马氏链的数学工阵决定,故研究马氏链的数学工 具是线性代数中有关矩阵的理论。具是线性代数中有关矩阵的理论。首先,任一转移矩阵的行向量均为概率向量,即有首先,任一转移矩阵的行向量均为概率向量,即有(1)(I,j=1,n)(2)(i=1,n)这样的矩阵被称为这样的矩阵被称为 随机矩阵随机矩阵。第四页,本课件共有39页常染色体遗传模型常染色体遗传模型 下面给出双亲体基因型的所有可能的结合,以及其后代形成每种基因下面给出双亲体基因型的所有可能的结合,以及其后代形成每种基因型的概率,如型的概率,如 表所示。表所示。在常染色体遗传中,后代从每个亲体的基因对中各继承一在常染色体遗传中,后代从每个亲体的基因对
5、中各继承一个基因,形成自己的基因时,基因对也称为基因型。如果个基因,形成自己的基因时,基因对也称为基因型。如果我们所考虑的遗传特征是由两个基我们所考虑的遗传特征是由两个基 因因A和和a控制的,(控制的,(A、a为表示两类基因的符号)那么就有三种基因对,记为为表示两类基因的符号)那么就有三种基因对,记为AA,Aa,aa。1000aa010Aa0001AA后后代代基基因因型型aaaaAaaaAaAaAAaaAAAaAAAA父体父体母体的基因型母体的基因型双亲随机结合的较一般模型相对比较复杂,这些我们仅研究一个较双亲随机结合的较一般模型相对比较复杂,这些我们仅研究一个较简单的特例简单的特例。第五页,
6、本课件共有39页例例3 农场的植物园中某种植物的基因型农场的植物园中某种植物的基因型 为为AA,Aa和和aa。农场计划采用。农场计划采用 AA型的植物与每种基因型植物相型的植物与每种基因型植物相结合的方案培育植物后代。那么经过若干年后,这种结合的方案培育植物后代。那么经过若干年后,这种植物的任一代的三种基因型分布情况如何?植物的任一代的三种基因型分布情况如何?(a)假设假设:令:令n=0,1,2,。(i)设设an,bn和和cn分别表示第分别表示第n代植物中,基因型代植物中,基因型 为为AA,Aa和和aa的的植物占植物总数的百分比植物占植物总数的百分比 。令。令x(n)为第为第n代植物的基因型分
7、布:代植物的基因型分布:当当n=0时时表示植物基因型的表示植物基因型的初始分布(即培育初始分布(即培育开始时的分布)开始时的分布)第六页,本课件共有39页(b)建模建模根据假设根据假设(ii),先考虑第先考虑第n代中的代中的AA型。由于第型。由于第n1代的代的AA型与型与AA型结合。后代全部是型结合。后代全部是AA型;第型;第n1代的代的Aa型与型与AA型结合,后型结合,后代是代是AA型的可能性为型的可能性为 1/2,而,而 第第n1代的代的aa型与型与AA型结合,后型结合,后代不可能代不可能 是是AA型。因此当型。因此当n=1,2时时即即类似可推出类似可推出cn=0 显然有显然有(ii)第第
8、n代的分布与代的分布与 第第n1代的分布之间的关系是通过表代的分布之间的关系是通过表5.2确定的。确定的。(2)(3)(4)第七页,本课件共有39页将将(2)、()、(3)、()、(4)式相加,得式相加,得根据根据假设假设(I),可递推得出:可递推得出:对于对于(2)式式.(3)式和式和(4)式,我们采用矩阵形式简记为式,我们采用矩阵形式简记为其中其中(注:这里注:这里M为转移矩阵的位置)为转移矩阵的位置)(5)第八页,本课件共有39页由由(5)式递推,得式递推,得(6)(6)式给出第式给出第n代基因型的分布与初始分布的关系。代基因型的分布与初始分布的关系。为了计算出为了计算出Mn,我们将,我
9、们将M对角化,即求出可逆矩对角化,即求出可逆矩 阵阵P和对角和对角库库D,使,使 M=PDP-1因而有因而有 Mn=PDnP-1,n=1,2,其中其中这里这里 ,是矩是矩 阵阵M的三个特征值。对于的三个特征值。对于(5)式中式中的的M,易求得它的特征值和特征向量:,易求得它的特征值和特征向量:=1,=1/2,=0第九页,本课件共有39页因此因此所以所以 通通过计过计算,算,P-1=P,因此有,因此有第十页,本课件共有39页即即第十一页,本课件共有39页所以有所以有当当时时,所以从(,所以从(4.7)式得到)式得到即在极限的情况下,培育的植物都即在极限的情况下,培育的植物都 是是AA型。型。若在
10、上述问题中,不选用基若在上述问题中,不选用基 因因AA型的植物与每一植物结合,而型的植物与每一植物结合,而是将具有相同基因型植物相结合,那么后代具有三种基因型的概率是将具有相同基因型植物相结合,那么后代具有三种基因型的概率如如 表所示。表所示。11/40aa01/20Aa01/41AA后后代代基基因因型型aaaaAaAaAAAA父体父体母体的基因型母体的基因型第十二页,本课件共有39页并且并且,其中,其中M的特征的特征值为值为通过计算,可以解出与通过计算,可以解出与 、相对应的两个线性无关的特征相对应的两个线性无关的特征向量向量e1和和e2,及与相对应的特征内,及与相对应的特征内 量量e3:因
11、此因此第十三页,本课件共有39页解得:解得:当当 时时,所以,所以因因此此,如如果果用用基基因因 型型相相同同的的植植物物培培育育 后后代代,在在极极限限情情况况 下下,后后代代仅仅具具有有基基 因因 A A和和 a a。第十四页,本课件共有39页例例4 常染体隐性疾病模型常染体隐性疾病模型现在世界上已经发现的遗传病有将现在世界上已经发现的遗传病有将 近近4000种。在一种。在一般情况下,遗传疾病和特殊的种族、部落及群体般情况下,遗传疾病和特殊的种族、部落及群体 有有关。例如,遗传病库利氏贫血症的患者以居住在关。例如,遗传病库利氏贫血症的患者以居住在 地地中海沿岸为多,镰状网性贫血症一般流行在
12、黑人中,中海沿岸为多,镰状网性贫血症一般流行在黑人中,家族黑蒙性白痴症则流行在东欧犹太人中间。家族黑蒙性白痴症则流行在东欧犹太人中间。患者患者经常未到成年就痛苦地死去,而他们的父母则经常未到成年就痛苦地死去,而他们的父母则 是疾是疾病的病源。假若我们能识别这些疾病的隐性患病的病源。假若我们能识别这些疾病的隐性患 者,者,并且规定两个隐性患者不能结合(因为两个隐并且规定两个隐性患者不能结合(因为两个隐 性病性病患者结合,他们的后代就可能成为显性患者),那么患者结合,他们的后代就可能成为显性患者),那么未来的儿童,虽然有可能是隐性患者,但绝不未来的儿童,虽然有可能是隐性患者,但绝不 会出会出现显性
13、特征,不会受到疾病的折磨。现显性特征,不会受到疾病的折磨。第十五页,本课件共有39页现在,我们考虑在控制现在,我们考虑在控制结合的情况下,如何确结合的情况下,如何确定后代中隐性患者的概定后代中隐性患者的概率。率。(a)假设)假设(i)常染色体遗传的正常基因记常染色体遗传的正常基因记 为为A,不,不 正常基因记正常基因记 为为a,并以,并以 AA,Aa,aa 分别表示正常人,隐性患者,显性患分别表示正常人,隐性患者,显性患 者的基因型者的基因型(ii)设设an,bn分别表示第分别表示第n代中基因型为代中基因型为 AA,Aa的人占总人数的百分比,的人占总人数的百分比,记记 ,n=1,2,(这里(这
14、里 不考不考 虑虑aa型是因型是因 为这些人不可能成年并结婚)为这些人不可能成年并结婚)(iii)为使每个儿童至少有一个正常的父为使每个儿童至少有一个正常的父 亲或母亲,因此隐性患者必须与正常亲或母亲,因此隐性患者必须与正常 人结合,其后代的基因型概率由人结合,其后代的基因型概率由 下表下表 给出:给出:1/20Aa1/21AA后后代代基基因因型型AAAaAAAA父母的基因型父母的基因型第十六页,本课件共有39页(b)建模)建模由由假假设设(iii),),从第从第n1代到第代到第n代基因型分布的代基因型分布的变变化取化取决于方程决于方程所以所以,其中,其中如果初始分如果初始分 布布x(0)已知
15、,那么已知,那么 第第n代基因型分布代基因型分布为为解解 将将M对角化,即求出特征值及其所对应的特征向量,得对角化,即求出特征值及其所对应的特征向量,得第十七页,本课件共有39页计计算算 =8)因因为为,所以当,所以当 时时,隐隐性患者逐性患者逐渐渐消失。消失。从从(8)式中可知式中可知每代隐性患者的每代隐性患者的概率是前一代隐概率是前一代隐性患者概率的性患者概率的1/2。(9)第十八页,本课件共有39页(c)模型讨论)模型讨论研究在随机结合的情况下,隐性患者的变化是很有意思的,但随机结研究在随机结合的情况下,隐性患者的变化是很有意思的,但随机结合导致了非线性化问题,超出了本章范围,然而用其它
16、技巧,在随机合导致了非线性化问题,超出了本章范围,然而用其它技巧,在随机结合的情况下可以结合的情况下可以 把把(4.9)式改写为式改写为(4.10)下面给会出数值例子:下面给会出数值例子:某地区有某地区有10%的黑人是镰状网性盆血症隐性患者,如果控制的黑人是镰状网性盆血症隐性患者,如果控制结合,根据结合,根据(4.9)式可知下一代式可知下一代(大约(大约27年)的隐性患者年)的隐性患者将减少到将减少到5%;如果随机结合,根据如果随机结合,根据(4.10)式,可以预言)式,可以预言下一代人中下一代人中 有有9.5%是隐性患者,并且可计算出大约每出生是隐性患者,并且可计算出大约每出生400个黑人孩
17、子,其中有一个是显性患者。个黑人孩子,其中有一个是显性患者。第十九页,本课件共有39页(近亲繁殖)(近亲繁殖)近亲繁殖是指父母双方有一个或两个共同的祖先,一般追踪到近亲繁殖是指父母双方有一个或两个共同的祖先,一般追踪到四代,即至少有相同的曾祖父(母)或外曾祖父(母)。为简四代,即至少有相同的曾祖父(母)或外曾祖父(母)。为简单起见,我们来考察一对表兄妹(或堂兄妹)结婚的情况,其单起见,我们来考察一对表兄妹(或堂兄妹)结婚的情况,其中中代表男性,代表男性,代表女性。代表女性。设曾祖父有某基因设曾祖父有某基因 对对A1A2,曾祖母有某基因,曾祖母有某基因 对对A3A4,容易求,容易求得:祖父母取得
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