4-精准医疗之基因检测(张淑波).ppt

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1、精准医疗之基因检测内容内容精准医疗与肿瘤基因检测精准医疗与肿瘤基因检测 1主要靶向药物基因检测的意义主要靶向药物基因检测的意义2主要化疗药物基因检测的意义主要化疗药物基因检测的意义3液体活检高通量测序液体活检高通量测序4内容内容精准医疗与肿瘤基因检测精准医疗与肿瘤基因检测 1主要靶向药物基因检测的意义主要靶向药物基因检测的意义2主要化疗药物基因检测的意义主要化疗药物基因检测的意义3液体活检高通量测序液体活检高通量测序42015年精准医疗时代来临“Tonight,Im launching a newPrecision Medicine Initiative tobringusclosertocu

2、ringdiseaseslikecanceranddiabetesandtogive all of us access to thepersonalized information we needtokeepourselvesandourfamilieshealthier.”PresidentBarackObama,SJanuary20,2015http:/www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMp150052320152015年年1 1月月2020日，美国总统奥巴马在日，美国总统奥巴马在国情咨文演讲中启动精准医疗计划。国情咨文演讲中启动精准医疗计划。NCI基于肿瘤

3、对精准医疗的阐述Discoveringuniquetherapiesthattreatanindividualscancerbasedonthespecificgeneticabnormalitiesofthatpersonstumor.基于特定基因异常的结果进行肿瘤个体化治疗个体化治疗http:/www.cancer.gov/research/key-initiatives/precision-medicine精准医学浪潮到来精准医学浪潮到来肺腺癌人群肺腺癌人群经驱动基因经驱动基因筛选分类筛选分类检测结果检测结果指导用药指导用药单个病人单个病人耐药机制变化耐药机制变化Mitsudomi T,

4、et al.Nat Rev Clin Oncol.2013推荐用药前进行分子检测的权威机构国内相关诊疗规范、检测指南、专家共识2010中国卫生部结直肠癌诊疗规范2011中国卫生部原发性肺癌诊疗规范2011中国胃肠间质瘤诊断治疗专家共识2011中国抗癌协会肺癌专业委员会EGFR突变型肺癌的处理共识2011中国非小细胞肺癌患者表皮生长因子受体基因突变检测专家共识2013中国间变性淋巴瘤激酶（ALK）阳性非小细胞肺癌诊断专家共识2013中国表皮生长因子受体基因突变和间变淋巴瘤激酶融合基因阳性非小细胞肺癌诊断治疗指南(2013版)2013晚期非小细胞肺癌靶向治疗专家共识20132013非小细胞肺癌小分

5、子EGFRTKIs耐药处理共识2014晚期非小细胞肺癌（NSCLC）的整体治疗策略共识2015中国卫计委原发性肺癌诊疗规范2015版2015中国卫计委结直肠癌诊疗规范2015版2016中国非小细胞肺癌患者表皮生长因子受体基因突变检测专家共识（2016）2016中国临床肿瘤协会（CSCO）原发性肺癌诊疗指南2016.V1内容内容精准医疗与肿瘤基因检测精准医疗与肿瘤基因检测 1主要靶向药物基因检测的意义主要靶向药物基因检测的意义2主要化疗药物基因检测的意义主要化疗药物基因检测的意义3液体活检高通量测序液体活检高通量测序4基因检测改变了临床实践-非小细胞肺癌NCCNGuidelinesVersion

6、3.2017Non-SmallCellLungCancer基因检测改变了临床实践-非小细胞肺癌NCCNGuidelinesVersion3.2017Non-SmallCellLungCancerEGFR18外显子G719X、19外显子缺失、21外显子L858R、L861Q和20外显子S768I属于EGFR-TKI类药物药敏突变。EGFR20外显子插入突变属于EGFR-TKI类药物耐药突变。EGFR在西方人群突变率约10%，在东方患者突变率高达50%，尤其女性、非吸烟、腺癌、非粘液癌。KRAS突变与EGFR-TKI类药物原发耐药有关。EGFR20外显子T790M、MET基因扩增等与EGFR-TK

7、I类药物获得性药物有关。ALK基因重排（融合）主要是与EML4基因。FDA批准克唑替尼和色瑞替尼用于发生ALK基因重排（ALK阳性）的非小细胞肺癌患者。主要是年轻、不吸烟的腺癌患者。ALK基因重排检测目前金标准仍然是FISH方法，但IHC和PCR方法可用于初筛，或者无法使用FISH检测的样本。基因检测改变了临床实践-非小细胞肺癌NCCNGuidelinesVersion3.2017Non-SmallCellLungCancerROS1基因重排在NSCLC中发生率约1%-2%。其检测方法与ALK一致。ROS1重排的肺癌患者对克唑替尼有良好响应，但对色锐替尼无响应。PD-L1表达50%的肺癌患者推

8、荐一线使用pembrolizumab治疗基因检测改变了临床实践-非小细胞肺癌常常规EGFR突突变：吉非替尼、厄洛替尼等ALK融合融合：克唑替尼等ROS1融合：克唑替尼等PD-L1表达：pembrolizumab等其他其他BRAF突突变：维罗菲尼，达拉菲尼等MET扩增或突增或突变：克唑替尼RET重排重排：卡博替尼、凡德他尼HER2突突变：曲妥珠单抗、阿法替尼（2B类证据）NCCNGuidelinesVersion3.2017Non-SmallCellLungCancer肺癌靶向药物和对应基因检测NCCNGuidelinesVersion5.2015Non-SmallCellLungCancer药

9、物药物基因基因检测技术检测技术意义意义易瑞沙、特罗凯、凯美纳阿法替尼EGFRARMSEGFR18外显子G719X、19外显子缺失、21外显子L858R、L861Q和20外显子S768I属于药敏突变。20外显子插入和T790M突变属于E耐药突变。KRASARMSKRAS突变对EGFRTKI耐药MET扩增FISHMET扩增对EGFRTKI耐药ALK融合FISH/PCRALK融合对EGFRTKI耐药Tagrisso（Osimetinib）EGFRT790M突变二代ARMST790M突变对Tagrisso（AZD9291Osimetinib）药敏克唑替尼ALK融合FISH/PCRALK融合对克唑替尼等

10、ALK抑制剂药敏ROS1融合FISH/PCRROS1融合对克唑替尼药敏MET扩增FISHMET扩增对克唑替尼药敏MET14外显子突变测序MET14外显子突变对克唑替尼药敏pembrolizumab/nivolumabPD-L1IHCPD-L1表达阳性的患者对PD1抑制剂药敏。不同药物对应不同抗体，阳性临界值也不同。唯罗非尼、达拉非尼BRAF突变ARSBRAF突变对维罗非尼、达拉非尼等药敏卡博替尼、凡德他尼RET重排FISH/PCRRET重排对卡博替尼、凡德他尼等药敏曲妥珠单抗、阿法替尼HER2突变测序HER2突变对曲妥珠单抗、阿法替尼药敏EGFR基因ModernPathology(2012)2

11、5,347369佰康安检测位点lEGFR基因1821四个外显子；l32个位点；l20外显子（T790M、插入等）耐药位点l18外显子G719X、19外显子缺失、20外显子S768I、21外显子L858R等药敏位点。EGFR 突变阳性EGFR突变阴性治疗-治疗交互检验 p0.0001HR(95%CI)=0.48(0.36,0.64)p0.0001吉非替尼(n=132)：中位9.5个月卡铂/紫杉醇(n=129)：中位6.3个月HR(95%CI)=2.85(2.05,3.98)p0.0001048121620240.00.20.40.60.81.0无进展生存率048121620240.00.20.4

12、0.60.81.0吉非替尼(n=91)：中位1.5个月卡铂/紫杉醇(n=85)：中位5.5个月月月IPASS：EGFR突变阳性与阴性患者的PFSMok TS,et al.NEJM 2009;361(10):947-957.无进展生存率未经选择的中国非小细胞肺癌患者中EGFR基因的突变率约为30%。亚裔腺癌患者突变率可高达50%左右。建议所有肺腺癌患者应常规进行EGFR基因突变检测。EGFR敏感突变：19del,L858R,G719X,L861Q,S768I。EGFR耐药突变：T790M,20ins。第三代EGFR-TKI解决T790M耐药问题KRAS突变与厄洛替尼疗效非小细胞肺癌非小细胞肺癌C

13、hang-QiZhang,etal.JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY.2008(26),4268-4275克唑替尼ALK融合患者最佳方案CrizotinibversuschemotherapyinadvancedALK-positivelungcancerShawet al.N Engl J Med 2013在三期临床试验中，克唑替尼疗效显著优于培美曲塞和多西他赛在三期临床试验中，克唑替尼疗效显著优于培美曲塞和多西他赛Ceritinib在ALK阳性的非小细胞肺癌的结果Ceritinibinadvancedanaplasticlymphomakinase(ALK)-rea

14、rranged(ALK+)non-smallcelllungcancer(NSCLC):ResultsoftheASCEND-1trialDong-WanKimAbstract#8003,2014ASCO美国FDA2014-4-29加速批准ceritinib(ZYKADIA,瑞士诺华制药公司)治疗对克唑替尼耐药的ALK阳性的转移性非小细胞肺癌。肺癌驱动基因肺癌驱动基因ROS1：晚期：晚期ROS1+NSCLC*可评估患者的肿瘤缓解总结可评估患者的肿瘤缓解总结Ou SHI,et al.2013 ASCO Abstract 8032.自基线的变化(%)PD最佳总体疗效SDPRCR35例可评估患者；2

15、例CR，19例PR总缓解率：60%(95%CI:42-76)DCR:8周80%；16周66%中位PFS未达到1008060402002040608010047+441845+41+29+28+16+1215+23+17+23+2481+7+15+65+7+60+21+5+5+68+12+1920+68+33+84+113+*瀑布图代表疗效可评估人群(排除1例早期死亡和2例疗效无法评价)患者+治疗仍在继续，对于仍在接受治疗的患者，缓解/疾病稳定持续时间指自首次记录到肿瘤缓解/首次给药至末次可获得的治疗扫描的时间，对于中止治疗患者，持续时间指至PD或死亡的时间，持续时间的单位为周截至2013年4月

16、1日的数据克唑替尼治疗c-MET-基因扩增型晚期NSCLCc-Met基因扩增型NSCLC为非小细胞肺癌的一个亚群，可能对小分子酪氨酸激酶抑制剂克唑替尼的治疗敏感。在数据截止点，共16例患者入组；3例随后被判定为未达到MET/CEP7扩增标准。13例C-MET基因扩增的NSCLC其中：低水平（n=1），中水平（n=6）和高水平（n=6）。入选后以克唑替尼治疗，12例可用于疗效评价。目前观察到4例的PR（33；95CI：10.65）：低水平组（n=0），中水平组（n=1；20%）和高水平组（n=3；50）。缓解时间中位数为35周，治疗时间中位数为15.7周（范围为4-188周）。克唑替尼在c-Me

17、t基因扩增型NSCLC患者中呈现了抗肿瘤活性，患者普遍能够耐受，而不良事件亦在可接受范围。c-Met基因扩增可能成为继ALK和Ros-1重排后第三个克唑替尼靶点。但是样本量太小只有16个样本，最终疗效评价的仅仅只有12个样本。Efficacyandsafetyofcrizotinibinpatientswithadvancedc-MET-amplifiednon-smallcelllungcancer(NSCLC)D.RossCamidgeAbstract#8001,2014ASCOPD-1/PD-L1阻断Ribas A.N Engl J Med.2012;366:2517-2519.Effe

18、ctor phase(peripheral tissue)T cellCancercellMHCTCRPD-1PD-L1Cancer cellT cellPD-L1，程序性死亡受体配体1，为PD-1的配体，属于B7超家族的一员，参与免疫应答的负性调节。肿瘤微环境可诱导肿瘤细胞上PD-L1的表达上调，PD-L1可 经 PD-1/PD-L1信号通路抑制抗原特异性T细胞活化，下调T细胞效应器的功能。PD-1/PD-L1免疫疗法PD-1抑制剂临床研发（实体瘤）Antibody Molecule Development StageNivolumab（OPDIVO）FullyhumanIgG4Approv

19、ed(US):advancedmelanomaafterprevioustherapy,advancedsquamousNSCLCafterCTPhaseIIImultipletumors(NSCLC,melanoma,RCC,HNSCC,GBM,gastric)Pembrolizumab（Keytruda）HumanizedIgG4Approved(US):advancedmelanomaafterprevioustherapyPhaseIIImultipletumors(HNSCC,NSCLC,melanoma,bladder,gastric/GE)PidilizumabHumanized

20、IgG1PhaseIImultipletumors(pancreatic,CRC,RCC,prostate,CNS)AMP-224Fc-PD-L2fusionproteinPhaseI晚期NSCLC PD-L1与pembrolizumab(pembro;MK-3475)疗效相关性 Pembro是一种抗PD-1抗体 KEYNOTE-001 50%肿瘤细胞被PD-L1染色的患者疗效最好。PD-L1+TumorCellsnORR,%(95%CI)DCR,%(95%CI)Median,mo(95%CI)PFSOS50%1747(23-72)77(50-93)NR(2.4-NR)NR(NR-NR)1%-

21、49%3119(8-38)71(52-86)4.4(3.6-6.4)NR(8.6-NR)A,c.1905+1GA,orrs3918290)是最常见类型。GG型，DPD活性正常，毒性最小。未来临床策略-“伞状”&“篮状”Politi K,et al.Clin Cancer Res.2015 May 15;21(10):2213-20.对同一瘤种不同驱动基因使用相应靶向药物的研究对不同瘤种相同驱动基因使用同一靶向药物的研究内容内容精准医疗与肿瘤基因检测精准医疗与肿瘤基因检测 1主要靶向药物基因检测的意义主要靶向药物基因检测的意义2主要化疗药物基因检测的意义主要化疗药物基因检测的意义3液体活检和高通

22、量测序液体活检和高通量测序4肺癌主要检测基因和样本类型常规基因检测EGFR突变ALK融合ROS1融合其它靶点基因BRAFV600E突变MET扩增METE14突变HER2E20突变RET融合其它基因KRAST790M在临床应用中，在临床应用中，约约10%10%15%15%的晚期非小细胞肺癌患者肿的晚期非小细胞肺癌患者肿瘤组织不足或者无法获取肿瘤组织不足或者无法获取肿瘤组织。瘤组织。中国非小细胞肺癌患者表皮生长因子受体基因突变检测专家共识（2016）肺癌NCCN 2017V2手术穿刺活检胸水0%10%20%30%40%50%44%41%36%38%46%32%16%6%阳性率占比EGFR基因突变检

23、测的常规标本引自阿斯利康数据组织/细胞学样本局限性肿瘤基因状态具有动态变化特点，仅根据初诊时标本指导后续治疗可能产生偏倚。Annu.Rev.Pathol.Mech.Dis.2013空间空间时间时间部分患者无组织标本 或无足够的组织标本进行基因检测肿瘤组织内部存在异质性 重复活检和动态检测困难血液样本特点取样快速、简便、无痛苦、无创伤取样快速、简便、无痛苦、无创伤可重复取样可重复取样一定程度解决肿瘤异质性问题一定程度解决肿瘤异质性问题血液EGFR基因突变检测的意义作为组织EGFR基因突变检测的补充部分解决组织异质性问题动态监测非小细胞肺癌血液EGFR基因突变检测中国专家共识.2015.血液EGF

24、RT790M基因突变检测的意义60%的EGFRTKI耐药与T790M突变有关对TAGRISSO(osimertinib)/AZD9291)药物疗效的预测NCCNV22017.NSCLCEGFR血检回归PCRARMS-PCR临床已普及经济实用操作简单，适合医院开展CobasEGFRV207384351001-02ENV22016血浆与组织一致性血浆与组织一致性雅康博血浆EGFR基因突变与组织对比Analytical and clinical validation of an ultrasensitive QPCR assay for EGFR mutation Chaoyang Liang,Yo

25、nanalysis with circulating tumor DNA.AcceptedABB0.0%10.0%20.0%30.0%40.0%50.0%60.0%70.0%80.0%90.0%42.6%38.8%38.5%44.1%41.2%42.2%4.3%12.2%23.1%32.4%35.3%34.3%10.0%31.6%60.0%73.3%85.7%81.4%组织阳性率血液阳性率血液与组织阳性一致率与组织比较，晚期NSCLC的EGFR血检灵敏度可达80%以上分期分期样本样本数量数量4749A26B3468B102总共98例经ddPCR验证T790M阳性的样本一代ARMS检出59例阳性

26、，检出率60.20%二代ARMS检出92例阳性，检出率93.88%ARMS、二代ARMS,、ddPCR检测血液T790M技术技术检测下限检测下限优势优势劣势劣势ARMS1%有注册证，简单、易开展灵敏度低二代ARMS0.2%灵敏度高，简单、易开展不适合组织样本ddPCR0.01%或更低灵敏度高操作复杂、怕污染，仪器贵NGS0.1-1%灵敏度高操作复杂，仪器贵，需验证雅康博内部数据四种技术检测四种技术检测T790M比较比较多中心、独立验证多中心、独立验证二代二代ARMSARMS检出检出T790MT790M阳性能力与阳性能力与ddPCRddPCR具具有高度一致性有高度一致性高通量测序开展原则Acti

27、onable：选择临床意义明确、可治疗的靶点的panel平均测序深度2500深度大于500X的区域比例95%测序特异性95%测序均一性95%检测灵敏度95%检出1%比例的热点突变测序深度、特异性、均一性真实：必须有试剂盒，经得起独立验证雅康博-肿瘤驱动基因高通量检测肺癌驱动基因突变检测肺癌驱动基因突变检测（高通量测序法）（高通量测序法）EGFRKRASBRAFPIK3CAALKDDR2PDGFRAKITNRASERBB2RETDNMT3ANPM1FLT3ABL1SMOTSC1及ALK、ROS1、RET融合检测临床意义明确有相应药物的靶点检测可治疗靶点-各基因临床意义明确已批准于已批准于肺癌中的

28、靶向药物药物指导基因备注吉非替尼厄洛替尼阿法替尼埃克替尼EGFR药敏突变KRAS野生型BRAF野生型PIK3CA野生型ERBB2区别于第1代和第2代抑制剂克唑替尼色瑞替尼EML4-ALK融合阳性ROS1融合阳性ALK野生型西妥昔单抗KRAS野生型BRAF野生型检测可治疗靶点-各基因临床意义明确批准用于相同基因改变的其它癌症的新药，同时已在肺癌中开展临床应用药物指导基因FDA/CFDA批准适应症帕尼单抗KRAS结直肠癌BRAF维罗菲尼BRAF黑色素瘤曲美替尼BRAF黑色素瘤达拉菲尼BRAF黑色素瘤达沙替尼ABL1慢性髓细胞白血病CML卡博替尼RET,FLT3,KIT,甲状腺髓样癌（MTC）凡德他

29、尼RET,EGFR甲状腺髓样癌（MTC）曲妥珠单抗HER2乳腺癌，胃癌拉帕替尼HER2,EGFR乳腺癌检测可治疗靶点-各基因临床意义明确批准用于相同基因改变的其它癌症的新药药物指导基因FDA/CFDA批准适应症伊马替尼KITGIST舒尼替尼PDGFR,KIT,FLT-3,RETRCC,GIST,pNET索拉菲尼BRAF,KIT,FLT-3,RET,PDGFRRCC,HCC,DTCVismodegibSMOBCC尼罗替尼ABL1CML伯舒替尼ABL1CML帕纳替尼ABL1CML伊维莫司TSC1RCC,breast,pNETLenvatinibRET,KIT,PDGFR甲状腺帕唑帕尼KIT，PDGFRRCC帕妥珠单抗HER2乳腺癌RegorafenibPDGFR,RET,cKIT结直肠癌雅康博NGS实践013000例样本验证02多中心、多平台验证0320000万例样本检测04各环节优化05全流程质量管理体系