《pubmed使用介绍》PPT课件.ppt

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1、翁蕾鸣 北京大学医学图书馆信息咨询部文摘型数据库PubMed检索方法与技巧主要内容PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMedPubMed特色服务特色服务能干什么？能干什么？PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？其他辅助功能其他辅助功能p创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)1996年1月开始向全球开放p特色：免费、收录广、内容全、检索途径多、检索体系完备、文摘库，部分文献还可在网上直接免费获得全文。PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？NCBI (NCBI (National Center for Biotechnolo

2、gy InformationNational Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心，美国国立生物技术信息中心)目前国际上几个重要分子生物信息网站之一成立的原因:已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性1988年11月4日成立是National Institutes of Health（NIH 美国国立卫生研究院）底下的National Library of Medicine（NLM 美国国立医学图书馆）的部门之一NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。PubMedPubMed简介简介是什

3、么？是什么？NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物数据库生物信息工具PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？生物数据库生物数据库永久数据的大的组织体结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。容易取得信息并且只取得回答特殊生物问题的信息EntrezEntrez：NCBI的数据库搜寻与存取系统，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。目前，NCBI提供的公开（Open Access）数据库包括如下：PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物信息工具生物信息工具Pu

4、bMedPubMed简介简介是什么？是什么？EntrezEntrez一个整合的访问序列，定位，分类和结构数据的搜索和检索系统。整合的数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。可以检索相关的序列，结构和参考文献。BLASTBLAST序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。附加软件工具附加软件工具 开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，序列提交工具Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从HTTP或FTP来获得。PubMedPubMed简介简介是什

5、么？是什么？Entrez可以检索的数据库：Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEO Dat

6、asets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEO Profiles，基因表现图谱HomoloGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学主题词数据库NCBI Web Site，所有NCBI网页NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库

7、PopSet，族群演化分析相关研究资料Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料PubChem Compound，小分子化学物质结构PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据PubMedPubMed，科学文献报导数据库PubMed Central，科学文献数字全文数据库Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)Stru

8、cture，分子模型数据(MMDB)Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene，人类unique基因序列数据库UniSTS，unique序列卷标地址数据库Entrez可以检索的数据库：PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？http:/ for MEDLINE标记表示注 截止2006年3月15日PubMed公布的数据PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？OldMedline1950-1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。PubMed数据范围PubMedPubMe

9、d简介简介是什么？是什么？In process citation提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。获MeSH词后，再加入MEDLINE。记录中用PubMed-in process标记表示。PubMed数据范围PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？Publisher Supplied Citations出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。PubMed数据范围PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMed not MedlinePubMed收录Medlin

10、e不收录的文献。记录中用PubMed标记表示。PubMed数据范围PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？数据来源主要内容PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMedPubMed特色服务特色服务能干什么？能干什么？PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？其他辅助功能其他辅助功能1.1.查文献查文献：查找目的文献的文摘题录信息书目文摘条目2千万余条，每年约增加50万条（2011年数据）2.2.找全文找全文：获得部分文献的全文PMC（Pubmed Center）可提供部分文献的全文提供可以获得全文的网站和数据库

11、链接Linkout3.3.扩展阅读扩展阅读：提供相关文献链接Related citationsPubMedPubMed特色服务特色服务能干什么？能干什么？Pubmed小工具跟踪某一领域的最新进展Cubby（My NCBI)PubMedPubMed特色服务特色服务能干什么？能干什么？主要内容PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMedPubMed特色服务特色服务能干什么？能干什么？PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？其他辅助功能其他辅助功能PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？1.检索机制自动转换匹配功能(Automatic Term Map

12、ping)对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表 期刊刊名注释表 短语表 作者索引短语检索(Phrase Searching)要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“”将其引起来。如：“drug therapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。MeSH注释表包括MeSH词、副主题词、MeSH词相关参照(也称款目词)、物质名称、物质名称同义词等。如果输入的检索词在注释表中发现有匹配的词，则该词将被作为MeSH词和自由词(即textword)同时进行检索。例如，如果我们输入Vitami

13、n h,PubMed会这样检索：(“BiotinMeSHOR vitamin htw)vitamin h是MeSH词Biotin的款目词。包括期刊名全称、期刊名MEDLINE缩写、ISSN号。例如，如果你输入“New England Journal of Medicine”，PubMed将按“N Engl J Medta”查询。如果在MeSH注释表或期刊名注释表中未发现匹配的词，PubMED就会检索来自MeSH、物质名称、题名和文摘中多次出现的常用词组表，如果输入的检索词在以上词表中未找到，且该词后有一或二个字母，PubMed就会查检作者索引。如果在作者索引中仍未找到匹配词，PubMed就将该

14、词组分开并重复上面的查找过程。如果还没有匹配词，PubMed将该词组的每个单词用AND组配并在所有字段中查找。布尔逻辑组合布尔逻辑组合检索，常用的检索，常用的逻辑关系词有逻辑关系词有ANDAND，OROR，NOTNOT等等A BA B 逻辑与（逻辑与（ANDAND）-检出记录中同时含有检索词检出记录中同时含有检索词A A和检索词和检索词B.B.如：如：A AND B A AND B（AIDS and therapyAIDS and therapy）逻辑非（逻辑非（NOTNOT）-在含检索词在含检索词A A的记录中，去掉含检索词的记录中，去掉含检索词B B的记录。的记录。如：如：A NOT BA

15、 NOT B（Hepatitis not Animal）逻辑或（逻辑或（OROR）-检出记录中含有检索词检出记录中含有检索词A A或检索词或检索词B B或同时含有检索词或同时含有检索词A A和和B B的文献。的文献。如：如：A OR B A OR B（AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndrome）A B2.布尔逻辑运算符PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？3.检索方法基本检索高级检索主题检索临床咨询PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？常用工具常用工具Welcome to PubMedWelcome to PubMe

16、d使用帮助使用帮助更多服务更多服务检索词输入框检索词输入框高级检索主题检索基本检索临床咨询PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？默认检索字段为主题、作者、期刊一.基本检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？关键词、词(词组)或短语：输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer；带有双引号“”作为短语检索：“cancer therapy”；带有连接号“-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如liver cancerti作者：Smith J、仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如：Smithau2002年以后的文献若

17、文中有作者全称可用全称检索如：Joshua Lederberg一.基本检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？作者姓名检索作者姓名检索作者姓名检索作者姓名检索 按照按照姓姓+名缩写名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smith jasmith ja或或jones k,jones k,系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一般姓用全称，名字一般用缩写。用缩写。考虑到作者姓名的不同形式，考虑到作者姓名的不同形式，

18、PubMedPubMed采用采用自动转换自动转换功能功能进行作者姓名检索，如：进行作者姓名检索，如：smith jsmith j将检索成将检索成smith ja,smith smith ja,smith jc,smith jr jc,smith jr 等。等。精确检索：可以用精确检索：可以用双引号双引号将作者名引起来，再加作者字段将作者名引起来，再加作者字段限定限定AUAU，如：，如：smith jausmith jau，这样可避免，这样可避免PubMedPubMed自动转换，自动转换，实现精确查找。实现精确查找。一.基本检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？作者姓名检索

19、按照姓(全写)+名(缩写)，之间不用标点键入作者姓名smith jPubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？精确检索避免PubMed自动词汇转换，实现精确查找smith jau期刊刊名：可用期刊全称：GENE THERAPYTA；可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association)一.基本检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？期刊检索期刊检索期刊检索期刊检索 在检索框中键入在检索框中键入期刊名期刊名，如：，如：molecular biology of molecular biology

20、 of the cellthe cell，系统的，系统的“自动词语匹配自动词语匹配”功能会将它转换成功能会将它转换成mol biol celljournalmol biol celljournal进行检索。进行检索。也可以直接输入也可以直接输入MedlineMedline的的期刊标准缩写期刊标准缩写形式，如：形式，如：mol biol cellmol biol cell，或者是输入，或者是输入刊物的刊物的ISSNISSN（国际标准出版（国际标准出版物代码）进行检索，如：物代码）进行检索，如：1059-15241059-1524。如果一个杂志名恰好是主题词或关键词，如：如果一个杂志名恰好是主题词

21、或关键词，如：cancercancer，sciencescience，cellcell等，等，PubMedPubMed会首先将这些词转会首先将这些词转换成换成MeSHMeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请求进行标准化处理，即索请求进行标准化处理，即在杂志名后面加在杂志名后面加TATA。如：。如：celltacellta一.基本检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？期刊的一般检索，是在检索输入框中键入期刊名或期刊的ISSN号Eur J Eur J Immunol期刊的标准检索，是在期刊名后面加字段限定TA.比如:cellta

22、cellta 复杂表达式：liver cancer AND therapy带有摘要文献的检索：liver cancer AND has abstract一.基本检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？截词检索截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索。如：bacter*，可以检出bacter，bacteria，bacteriophage，bacterium，等最多600个单词。一.基本检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？截词检索可以扩大检索范围提高查全率。bacter

23、*TI字段限制检索采用字段限制方式进行检索，其规则是：采用字段限制方式进行检索，其规则是：检索词检索词11字段标识字段标识 逻辑运算符逻辑运算符 检索词检索词22字段标识字段标识 如：查找作者为如：查找作者为crickcrick在在19931993年发表的有关年发表的有关DNADNA方面的方面的文献文献.检索式：检索式：DNAmh AND crickau AND 1993dpDNAmh AND crickau AND 1993dp1.基本检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？常用字段组成标识符 字段名称TI TitleAU AuthorAD AffiliationAB A

24、bstractDP Publication DateEDAT Entrez DateSO SourceTA Journal Title AbbreviationMH MeSH TermsPT Publication Type INTERNET字段限制检索其规则是：检索词+字段标识 DNAmh AND crickau AND 1993dp分析该检索课题，包含两个方面：肝癌：liver cancer；治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，即liver cancer AND therapy 1.基本检索举例：肝癌的治疗PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？输入：liv

25、er cancer AND therapy基本检索举例：肝癌的治疗所得结果数文献出处文献标题Pubmed编号，文献类型文献著者PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？对检索结果进行进一步过滤和限定非英文的文献非英文的文献篇名上有中括篇名上有中括号号 且注明且注明有语种有语种英文文献英文文献土耳其语土耳其语 篇名篇名 英文文献英文文献2.高级检索高级检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？检索式生成框检索史检索框分析该检索课题，包含两个方面：作者为：马大龙（ma dl）；作者单位为：北京大学（peking

26、 university）2.高级检索举例：北京大学马大龙的文章PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？第一步：输入作者姓名输入：ma dl第二步：输入作者单位输入：peking university根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。点击MeSH Database打开主题检索界面3.主题检索PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？查找主题词分析该检索课题，有两个概念：长春新碱（Vincristine）、白血病（leukemia）：对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（thera

27、peutic use）”；对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。同时这两个概念之间是AND的关系。3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？第1步：检索长春新碱/治疗应用3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用副主题词3.主题检索举例：长春新碱（Vi

28、ncristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法3.主题检索举例：长春新碱（Vincristi

29、ne）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献我们通过两个主题检索分别得到了：“长春新碱/治疗应用”的检索结果“白血病/药物疗法”的检索结果

30、下面我们要把这两个检索结果用AND组合起来，就需要用到检索史3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献3.主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及

31、有关遗传学方面的问题等。4.临床咨询和系统评价PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？4.临床咨询和系统评价临床研究系统评价检索医学遗传学研究方面的文献PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？4.临床咨询和系统评价PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？4.临床咨询和系统评价主要内容PubMedPubMed简介简介是什么？是什么？PubMedPubMed功能功能能干什么？能干什么？PubMedPubMed检索方法检索方法怎么用？怎么用？其他辅助功能其他辅助功能结果的显示、打印、保存显示保存、

32、打印其他辅助功能其他辅助功能结果显示显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：（1）SummarySummary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。（2）AbstractAbstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。（3）MEDLINEMEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。其他辅助功能其他辅助功能保存记录在“send t

33、o”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。结果保存其他辅助功能其他辅助功能剪贴板或文件夹。用于用户将剪贴板或文件夹。用于用户将检索选中记录的暂时保存，方检索选中记录的暂时保存，方便用户集中打印、下载或索取便用户集中打印、下载或索取原文。剪贴板中可存的最多记原文。剪贴板中可存的最多记录为录为500500条，如果一小时内无条，如果一小时内无作何操作，记录将自动消失作何操作，记录将自动消失练习题检索有关“甘露醇（Mannitol）治疗青光眼（Glaucoma）”方面的英文综述（review）文献检索有关“微量元素（trace elements）缺乏与皮肤病（skin diseases）关系”的文献Questions?Questions?Questions?Questions?Thanks!Thanks!电话：电话：82801292-60482801292-604