《生化教研室》PPT课件.ppt
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1、生化教研室生化教研室 肖建英肖建英第四章第四章DNA的复制、突变、损伤与修复的复制、突变、损伤与修复第一节第一节DNA的复制的复制第二节基因突变第二节基因突变第三节第三节DNA的修复系统的修复系统主要学习内容主要学习内容复制复制(replication)是指遗传物质的传代,以母链是指遗传物质的传代,以母链DNA为模板合成子链为模板合成子链DNA的过程。的过程。复制复制亲代亲代DNA子代子代DNA第一节第一节 DNA的复制的复制 l l半保留复制半保留复制(semi-conservative replication)复制的高保真性复制的高保真性复制的高保真性复制的高保真性(high fideli
2、ty)(high fidelity)l l双向复制双向复制(bidirectional replication)l l半不连续复制半不连续复制(semi-discontinuous replication)一、一、DNA复制的一般特征复制的一般特征u概念:概念:DNADNA生生生生物物物物合合合合成成成成时时时时,母母母母链链链链DNADNA解解解解开开开开为为为为两两两两股股股股单单单单链链链链,各各各各自自自自作作作作为为为为模模模模板板板板(template)(template)按按按按碱碱碱碱基基基基配配配配对对对对规规规规律律律律,合合合合成成成成与与与与模模模模板板板板互互互互补补
3、补补的的的的子子子子链链链链。子子子子代代代代细细细细胞胞胞胞的的的的DNADNA,一一一一股股股股单单单单链链链链从从从从亲亲亲亲代代代代完完完完整整整整地地地地接接接接受受受受过过过过来来来来,另另另另一一一一股股股股单单单单链链链链则则则则完完完完全全全全从从从从新新新新合合合合成成成成。两两两两个个个个子子子子细细细细胞胞胞胞的的的的DNADNA都都都都和和和和亲亲亲亲代代代代DNADNA碱碱碱碱基基基基序序序序列一致。这种复制方式称为列一致。这种复制方式称为列一致。这种复制方式称为列一致。这种复制方式称为半保留复制。半保留复制。半保留复制。半保留复制。1 1、半保留复制、半保留复制(
4、semi-conservative replication)(一)半保留复制、复制子、复制叉、双向复制(一)半保留复制、复制子、复制叉、双向复制按按半半保保留留复复制制方方式式,子子代代DNA与与亲亲代代DNA A的的碱碱基基序序列列一一致致,即即子子代代保保留留了了亲亲代代的的全全部部遗遗传信息,体现了遗传的传信息,体现了遗传的保守性保守性。u 半保留复制的意义半保留复制的意义遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,但但不是绝对的不是绝对的。密度梯度实验密度梯度实验 实验结果支持实验结果支持半保留复制半保留复制的设想。的设想。含重氮含重氮-DNA的细菌的细
5、菌培养于普培养于普通培养液通培养液 第一代第一代继续培养于继续培养于普通培养液普通培养液 第二代第二代梯度离心结果梯度离心结果AGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCCCACTGGGGTGACCAGGTACTGTCCATGACTCCATGACAGGTACTGAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACC+母链母链DNA 复制过程中形成复制过程中形成的复制叉的复制叉子代子代DNA 复制的基本规律复制的基本规律2、复制起点、复制起点(origin of replication,ori 或或 O)l DNA
6、复制时总是从一个特定的位置开始,这一复制时总是从一个特定的位置开始,这一位置称为位置称为复制起点复制起点。多数是。多数是富含富含A T配对配对的区域。的区域。l 富含富含A T配对的区域经常处于开发与闭合的动配对的区域经常处于开发与闭合的动态平衡之中,称为态平衡之中,称为DNA的呼吸作用的呼吸作用。3、复制子(、复制子(replicon)两个相邻起始点之间的两个相邻起始点之间的DNA片段,称为一个复制子。片段,称为一个复制子。复制子是独立完成复制的功能单位。复制子是独立完成复制的功能单位。4、复制叉(、复制叉(replication fork)53oriorioriori535533553复制
7、子复制子3真核生物每个染色体上形成多个复制子。真核生物每个染色体上形成多个复制子。大多数原核和真核生物复制时,大多数原核和真核生物复制时,大多数原核和真核生物复制时,大多数原核和真核生物复制时,DNADNA都是都是都是都是从从从从固定起始点固定起始点固定起始点固定起始点开始向两个方向解链,形成两个开始向两个方向解链,形成两个开始向两个方向解链,形成两个开始向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的复制叉,称为延伸方向相反的复制叉,称为延伸方向相反的复制叉,称为延伸方向相反的复制叉,称为双向复制双向复制双向复制双向复制。5、复制方向、复制方向 (1)双向复制双向复制(bidirectional re
8、plication)(2)单向复制)单向复制 从特定的位置开始,单方向进行复制。从特定的位置开始,单方向进行复制。(3)不对称的双向复制)不对称的双向复制 6、复制终点、复制终点 (1)环状)环状DNA复制终点复制终点固定的复制终点固定的复制终点(2)线状)线状DNA复制终点复制终点形成一个大分子形成一个大分子 串联体(多联体)。如噬菌体病毒。串联体(多联体)。如噬菌体病毒。oriterA B CA.环状双链环状双链DNA及复制起始点及复制起始点B.复制中的两个复制叉复制中的两个复制叉C.复制接近终止点复制接近终止点(termination,ter)(二)(二)DNADNA复制的酶系复制的酶系
9、1、使、使DNA链解离的酶链解离的酶l 解旋酶解旋酶l 单链单链DNA结合蛋白结合蛋白l DNA旋转酶(拓扑异构酶)旋转酶(拓扑异构酶)(1)解螺旋酶)解螺旋酶(helicase)(DnaB 蛋白):蛋白):利用利用ATP供能,作用于氢键,使供能,作用于氢键,使DNA双链双链解开成为两条单链解开成为两条单链(2)单链)单链DNA结合蛋白结合蛋白(single stranded DNA binding protein,SSB)在复制中维持模板处于单链状态并保护单在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整链的完整 E.Coli中的中的SSB 以四聚体形式存在,与以四聚体形式存在,与DNA结结合具
10、有协同作用。合具有协同作用。DNADNA复制的酶学复制的酶学1010 8 8 局部解链后局部解链后(3)DNA拓扑异构酶拓扑异构酶(DNA topoisomerase)DNADNA复制的酶学复制的酶学解链过程中正超螺旋的形成解链过程中正超螺旋的形成l 拓扑异构酶作用特点拓扑异构酶作用特点既能水解既能水解 、又能连接磷酸二酯键、又能连接磷酸二酯键 拓扑异构酶拓扑异构酶 拓扑异构酶拓扑异构酶 拓扑异构酶拓扑异构酶 拓扑异构酶拓扑异构酶 l 分分 类类DNADNA复制的酶学复制的酶学拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA双链中双链中一股一股链,使链,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封解链旋转不致打结;
11、适当时候封闭切口,闭切口,DNA变为松弛状态变为松弛状态。反应反应不需不需ATP。拓扑异拓扑异构酶构酶切断切断DNA分子分子两股两股链,断端通过链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛。切口旋转使超螺旋松弛。利用利用ATP供能,连接断端,供能,连接断端,DNA分子进入负超螺旋状态。分子进入负超螺旋状态。l 拓扑异构酶拓扑异构酶作用机制作用机制 DNADNA复制的酶学复制的酶学2、DNA聚合酶聚合酶全称:全称:依赖依赖DNA的的DNA聚合酶聚合酶(DNA-dependent DNA polymerase)简称:简称:DNA-pol活性:活性:1.53 的聚合活性的聚合活性2.核酸外切酶活性核酸外切酶活性
12、 53 外切活性外切活性35 外切活性外切活性(1 1)原核细胞中的)原核细胞中的DNA聚合酶聚合酶DNA-pol DNA-pol DNA-pol 功能功能:对复制中的错误进行校读,对复制和修对复制中的错误进行校读,对复制和修复中出现的空隙进行填补,切除引物。复中出现的空隙进行填补,切除引物。u DNA-pol (109kD)53 聚合活性聚合活性35 外切活性外切活性53 外切活性外切活性l DNApol 利用利用35外切活性切除错配外切活性切除错配的碱基,同时利用的碱基,同时利用53聚合活性补回正确聚合活性补回正确的核苷酸,这种功能称为即时的核苷酸,这种功能称为即时校读校读(proof r
13、ead)。l DNApol 的的53外切酶作用可以与其外切酶作用可以与其聚合作用同时发生,聚合作用同时发生,产生产生缺口平移缺口平移(nick translation)、链的置换及模板转辙现象。、链的置换及模板转辙现象。碱基配对正确,碱基配对正确,DNApol 无活性无活性3-5外切活性外切活性5-3聚合活性聚合活性DNApol AGdCTPCG5353DNApolDNApol的即时校读功能的即时校读功能555555555333333带有切刻的双链带有切刻的双链切口平移切口平移链的置换链的置换链置换链置换模板转辙模板转辙323个氨基酸个氨基酸小片段小片段5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性大片段大
14、片段/Klenow 片段片段 604个氨基酸个氨基酸53聚合活性聚合活性 5 核酸外切酶活性核酸外切酶活性N 端端C 端端木瓜蛋白酶木瓜蛋白酶DNA-pol u Klenow片段是实验室合成片段是实验室合成DNA,进,进行分子生物学研究中常用的工具酶。行分子生物学研究中常用的工具酶。u DNA-pol(120kD)DNA-pol II基因发生突变,细菌依然基因发生突变,细菌依然 能存活。能存活。它参与它参与DNA损伤的应急状态修复。损伤的应急状态修复。功能功能是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。u DNA-pol (900kD)l DNApol 分子
15、量为分子量为900KD,全酶由,全酶由10种种(、)22个亚个亚基构成不对称二聚体;基构成不对称二聚体;l 核心酶包含核心酶包含、亚基;亚基;亚基分别催化领头链与随从链的合成;亚基分别催化领头链与随从链的合成;亚基有亚基有35外切酶活性及对碱基的选择功外切酶活性及对碱基的选择功能,能,亚基为装配所必需;亚基为装配所必需;亚基起着夹住模板又能使酶延模板滑动的亚基起着夹住模板又能使酶延模板滑动的作用。作用。DNA-pol DNA-pol DNA-pol分子数分子数/细胞细胞 400?20比活性比活性 低于低于pol?比比pol大大10倍以上倍以上分子量分子量(kD)109 120 900分子组成分
16、子组成 单一肽链单一肽链,有有A至至R?10种、种、22个亚基个亚基 共共18-螺旋肽段螺旋肽段 不对称二聚体不对称二聚体53聚合活性聚合活性 53外切活性外切活性 35外切活性外切活性 基因突变后致死性基因突变后致死性 可能可能 不可能不可能 可能可能功功 能能 校读校读 不清楚不清楚 在复制延长中在复制延长中 填补空隙填补空隙 修复合成修复合成 催化新链合成催化新链合成 切除引物切除引物原核生物的三种原核生物的三种DNA聚合酶比较聚合酶比较(2 2)真核细胞中的)真核细胞中的DNADNA聚合酶聚合酶DNA-pol 起始引发,有引物酶活性。起始引发,有引物酶活性。延长子链的主要酶,有解螺旋酶
17、活性。延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。参与低保真度的复制参与低保真度的复制 。在复制过程中起校读、修复和填补缺在复制过程中起校读、修复和填补缺口的作用。口的作用。在在线粒体线粒体DNA复制中起催化作用。复制中起催化作用。DNA-pol DNA-pol DNA-pol DNA-pol 真核生物的真核生物的DNA聚合酶比较聚合酶比较3 3、DNA连接酶连接酶连连接接DNA链链3-OH末末端端和和相相邻邻DNA链链5-P末末端端,使使二二者者生生成成磷磷酸酸二二酯酯键键,从从而而把把两两段段相相邻邻的的DNA链链连连接接成成一一条条完完整的链。整的链。DNA连接酶连接酶(DNA ligase)作用
18、方式作用方式DNA连连接接酶酶在在复复制制中中起起最最后后接接合合缺缺口口的作用。的作用。在在DNA修修复复、重重组组及及剪剪接接中中也也起起缝缝合合缺口作用。缺口作用。也是基因工程的重要工具酶之一。也是基因工程的重要工具酶之一。DNADNA连接酶的功能连接酶的功能3 5 3 5 解链方向解链方向35335领头链领头链(leading strand)随从链随从链(lagging strand)u 半不连续性复制半不连续性复制(三)(三)DNA的复制过程的复制过程顺顺着着解解链链方方向向生生成成的的子子链链,复复制制是是连连续续进进行行的的,这股链称为这股链称为前导链(领头链)前导链(领头链)。
19、另另一一股股链链因因为为复复制制的的方方向向与与解解链链方方向向相相反反,不不能能顺顺着着解解链链方方向向连连续续延延长长,这这股股不不连连续续复复制制的的链链称称为为后后滞滞链链(随随从从链链)。复复制制中中的的不不连连续续片片段段称称为为岡崎片段岡崎片段(okazaki fragment)。领领头头链链连连续续复复制制而而随随从从链链不不连连续续复复制制,就就是是复复制制的的半不连续性半不连续性。参与参与DNA复制的物质复制的物质 底物底物(substrate):dATP,dGTP,dCTP,dTTP聚合酶聚合酶(polymerase):依赖依赖DNA的的DNA聚合酶,简写聚合酶,简写 为
20、为 DNA-pol模板模板(template):解开成单链的解开成单链的DNA母链母链引物引物(primer):提供提供3-OH末端使末端使dNTP可以依次聚合可以依次聚合 其他的酶和蛋白质因子其他的酶和蛋白质因子二、原核生物的二、原核生物的DNA复制复制(一)复制的起始(一)复制的起始(二)复制的延长(二)复制的延长(三)复制的终止(三)复制的终止复制过程:复制过程:需要解决两个问题:需要解决两个问题:1.DNA解开成单链,提供模板。解开成单链,提供模板。2.合成引物,提供合成引物,提供3-OH末端。末端。(一)大肠杆菌基因组复制的起始(一)大肠杆菌基因组复制的起始原核生物的原核生物的DNA
21、DNA复制复制E.coli复制起始点复制起始点 oriC GATTNTTTATTT GATCTNTTNTATT GATCTCTTATTAG 1 13 17 29 32 44 1 13 17 29 32 44 TGTGGATTA-TTATACACA-TTTGGATAA-TTATCCACA58 66 166 174 201 209 237 24558 66 166 174 201 209 237 245 串联重复序列串联重复序列 反向重复序列反向重复序列5 3 5 3 1.复制起始点复制起始点 Dna A Dna B、Dna CDNA拓扑异构酶拓扑异构酶引物引物酶酶SSB3 5 3 5 2.复制的
22、引发复制的引发形成形成引发体和引物引发体和引物含有解螺旋酶、含有解螺旋酶、DnaC蛋白、引物酶和蛋白、引物酶和DNA复制起始区域的复合结构称为复制起始区域的复合结构称为引发体引发体。3 5 3 5 引物是由引物酶催化合成的短链引物是由引物酶催化合成的短链RNA分子。分子。引物引物3 HO5引物引物酶酶v 原核生物原核生物DNA复制的起始复制的起始DNA拓扑异构酶拓扑异构酶在复制起始部位将在复制起始部位将DNA引入引入 负超螺旋。负超螺旋。DnaA蛋白辨认、结合于起始位点,并促使解链。蛋白辨认、结合于起始位点,并促使解链。DnaB与与DnaC复合物进入,生成引发前体,然后复合物进入,生成引发前体
23、,然后 DnaB继续发挥解链的作用。继续发挥解链的作用。SSB与解开的单链结合,稳定和保护单链。与解开的单链结合,稳定和保护单链。引物酶引物酶(DnaG)进入并与引发前体结合生成引发体进入并与引发前体结合生成引发体(解螺旋酶、(解螺旋酶、DnaC 蛋白、引物酶和蛋白、引物酶和DNA起始区)起始区)。引发体中的引物酶催化引发体中的引物酶催化NTP聚合,生成引物。聚合,生成引物。DNA拓扑异构酶拓扑异构酶(型为主型为主)在解链前方理顺在解链前方理顺DNA 链,松弛正超螺旋。链,松弛正超螺旋。(二)复制的延长(二)复制的延长复复制制的的延延长长指指在在DNA-pol催催化化下下,dNTP以以dNMP
24、的的方方式式逐逐个个加加入入引引物物或或延延长长中中的的子子链链上上,其化学本质是磷酸二酯键的不断生成。其化学本质是磷酸二酯键的不断生成。原核生物的原核生物的DNADNA生物合成生物合成 5 5 3 35 5dATPdGTPdTTPdCTPdTTPdGTPdATPdCTPOH 33 3DNA-polu 复制的化学反应复制的化学反应 (dNMP)n+dNTP (dNMP)n+1+PPi u 聚合反应的特点聚合反应的特点以亲代以亲代DNA单链为单链为模板模板DNA 新链生成需新链生成需引物引物;遵循碱基配对规律(遵循碱基配对规律(A=T,GC)dNTP为为原料原料5 3 方向延长方向延长领头链的合
25、成领头链的合成随从链的合成随从链的合成复复制制的的延延长长原核生物基因是环状原核生物基因是环状DNA,双向复制的复制,双向复制的复制片段在复制的终止点片段在复制的终止点(ter)处汇合。处汇合。oriter E.coli8232 ori terSV40500(三)大肠杆菌基因组复制的终止(三)大肠杆菌基因组复制的终止(一)真核细胞(一)真核细胞DNADNA复制的起始点复制的起始点三、真核生物的三、真核生物的DNA复制复制 1、猴病毒、猴病毒SV40 的复制起始点的复制起始点l SV40基因组为基因组为5kb,双链环状,双链环状DNA。l 只有一个复制原点,包括几个必要的元件:只有一个复制原点,
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