分子模拟ppt—第三章-tinker软件包的使用课件.ppt

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1、资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值分子力学应用分子力学应用 -TINKER 软件包的学习使用资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值TINKER 简介简介TINKER软 件 包（http:/dasher.wustl.edu/tinker/）是 Jay William Ponder 教授开发的一个较完整

2、的分子模拟软件包，涵盖分子力学、分子动力学的计算。可以使用许多常用的力场及参数，如Amber(ff94,ff96,ff98,ff99),CHARMM(19 and 27),Allinger 的MM(MM2-1991，MM3-2000),OPLS(OPLS-UA,OPLS-AA,OPLS-AA/L),Liam Dang 的极化力场,Ponder 等发展的AMOEBA 极化原子多极矩力场。配有一个可视化图形界面 软件FFE，可以进行辅助模型构建和部分程序的执行计算。资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值TINKE

3、R的的Windows版本版本FFE 图形界面 图形显示-分子树 关键词编辑器 模拟命令 输出文件DOS 窗口命令行 注意：程序安装在C:盘，路径、文件不能有中文字符。资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值TINKER的Windows版本FFE 图形界面 图形显示-分子树 关键词编辑器 模拟命令 输出文件DOS 窗口命令行 注意：程序安装在C:盘，路径、文件不能有中文字符。资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值TINKER 软

4、件包软件包相关重要文件存放路径 c:/program files/tinkerdoc 说明书examples 应用实例bin 执行程序 params 主要力场参数source FORTRAN 77 源代码 资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值TINKER 主要功能主要功能(1)building protein and nucleic acid models from sequence(2)energy minimization and structural optimization(3)analysis o

5、f energy distribution within a structure(4)molecular dynamics and stochastic dynamics(5)simulated annealing with a choice of cooling schedules(6)normal modes and vibrational frequencies(7)conformational search and global optimization(8)transition state location and conformational pathways(9)fitting

6、of energy parameters to crystal data(10)distance geometry with pairwise metrization(11)molecular volumes and surface areas(12)free energy changes for structural mutations(13)advanced algorithms based on potential smoothing资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值 TINKER 主要文件主要文件

7、输入:坐标文件:.xyz参数文件:.prm关键词文件:.key执行文件:Analyze,Newton,Dynamic.输出文件:坐标文件:.xyz_2,.arc,.dyn.输出文件:.log资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值坐标文件坐标文件14 C4H10/charmm27 1 CT3 -1.85185185 0.95959595 0.00000000 27 2 3 4 5 2 HA -1.49517901 1.46399414 0.87365150 1 1 3 HA -1.49517901 1.4639

8、9414 -0.87365150 1 1 4 HA -2.92185185 0.95960913 0.00000000 1 1 5 CT2 -1.33853613 -0.49233621 0.00000000 26 1 6 7 8 6 HA -1.69520716 -0.99673375 0.87365262 1 5 7 HA -1.69521086 -0.99673560 -0.87365004 1 5 8 CT2 0.20146387 -0.49235441 -0.00000377 26 5 9 10 11 9 HA 0.55813402 0.01034635 -0.87463418 1

9、8 10 HA 0.55813884 0.01374031 0.87266518 1 8 11 CT3 0.71477959 -1.94428382 0.00281556 27 8 12 13 14 12 HA 0.35773857 -2.45050723 -0.86962904 1 11 13 HA 1.78477949 -1.94429737 0.00236500 1 11 14 HA 0.35847495 -2.44685455 0.87766964 1 11 Total#of atomsCommentsAtom indexAtom classX,Y,and Z coordinates(

10、)Atom class indexConnectivity(atoms that it bonded to)资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值力场参数文件力场参数文件forcefield OPLS-AAvdwtype LENNARD-JONES /BUCKINGHAMradiusrule GEOMETRIC /ARITHMETICradiustype SIGMA /R_MINradiussize DIAMETER /RADIUS epsilonrule GEOMETRICtorsionunit 0.5vd

11、w-14-scale 2.0chg-14-scale 2.0dielectric 1.0资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值力场参数文件力场参数文件atom 1 1 CT RCH3 Alkane 6 12.000 4atom 2 1 CT R2CH2 Alkane 6 12.000 4atom 3 1 CT R3CH Alkane 6 12.000 4atom 4 1 CT CH4 Methane 6 12.000 4atom 5 1 CT R4C Alkane 6 12.000 4atom 6 2 HC

12、HR Alkane 1 1.008 1atom 7 3 CM R2C=C Alkene 6 12.000 3atom 8 3 CM RHC=C Alkene 6 12.000 3atom 9 3 CM H2C=C Alkene 6 12.000 3vdw 1 3.5000 0.0660vdw 2 2.5000 0.0300vdw 3 3.5500 0.0760vdw 4 2.4200 0.0300vdw 5 3.5500 0.0700vdw 6 2.4200 0.0300vdw 7 3.1200 0.1700vdw 8 0.0000 0.0000vdw 9 3.2500 0.0620charg

13、e 1 -0.1800charge 2 -0.1200charge 3 -0.0600charge 4 -0.2400charge 5 0.0000charge 6 0.0600charge 7 0.0000charge 8 -0.1150charge 9 -0.2300资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值力场参数文件力场参数文件bond 1 1 268.0 1.5290bond 1 2 340.0 1.0900bond 1 5 317.0 1.5100bond 1 7 320.0 1.4100bond 1

14、 9 268.0 1.5290angle 1 1 1 58.35 112.70angle 1 1 2 37.50 110.70angle 1 1 5 63.00 114.00angle 1 1 7 50.00 109.50angle 1 1 15 50.00 108.60torsion 1 1 1 1 1.300 0.0 1 -0.050 180.0 2 0.200 0.0 3torsion 1 1 1 2 0.300 0.0 3torsion 1 1 1 12 1.711 0.0 1 -0.500 180.0 2 0.663 0.0 3torsion 1 1 1 17 2.619 0.0 1

15、 -0.620 180.0 2 0.258 0.0 3torsion 1 1 1 21 -1.697 0.0 1 -0.456 180.0 2 0.585 0.0 3imptors 5 5 5 1 2.200 180.0 2imptors 5 5 5 6 2.200 180.0 2imptors 5 5 5 10 2.200 180.0 2imptors 5 43 5 6 2.200 180.0 2By convention,the third atom class of the four is the trigonal atom on which the improper torsion i

16、s centered.资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值.key 文件力场参数 （注意自定义力场）周期性边界条件a-axis 18.6216动力学积分、控制方法integrate verletrattle watertau-temperature 0.1部分体系的模拟控制active 1-9 13group 1,-9 13文件输出控制archiveprintout 100注意关键词的缺省机制！注意关键词的缺省机制！资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的

17、这部分资金就是原有资金的时间价值应用实例应用实例Ar 溶液的能量最小化 minimize利用一级序列构建多肽enkephalin protein晶体NaCl的模型构建及晶格优化 crystal xtalmin1-n-丁基-3-甲基咪唑啉的结构优化振动频率分析 newton vibrate资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值minimize交互式执行交互式执行1）直角坐标文件 argon.xyz(在同一路径下需要有同名的key文件，否则需要显式给出）2）收敛判据（RMS per atom）后台执行后台执行 m

18、inimize argon.run在 argon.run 文件中argon.xyz0.01资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值newton（推荐使用缺省值）交互式执行交互式执行1）直角坐标文件 argon.xyz(在同一路径下需要有同名的key文件，否则需要显式给出）2）方法选择（1）自动）自动（2）newton（3）TNCG （4）DTNCG3)矩阵预处理方法 Auto/None/Diag/Block/SSOR/ICCG 4）收敛判据资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的

19、推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值protein交互式执行交互式执行1）给定输出文件所用名字（最好与所用.key文件同名）2）输入对该文件的文字描述3）力场参数（输出文件与力场文件不同名，力场文件的全名，包括后缀）4）输入氨基酸残基（每行一个）an amino acid sequence with optional phi/psi/omega/chi angles,D/L chirality5）空行结束残基输入6）询问是否令构造的多肽环化资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值protein后

20、台执行后台执行proteinenkephalin.dat在 enkephalin.dat 文件中enkephalinMet-Enkephalin tyr -86 157 180 -165 87gly -165 79 180gly 64 -94 180phe -80 -30 180 180 80met -79 146 180 -66 -179 -179n资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值crystal xtalminNaCl 晶体的构建及优化1）由 salt.cell产生晶体格子坐标 salt.xyz 2

21、NaCl,Cubic Lattice,Space Group Fm3(-)m 1 Na+0.000000 0.000000 0.000000 1 2 Cl-0.500000 0.500000 0.500000 22)自定义力场 salt.key资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值salt.keyparameters nonespacegroup Fm3(-)ma-axis 5.628vdwtype LENNARD-JONESradiusrule GEOMETRICradiustype SIGMAradius

22、size DIAMETERepsilonrule GEOMETRICvdw-cutoff 50.0ewaldatom 1 Na+Na+Sodium Ion 11 22.990 0atom 2 Cl-Cl-Chloride Ion 17 35.453 0vdw 1 3.330445 0.002772vdw 2 4.41724 0.118charge 1 1.0charge 2 -1.0资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值crystal交互式执行（1）由结构基元的晶体（分数）坐标转换为直角坐标 输入 salt.

23、cell 选择 1（2）由直角坐标转换为单胞坐标 输入 salt.xyz 选择 4（3）由单胞坐标发展大块晶体坐标输入 salt.xyz 选择 5选择 三个方向的 重复单位 4 4 4资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值xtalmin晶格优化程序xtalmin输入晶胞（单个晶胞）坐标文件输入 RMS资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值 1-n-丁基丁基-3-甲基咪唑啉的结构优化甲基咪唑啉的结构优化和振动频率分析和振动频率分析力场的参数配分 newton 法优化vibrate 频率分析输入优化后的坐标文件输入欲考查的的振动模式序号其正则振动强度可以由 FFE 可视化观察。资金是运动的价值，资金的价值是随时间变化而变化的，是时间的函数，随时间的推移而增值，其增值的这部分资金就是原有资金的时间价值作业作业1.写出构建一立方盒子水分子的具体步骤（确保盒子中水的密度为1g/cm3)2.设计把一个分子的乙醇溶于水中（上述水盒子）的步骤。本次作业将在第二、三次上级实习课上实践完成。