第十一章-微生物的分类和鉴定课件.ppt
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1、第十一章第十一章 微生物的分类和鉴定微生物的分类和鉴定第一节第一节 微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位第二节第二节 微生物的分类和命名微生物的分类和命名第三节第三节 微生物分类鉴定的方法微生物分类鉴定的方法第四节第四节 微生物的分类系统微生物的分类系统第五节第五节 微生物的快速鉴定和自动化分析技术微生物的快速鉴定和自动化分析技术生物界的分类生物界的分类地球上的物种估计大约有地球上的物种估计大约有150150万,其中微生物万,其中微生物超过超过1010万种,而且其数目还在不断增加。万种,而且其数目还在不断增加。在生物进化历史过程中演化形在生物进化历史过程中演化形成生物种类和种群的多样性。成
2、生物种类和种群的多样性。生物分类就是通过研究生物的系统发育及其进化生物分类就是通过研究生物的系统发育及其进化历史,揭示各类生物的多样性及其系统关系,编历史,揭示各类生物的多样性及其系统关系,编制分类系统,还原生物的自然历史位置。制分类系统,还原生物的自然历史位置。高等动植分类高等动植分类化石资料、形态学、比较胚胎学化石资料、形态学、比较胚胎学较正确反映较正确反映其系统发育其系统发育微生物分类的难题:微生物分类的难题:绝大部分微生物个体小、形态简单、易受环境绝大部分微生物个体小、形态简单、易受环境影响而变异、缺少有性繁殖、缺乏化石资料。影响而变异、缺少有性繁殖、缺乏化石资料。生物分类的二种基本原
3、则生物分类的二种基本原则:a a)根据表型根据表型(pheneticphenetic)特征的相似程度分群归类,特征的相似程度分群归类,这种表型分类重在应用,不涉及生物进化或不以反这种表型分类重在应用,不涉及生物进化或不以反映生物亲缘关系为目标;映生物亲缘关系为目标;b b)按照生物系统发育相关性水平来分群归类,其目按照生物系统发育相关性水平来分群归类,其目标是探寻各种生物之间的进化关系,建立反映生物标是探寻各种生物之间的进化关系,建立反映生物系统发育的分类系统。系统发育的分类系统。从两界系统经历过三界从两界系统经历过三界系统、四界系统、五界系系统、四界系统、五界系统甚至六界系统,最后又统甚至六
4、界系统,最后又有了三原界(或三总界)有了三原界(或三总界)系统。(图系统。(图10102 2)传统的、为多数学者所传统的、为多数学者所接受的是接受的是19691969年魏塔克年魏塔克(R.H.WhittakerR.H.Whittaker)在)在ScienceScience上提出的五界上提出的五界学说。学说。一、生物的界级分类学说一、生物的界级分类学说第一节第一节 微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位利用16S rRNA建立分子进化树的美国科学家Carl Woese 二、三域学说的建立和发展二、三域学说的建立和发展(1)古生菌域(Archaea):包括产甲烷细菌、极端嗜盐菌和嗜热嗜酸菌等(2
5、)细菌域(Bacteria):包括蓝细菌和各种除古细菌以外的其它原核生物(3)真核生物域(Eukarya):包括原生生物、真菌、动物和植物 经典分类学:按微经典分类学:按微生物表型分类生物表型分类微生物系统学:按微生物系统学:按亲缘关系和进化规亲缘关系和进化规律分类律分类发展表型特征:形态学、生表型特征:形态学、生理生化学、生态学等,理生化学、生态学等,推断微生物的系统发育。推断微生物的系统发育。表型特征结合分子水平上比表型特征结合分子水平上比较微生物的基因型特征(如较微生物的基因型特征(如16S 16S rRNArRNA)探讨微生物进化、探讨微生物进化、系统发育和分类鉴定。系统发育和分类鉴定
6、。微生物分类学的三个任务:分类、鉴定及命名微生物分类学的三个任务:分类、鉴定及命名分类是根据微生物的相似性和亲缘关系,将微生物归入不同的分类是根据微生物的相似性和亲缘关系,将微生物归入不同的分类类群。分类类群。鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程。鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程。命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称。命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称。第二节第二节 微生物的分类和命名微生物的分类和命名以啤酒酵母为例,它在分类学上的地位是:以啤酒酵母为例,它在分类学上的地位是:界界(KindomKindom):真菌界真菌界 门门
7、(PhyllumPhyllum):真菌门真菌门 纲纲(Class)(Class):子囊菌纲子囊菌纲 目目(Order)(Order):内孢霉目内孢霉目 科科(Family)(Family):内孢霉科内孢霉科 属属(Genus)(Genus):酵母属酵母属 种种(Species)(Species):啤酒酵母啤酒酵母微生物的分类单位微生物的分类单位界、门、纲、目、科、属、种界、门、纲、目、科、属、种 种是最基本的分类单位种是最基本的分类单位 每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科.种(种(speciesspecies):):是一个是一个基本分类单位基本
8、分类单位;是一大群;是一大群表型表型特特征高度相似、征高度相似、亲缘关系亲缘关系极其接近,与同极其接近,与同属内属内其他种有明显其他种有明显差别的菌株的总称。差别的菌株的总称。菌株(菌株(strainstrain):表示任何由表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代(起源于共同祖先并保持祖而成的纯种群体及其一切后代(起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群)。因此,一种微生物的不同先特性的一组纯种后代菌群)。因此,一种微生物的不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。菌株强调的来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。菌株强调的是遗传型纯的谱系
9、。是遗传型纯的谱系。例如:大肠埃希氏杆菌的两个菌株:例如:大肠埃希氏杆菌的两个菌株:Escherichia coliEscherichia coli B B 和和 Escherichia coliEscherichia coli K12 K12菌株的表示法:菌株的表示法:种是分类学上的基本单位,菌株是实际上应用的基本单位,种是分类学上的基本单位,菌株是实际上应用的基本单位,因因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和差别!不同和差别!亚种亚种(subspeciessubspecies)或变种或变种(variety)(
10、variety):为种内的再分类。为种内的再分类。当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传形状,特征或遗传形状,而又不足以区分成新种时,可以将这些菌株细分成两个或更多的小的而又不足以区分成新种时,可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元分类单元亚种。亚种。变种是亚种的同义词,因变种是亚种的同义词,因“变种变种”一词易引起词义上的混淆,从一词易引起词义上的混淆,从19761976年后,不再使用变种一词。通常把实验室中所获得的变异型菌株,称年后,不再使用变种一词。通常把实验室中所获得的变异型菌株,称之为亚种。之为亚种。如:如:E.c
11、oliE.coli k12 k12(野生型)是不需要特殊氨基酸的,而实验室变异后,野生型)是不需要特殊氨基酸的,而实验室变异后,可从可从k12k12获得某氨基酸的缺陷型,此即称为获得某氨基酸的缺陷型,此即称为E.coliE.coli k12 k12的亚种。的亚种。型型(form)form):常指亚种以下的细分。当同种或同亚种内不同菌株之间的常指亚种以下的细分。当同种或同亚种内不同菌株之间的性状差异不足以分为新的亚种时,可以细分为不同的型。性状差异不足以分为新的亚种时,可以细分为不同的型。例如:按抗原特征的差异分为不同的血清型;例如:按抗原特征的差异分为不同的血清型;学名学名是微生物的科学名称,
12、它是按照有关微生物分类国际委员是微生物的科学名称,它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。学名的命名有双名法和三名法两种。双名法:双名法:学名学名=属名属名+种名种名+(首次定名人)(首次定名人)+现定名人现定名人+定名年份定名年份属名:拉丁文的名词或用作名词的形容词,单数,首字母大写,属名:拉丁文的名词或用作名词的形容词,单数,首字母大写,表示微生物的主要特征,由微生物构造,形状或由科学家命名。表示微生物的主要特征,由微生物构造,形状或由科学家命名。种名:拉丁
13、文形容词,字首小写,为微生物次要特征,种名:拉丁文形容词,字首小写,为微生物次要特征,如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。微生物的命名微生物的命名必要,用斜体表示必要,用斜体表示可省略,用正体字可省略,用正体字微生物的名字有俗名和学名两种。如:微生物的名字有俗名和学名两种。如:红色面包霉红色面包霉粗糙脉孢霉粗糙脉孢霉绿脓杆菌绿脓杆菌铜绿假单胞菌铜绿假单胞菌例:大肠埃希氏杆菌 Escherichia coli(Migula)Castellani et Chalmers 1919 金黄色葡萄球菌 Staphylococcus aureus Rosenba
14、ch 1884当泛指某一属微生物,而不特指该属中某一种(或未当泛指某一属微生物,而不特指该属中某一种(或未定种名)时,可在属名后加定种名)时,可在属名后加sp.sp.或或ssp.ssp.(分别代表分别代表speciesspecies 缩写的单数和复数形式)缩写的单数和复数形式)例如:例如:SaccharomycesSaccharomyces sp.sp.表示酵母菌属中的一个种。表示酵母菌属中的一个种。菌株名称菌株名称在种名后面自行加上数字、地名或符号等如:Bacillus subtilis AS1.389 AS=Academia Sinica Bacillus subtilis BF7658
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