1分子生物学改造.pptx
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1、在体外,通过碱基取代、插入或缺失的方法,使基因DNA序列中的某个特定碱基发生改变,从而改变蛋白质的结构,称为蛋白质工程。通过蛋白质工程,人们可以随心所欲地改变蛋白质的结构及其理化性质和生物学功能。例如,我们可以利用蛋白质工程改变酶的Km、Vmax,酶促反应的最适温度、最适pH值、酶促反应的特异性以及酶蛋白的稳定性等。蛋白质工程的主要技术之一是定点突变技术.第1页/共102页一、定点突变利用分子生物学技术,在体外通过碱基取代、插入或缺失可以使基因DNA序列中任何一个特定的碱基发生改变。这种体外特异性改变某个碱基的技术,称谓定点突变(sitedirectedmutagenesis)。定点突变具有简
2、单易行、重复性高等优点,现已发展成为基因操作的一种技术。这种技术不仅适用于基因结构与功能的研究,还可通过改变基因的密码子来改造天然蛋白质。第2页/共102页第3页/共102页二、基因定点突变的意义用于研究基因的结构与功能;通过改变基因的密码子来改造天然蛋白质,使其更符合人们的需要。如酶蛋白的改造以及新型疫苗或药物的开发。第4页/共102页如枯草杆菌蛋白酶之所以易被氧化失活,是由于催化部位的丝氨酸(Ser221)邻近的甲硫氨酸(Met222)易被氧化成硫氢化物,若以其他氨基酸取代Met222,则可提高酶的氧化稳定性而又不影响其催化活性。这是结构分析和定点突变改造蛋白质的成功范例。第5页/共102
3、页枯草杆菌蛋白酶可作为洗涤剂的添加剂,但由于其只能水解苯丙氨酸(Phe)羧基所形成的肽键,底物作用范围过窄而限制了洗涤剂的高效性,若用带正电荷的赖氨酸(Lys)取代位于活性中心166位的甘氨酸(Gly),所获得的突变酶不仅能水解苯丙氨酸(Phe)羧基所形成的肽键,而且可以水解酸性氨基酸谷氨酸(Glu)所形成的肽键,使其底物作用范围拓宽,因而可能成为最高效的洗涤剂添加酶,这是定点突变改变蛋白质生物学活性的成功例子。第6页/共102页加入二硫键增加蛋白质的稳定性蛋白质分子中两个半胱氨酸残基上的巯基(SH)之间氧化脱氢即形成二硫键()。二硫键的数量与蛋白质的稳定性有关,增加蛋白质分子中的二硫键,可提
4、高蛋白质分子的热稳定性、有机溶剂稳定性和酸碱稳定性。在一项研究中,通过寡核苷酸定点突变构建了T4溶菌酶的六种变异体,比较了它们的活性.第7页/共102页T4溶菌酶和6种设计的变体特性酶氨基酸的位置二硫键的数目相对活性Tm39215497142164(%)()wtIleIleThrCysCysThrLeu010041.9pwtIleIleThrThrAlaThrLeu010041.9ACysIleThrThrCysThrLeu19646.7BIleCysThrThrAlaThrCys110648.3CIleIleCysThrAlaCysLeu1052.9DCysCysThrThrCysThrCy
5、s29557.6EIleCysCysThrAlaCysCys2058.9FCysCysCysThrCysCysCys3065.9wt:野生型T4溶菌酶;pwt:假野生型酶;AF:六种设计的半胱氨酸变体;Tm:熔点温度第8页/共102页将Asn和Gln转换成其他氨基酸当蛋白质暴露于高温时:天冬酰胺(Asn)天冬氨酸(Asp)+NH3谷氨酰胺(Gln)谷氨酸(Glu)+NH3导致肽链折叠的局部的改变,可能影响其活性。如酵母的丙糖磷酸异构酶是由两个相同的亚基组成的二聚体,每个亚基都含有两个Asn残基,均位于两个亚基相互接触的表面上,可能与该酶的热稳定性有关。若将两个Asn全部换成Asp,则变体酶即使
6、在常温下也不稳定,而且酶活性也大为降低;而将2个Asn分别换为苏氨酸(Thr)和异亮氨酸(Ile),其半衰期则延长。第9页/共102页酵母菌磷酸丙糖异构酶及其变体的热稳定性氨基酸位点酶1478半衰期(min)野生型AsnAsn13变体AAsnThr17变体BAsnIle16变体CThrIle25变体DAspAsn11酶的稳定性以在100时半衰期或者失活率来表示。半衰期越长酶越稳定第10页/共102页减少游离Cys残基的数目在利用DNA重组技术表达外源基因时,常常会遇到这种情况:外源蛋白的表达量很大,但其生物活性却很低,即外源蛋白的比活性很低。利用蛋白质工程技术减少游离的半胱氨酸(Cys)残基数
7、目,以减少蛋白错误折叠的可能性,从而可以提高蛋白质的生物活性。第11页/共102页例如:当人-干扰素基因(-IFN)在大肠杆菌中表达时,尽管其表达量很高,但其比活性只及天然蛋白质的10%。DNA序列分析显示,-IFN所编码的蛋白质有三个Cys残基,其中2个形成分子内二硫键,而另一个游离的Cys可能涉及到-IFN分子间二硫键的形成,导致二聚体的产生,使单聚体含量减少,活性降底。将-IFN分子中的游离Cys残基用Ser来取代,因为Cys与Ser分子结构相似,前者有一个S原子,而后者是一个O原子,减少了二聚体的形成,提高了活性蛋白质的得率。第12页/共102页增加酶的活性用定点突变技术不仅可以提高蛋
8、白质的稳定性,还可以提高酶的活性。要改变酶的活性,需要一个详细描述了酶的活性位点的图谱。有了这样的资料,研究者们即可推测酶与底物的亲和程度,并利用定点突变技术对蛋白质进行改造,提高酶的活性。第13页/共102页天然和突变酪氨酰-tRNA合成酶活性酶Kcat(s-1)Km(mmol/L)Kcat/Km(s-1mol-1)Thr-514.72.51.860Ala-514.01.23.200Pro-511.80.01995.800第14页/共102页改变酶的特异性突变葡萄球菌核酸酶与含-SH寡核苷酸结合示意图第15页/共102页三、定点突变原理第16页/共102页第17页/共102页(一)M13DN
9、A寡核苷酸突变基因工程中,噬菌体是一种常用的基因载体,其中又以M13M13和为最常用。M13噬菌体是一种环形DNA,基因组大小为6.4kb,在颗粒中包装的仅是正链的DNA,有时也称为感染型单链DNA(singlestrandedDNA,ssDNA)。当感染型单链M13噬菌体感染大肠杆菌后,在菌体内借助宿主的酶系统先把ssDNA复制为双链(dsDNA),称为复制型(replicationform,RF)M13(RF-M13)。广泛用于DNA序列分析和噬菌体表面展示系统(phagedisplay)和单链核酸的制备。四、定点突变的常用方法第18页/共102页1.基本原理再使用化学合成的含有突变碱基的
10、寡核苷酸短片段作引物,启动M13单链DNA分子进行复制,随后这段寡核苷酸引物便成为新合成的DNA子链的一个组成部分。因此所产生的新链便具有已发生突变的碱基序列,将其转入细胞后,经过不断复制,即可获得突变的DNA分子,再经表达即可获得改造后蛋白质.为了使目的基因的特定位点发生突变,所设计的寡核苷酸引物的序列除了所需的突变碱基外,其余的则与目的基因编码链的特定区段完全互补。第19页/共102页2.突变过程1)合成含有目的基因的正链DNA;2)合成含有特殊突变碱基的引物;3)制备异源双链DNA;4)富集和转化双链DNA分子;5)筛选突变体并鉴定第20页/共102页(二)Kunkel定点突变法体外DN
11、A合成往往是不完全的,所以部分合成的DNA分子必须通过蔗糖密度梯度离心除去,获得纯化的突变DNA。理论上来说,DNA是半保留复制的,应用寡核苷酸定点突变时,所形成的噬菌体中携带突变基因的应为一半。但实际上,由于技术上的原因通常只有1-5%的噬菌斑含有突变基因的噬菌体。第21页/共102页具体步骤:具体步骤:将待突变的基因克隆入将待突变的基因克隆入M13 DNA载体上,导入具有载体上,导入具有dUTP酶酶(dut)和)和N-尿嘧啶脱糖苷酶尿嘧啶脱糖苷酶(ung)双缺陷的大肠杆菌)双缺陷的大肠杆菌(dut-,ung-)菌株)菌株中。中。Dut缺陷缺陷导致细胞内导致细胞内dUTP水平水平上升上升,并
12、在,并在DNA复制时,部分复制时,部分取代取代dTTP进入进入DNA新生链中。新生链中。又由于又由于ung缺陷缺陷使掺入使掺入DNA的的dUTP残基不能除去残基不能除去。由这种大。由这种大肠杆菌菌株产生的肠杆菌菌株产生的M13单链单链DNA大约有大约有1%的的T被被U所取代所取代,然后进行然后进行DNA定点突变。定点突变。双链双链DNA导入正常的大肠杆菌导入正常的大肠杆菌中,其尿嘧啶中,其尿嘧啶N-糖基化酶除去糖基化酶除去DNA链上的尿嘧啶碱基。链上的尿嘧啶碱基。结果原来的结果原来的M13模板链被降解,模板链被降解,只有突变链因不含只有突变链因不含U,被保留下,被保留下来。这种方法产生的来。这
13、种方法产生的M13噬菌体噬菌体中含有突变中含有突变DNA的比例大大增的比例大大增加。加。第22页/共102页(三)PCR定点突变PolymeraseChainReaction(PCR)是一种体外酶促合成特定DNA片断的技术,是根据人类的需要对复杂生命过程的一种简单化的模拟。PCR技术的原理是DNA半保留复制。首创。第23页/共102页PCR进行寡核苷酸定点突变的示意图 第24页/共102页1 1、重叠延伸、重叠延伸PCR PCR(OE-PCROE-PCR)首先设计两个首先设计两个PCRPCR反应以产生两个含突变位点的反应以产生两个含突变位点的DNADNA片段,随后将上述两片段,随后将上述两个个
14、PCRPCR产物混合,二者通过产物混合,二者通过末端互补区结合末端互补区结合并在适宜的温度下并在适宜的温度下互为引物延伸互为引物延伸得到完整的含突变的基因,对第一次得到完整的含突变的基因,对第一次PCRPCR产物进行纯化处理可显著提高突变产物进行纯化处理可显著提高突变效率效率第25页/共102页第26页/共102页2 2、大引物、大引物PCRPCR法法(megaprimer PCR megaprimer PCR)先设置一个先设置一个PCRPCR反应产生一个含突变的反应产生一个含突变的DNADNA片段,然后再以此片段,然后再以此DNADNA片段作为引物与片段作为引物与原模板退火进行原模板退火进行
15、PCRPCR扩增得到含突变的完整的基因。因为作为引物使用的扩增得到含突变的完整的基因。因为作为引物使用的DNADNA片段较片段较通常的引物要大许多甚至有上百碱基,所以命名为大引物通常的引物要大许多甚至有上百碱基,所以命名为大引物PCRPCR法。法。第27页/共102页大引物大引物PCR PCR 定点突变技术路线定点突变技术路线(圆点指突变位点)第28页/共102页3 3、环状突变、环状突变 PCR PCR 法法定义:以整个带有目的基因的质粒为模板,用突变定义:以整个带有目的基因的质粒为模板,用突变剂进行扩增,最后产生环状的带有目的突变的质剂进行扩增,最后产生环状的带有目的突变的质粒。粒。方法:
16、方法:两个引物反向、紧邻但没有重叠区,扩增产物是两个引物反向、紧邻但没有重叠区,扩增产物是平末端的线性平末端的线性DNADNA,需用,需用T4T4连接酶环化处理。连接酶环化处理。以以StratageneStratagene公司开发的定点突变试剂盒为代表,公司开发的定点突变试剂盒为代表,两个引物也是反向的并且其两个引物也是反向的并且其5 5端有端有l5l5个碱基以上个碱基以上的重叠区,扩增产物为带黏性末端的线性的重叠区,扩增产物为带黏性末端的线性DNADNA,可,可自行环化。自行环化。第29页/共102页环状突变环状突变 PCR PCR 法法第30页/共102页环状突变环状突变 PCR PCR
17、法法第31页/共102页第32页/共102页第33页/共102页第34页/共102页通过特殊氨基酸的改变提高蛋白的稳定性 例:例:葡萄糖异构酶葡萄糖异构酶(Glucose isomeraseGlucose isomerase)用双引物法对葡萄糖异构酶基因进行了体外定点用双引物法对葡萄糖异构酶基因进行了体外定点诱变,以诱变,以Pro138Pro138替代替代Gly138Gly138,在酶比活相近的情况下,在酶比活相近的情况下,突变型葡萄糖异构酶的突变型葡萄糖异构酶的热半衰期比野生型长一倍热半衰期比野生型长一倍,最最适反应温度提高适反应温度提高10121012 C C。据分析,可能由于据分析,可能
18、由于Pro138Pro138替代替代Gly138Gly138引入的一个引入的一个吡咯环刚好能够填充吡咯环刚好能够填充Gly138Gly138附近的空洞,使突变蛋白附近的空洞,使突变蛋白的空间结构更具刚性,从而提高了酶的热稳定性。的空间结构更具刚性,从而提高了酶的热稳定性。第35页/共102页通过引入二硫键提高蛋白的稳定性 蛋白质分子中两个半胱氨酸的巯基之间氧化脱氢即形成二硫键。二硫键的数量与蛋白质的稳定性有关,增加蛋白质分子中的二硫键,可以提高蛋白质分子的热稳定性、有机溶剂稳定性和酸碱稳定性。第36页/共102页通过改变活性中心附近的氨基酸提高酶的催化活性应用举例:大肠杆菌碱性磷酸酶应用举例:
19、大肠杆菌碱性磷酸酶第37页/共102页E.coli Alkaline phosphatase:Mutation of D101SMutation of D101S Wild Type D101SAsp101Ser101第38页/共102页二、编码基因二、编码基因随机随机突变和重组突变和重组q易错易错PCR(Error prone PCR)qDNA改组(改组(DNA shuffling)第39页/共102页v易错PCR(error-pronePCR)是指通过改变PCR反应条件来调整PCR反应中突变的频率,降低聚合酶固有的突变序列倾向性,提高突变谱的多样性,使得错误碱基随机地以一定的频率掺入到扩增
20、的基因中,从而得到随机突变的DNA群体,最后用合适的载体克隆突变基因。v连续易错PCR(sequentialerrorpronePCR)策略。即将一次PCR扩增得到的有用突变基因作为下一次PCR扩增的模板,连续反复地进行随机诱变。第40页/共102页方法:l增加MgCl2浓度到7mM,稳定非互补的碱基配对l增加聚合酶量到5U,促使在错配碱基处继续延伸反应l降低一种dNTP的量(降至1-10).在缺乏正确核苷酸时,聚合酶经短暂停留后,会插入另外3种可用核苷酸的一种l加入次黄嘌呤dITP来代替被减少的dNTP,能与C、T、A配对l缓冲液中另加0.5mmol/L MnCl2,Mn2+能降低聚合酶对模
21、板的特异性l增加dCTP和dTTP的浓度到1mM,促进错误掺入l使用突变DNA聚合酶如Mutazyme GCAT第41页/共102页易错PCR(epPCR)第42页/共102页DNA改组(DNA Shuffling)又称DNA“洗牌”,或DNA体外随机拼接技术,它依赖PCR,又不完全等同于传统的PCR技术,所以,DNA体外随机拼接又称为有性PCR。指DNA分子的体外重组,是基因在分子水平上进行有性重组(Sexual Recombination)。通过改变单个基因(或基因家族,gene family)原有的核苷酸序列,创造新基因,并赋予表达产物以新功能。第43页/共102页DNA shuffli
22、ng体外基因突变一般过程如下(1)获得目的基因:选择一组分别具有一系列所需性状的基因序列作为重组的亲本,亲本之间有序列同源性(60%).亲本可以是经随机诱变得到的一组有益突变体,或天然存在的基因家族.常用的有两种方法。n为了增加突变率采用PCR扩增目的基因回收n为了增强保真性,可以采取抽提含有目的基因的质粒,通过酶切回收。第44页/共102页(2)基因酶切回收:采用DNase I消化基因DNA得到10-50 bps或100-300 bps的片段,酶切过程中用Mn2+能提高保真性3倍左右。(3)无引物PCR:切割的DNA片段通过相互间的同源随机互补并互为引物,经PCR扩增,获得大量随机组合的新D
23、NA突变体.为确保得到高保真性的片段,应在较高的温度下复性。同标准PCR,先对dsDNA进行热变性,退火时单链片段与足够长度互补序列的其它单链配对,形成3或5突出端,聚合酶延伸3凹端.反复循环,随着循环数增加,片段的平均长度也增加,最后达到DNA亲本序列的原始长度.第45页/共102页(4)有引物PCR:将无引物PCR产物作适当稀释,作为模板进行PCR,加入特定两侧引物进行最后的PCR扩增,便可获得全长基因的PCR产物。(5)目的突变基因的获得:回收目的片段克隆到载体上,转化选择所需的突变了的目的基因。如筛选抗性基因、高酶活基因等第46页/共102页DNase处理无引物PCR 片段重装配335
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- 分子生物学 改造
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