生物系统学原理与方法_第1讲.ppt
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1、生物系统学原理与方法生物系统学原理与方法参考书目参考书目郑作新等译郑作新等译 1965 1965 动物分类学的方法和原理。科学出版社,北动物分类学的方法和原理。科学出版社,北京。京。郑乐怡郑乐怡 1987 1987 动物分类原理与方法。高等教育出版社,北京。动物分类原理与方法。高等教育出版社,北京。朱弘复朱弘复 1987 1987 动物分类学理论基础。上海科学技术出版社,上动物分类学理论基础。上海科学技术出版社,上海海赵铁桥赵铁桥 1995 1995 系统生物学的概念和方法。科学出版社,北京。系统生物学的概念和方法。科学出版社,北京。Mayr,E.&P.O.Ashlock.1991.Princ
2、iplesofSystematicZoology.MacGraw-Hill,NewYork.Schuh,R.T.2000.BiologicalSystematics:PrinciplesandApplications.CornellUniversityPress,NewYork.Wiley,E.O.1981.Phylogenetics.Thetheoryandpracticeofphylogeneticsystematics.Wiley,NewYork.第一章第一章 生物系统学简介生物系统学简介 概述概述 生物系统是自然界最复杂的系统。无论从分子到生生物系统是自然界最复杂的系统。无论从分子到生
3、物圈任何一个层次水平,都充满了悬念和难题。研究这物圈任何一个层次水平,都充满了悬念和难题。研究这样一个复杂系统,需要对纷繁多样的生物现象进行深层样一个复杂系统,需要对纷繁多样的生物现象进行深层次的认知,而这样的认知次的认知,而这样的认知首先基于对千姿百态的生物物首先基于对千姿百态的生物物种的有序研究,即对生物物种进行调查、鉴别、命名、种的有序研究,即对生物物种进行调查、鉴别、命名、归类、描述并探讨它们之间的相互关系和历史渊源。归类、描述并探讨它们之间的相互关系和历史渊源。生物系统学就是专门从事这方面研究的学科。因此,生物系统学就是专门从事这方面研究的学科。因此,生物系统学是生物学最基础的支撑学
4、科之一,是人类认生物系统学是生物学最基础的支撑学科之一,是人类认识自然、了解自然、合理开发和利用自然资源的基础和识自然、了解自然、合理开发和利用自然资源的基础和开端。开端。人类对自然界的认识首先是对生物、自然现象等的人类对自然界的认识首先是对生物、自然现象等的认识,对自然的利用也是如此。因此,生物系统学研究认识,对自然的利用也是如此。因此,生物系统学研究是人类一切生产实践、理论研究的基础和支柱之一。是人类一切生产实践、理论研究的基础和支柱之一。第一章第一章 生物系统学简介生物系统学简介 一、生物系统学的定义一、生物系统学的定义 生物系统学生物系统学是关于生物物种多样性及物种之间是关于生物物种多
5、样性及物种之间相互关系的科学。它系统地研究生物、生物的相互关系的科学。它系统地研究生物、生物的层次系统,其研究结果是生物的分类系统,它层次系统,其研究结果是生物的分类系统,它是研究生物学其他问题的基础。它既古老又年是研究生物学其他问题的基础。它既古老又年轻,新的概念、观点和方法层出不穷。它任重轻,新的概念、观点和方法层出不穷。它任重而道远,其任务不是几代人就能完成。而道远,其任务不是几代人就能完成。名词:名词:系统学系统学SystematicsSystematics、生物系统学生物系统学BiosystematicsBiosystematics、分类学分类学TaxonomyTaxonomy(重点
6、是分类研究的过(重点是分类研究的过程)、程)、分类(系统)分类(系统)ClassificationClassification(分门别(分门别类的高级分类系统)。类的高级分类系统)。第一章第一章 生物系统学简介生物系统学简介 一、生物系统学的定义一、生物系统学的定义研究对象:研究对象:物种,以及与物种相关的分类单元(属、物种,以及与物种相关的分类单元(属、科、目、科、目、)研究内容研究内容:物种多样性和物种间的相互关系:物种多样性和物种间的相互关系生物的多样性:研究、利用与保护生物的多样性:研究、利用与保护生物多样性(生物多样性(biodiversity)生物多样性生物多样性(biodiver
7、sity)一般指各种生命形式的资源,是一般指各种生命形式的资源,是生物及其与环境形成的生态复合体以及与此相关的各种生态过生物及其与环境形成的生态复合体以及与此相关的各种生态过程的总和。或称为程的总和。或称为“生命有机体及其赖以生存的生态综合体的生命有机体及其赖以生存的生态综合体的多样化多样化(variety)和变异性和变异性(variability)。按此定义,生物多按此定义,生物多样性是指生命形式的多样化样性是指生命形式的多样化(从类病毒、病毒、细菌、支原体、从类病毒、病毒、细菌、支原体、真菌到动物界与植物界真菌到动物界与植物界),各种生命形式之间及其与环境之间的,各种生命形式之间及其与环境
8、之间的多种相互作用,以及各种生物群落、生态系统及其生境与生态多种相互作用,以及各种生物群落、生态系统及其生境与生态过程的复杂性。过程的复杂性。一般讲,生物多样性可以从一般讲,生物多样性可以从3个层次上去描述,即遗传多样性、个层次上去描述,即遗传多样性、物种多样性、生态系统与景观多样性。物种多样性、生态系统与景观多样性。1.遗传多样性遗传多样性 遗传多样性遗传多样性(genetic diversity)是指所有生物个体是指所有生物个体中所包含的各种遗传物质和遗传信息的总和,既包括中所包含的各种遗传物质和遗传信息的总和,既包括了同一种的不同种群的基因变异,也包括了同一种群了同一种的不同种群的基因变
9、异,也包括了同一种群内的基因差异。遗传多样性对任何物种维持和繁衍其内的基因差异。遗传多样性对任何物种维持和繁衍其生命、适应环境、抵抗不良环境与灾害都是十分必要生命、适应环境、抵抗不良环境与灾害都是十分必要的。在现代农业育种中,作物、家畜与水产动物的遗的。在现代农业育种中,作物、家畜与水产动物的遗传多样性更具特殊意义。传多样性更具特殊意义。复杂的生存环境和多种生物起源是造成遗传多样性复杂的生存环境和多种生物起源是造成遗传多样性的主要原因。人们估计世界上的生物大约存在的主要原因。人们估计世界上的生物大约存在109种种不同的基因,这些基因对于遗传多样性的作用不同。不同的基因,这些基因对于遗传多样性的
10、作用不同。其中控制生命基础的生化过程之基因在不同种间的差其中控制生命基础的生化过程之基因在不同种间的差异并不大,而其他一些特殊的基因则表现出明显的变异并不大,而其他一些特殊的基因则表现出明显的变异。异。2.2.物种多样性物种多样性 物种多样性物种多样性(species diversity)是指多种多样的生物类是指多种多样的生物类型及种类,强调物种的变异性,简单地说是指某一地区型及种类,强调物种的变异性,简单地说是指某一地区分化的物种的总和。物种多样性代表着物种演化的空间分化的物种的总和。物种多样性代表着物种演化的空间范围和对特定环境的生态适应性,是进化机制的最主要范围和对特定环境的生态适应性,
11、是进化机制的最主要产物,所以物种被认为是最适合研究生物多样性的生命产物,所以物种被认为是最适合研究生物多样性的生命层次,也是相对研究最多的层次。从全球角度来看,已层次,也是相对研究最多的层次。从全球角度来看,已被描述的物种约有被描述的物种约有170万个,而实际存在的物种还要多,万个,而实际存在的物种还要多,一般可能有一般可能有1000万(万(1亿亿?)。)。主要类群已定名的种类主要类群已定名的种类已描记的种类已描记的种类估计尚待描记的种类估计尚待描记的种类 有机体有机体140180万万1000万万1亿亿 病毒病毒5,0005000,000 细菌细菌4,000400,0003百万百万 真菌真菌7
12、0,0001.01.5百万百万 原生动物原生动物40,000100,000200,000 藻类藻类40,000200,00010百万百万 植物植物250,000300,000500,000 脊椎动物脊椎动物45,00050,000 蛔虫蛔虫15,000500,0001.0百万百万 软体动物软体动物70,000200,000 甲壳动物甲壳动物40,000150,000 蜘蛛、螨类蜘蛛、螨类75,000750,0001.0百万百万 昆虫昆虫950,0008100百万百万3.生态系统多样性生态系统多样性 生态系统多样性生态系统多样性(ecosystem diversity)是指生态系统中是指生态系统
13、中生境类型、生物群落和生态过程的多样化。生态系统由包生境类型、生物群落和生态过程的多样化。生态系统由包括动物、植物和微生物在内的生物群落及其生境括动物、植物和微生物在内的生物群落及其生境(包括光、包括光、温度、水、空气、土壤等等温度、水、空气、土壤等等)所组成,系统内各个组分间存所组成,系统内各个组分间存在着复杂的相互关系和多样化。生态过程是指生态系统的在着复杂的相互关系和多样化。生态过程是指生态系统的组成、结构和功能随时间的变化,以及生态系统的生物组组成、结构和功能随时间的变化,以及生态系统的生物组分之间及其与环境之间的相互作用,包括能量流动、水分分之间及其与环境之间的相互作用,包括能量流动
14、、水分循环、养分循环、生物之间的相互关系循环、养分循环、生物之间的相互关系(如竞争、捕食、共如竞争、捕食、共生等生等)。与遗传多样性和物种多样性相比,定义和测定生态。与遗传多样性和物种多样性相比,定义和测定生态系统多样性是比较困难的。这是由于生态系统是动态的,系统多样性是比较困难的。这是由于生态系统是动态的,而且生物群落和生态系统的界限常常难以确定所致。而且生物群落和生态系统的界限常常难以确定所致。生物多样性的利用、保护、丧失生物多样性的利用、保护、丧失生物多样性的丧失:生物多样性的丧失:全球生物多样性正在以超出自然全球生物多样性正在以超出自然灭绝率灭绝率1000倍的速度丧失,倍的速度丧失,物
15、种、基因、资源、物种、基因、资源、丧失!特别是许多物种在未被描记、在未对其潜在丧失!特别是许多物种在未被描记、在未对其潜在作用及经济意义认识之前即已灭绝!作用及经济意义认识之前即已灭绝!因此生物多样性研究特别重要,已经引起广泛关注。因此生物多样性研究特别重要,已经引起广泛关注。与灭绝竞赛。与灭绝竞赛。第一章第一章 生物系统学简介生物系统学简介(一)生物系统学的定义(一)生物系统学的定义生物系统学(SystematicsorBiosystematics)源于拉丁化的源于拉丁化的希腊字希腊字systemasystema,为著名的瑞典博物学家林奈为著名的瑞典博物学家林奈CarolusLinnaeus
16、最早使用。最早使用。内容:内容:种类鉴定与分类、系统发育种类鉴定与分类、系统发育关系、乃至生物地理。关系、乃至生物地理。生物分类学(狭义):生物分类学(狭义):Taxonomy内容:种类鉴定与分类内容:种类鉴定与分类“Systematicsisthescientificstudyofthekindsanddiversityoforganismsandofanyandallrelationshipsamongthem(Simpson1961)”.两个问题:生物种类的多样性、生物之两个问题:生物种类的多样性、生物之间关系的多样性。是关于生物物种多样性及物种间相互间关系的多样性。是关于生物物种多样性
17、及物种间相互关系的科学。关系的科学。分类思想、分类实践源远流长;起源于动物的认知(对自然分类思想、分类实践源远流长;起源于动物的认知(对自然界、周围事物的辨认);许多动物具有分类的技能。界、周围事物的辨认);许多动物具有分类的技能。生物系统学(分类学)作为一门正式的科学,诞生于生物系统学(分类学)作为一门正式的科学,诞生于17581758年,年,以林奈的以林奈的自然系统自然系统SystemaNaturae第十版的正式出版第十版的正式出版及及双名法双名法的产生为标志,是一门历史悠久(的产生为标志,是一门历史悠久(250250年)的基年)的基础学科。础学科。第一章第一章 生物系统学简介生物系统学简
18、介(二二)生物系统学的研究生物系统学的研究内容内容1.1.研究、区分和确定自研究、区分和确定自然界中的各个物种,然界中的各个物种,予以命名、描述,提予以命名、描述,提供正确认识和辨别物供正确认识和辨别物种的知识和资料。种的知识和资料。鉴定鉴定IdentificationIdentification第一章第一章 生物系统学简介生物系统学简介(二二)生物系统学的研究内容生物系统学的研究内容2.2.探寻物种或物类之间的亲缘关系,追溯探寻物种或物类之间的亲缘关系,追溯其进化过程。其进化过程。系统发育系统发育Phylogeny Phylogeny 根据物种之间的系统发育(亲缘、血缘)根据物种之间的系统发
19、育(亲缘、血缘)关系,确定所属的分类阶元层次,制定各关系,确定所属的分类阶元层次,制定各个物类的分类系统(个物类的分类系统(ClassificationClassification)。)。分类分类(classification)是对生物分类单元的一种是对生物分类单元的一种类群中又有类群的组织方式。这种组织方式可以类群中又有类群的组织方式。这种组织方式可以用多种方法表示。大多数分类采用林奈阶层系统用多种方法表示。大多数分类采用林奈阶层系统的形式,并用林奈分类位阶(门、科、属等等)的形式,并用林奈分类位阶(门、科、属等等)表示类群及亚类群(表示类群及亚类群(subgroup)的相对地位。分的相对地
20、位。分类也可以用树状图或者类也可以用树状图或者Venn图来表示。图来表示。第一章第一章 生物系统学简介生物系统学简介(二二)生物系统学的研究内容生物系统学的研究内容3.3.探讨物种及物类在空间上的进化历史与过探讨物种及物类在空间上的进化历史与过程程 生物地理学生物地理学BiogeographyBiogeography开展生物系统学研究必须具备的基本条件开展生物系统学研究必须具备的基本条件1.生物标本:采集、标本馆(博物馆);生物标本:采集、标本馆(博物馆);2.分类文献:收集(交换、复制)、图书馆、网络;分类文献:收集(交换、复制)、图书馆、网络;3.仪器设备:显微镜、解剖镜、电子显微镜(扫描
21、仪器设备:显微镜、解剖镜、电子显微镜(扫描SEM、透射透射TEM、计算机、计算机、;分子学研究仪器(;分子学研究仪器(PCR仪、仪、);4.分类学工作者(我们自己):兴趣、分类知识、原理、分类学工作者(我们自己):兴趣、分类知识、原理、方法。方法。第一章第一章 生物系统学简介生物系统学简介 二、生物系统学的科学意义二、生物系统学的科学意义(一)生物系统学是研究物种多样性的科学(一)生物系统学是研究物种多样性的科学 生物多样性是一个涉及基因、物种和生态系统三生物多样性是一个涉及基因、物种和生态系统三个不同层次的涵盖非常广泛的概念。生物系统学仅在物个不同层次的涵盖非常广泛的概念。生物系统学仅在物种
22、水平研究生物多样性,用一种更易掌握和表达的形式种水平研究生物多样性,用一种更易掌握和表达的形式生物等级系统生物等级系统biotic hierarchy表达与物种相关的表达与物种相关的生物多样性知识。生物多样性知识。生物系统学以物种和与物种相关的分类单元为对生物系统学以物种和与物种相关的分类单元为对象,研究生物的形式、结构和功能多样性。因此,物种象,研究生物的形式、结构和功能多样性。因此,物种水平上的生物多样性研究,即生物系统学将为基因和生水平上的生物多样性研究,即生物系统学将为基因和生态水平上的生物多样性研究提供有序的研究基础。态水平上的生物多样性研究提供有序的研究基础。阶层分类 第一章第一章
23、 生物系统学简介生物系统学简介 二、生物系统学的科学意义二、生物系统学的科学意义 反差:反差:巨大的生物物种数量,缓慢的系统分类巨大的生物物种数量,缓慢的系统分类工作。工作。人为活动的破坏,生物物种数量的锐减,人为活动的破坏,生物物种数量的锐减,生物系统学工作的滞后。生物系统学工作的滞后。任务:任务:生物系统学研究的艰巨性和紧迫性生物系统学研究的艰巨性和紧迫性第一章第一章 生物系统学简介生物系统学简介 二、生物系统学的科学意义二、生物系统学的科学意义(二)生物系统学是研究物种相互关系的科学(二)生物系统学是研究物种相互关系的科学是生物学其他学科分支学科的基础是生物学其他学科分支学科的基础基本任
24、务基本任务:生物物种分类;物种间的相互关系:生物物种分类;物种间的相互关系物种之间的关系物种之间的关系:历史关系与现行关系:历史关系与现行关系现行关系:现行关系:指生物物种之间性状分布的异同规律(性指生物物种之间性状分布的异同规律(性状分布格局)、现代空间分布格局、物种在行为、生状分布格局)、现代空间分布格局、物种在行为、生态学方面的广泛联系,这方面包括广义的生物物种之态学方面的广泛联系,这方面包括广义的生物物种之间所有的生物学关系。间所有的生物学关系。第一章第一章 生物系统学简介生物系统学简介 二、生物系统学的科学意义二、生物系统学的科学意义历史关系:历史关系:物种在漫长的历史长河中进化而来
25、的谱系物种在漫长的历史长河中进化而来的谱系(亲缘(亲缘affinity、谱系、谱系genelogy?)关系,具有广义的)关系,具有广义的系统发育系统发育phylogeny关系。关系。生物系统学对物种建立的分类系统力图能反映生物系统学对物种建立的分类系统力图能反映物种之间的谱系关系,将这种关系以各种科学的方式物种之间的谱系关系,将这种关系以各种科学的方式表现出来。特征:形态的、行为的、生理的、表现出来。特征:形态的、行为的、生理的、分子系统学的兴起:在对物种历史关系的研究中,分子系统学的兴起:在对物种历史关系的研究中,分子生物学家与生物系统学家一道从不同的角度研究分子生物学家与生物系统学家一道从
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- 生物 系统学 原理 方法
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