药物设计的基本原理和方法精选PPT.ppt
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1、关于药物设计的基本原理关于药物设计的基本原理和方法和方法第1页,讲稿共119张,创作于星期三新药创制新药创制安全性安全性安全性安全性有效性有效性稳定性稳定性稳定性稳定性可控性可控性可控性可控性药物分子设计药物分子设计是新药创制是新药创制主要途径和手段化学结构是创制新药的起始点、主要点起始点、主要点引言引言(IntroductionIntroduction)设计和和发现新新药为创制新制新药提供基提供基础研究是研究是药物化学的根物化学的根本任本任务第2页,讲稿共119张,创作于星期三药物分子设计药物分子设计(Molecular drug designMolecular drug design)l药
2、物分子设计是指通过科学的构思和理论的规划,构建具有预期药理活性的新化学实体(new chemistry entities,NCE)的分子操作。第3页,讲稿共119张,创作于星期三新药分子设计的四要素新药分子设计的四要素 l(一)药物作用靶点的确定l(二)活性评价系统的建立l(三)先导化合物的发现l(四)先导化合物的优化 药物化学内容药物化学内容药理学范畴药理学范畴第4页,讲稿共119张,创作于星期三17 MARCH 2000 VOL 287 SCIENCE,1960治疗药物的作用靶点治疗药物的作用靶点治疗药物的作用靶点总数治疗药物的作用靶点总数483483第5页,讲稿共119张,创作于星期三药
3、 物 靶 点l据估计人类基因组计划为我们提供了大量潜在据估计人类基因组计划为我们提供了大量潜在的的蛋白质药物靶标,其中至少有蛋白质药物靶标,其中至少有1万个万个可以作可以作为寻找新药的靶标。为寻找新药的靶标。第6页,讲稿共119张,创作于星期三 当导致疾病的病理过程中由某个当导致疾病的病理过程中由某个环节或靶点被抑制或切断,即达到治环节或靶点被抑制或切断,即达到治疗的目的。所以靶点的选择是新药的疗的目的。所以靶点的选择是新药的起点。但如何利用分子生物学来发现起点。但如何利用分子生物学来发现诸如酶和受体等新靶点,就显得十分诸如酶和受体等新靶点,就显得十分重要。重要。第7页,讲稿共119张,创作于
4、星期三药物设计方法l以受体为靶点,可分别设计受体的激动剂和以受体为靶点,可分别设计受体的激动剂和拮抗剂拮抗剂l以酶为靶点,设计酶抑制剂以酶为靶点,设计酶抑制剂l以离子通道为靶点,则可分别设计钠、钾和以离子通道为靶点,则可分别设计钠、钾和钙离子通道的激活剂(开放剂)或阻断剂钙离子通道的激活剂(开放剂)或阻断剂(拮抗剂)。(拮抗剂)。p16第8页,讲稿共119张,创作于星期三药物设计的两个阶段(p16)l先导化合物的发现(先导化合物的发现(lead discovery)l先导化合物的优化(先导化合物的优化(lead optimization)先先导导化化合合物物(lead compound)简简称
5、称先先导导物物,又又称称原原型型物物,是是通通过过各各种种途途径径得得到到的的具具有有一一定定生理活性的化学物质。生理活性的化学物质。第9页,讲稿共119张,创作于星期三先导化合物(Lead Compounds)l lThe lead compound is a prototype compound that has the The lead compound is a prototype compound that has the desired biological or pharmacological activity,but may have desired biological or
6、 pharmacological activity,but may have many other undesirable characteristics,for example,high many other undesirable characteristics,for example,high toxicity,other biological activities,insolubility,or metabolism toxicity,other biological activities,insolubility,or metabolism problems.problems.l l
7、The structure of the lead compound is then modified by The structure of the lead compound is then modified by synthesis to amplify the desired activity and to minimize or synthesis to amplify the desired activity and to minimize or eliminate the unwanted properties.eliminate the unwanted properties.
8、第10页,讲稿共119张,创作于星期三l由由于于先先导导化化合合物物存存在在着着某某些些缺缺陷陷,如如活活性性不不够够高高,化化学学结结构构不不稳稳定定,毒毒性性较较大大,选选择择性性不不好好,药药代代动动力力学学性性质质不不合合理理等等等等,需需要要对对其其进进行行化化学学修修饰饰,进进一一步步优优化化使使之之发发展展为为高高效效低低毒毒的的理理想想药药物物,这这一一过过程称为程称为先导化合物的优化先导化合物的优化。第11页,讲稿共119张,创作于星期三药物分子设计的策略基础药物分子设计的策略基础l药物分子的多样性l药物分子的互补性l药物分子的相似性第12页,讲稿共119张,创作于星期三第一
9、节第一节 分子的多样性先导化合物的发分子的多样性先导化合物的发现现第13页,讲稿共119张,创作于星期三一、从天然药物的活性成分中获得(From Active Component of Natural Resources)1.植植物物来来源源 青青蒿蒿素素:来来自自于于中中药药黄黄花花蒿蒿,以以此此为先导物,发现蒿甲醚、青蒿琥酯等;为先导物,发现蒿甲醚、青蒿琥酯等;紫杉醇:来自于红豆杉树皮,以此为先导紫杉醇:来自于红豆杉树皮,以此为先导 物,发现多西他赛等。物,发现多西他赛等。第14页,讲稿共119张,创作于星期三青蒿素系列第15页,讲稿共119张,创作于星期三2.微生物来源微生物来源 美伐他
10、汀和洛伐他汀,来源于青霉菌属、红美伐他汀和洛伐他汀,来源于青霉菌属、红 曲霉菌和土曲霉菌,羟甲戊二酰辅酶曲霉菌和土曲霉菌,羟甲戊二酰辅酶A还原还原 酶酶抑抑制制剂剂的的Lead Compound。后后开开发发了了人人工工合合成成的的阿阿托伐他汀(托伐他汀(No.1)第16页,讲稿共119张,创作于星期三3.动物来源动物来源 九肽替普罗肽(九肽替普罗肽(Teprotide,谷谷-色色-脯脯-精精-脯脯-谷谷-亮亮-脯脯-脯):来源于巴西毒蛇,以此为先导物,发现了血脯):来源于巴西毒蛇,以此为先导物,发现了血管紧张素转化酶管紧张素转化酶ACE抑制剂卡托普利,开创了一抑制剂卡托普利,开创了一类新的影
11、响重大的抗高血压药物。类新的影响重大的抗高血压药物。第17页,讲稿共119张,创作于星期三4.海洋生物来源海洋生物来源 海海葵葵毒毒素素:来来自自于于海海葵葵,为为肽肽类类毒毒素素,具具有有强强心作用,以此为先导物,得到一些重组蛋白。心作用,以此为先导物,得到一些重组蛋白。第18页,讲稿共119张,创作于星期三二、组合化学二、组合化学l组合化学是近十年发展起来的化学合成的新方法,是药物化学的一个重要组成部分。l组合化学是基于一系列组建模块(building block),可能发生不同的组合方式,从而可快速合成数目巨大的化学实体,构建化合物库,配合高通量筛选(high throughput sc
12、reening,HTS),在同一时间内合成数目众多、用于生物评价的群集分子,如肽类、寡核苷酸和非聚合型的有机化学分子。第19页,讲稿共119张,创作于星期三经典合成法和组合化学法比较经典合成法和组合化学法比较第20页,讲稿共119张,创作于星期三组建模块与形成化合物数量间的关系组建模块与形成化合物数量间的关系l以代数级数增加组建模块的数目,所生成的化合物数虽则成几何级数的增加。一个分子中连接的模块数模块总数为10个模块总数为100个3103106410410851051010第21页,讲稿共119张,创作于星期三组合化学和高通量筛选组合化学和高通量筛选第22页,讲稿共119张,创作于星期三三、
13、通过随机机遇发现(From Accidentally discover)1、1929年青霉素的发现年青霉素的发现2 2、异丙肾上腺素:、异丙肾上腺素:-受体激动剂,结构改造,发现受体激动剂,结构改造,发现-受体阻断剂受体阻断剂-普萘洛尔,普萘洛尔,第23页,讲稿共119张,创作于星期三四、从药物代谢产物中发现(From Metabolites)l药物在体内经过生物转化后,有些药物代谢产物药物在体内经过生物转化后,有些药物代谢产物降低或失去了活性,称为降低或失去了活性,称为代谢失活代谢失活;有些药物的代;有些药物的代谢产物正好相反,可能使活性升高,称为谢产物正好相反,可能使活性升高,称为代谢活化
14、代谢活化。代谢活化得到的药物代谢产物,可直接作为药物代谢活化得到的药物代谢产物,可直接作为药物使用,也可作为先导化合物,进行进一步的结构使用,也可作为先导化合物,进行进一步的结构修饰和优化。修饰和优化。第24页,讲稿共119张,创作于星期三l例如百浪多息例如百浪多息磺胺,再以磺胺为先导物开发了大量磺胺,再以磺胺为先导物开发了大量的磺胺类药物。的磺胺类药物。第25页,讲稿共119张,创作于星期三从代谢产物开发的新药从代谢产物开发的新药:(1)非索那定)非索那定(2)诺阿司咪唑)诺阿司咪唑(3)地氯雷他定)地氯雷他定第26页,讲稿共119张,创作于星期三五、从临床药物的副作用或者老药新用中发(Fr
15、om Side-Effect or New Purpose of Medicine)l异烟肼异烟肼:抗结核药物抗结核药物,服用后情绪高涨服用后情绪高涨抑制单胺抑制单胺氧化酶氧化酶抗抑郁抗抑郁先导物先导物结构优化结构优化异烟肼类异烟肼类抗抑郁药抗抑郁药第27页,讲稿共119张,创作于星期三l又如:又如:(1)异丙嗪异丙嗪是抗过敏药,但有严重的镇静和是抗过敏药,但有严重的镇静和 安定作用,安定作用,SAR研究,发现了抗精神病研究,发现了抗精神病 药物药物氯丙嗪氯丙嗪。(2)西地那非西地那非-一种磷酸二酯酶抑制剂类药物。最初作为一种磷酸二酯酶抑制剂类药物。最初作为心血管疾病药物投入临床,后来发现它的
16、副作用大于治心血管疾病药物投入临床,后来发现它的副作用大于治疗作用,于是决定终止临床试验、收回药品。结果,不疗作用,于是决定终止临床试验、收回药品。结果,不少试用者拒绝交回,少试用者拒绝交回,第28页,讲稿共119张,创作于星期三六、从药物合成的中间体中发现(From Synthetic Intermediates)l一些药物合成的中间体,由于与目的化合物一些药物合成的中间体,由于与目的化合物结构上有相似性,经过筛选也可发现先导化结构上有相似性,经过筛选也可发现先导化合物。合物。l阿糖胞苷阿糖胞苷 环胞苷环胞苷(中间体中间体)第29页,讲稿共119张,创作于星期三l安西他滨安西他滨(环胞苷)是
17、阿糖胞苷的中间体,后发(环胞苷)是阿糖胞苷的中间体,后发现安西他滨不仅具有抗肿瘤作用,且副作用轻,现安西他滨不仅具有抗肿瘤作用,且副作用轻,体内代谢比阿糖胞苷慢,故作用时间长,治疗各体内代谢比阿糖胞苷慢,故作用时间长,治疗各种白血病。种白血病。第30页,讲稿共119张,创作于星期三第二节第二节 分子的互补性先导化合物的发现分子的互补性先导化合物的发现又称:又称:基于结构的药物设计基于结构的药物设计一、分子识别l配体与受体相互作用的本质是分子识别。l分子识别是由于两个分子的多个特定的原子或基团性质的互补性和空间的适配所驱动的,这种特异性的本质是双方的互补性。l药物与受体的分子识别和相互作用,大都
18、形成非共价键作用,与维持机体的生物大分子的空间结构的键合力在本质上是相似的(氢键、静电引力和疏水作用)。l药物和受体分子构象变化,诱导契合。第31页,讲稿共119张,创作于星期三二、基于受体结构的药物分子设计二、基于受体结构的药物分子设计l确定并了解受体分子的三维结构,特别是受体与配体分子形成的复合物的三维结构,是基于受体结构的分子设计的前提。l受体蛋白的空间结构可用X-线晶体衍射方法、核磁共振方法、同源蛋白法以及计算化学与分子图形学结合。第32页,讲稿共119张,创作于星期三卡托普利卡托普利(CaptoprilCaptopril)血管紧张素转化酶抑制剂第33页,讲稿共119张,创作于星期三三
19、、反义寡核苷酸三、反义寡核苷酸l基于DNA或信使RNA(mRNA)的结构,设计寡核苷酸是药物分子设计的一种方法。lDNA双螺旋的互补性结合是通过核酸A与T、G与C之间的氢键所维持。第34页,讲稿共119张,创作于星期三DNA的两个重要的功能的两个重要的功能DNAmRNA细胞分裂蛋白质DNA复制复制转录转录翻译翻译第35页,讲稿共119张,创作于星期三反义寡核苷酸与反义寡核苷酸与mRNA结合的模式图结合的模式图AGATCCATCTAGGT第36页,讲稿共119张,创作于星期三反义寡核苷酸反义寡核苷酸l反义寡核苷酸指基于DNA或mRNA的结构,根据核酸之间碱基互补原理,设计能与DNA或者mRNA发
20、生特异性结合的互补链,分别阻断核酸的转录和翻译功能,从而阻断与病理过程有关的核酸或蛋白质(酶或受体)的生物合成。l许多疾病的原因是基因组的缺陷或在基因转录或翻译过程中的失常,迄今为止研究的比较清楚的是癌症和病毒性疾病。第37页,讲稿共119张,创作于星期三反义寡核苷酸作为药物应满足条件反义寡核苷酸作为药物应满足条件l容易合成并可大量制备;l在体内稳定,能够耐受核酸酶对它的磷酸二酯键的水解;l能够进入并停留在靶组织处;l能够穿越细胞膜;l能够与靶细胞内核酸发生作用,但不与其它生物大分子反应。第38页,讲稿共119张,创作于星期三反义核苷酸分子结构的要求反义核苷酸分子结构的要求l反义寡核苷酸要有一
21、定的长度,链长一般1520碱基。增加核苷酸数会通过选择性,因而降低毒副作用,但超过25个碱基的寡核苷酸难以透过细胞膜,不宜作为反义寡核苷酸。l由于寡核苷酸的磷酸二酯键很容易被核酸酶水解,可把反义寡核苷酸制成核苷酸模拟物,包括改变磷酸二酯、脱氧核糖、碱基和末端的结合物。第39页,讲稿共119张,创作于星期三设计反义寡核苷酸的修饰位点设计反义寡核苷酸的修饰位点第40页,讲稿共119张,创作于星期三硫代寡核苷酸硫代寡核苷酸l5GCCCAAGCTGGCATCCGCA-3 10 20 抗炎药l5TTGCTTCCATCTTCCTCGTC-3 10 20 抗艾滋病药阿福韦生第41页,讲稿共119张,创作于星
22、期三四、通过计算机辅助药物筛选寻找(By Virtual Screening)利用计算机对虚拟化合物库进行筛选有可能发现先导化合利用计算机对虚拟化合物库进行筛选有可能发现先导化合物。包括:物。包括:(1)类药筛选)类药筛选 类药五规则(类药五规则(Role of five,Lipinski规则规则)是指如果一)是指如果一个化合物违背了下列规则中的任意两条就很难被生物体个化合物违背了下列规则中的任意两条就很难被生物体吸收:分子量在吸收:分子量在500以下,分配系数以下,分配系数ClogP值小于值小于5,氢键的,氢键的给体不超过给体不超过5个,氢键的接受体不超过个,氢键的接受体不超过10个。个。第
23、42页,讲稿共119张,创作于星期三(2)ADMET(吸收吸收-分布分布-代谢代谢-排泄排泄-毒性毒性)(3)毒性筛选)毒性筛选(4)结构新颖性筛选)结构新颖性筛选(5)与受体对接的研究)与受体对接的研究第43页,讲稿共119张,创作于星期三第44页,讲稿共119张,创作于星期三Presumption of Binding Sites第45页,讲稿共119张,创作于星期三Presumption of Binding SitesEBOB第46页,讲稿共119张,创作于星期三Possible Interaction of GABA Antagonists with Their Binding Si
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