蛋白质的修饰和表达精选PPT.ppt
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1、关于蛋白质的修饰和表达04.04.202304.04.20231 1第1页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20232 2 第二节第二节 蛋白质改造的分子生物学途径蛋白质改造的分子生物学途径基因突变技术基因突变技术基因突变技术基因突变技术是通过在基因水平上对其编码的蛋白质分子进行改造,是通过在基因水平上对其编码的蛋白质分子进行改造,是通过在基因水平上对其编码的蛋白质分子进行改造,是通过在基因水平上对其编码的蛋白质分子进行改造,在其表达后用来研究蛋白质结构功能的一种方法。在其表达后用来研究蛋白质结构功能的一种方法。在其表达后用来研究蛋白质结构功能的一种方法。在其表达后用
2、来研究蛋白质结构功能的一种方法。分类:分类:分类:分类:位点特异性突变位点特异性突变位点特异性突变位点特异性突变基因突变技术基因突变技术基因突变技术基因突变技术(按特点划分)(按特点划分)(按特点划分)(按特点划分)随机突变随机突变随机突变随机突变 第2页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20233 3 1)1)1)1)通过寡核苷酸介导的基因突变通过寡核苷酸介导的基因突变通过寡核苷酸介导的基因突变通过寡核苷酸介导的基因突变位点特异性突变位点特异性突变 2)2)2)2)盒式突变或片段取代突变盒式突变或片段取代突变盒式突变或片段取代突变盒式突变或片段取代突变 3)3)3)
3、3)以双链以双链以双链以双链DNADNADNADNA为模板,利用为模板,利用为模板,利用为模板,利用PCRPCRPCRPCR 技术进行的基因突变技术进行的基因突变技术进行的基因突变技术进行的基因突变可以这样说,可以这样说,PCRPCR技术的出现为基因的突变,技术的出现为基因的突变,基因的剪接开辟了一条极其有效、极其快捷的基因的剪接开辟了一条极其有效、极其快捷的道路道路。当然无论哪种方法都可以在为蛋白质编。当然无论哪种方法都可以在为蛋白质编码的基因序列上产生码的基因序列上产生插入、缺失、取代插入、缺失、取代等突变。等突变。第3页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.2023
4、4 4 1 1编码基因的专一性位点突变编码基因的专一性位点突变 定义定义:专一性位点突变又称特异性位点突变。这类:专一性位点突变又称特异性位点突变。这类突变都是在含有突变序列的寡核苷引物介导下进行的,突变都是在含有突变序列的寡核苷引物介导下进行的,因此又称为因此又称为寡核苷酸介导的位点特异性突变寡核苷酸介导的位点特异性突变。这种突。这种突。这种突。这种突变的方法从问世至今不断更新,特别是变的方法从问世至今不断更新,特别是变的方法从问世至今不断更新,特别是变的方法从问世至今不断更新,特别是PCRPCRPCRPCR技术出现后技术出现后变得更高效。变得更高效。(1)(1)寡核苷酸介导的基因突变中的各
5、种因素寡核苷酸介导的基因突变中的各种因素 (2)(2)(2)(2)几种寡核苷酸介导的基因突变方法几种寡核苷酸介导的基因突变方法几种寡核苷酸介导的基因突变方法几种寡核苷酸介导的基因突变方法 第4页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20235 5(1)(1)寡核苷酸介导的基因突变中的各种因素寡核苷酸介导的基因突变中的各种因素DNADNA模板的制备模板的制备 对于单链对于单链对于单链对于单链DNADNADNADNA模板一定要高纯度,即使少量的模板一定要高纯度,即使少量的模板一定要高纯度,即使少量的模板一定要高纯度,即使少量的RNARNARNARNA分子都会影响突变的特异性分
6、子都会影响突变的特异性。双链双链DNADNA:一般制备一般制备DNADNA质粒质粒 的方法均可的方法均可单链单链DNADNA:通过通过M13M13噬菌体或噬菌体或 噬菌粒来制备噬菌粒来制备第5页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20236 6 核甘酸突变引物的设计和选择核甘酸突变引物的设计和选择a.a.必须与模板链上的目标必须与模板链上的目标DNADNA序列有必要的互补序列有必要的互补区区b.b.足够长,以便与目标足够长,以便与目标DNADNA序列退火序列退火c.c.突变引物应尽可能避免形成稳定的二级结构突变引物应尽可能避免形成稳定的二级结构的回文序列、重复序列或自身
7、互补序列的回文序列、重复序列或自身互补序列d.d.突变引物要特异,不能与目标突变引物要特异,不能与目标DNADNA中突变位中突变位置以外的置以外的DNADNA形成非特异性的杂交混合体形成非特异性的杂交混合体第6页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20237 7例子例子:将:将NCBINCBI数据库中的数据库中的MADSMADS基因编码蛋白质的基因编码蛋白质的“KKACSDSSA”KKACSDSSA”中的中的C C(CysCys)定点突变为)定点突变为A A(ArgArg)。)。第7页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20238 8第8页,讲稿
8、共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20239 9第9页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20231010第10页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20231111第11页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20231212核甘酸突变引物与模板核甘酸突变引物与模板核甘酸突变引物与模板核甘酸突变引物与模板DNADNA的退火和引物延伸条件的退火和引物延伸条件的退火和引物延伸条件的退火和引物延伸条件对于突变引物与模板对于突变引物与模板对于突变引物与模板对于突变引物与模板DNADNADNADNA的比率的比率的
9、比率的比率 一般是双引物与模板之间的摩尔比在一般是双引物与模板之间的摩尔比在一般是双引物与模板之间的摩尔比在一般是双引物与模板之间的摩尔比在1010101050505050:1 1 1 1之间。之间。之间。之间。退火保证引物与模板形成稳定的杂交体。退火保证引物与模板形成稳定的杂交体。退火保证引物与模板形成稳定的杂交体。退火保证引物与模板形成稳定的杂交体。原则:退火温度为理论预测的原则:退火温度为理论预测的原则:退火温度为理论预测的原则:退火温度为理论预测的TmTmTmTm值以上值以上值以上值以上20202020,然后再慢慢,然后再慢慢,然后再慢慢,然后再慢慢冷却至较低温度,形成双链。冷却至较低
10、温度,形成双链。冷却至较低温度,形成双链。冷却至较低温度,形成双链。引物延伸引物延伸引物延伸引物延伸 加入延伸所需的加入延伸所需的加入延伸所需的加入延伸所需的dNTPdNTPdNTPdNTP、ATPATPATPATP、DNADNADNADNA聚合酶、聚合酶、聚合酶、聚合酶、DNADNADNADNA连接酶等。连接酶等。连接酶等。连接酶等。在适当温度下进行在适当温度下进行在适当温度下进行在适当温度下进行215h215h215h215h的连接。的连接。的连接。的连接。第12页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20231313DNADNA聚合酶的选择聚合酶的选择T4DNA聚合
11、酶聚合酶T7DNA聚合酶聚合酶Klenow酶酶 在单引物的延伸反应中,避免使用不当的酶在单引物的延伸反应中,避免使用不当的酶引起引物置换,导致突变效率降低。引起引物置换,导致突变效率降低。第13页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20231414dNTPdNTP(脱氧核苷三磷酸)对立体(脱氧核苷三磷酸)对立体DNADNADNADNA合成的影响合成的影响合成的影响合成的影响dNTP纯度要高纯度要高 dCTPdCTP氧化脱氨可以产生微量氧化脱氨可以产生微量dUTP,当多核苷酸,当多核苷酸中搀入中搀入UMP时,受体菌中的尿嘧啶时,受体菌中的尿嘧啶-N-糖基化酶可在糖基化酶可
12、在糖基化酶可在糖基化酶可在U的位置切断的位置切断DNADNA链,而细胞内的链,而细胞内的DNA聚合酶能够产聚合酶能够产生切口平移,从而降低突变体的产率。生切口平移,从而降低突变体的产率。第14页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20231515受体细胞对突变体产率的影响受体细胞对突变体产率的影响大肠杆菌细胞内的几个错配修复系统大肠杆菌细胞内的几个错配修复系统 解决方案:采用错配修复系统缺失的系统菌解决方案:采用错配修复系统缺失的系统菌株作为受体菌。株作为受体菌。当用当用M13作为克隆载体时,作为克隆载体时,M13可能会出现不可能会出现不对称复制,如果突变链复制率较低就
13、影响试验对称复制,如果突变链复制率较低就影响试验结果结果第15页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20231616(2)(2)几种寡核苷酸介导的基因突变方法几种寡核苷酸介导的基因突变方法 Kunkel Kunkel Kunkel Kunkel 突变法突变法突变法突变法 基于抗生素抗性基于抗生素抗性基于抗生素抗性基于抗生素抗性“回复回复回复回复”的突变方法的突变方法的突变方法的突变方法 基于去除特定限制酶切位点的突变基于去除特定限制酶切位点的突变基于去除特定限制酶切位点的突变基于去除特定限制酶切位点的突变 利用聚合酶链反应利用聚合酶链反应利用聚合酶链反应利用聚合酶链反应
14、(PCR)(PCR)(PCR)(PCR)产生定点突变产生定点突变产生定点突变产生定点突变第16页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20231717 Kunkel Kunkel 突变法突变法1.1.KunkelKunkel 1985 1985年建立的方法:年建立的方法:年建立的方法:年建立的方法:第17页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20231818具体步骤:具体步骤:具体步骤:具体步骤:将待突变的基因克隆入将待突变的基因克隆入将待突变的基因克隆入将待突变的基因克隆入M13 DNAM13 DNA载体上,载体上,载体上,载体上,导入具有导入具
15、有导入具有导入具有dUTPdUTP酶(酶(酶(酶(dutdut)和)和)和)和N-N-尿嘧啶脱糖尿嘧啶脱糖尿嘧啶脱糖尿嘧啶脱糖苷酶(苷酶(苷酶(苷酶(ungung)双缺陷的大肠杆菌()双缺陷的大肠杆菌()双缺陷的大肠杆菌()双缺陷的大肠杆菌(dut-dut-,ung-ung-)菌株)菌株)菌株)菌株中。中。中。中。DutDut缺陷缺陷缺陷缺陷导致细胞内导致细胞内导致细胞内导致细胞内dUTPdUTP水平上升水平上升水平上升水平上升,并在,并在,并在,并在DNADNA复制时,部分取代复制时,部分取代复制时,部分取代复制时,部分取代dTTPdTTP进入进入进入进入DNADNA新新新新生链中。又由于生
16、链中。又由于生链中。又由于生链中。又由于ungung缺陷缺陷缺陷缺陷使掺入使掺入使掺入使掺入DNADNA的的的的dUTPdUTP残基不能除去残基不能除去残基不能除去残基不能除去。由这种大肠杆菌菌。由这种大肠杆菌菌。由这种大肠杆菌菌。由这种大肠杆菌菌株产生的株产生的株产生的株产生的M13M13单链单链单链单链DNADNA大约有大约有大约有大约有1%1%的的的的T T被被被被U U所取代所取代所取代所取代,然后进行,然后进行,然后进行,然后进行DNADNA定点突变。定点突变。定点突变。定点突变。双链双链双链双链DNADNA导入正常的大肠杆菌中,其尿导入正常的大肠杆菌中,其尿导入正常的大肠杆菌中,其
17、尿导入正常的大肠杆菌中,其尿嘧啶嘧啶嘧啶嘧啶N-N-糖基化酶除去糖基化酶除去糖基化酶除去糖基化酶除去DNADNA链上的尿嘧链上的尿嘧链上的尿嘧链上的尿嘧啶碱基。啶碱基。啶碱基。啶碱基。结果原来的结果原来的结果原来的结果原来的M13M13模板链被降解,只有突模板链被降解,只有突模板链被降解,只有突模板链被降解,只有突变链因不含变链因不含变链因不含变链因不含U U,被保留下来。这种方法,被保留下来。这种方法,被保留下来。这种方法,被保留下来。这种方法产生的产生的产生的产生的M13M13噬菌体中含有突变噬菌体中含有突变噬菌体中含有突变噬菌体中含有突变DNADNA的的的的比例大大增加。比例大大增加。比
18、例大大增加。比例大大增加。第18页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20231919 基于抗生素抗性基于抗生素抗性“回复回复”的突变方法的突变方法第19页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20232020 基于去除特定限制酶切位点的突变基于去除特定限制酶切位点的突变第20页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20232121第21页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20232222 利用聚合酶链反应利用聚合酶链反应(PCR)(PCR)产生产生定点突变定点突变 5端或端或3端区产生突变端区产生突
19、变直接直接PCR 中心区突变中心区突变重叠延伸(重叠延伸(overlap extension)新概念新概念:Gene SOEing:即通过重叠延伸进行剪接即通过重叠延伸进行剪接(splicing by overlap extension),也就是说通过重组延伸方法也就是说通过重组延伸方法将不同的基因进行剪接和组合在一起将不同的基因进行剪接和组合在一起。第22页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20232323DNADNA片片段段的的剪剪切切第23页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20232424取代突变取代突变第24页,讲稿共64张,创作于
20、星期三04.04.202304.04.20232525插入突变插入突变第25页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20232626缺失突变缺失突变第26页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20232727 2 2区域性定向突变区域性定向突变 基因工程技术不但可使基因产生特异性位点突变,也可基因工程技术不但可使基因产生特异性位点突变,也可基因工程技术不但可使基因产生特异性位点突变,也可基因工程技术不但可使基因产生特异性位点突变,也可以产生区域性的突变。以产生区域性的突变。以产生区域性的突变。以产生区域性的突变。常用的方法如盒式突变法常用的方法如盒
21、式突变法常用的方法如盒式突变法常用的方法如盒式突变法(cassette mutagenesis)(cassette mutagenesis)(cassette mutagenesis)(cassette mutagenesis),又称片段取代,又称片段取代,又称片段取代,又称片段取代法法法法(DNA fragment replacement)(DNA fragment replacement)(DNA fragment replacement)(DNA fragment replacement)。这一方法的要点是利用目标基因中所具有的适当的限制性内切这一方法的要点是利用目标基因中所具有的适当的
22、限制性内切这一方法的要点是利用目标基因中所具有的适当的限制性内切这一方法的要点是利用目标基因中所具有的适当的限制性内切酶位点,用具有任何长度、任何序列酶位点,用具有任何长度、任何序列酶位点,用具有任何长度、任何序列酶位点,用具有任何长度、任何序列(或任何混合序列或任何混合序列或任何混合序列或任何混合序列)的的的的DNADNADNADNA片段来置换或取代目标基因上的一段片段来置换或取代目标基因上的一段片段来置换或取代目标基因上的一段片段来置换或取代目标基因上的一段DNADNADNADNA序列。序列。序列。序列。第27页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20232828研
23、究目的研究目的 通过改变几个氨基酸序列来研究蛋白质的结构通过改变几个氨基酸序列来研究蛋白质的结构通过改变几个氨基酸序列来研究蛋白质的结构通过改变几个氨基酸序列来研究蛋白质的结构-功能之间的关功能之间的关功能之间的关功能之间的关系,也可以通过盒式突变法产生嵌合蛋白质。在这个嵌合蛋白质中,系,也可以通过盒式突变法产生嵌合蛋白质。在这个嵌合蛋白质中,系,也可以通过盒式突变法产生嵌合蛋白质。在这个嵌合蛋白质中,系,也可以通过盒式突变法产生嵌合蛋白质。在这个嵌合蛋白质中,蛋白质分子中的整个结构域都可以用完全不同的氨基酸序列来置换。蛋白质分子中的整个结构域都可以用完全不同的氨基酸序列来置换。蛋白质分子中的
24、整个结构域都可以用完全不同的氨基酸序列来置换。蛋白质分子中的整个结构域都可以用完全不同的氨基酸序列来置换。盒式突变盒式突变盒式突变盒式突变最主要的用途是产生各种特异性的突变或突变家最主要的用途是产生各种特异性的突变或突变家最主要的用途是产生各种特异性的突变或突变家最主要的用途是产生各种特异性的突变或突变家族,在这些突变体中各种不同的序列被集中在目标基因的一族,在这些突变体中各种不同的序列被集中在目标基因的一族,在这些突变体中各种不同的序列被集中在目标基因的一族,在这些突变体中各种不同的序列被集中在目标基因的一个特定区域,从而为研究蛋白质特定结构区段或特定结构域个特定区域,从而为研究蛋白质特定结
25、构区段或特定结构域个特定区域,从而为研究蛋白质特定结构区段或特定结构域个特定区域,从而为研究蛋白质特定结构区段或特定结构域的结构和功能提供了一个切实可行的方法。的结构和功能提供了一个切实可行的方法。的结构和功能提供了一个切实可行的方法。的结构和功能提供了一个切实可行的方法。第28页,讲稿共64张,创作于星期三04.04.202304.04.20232929二、基因融合和基因剪接二、基因融合和基因剪接1 1利用基因融合技术表达外源基因的缘由利用基因融合技术表达外源基因的缘由2 2基因融合的策略与蛋白质分子嵌合体基因融合的策略与蛋白质分子嵌合体3 3蛋白质内含子介导的蛋白质分子间的连接蛋白质内含子
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