gaussview1.ppt

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1、Gaussview是一种绘图工具，可以帮助用户输入Gaussian文件，检查输出文件的图形。Gaussview主要有以下三个用处：1、大分子的构型，并通过简单的鼠标操作旋转，转换和移动分子。2|、Gaussview可使Gaussian输入文件的建立变得非常简单，Gaussview拥有先进的可视化工具，可使用户迅速画出包括各种常规的计算任务和高级方法的计算。3、Gaussview提供了一系列绘图工具检查Gaussian的计算结果。Gaussview基础这些Gaussian计算结果包括：优化的分子构型分子轨道电子密度面静电势能面磁学性质面原子电荷简振模式振动频率的三维图形IR,Raman,NMR,

2、VCD及其他光谱集合构型的三维图形，IRC反应路径，势能面扫描，ADMP和BOMD曲线鼠标动作左键单击-选择或插入向左/右拖动-绕Y轴旋转向上/下拖动-绕X轴旋转中键拖动-移动分子右键向左/右拖动-绕Z轴旋转向上/下拖动-放大或缩小分子在空白区单击-显示快捷菜单GaussView的工具栏点击工具栏中的分子片断，current fragment窗口会显示相应的构型及名称。File选项New 打开新窗口New-Create Molgroup 打开新的空窗口New-Add to Molgroup 在当前活动窗口添加新窗口Open 打开文件Save 保存当前视窗的分子构型Print 打印当前视窗的分子

3、构型Save Image 制作当前视窗图形文件Preferences 修改Gaussview的默认选项Exit 关闭所有Gaussview窗口并退出Eidt选项Undo 撤销输入，保留此前的输入Redo 撤销Undo操作Cut 剪切当前选项到剪贴版Copy 复制当前选项到剪贴版Paste 从剪贴版复制到当前模型Paste-Replace Molecule 移动当前分子到剪贴版Paste-Append Molecule 将剪切版中的分子粘贴到当前窗口Paste-Add to Molecule Group 在当前视窗中添加新窗口，并将剪切版中的分子粘贴新窗口Delete 删除当前选项Image c

4、apture 复制当前窗口到剪贴版Atom list 编辑分子坐标及参数Redundant coord editor 对Gaussian中Modredundant选项指认冗余内坐标Connection editor 指认两个相关分子间原子的联系（如OST2 和OST3输入文件）Select layer 对ONIOM计算将原子分层Point group 指认、确定当前模型的对称性 PBC 创建和修正周期性结构的晶格单元MOs 观看，并对分子轨道站举行进行重新排序和修正Symmetrize 对当前模型应用分子点群对称性Rebond 以间距算法为基础确认原子间距离Clean 根据默认的规则调整分子几

5、何构型View选项Add new-创建含有当前窗口分子的独立新窗口Center-分子居中Builder-关闭/打开工具栏Hydrogens-控制氢原子的显示Lables-显示原子标号Symbols-显示原子种类Bonds-显示化学键Synchronize-同步处理Cartesian Axes-显示直角坐标系Display Format-显示设置元素板块在周期表中选择元素种类，以及原子的成键方式端基板块提供了一些列已经过AM1方法优化的端基碎片，默认端基为羰基。环形板块提供了一系列AM1方方优化后的环形结构，默认环为苯。生物分子下拉菜单可选择所需的是氨基酸或核苷。当选择氨基酸时，左边下拉菜单可选

6、择氨基酸种类，右边下拉菜单选择分子片断作为中间部分、氨基端或酰基端。这样就制定了氨基酸的种类。当选择核苷时，左边下拉菜单选择DNA的种类。使用Inquire Mode按钮，单击原子可查询分子结构信息。所选择的原子不需要直接相连。选择原子个数与所得信息1：原子种类的原子序数2：键长（原子间距）3：键角4：4-3-2-1所成的二面角Bond SmartSlide对话框可以测量原子间距，并能够显示原子间键的类型，可以拖动划块改变原子间距，也可以在文本框中直接输入数字。在此窗口中，可以直接改变键的类型，而不影响化合价。Bond SmartSlide对话框也可以在没有化学键相连的原子间添加化学键。当对话

7、框打开时，可通过单击选择所需要的化学键类型。同样也可以取消原子间的化学键。Displacement选项指认当键长改变时，原子所连接的基团的变化。Translate Atom：只移动原子，所连接基团的位置不变。Translate Group：原子所连接基团的位置随原子改变（即看作一个整体）。Fixed：不允许原子或基团移动（只移动其他原子）添加和删除化合价The Add Valence Button可以在指定中心原子上添加氢原子改变化合价。要求添加的氢原子与其他和中心原子相连的基团的距离达到最远。同样，The Delete Atom Button 删除原子降低化合价。使用时会删除所选原子以及与其

8、相连的氢原子，也可用来删除悬空的键。The Angle and dihedral SmartSlide下图为测量键角的对话框，二面角对话框与其类似，但displacement只能选择原子1和原子4。Displacement选项指认当键角改变时，原子所连接的基团的变化。Rotate Atom：原子位置改变，所连接基团的位置不变。Translate Group：原子所连接基团的位置随原子改变（即看作一个整体）。Rotate Group：原子所连接基团的位置随原子改变（即看作一个整体）。Fixed：不允许原子或基团移动（只移动其他原子）Clean StructuresClean按钮和Edit-Cle

9、an选项：按照一套默认规则调整分子构型。一些非经典的构型，如过渡态需要进项调整。调整后的构型只是近似结果。Rebonding StructuresRebonding按钮和Edit-Rebond选项：以间距算法为基础确认原子间距离，Gaussian不用屏幕所显示的键长信息来计算，这些信息是为了便于我们观看。Imposing Symmetry对话框Imposing SymmetryEnable point group symmetry：使Gaussview图形具有对称性。Constrain to subgroup：选择一个点群以限制结构变化。For：选择All changes保证结构改变是保持对称

10、性，选择None取消对称性限制。Approximate higher-order point groups：允许应用更高级的子群。Tolerance：当结构参数等与此数时降低对称性。Symmetrize：对分子强加所选的对称性。Always track point group symmetry：当结构变化时，不断计算分子所属点群，此选项与对称性限制为None联合使用，当改变键长的结构参数时，可以看到对称性的变化，通常来说，只有参数的改变完成后，对称性才会发生改变，对一些大的体系，此选项可能导致反应时间明显变长。工具栏中的Symmetry 和Edit-Symmetry菜单选项，会立即对所选分子强加可确认的最大点群。对称性由Point Group Symmetry中Tolerance设置决定（或是默认Normal）。