暑期大学生夏令营训练心得体会(武汉大学).docx

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1、 暑期大学生夏令营训练心得体会(武汉大学) 暑期大学生夏令营训练心得体会(武汉大学) 快要离开NIBS了，心中的确不舍。这短短一个多月对我的影响很大，仿佛有种翻开了新世界大门的感觉，尽管新世界并不肯定与想象全都。所以，假如说我有什么感想的话，最多的应当是感恩吧。 我最感谢的是试验室的教师与师兄师姐。来NIBS的第一天，黄牛教师不仅饶有兴致地听完了我对课题的设想，而且还特殊依据我想做的东西，安排了曾经做过类似课题的孙汉资师兄带我。接下来的日子里，我在师兄师姐的帮忙下学会了如何使用Gromacs、Amber两种分子动力学模拟软件，学会了进展MD、SMD、Umbrella Sampling以及MM-

2、PBSA分析，并使用gnuplot、VMD、Chimera等工具来画图、分析结果数据等。最终也就我感兴趣的chaperone蛋白-核酸相互作用，特殊是其中的熵传递，做了些许工作。虽然这些工作并不能算得上严格的科学讨论，究竟一个月时间太短，而计算领域的结果需要在讨论者完全熟识软件原理、参数等的状况下才具有可信度，但是这个过程中学到的、感悟到的东西才是真正重要的。 正如全部的科研工作都不是一蹴而就的，学习的过程也是。 一开头，汉资师兄准备让我先把握MD的根本流程，于是安排我就着Gromacs的tutorials来一步步把跑simulation的步骤给过一遍。紧接着，汉资师兄很nice地跟我争论了我

3、想做的课题，提出Umbrella Sampling或许能够供应蛋白-核酸相互作用这个秒级过程的信息，于是我也开头就这局部进展学习。这整个过程并不简洁，由于，我在此前根本没有接触过Linu*系统，编程语言也只学习过最根底的C，R语言也仅仅是自学过一段时间。但是要运行Gromacs首先要学会根本的Linu*系统操作，而其中的几个关键步骤更是需要对Python、Perl等语言有根本的理解。因此一开头我就陷入了一个逆境，无论是对Linu*系统的完全把握还是对Python、Perl脚本编程的把握，任何一个都需要花费1个月以上的时间。此时，试验室的其他学长给了我个很好的建议：即学即用。先想好你要做的是什么

4、，然后Google一下，马上依样画葫芦解决问题。可以说，没有这个思想的启发，我无法在这短短一个月时间内高效地学到这么多东西。然而，如同Perl跟Python语言编程这种难度的内容，的确没方法很快把握，我也在需要用到这些内容的地方stuck了2-3天。这时，汉资师兄给了我个很好的建议，假如这些Perl、Python脚本解决的问题并不是那么简单，为什么不用相对简洁的Shell脚本替代它呢?于是，我花了2天左右讨论如何进展Shell脚本编程，后来也在不断使用中练习这种编程方式，最终不仅可以用Shell替代局部的原脚本，也使后来的各种工作的速度显著提升。 然而，当我把握了在Gromacs中跑MD与Um

5、brella Sampling后，我意识到，它们都只是拿到结果的方式，如何对结果进展分析才是我下一步要解决的问题。与汉资师兄争论后，他告知我，熵并不是计算中值得关注的值，由于它对体系、算法等太敏感，而且较难通过试验直接测得，所以难以印证。但是他仍旧给我指了一条路-Amber的MM-PBSA分析，并鼓舞我不要放弃自己的想法，说不定PhD时还能再试(2333333)。后面我就在折腾Amber的MM-PBSA分析的同时讨论如何搭建自己的体系了。首先我选取的典型chaperone之一的NC具有两个锌指构造域，而力场设定的作用力并缺乏以模拟并稳定自然的锌指状态，因而必需对8个配位键施加restraint。加之restraint的施加在Gromacs与Amber中的方式是不同的，所以我花了几天时间在这上面。另外，由于NC是个小蛋白，PDB中NC-ssDNA复合物的构造是由NMR得到的，这种构造文件常具有多个Model，因此需要另外写脚本予以拆分。克制了这些困难之后，我一方面参考官方网站上的指导与说明以及其他