ADF和MaterialsStudio等软件及与编程有关的问题.pdf
![资源得分’ title=](/images/score_1.gif)
![资源得分’ title=](/images/score_1.gif)
![资源得分’ title=](/images/score_1.gif)
![资源得分’ title=](/images/score_1.gif)
![资源得分’ title=](/images/score_05.gif)
《ADF和MaterialsStudio等软件及与编程有关的问题.pdf》由会员分享,可在线阅读,更多相关《ADF和MaterialsStudio等软件及与编程有关的问题.pdf(22页珍藏版)》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。
1、 ADF 和 Materials Studio 等软件的相关问题 郭 勇 新疆大学化学化工学院物化专业硕三 精忠报国的忠烈岳飞 岳飞,字鹏举。公元 1103 年出生于河南汤阴县永和乡孝悌里岳家庄。20 岁投军,一生征战,屡建功勋,但在政治上却多有挫折。对此,他胜而若否,挫则愈奋,终于由一名普通的士兵成长为支撑南宋半壁江山的著名将帅。宋高宗绍兴十一年,1142 年,被奸臣,昏君杀害,年仅 39 岁。宋孝宗时始昭雪,谥号武穆。他背上的精忠报国四个大字,深入肤理。是他一生信念的真实写照。其精忠报国之心主要表现在对恢复中原这一战略目标始终不渝的坚持上。在金朝进攻面前,以宋高宗赵构和奸相秦桧为首的投降派
2、,不惜向金朝屈膝称臣,阻挠和破坏抗金斗争。为了实现恢复中原的战略目标不,岳飞不得不既要与金兵在战场上拼杀,又要同自己营垒中的投降派进行斗争。对他来说,后者比前者困难更大。在朱仙镇大胜后,他曾对部下说,真抵黄龙府,与诸君痛饮耳。正准备渡河北上时,宋高宗却令其班师,一日 12 道金牌,岳飞怆然泪下:十年之功,废于一但。不难看出,岳飞主张抗战到底,坚决反对投降议和。正因如此,他才累犯天威,为他后来惨遭杀害埋下了祸根。岳飞把精忠报国四字刺之于背,铭记于心,为之奋斗,始成功于此,终得罪于此,这是当时特定历史条件下出现的悲剧,君王无远略,大将亦何能。也正因如此,才越发显示出岳飞爱国之心的可贵。错综复杂尖锐
3、的斗争锻炼了岳飞对国家的忠烈,从而造就了忠烈的岳飞。赵构统治集团对岳飞采取的是极端自私的利用和猜防并且的手法,在岳飞成为他们推行投降路线的最大障碍时,他们就露出了本来面目。绍兴十一年四月,罢岳飞兵权,积极罗织罪名,诬陷岳飞造反。于十二月二十九日,以莫须有罪名,将岳飞及子岳云,战将张宪等人处死。功业未竟,反遭此果,天下冤之。岳飞之所以成为名彪千古的著名将帅,最根本的原因是强烈的爱国心对他的激励,他因此忘我奋斗,不屈不挠,壮怀激烈。这是他成功的内在原因。外族入侵,宋庭腐败的时势给了他施展自己才能的条件,同时又制约了他的发展,使他成为一名以忠烈为主要特征的悲剧式英雄。也正因为如此,人们才对他更加敬仰
4、。可谓忠烈精神充天地,故使英名永不朽。满江红 岳 飞 怒发冲冠,凭栏处潇潇雨歇。抬望眼,仰天长啸,壮怀激烈。三十功名尘与土,八千里路云和月。莫等闲白了少年头,空悲切。靖康耻,犹未雪;臣子恨,何时灭!驾长车踏破贺兰山缺。壮志饥餐胡虏肉,笑谈渴饮匈奴血。待从头收拾旧山河,朝天阙。ADF 和 Materials Studio 等软件的相关问题 1 一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。2 有人用 Material Studio 进行量化计算吗?有事请教 3 请问 VASP 中 PROOUT 与 PROCAR 的区别 4 请教 ASED-MO 方法中问题 5.求 VASP 入
5、门介绍资料 6 有没有人用 vaspview 或者 p4view的,为什么我装不了?7.vasp 的输出文件 EIGENVALUE 文件中各项都是什么意思?8.请问 VASP 可以作频率计算吗 9 弱弱的问一个有关 Fortran 程序的问题 10 adf 一问 11.请问大虾:materials studio 软件中的氢键键能如何计算?12 materials studio 13 请教 VASP 如何进行固定键长的 relaxation?14 哪位用过 MOPAC7 的 public domain version 版的 Linux 改编版?15.急问:tinker dynamic 结果一问
6、16 有人在 LINUX 下使用 GAMESS 吗?17 Material Studio 高手请入 18 关于在 gamess 中的 mcscf 方法 19 Material studio 介绍 20 用 molden 建模时有那些技巧和注意事项 1 一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信人:vandal(),信区:Gaussian 标 题:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信站:BBS 大话西游站(Thu Sep 23 14:54:05 2004),转信 如下面的这种原子参数怎样在 Materials Studio 中建立一个晶体
7、呀?该化合物本来是 ABC3 形式的,只是部分 C 被 D 替代了。化合物结构简式:ABC2D SG=Pm3m Atom Position x y z A 1(a)0 0 0 B 1(b)1/2 1/2 1/2 (C,D)3(c)0 1/2 1/2 还有如这种:SG=I41/a Atom Position x y z Occupancy Biso(A2)A 4a 0 0.25 0.125 4 0.66 B 4b 0 0.25 0.625 4 1.14 C 16f -0.1543 0.4951 0.7083 11.98 1.57 D 16f -0.1543 0.4951 0.7083 4.02
8、1.57 这样一个晶胞怎么建立亚?还有这里的 position 是什么意思呀,这上下两个还不一样?麻烦说的越详细越好,我很多都不懂,刚刚接触,请赐教!还有可以看什么书来弥补这方面的不足亚?Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信人:neweroica(新英雄),信区:Gaussian 标 题:Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信站:BBS 大话西游站(Thu Sep 23 21:23:19 2004),转信 对于 ABC3 形式的,SG=Pm3m 表示的是第 221 号空间群。针对于你的这种化合物的晶体,类似的例子有:Ba
9、TiO3,PbTiO3,PbZrO3 等。原胞基矢量是:A1 =a X A2 =a Y A3 =a Z Position 就是指 A,B,C 三种原子的位置,当然,是用分数坐标表示的。写全了就是:B1 =0 (A)(1a)B2 =½A1+½A2+½A3 =½a X+½a Y+½a Z (B)(1b)B3 =½A2+½A3 =½a Y+½a Z (C)(3c)B4 =½A1+½A3 =½a X+½a Z
10、 (C)(3c)B4 =½A1+½A2 =½a X+½a Y (C)(3c)不过,符号 1a,2b,3c,还有你说的第二种空间群里的 16f 中的 a,b,c,f 这些符号是怎么规定的,我倒是不太清楚,有谁知道还请告知一声。附带:上述坐标关系可以用我编写的 Cartes 软件通过对称操作构造出晶胞来,具体你可以参见 Cartes 软件使用说明。参考网址:http:/cst-www.nrl.navy.mil/lattice/struk/e2_1.html Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信人:newe
11、roica(新英雄),信区:Gaussian 标 题:Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信站:BBS 大话西游站(Thu Sep 23 23:00:41 2004),转信 找了一个晚上,终于找到了”1a 2b 3c 16f.“的含义:这实际上是 Wyckoff 位置(Wyckoff Positions)的标记 Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信人:vandal(),信区:Gaussian 标 题:Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信站:BBS 大话西游站(Fri Sep 24 1
12、6:06:54 2004),转信 兄弟,我现在想知道的是在 Materials Studio 中怎样把这些原子添加进去,怎样添加?特别是这个,(C,D)3(c)0 1/2 1/2 表示 c.d 在同一个位置?但是这样的话,在 materials studio 中添加不进去呀?还有这个 C 16f -0.1543 0.4951 0.7083 11.98 1.57 D 16f -0.1543 0.4951 0.7083 4.02 1.57 c.d 完全在一个位置?只是那个 occupancy 不同?但是 materials studio 中这个值是 0-1 亚 还有有些又把这个关系写成 C/D(1
13、)4a 0 0 0.25 C/D(2)8h 0.7745 0.2745 0 跪求大家帮忙亚,呜呜,快崩溃了。Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信人:neweroica(新英雄),信区:Gaussian 标 题:Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信站:BBS 大话西游站(Fri Sep 24 19:50:23 2004),转信 老兄,你还是没理解 Wyckoff Positions 的含义,建议你仔细看看我关于 Wyckoff Positions 的那个帖子,并且仔细去我推荐那两个网址上看一下。C 和 D 当然是两个不同
14、的原子了,为什么非要写在一起?因为它们的 Wychoff Positions 相同,都是 3(c)这个 Position,这里的 3 表示这个位置可以总共转出 3 个等价的原子,c 是 Wyckoff 字母,没有实际物理意义,只是一种区分的符号罢了。”0 1/2 1/2“是这个位置的分数坐标,显然它不属于”一般位置“,而是”特殊位置“。总之,(C,D)原子是处于这样的一种位置,第一个位置是处在分数坐标为(0,1/2,1/2)的点上的;第二和第三个位置则是要通过这个晶体的对称元素来转出来的。怎么转呢?查一下 Wyckoff Positions 表(见 http:/www.cryst.ehu.es
15、/cryst/get_wp.html)可得 3c 位置的对称元素是 4/mm.m,各点的坐标如下:(0,1/2,1/2)(1/2,0,1/2)(1/2,1/2,0)这三个位置,就是你所说的(C,D)占的位置,其中一个是 C,另两个放 D。Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信人:vandal(),信区:Gaussian 标 题:Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信站:BBS 大话西游站(Tue Sep 28 09:06:08 2004),转信 但是在 Materials Studio 中,它是根据对称性来弄得呀,就是说它
16、自己会根据对称性添加上原子?还有就是到底哪个原子占据那个位置是不是要通过试试计算看那个的能量最低来确定?Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信人:neweroica(新英雄),信区:Gaussian 标 题:Re:一个 Materials Studio 中建立复杂化合物的问题。发信站:BBS 大话西游站(Tue Sep 28 14:44:37 2004),转信 呵呵,对,他的化合物是 AC2D。我没看清楚。2 有人用 Material Studio 进行量化计算吗?有事请教 发信人:phos(:P),信区:Gaussian 标 题:有人用 Material
17、Studio 进行量化计算吗?有事请教 发信站:BBS 大话西游站(Wed Sep 22 23:53:40 2004),站内 我最近要用这个软件计算几个含过渡态金属的单点能,有人做过类似工作吗?我想问问,如何对已有单晶结构的分子进行计算(如何导入已知的单晶数据),还有就是含有数个过渡态金属(如 Mo W 什么的)这样的分子需要用什么基组 (初步打算用 VAMP 和 Dmol 计算),需要注意什么问题?Re:有人用 Material Studio 进行量化计算吗?有事请教 发信人:yytsnake(yyt-orgin),信区:Gaussian 标 题:Re:有人用 Material Studio
18、 进行量化计算吗?有事请教 发信站:BBS 大话西游站(Thu Sep 23 21:50:51 2004),站内 In Materials studio,you can importcrystal CIF format files from file manual,there is a import command.3 请问 VASP 中 PROOUT 与 PROCAR 的区别 请问 VASP 中 PROOUT 与 PROCAR 的区别 发信人:icyblue(昵称),信区:Gaussian 标 题:请问 VASP 中 PROOUT 与 PROCAR 的区别 发信站:BBS 大话西游站(Mon
19、 Sep 27 16:49:20 2004),转信 文档中 LORBIT 一节写得乱乱的 不知道哪位大侠搞明白了,请教了 谢谢 Re:请问 VASP 中 PROOUT 与 PROCAR 的区别 发信人:valenhou(VASP&TranSIESTAC),信区:Gaussian 标 题:Re:请问 VASP 中 PROOUT 与 PROCAR 的区别 发信站:BBS 大话西游站(Tue Sep 28 22:33:36 2004),转信 想计算 s,px,py,pz 等分解的 DOS,采用 LORBIT=11,并且一定要是用 PAW 势,而且在 INCAR 中不用设置RWIGS 的值。输出的结果
20、还是主要看 DOSCAR 文件中的数据。使用过的程序:VASP,WIEN2K,ABINIT,PWSCF,SIESTA,CASTEP,TranSIESTAC,FP-LMTO,MBPP 最常用:VASP,MBPP,SIESTA,TranSIESTAC 准备做 TranSIESTAC 在中国的代理,并提供技术支持。对此软件感兴趣的可以联系我。Re:请问 VASP 中 PROOUT 与 PROCAR 的区别 发信人:icyblue(昵称),信区:Gaussian 标 题:Re:请问 VASP 中 PROOUT 与 PROCAR 的区别 发信站:BBS 大话西游站(Thu Sep 30 09:56:58
21、 2004),转信 老大,我问的是 PROCAR 与 PROOUT:)好像 PROOUT 必须用 LORBIT=5 加 RWIGS 4 请教 ASED-MO 方法中问题 用 ASED-MO 方法进行模拟求双重积分,如何做?d 的五个轨道用 Slater 形式如何表达?多谢。ASED 这个缩写是什么意思啊?不好意思,全称是 atom superposition and electron delocalization tight-binding theory 这个好像不是化学中经常使用的分子轨道方法,是吗?ASED-MO 其实就是一个增强版的 Extended Huckel Molecular O
22、rbital(EHMO)程序。好像是比 EHMO 多考虑了电子间的排斥能。阿飞(客人)5.求 VASP 入门介绍资料 小弟初涉 VASP,望高人指点相关网站、文献,能比较系统了解 如 INCAR,POTCAR 等输入文件 呵呵,我也是刚刚看了一个星期,以后大家多多探讨吧。我有一些基本的资料,都是从网上下来的 VAMP/VASP the GUIDE talks and hands-on sessions(有一些简单的例子)如果你没有的话我可以传给你。email 联系我吧 jjzhang 6 有没有人用 vaspview 或者 p4view的,为什么我装不了?有没有人用 vaspview或者 p4
23、view 的,为什么我装不了?发信人:xianyun(闲云),信区:Gaussian 标 题:有没有人用 vaspview 或者 p4view 的,为什么我装不了?发信站:BBS 大话西游站(Thu Oct 14 23:04:39 2004),转信 下载了 windows 的版本发现用不了,linux 的版本下,在 redhat9 之下安装总是不能成功 提示缺少很多东西,还要一个什么 pythone 什么。有没有人碰到过这种问题?Re:有没有人用 vaspview 或者 p4view 的,为什么我装不了?发信人:shuixian(shuixian),信区:Gaussian 标 题:Re:有没有
24、人用 vaspview 或者 p4view 的,为什么我装不了?发信站:BBS 大话西游站(Fri Oct 15 09:57:49 2004),转信 好像 P4vasp 要求 SuSE8.0 或 9.0 Re:有没有人用 vaspview 或者 p4view 的,为什么我装不了?发信人:lkj(),信区:Gaussian 标 题:Re:有没有人用 vaspview 或者 p4view 的,为什么我装不了?发信站:BBS 大话西游站(Fri Oct 15 10:47:55 2004),转信 vaspview 是用来看电荷密度的吧,windows 下的版本应该可以用的。linux 下的没用过。p4
25、vasp 一直没装起来过,依赖于 n 多个包。可能在 suse 下装会容易些。python 是一种脚本语言。7.vasp 的输出文件 EIGENVALUE 文件中各项都是什么意思?vasp 的输出文件 EIGENVALUE 文件中各项都是什么意思?发信人:xianyun(闲云),信区:Gaussian 标 题:vasp 的输出文件 EIGENVALUE 文件中各项都是什么意思?发信站:BBS 大话西游站(Thu Oct 14 23:11:41 2004),转信 (9)下面是 Handson session1 中做水分子振动的里子,生成的 EIGENVALUE 文件,各项的内容都是什么意思?-3
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- ADF MaterialsStudio 软件 编程 有关 问题
![提示](https://www.taowenge.com/images/bang_tan.gif)
限制150内