凝胶成像软件使用说明书教学提纲.doc

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1、 Lane 1D凝胶图像软件目 录一 样品拍摄指南1 拍摄界面简介 4 2 琼脂糖电泳凝胶拍摄方法 93 蛋白质电泳凝胶拍摄方法 134 蓝光样品的拍摄方法 165 化学发光样品的拍摄方法 196 RGB荧光样品的拍摄方法 24二 软件分析指南 1 系统进入 282 功能介绍 293 图像分析 293.1 1D凝胶分析3.1.1 打开图像 333.1.2 旋转 333.1.3 图像调整 343.1.4 图像增强 353.1.5 分析设置 363.1.6 泳道识别 363.1.7 初始井 373.1.8 条带识别 373.1.9 背景校准 383.1.10 标准分子量选择 393.1.11 倾斜

2、 403.1.12 结果 413.1.13 遗传树分析 423.1.14 VNTRs分析 433.1.15 视图选择 443.1.16 报告 453.1.17 保存实验 46 3.2 ECL Western Blot分析3.2.1 打开图像 473.2.2 图像旋转 473.2.3 图像调整 473.2.4 图像增强 473.2.5 噪点去除 473.2.6 合并MAKER泳道 473.2.7 分析设置 483.2.8 泳道识别 483.2.9 条带识别 483.2.10 背景校准 483.2.11 标准分子量选择 483.2.12 倾斜 493.2.13 结果 493.2.14 视图选择 4

3、9 3.2.15 报告的生成 493.3 图像合并 493.4 染料数据库和伪彩 503.5 PCR密度分析3.5.1 打开图像 523.5.2 图像旋转 523.5.3 图像调整 523.5.4 图像增强 523.5.5 分析设置 523.5.6 强度校准 533.5.7 保存实验 543.6 菌落/克隆计数分析3.6.1 打开图像 553.6.2 图像旋转 553.6.3 图像调整 553.6.4 图像增强 553.6.5 分析设置 553.7 斑点杂交分析3.7.1 打开图像 583.7.2 图像旋转 583.7.3 图像调整 583.7.4 图像增强 583.7.5 分析设置 583.

4、7.6 强度校准 593.7.7 保存实验 593.8 距离测量分析3.8.1 打开图像 603.8.2 分析设置 613.8.3 标准线更改 62三 附录3.1 仪器的保养要求 633.2 售后服务 63样 品 拍 摄 指 南1 拍摄界面简介：主页面 模式选择部分根据不同样品的需要，软件包含两种不同的拍摄模式：普通模式和ECL模式。普通模式：用于DNA/RNA、蛋白质凝胶电泳、微孔板、杂交膜、瓶皿、菌落、切片、荧光二抗Western Blot等样品的拍摄。（在本模式下，开启不同的灯光，滤光轮会自动转到对应的滤光镜位）ECL模式：用于ECL等化学发光底物样品的拍摄。本模式下，分辨率自动进行像素

5、合并从而提高灵敏度。（在本模式下，滤光轮会自动转至空位，并且在选择自动曝光、规则积分和不规则积分拍摄功能时均会自动关闭所有灯光并将镜头光圈值放到最大，从而减少操作步骤） 镜头控制部分镜头的控制功能包括：光圈、焦距、聚焦的调整。 图像区域可显示图像预览和拍摄的效果。 灯光控制部分灯光控制包括：反射白光、紫外光、红绿蓝三色光源；透射紫外、白光等。（在普通模式下，滤光轮联动。当选择紫外、红绿蓝反射光时，滤光轮将自动转到对应的滤镜位置。） 滤光轮调整部分滤光轮孔位的调整控制，通过自动旋转来切换不同的滤光镜复位按钮用来修正基准位（5位滤光轮校准位：5号位； 7位滤光轮校准位：7号位）。 分辨率选择与相机

6、启动部分分辨率选择功能仅部分型号支持。 参数选择与自动曝光部分参数选择：可设置和保存相机各种参数，便于今后调用。自动曝光：程序将自动计算出当前状态下的最佳曝光值。 曝光时间设置部分100毫秒：将相机转为预览状态的快捷键。自由设置：可自己设置任意的曝光时间。 拍摄方法选择部分单祯拍摄：适用于普通模式和ECL模式自动曝光后的图像捕获。规则积分：指ECL模式下等分时间间隔的积分图像拍摄。不规则积分：指 ECL模式下不等分时间间隔的积分图像拍摄。可任意设置每祯图像的间隔时间。 图片拍摄按钮及分析快捷键拍摄：进行图像的捕获。图像管理：每次拍摄完后，图像将自动保存至Lane 1D文件夹下的“拍照”子文件夹

7、中。分析：可直接将拍摄后图像导入分析界面,进行分析。子页面参数设置子页面： 相机类型和控制类型设置设置相机的类型与控制的类型（相机类型请参照仪器型号进行选择） RGB和滤光轮RGB三原色激发光源和滤光轮仅部分机型配置，请根据仪器配置清单进行选择 存放路径设置设置拍摄图片存放路径，点击功能按钮 进行设置 参数设置调整调整相机的增益，对比度及伽玛值 参数保存名称可对当前设置进行保存，方便下次实验直接调用自动曝光设置出厂时均设置有默认值明 场：指白光或自然光环境UV场：紫外光和荧光环境暗 场：ECL等无激发光源的密闭环境自动曝光积分单位：用于暗场模式自动曝光的时间单位。 镜头设置电动镜头的光圈、焦距

8、和聚焦三个值的数值化显示设置。框内时间是三可变对应的全程可调整范围的时间，精确到毫秒，自动对应到1-100的调整范围。 规则积分用于等分时间间隔的积分拍摄，可设定拍摄张数和间隔的时间。 不规则积分用于不规则时间间隔的积分拍摄，可任意设定每张图片的间隔时间，利于对未知特性发光底物样品的拍摄条件的摸索。拍摄数量最多10张。 滤光轮设置可进行滤光轮每个孔位的信息输入。 2 琼脂糖电泳凝胶拍摄方法：提 示：本指南所例举为：EB或GoldView染色的DNA凝胶。其它染料的样品请根据激发和吸收波长选择光源和滤光镜。2.1 打开拍摄界面，软件将自动开启白光反射灯。单击功能按钮相机启动，在图像预览区域显示图

9、片效果。将样品放置紫外台中央，关闭暗箱门。 白光反射灯2.2 单击功能按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达到最佳效果。2.3 调整焦距，直至样品达到屏幕的满幅面。 焦距调整 2.4 调整聚焦，直至加样孔清晰。聚焦调整2.5 关闭白光反射灯，开启紫外透射光源。注 意：如果您购买的为多波长紫外台，请选择302nm波长.（波长切换开关）紫外透射灯 2.6 单击功能按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达到最佳效果。注 意：通常情况下，只要在白光下将加样孔调整清楚，切换到紫外时条带就能清晰的看到。但是，如果胶非常厚，加样孔和条带将不在同一景深，所以白光时加样孔虽然能聚清晰，但是紫外时条带仍会有些模

10、糊，这时，可以再微调一下“聚焦”，让条带变清晰。点击“拍摄”按钮： 2.7 单击功能按钮，进入图像管理界面（该界面里能直接对图片进行打印、保存、删除或分析）。如需进行下一次拍摄，单击功能按钮返回至拍摄界面3 蛋白质电泳凝胶拍摄方法： 3.1 ChampGel,ChampChemi：将折叠白光透射板从机箱内折下.SmartGel,SmartChemi: 将白光透射板放入机箱内，并与12V电源连接. 3.2 打开拍摄界面，软件将自动开启白光反射灯。单击功能按钮相机启动，在图像预览区域显示图片效果。将样品放置白光透射板中央，关闭暗箱门。关闭白光反射灯，打开白光透射灯 白光透射灯3.3 单击功能按钮

11、，软件自动计算曝光值，使预览图片达到最佳效果。3.4 调整焦距，直至样品达到屏幕的满幅面。焦距调整3.5 调整聚焦，直至条带清晰。聚焦调整单击“拍摄”按钮： 3.6 单击功能按钮，进入图像管理界面（该界面里能直接对图片进行打印、保存、删除或分析）如需进行下一次实验，单击功能按钮返回至拍摄界面注 意：同样的操作方法可拍摄其它类型的样品，如下图所示：菌落斑点杂交膜X光胶片抑菌圈4 蓝光样品的拍摄方法： 提 示：请按照样品中染料的吸收波长选择合适的滤光镜。4.1 将蓝光透射台放入机箱内，并与12V电源连接。打开拍摄界面，自动开启白光反射灯。单击功能按钮相机启动，在图像预览区域显示图片效果。将样品放置

12、蓝光透射台中央，关闭白光反射灯，开启透射白光（蓝光透射台与白光透射共用一个开关按钮），关闭暗箱门。蓝光透射灯4.2 单击功能按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达到最佳效果。 4.3 调整焦距，直至样品达到屏幕的满幅面。焦距调整4.4 调整聚焦，直至条带清晰。聚焦调整单击“拍摄”按钮： 4.5 单击功能按钮，进入图像管理界面（在该界面里能直接对图片进行打印、保存、删除或分析），如需进行下一次拍摄，单击功能按钮返回至拍摄界面提 示：蓝光样品主要用蓝光台或反射蓝光作为激发光源。蓝光台跟白光板共用一根电源线，均为12V。5 化学发光样品的拍摄方法：5.1 打开拍摄界面，自动开启白光反射灯。选择EC

13、L模式，滤光轮自动转到5号空位，负片功能自动启动。单击功能按钮相机启动，在图像预览区域显示图片效果。将未加入发光液的样品放置化学发光样品板中央，关闭暗箱门。白光反射灯5.2 单击功能按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达到最佳效果。5.3 调整焦距，直至样品达到屏幕的满幅面。焦距调整5.4 根据样品上的MAKER或标记的数字调整聚焦，直至样品清晰。聚焦调整5.5 选择拍摄方法，灵活的更改拍摄时间和张数。(一般浓度高的样品使用单帧拍摄方法，即自动曝光后的图像捕获；浓度低的样品使用规则积分拍摄或不规则积分拍摄方法，即长时间积分曝光拍摄)5.6 将发光液加在样品上,关闭暗箱门，点击功能按钮5.7

14、软件自动拍摄，直至完成所设置的拍摄张数。5.8 单击功能按钮，进入图象管理界面（该界面里能直接对图片进行打印、保存、删除或分析），如需进行下一次拍摄，单击功能按钮返回至拍摄界面。积分拍摄模式下保存的图像格式为多页式TIFF文件，一个文件中可保存多张图像，您可以使用对多页式TIFF文件进行查看。6 RGB反射光源激发样品拍摄方法6.1 打开拍摄界面，自动开启白光反射灯。单击功能按钮相机启动，在图像预览区域显示图片效果。将样品放置紫外透射台中央，关闭暗箱门。白光反射灯6.2 单击功能按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达到最佳效果。6.3 调整焦距，直至样品达到屏幕的满幅面。焦距调整6.4 调整

15、聚焦，直至样品清晰。焦距调整关闭白光反射灯，打开相对应的RGB荧光灯，这时滤光轮自动转到相对应的滤镜孔位。（图例中样品的激发光源是蓝色荧光光源）蓝色荧光光源6.6 单击功能按钮 ，软件自动计算曝光值，使预览图片达到最佳效果。单击“拍摄”按钮： 6.6 单击功能按钮，进入图像管理界面（该界面里能直接对图片进行打印、保存、删除或分析），如需进行下一次拍摄，单击功能按钮返回至拍摄界面软 件 分 析 指 南 1 系统进入双击桌面图标出现新的对话框在对话框内输入用户名和密码，进入系统。管理员初始密码：123456。请尽快设置和更改此密码。管理员为最高级用户，拥有最高权限，可以修改其他用户的密码，请注意保

16、管好密码。2 功能介绍打开图像后，所有应用程序窗口便处于激活状态。应用程序窗口包括菜单栏、工具栏、图像窗口、工作区以及状态栏。下图显示了LANE 1D应用程序窗口的上述及其它特征。菜单栏工具栏图像窗口菜单栏: 菜单栏包含了所有LANE 1D命令，这些命令可从菜单栏上的菜单列表来选择。同大多数应用程序一样，在选择命令之前，您必须确定命令的应用对象（例如，在选择命令之前，应确定已选择了此命令将要应用的图像数据）。工具栏： 工具栏是位于屏幕顶端的按钮条。应用程序窗口的此位置包含了LANE 1D最常用到的基本强度控制和成像工具当光标移到按钮上时，将出现浅黄色简短的描述该按钮功能的提示信息。如果未出现提

17、示信息，则表面该按钮/功能不可应用于当前图像。本指南对工具栏上的26个按钮进行了解述。这些按钮的说明及其用途见下：在默认状态下，下面的工具栏应紧位于菜单栏之下。 图标位图名称打开文件保存图像数据库图像多帧管理扫描图像打印撤消旋转清除兴趣区域矩形兴趣区域椭圆兴趣区域任意兴趣区域或魔棒注释放大图像拖动图像对比度调整图像优化图像重置自定义染色噪点消除泳道分析斑点分析菌落分析密度分析距离测量对比度增强工具：对比度增强工具按钮可显示或隐藏对比度增强控制面板。 可通过该面板方便地调整当前活动图像的亮度、对比度和伽玛值(BCG)。每个特征由单独的滑块控制。可使用亮度控制来改变图像的整体亮度。可使用对比度控制

18、来改变图像中明暗部分的亮度差异程度。可使用伽玛控制来增强图像中很暗或很亮区域的对比度，而对图像中间区域的对比度不会有明显的影响。向右移动滑块按钮将增强该属性。向左移动则降低该属性。 点击反相按钮，图片会发生相应的变化。比如：亮条带暗背景会变成暗条带亮背景。暗条带亮背景会变成亮条带暗背景。点击此按钮将把BCG滑块重置至默认值。点击此按钮，图片会自动进行设置3 图像分析3.1 1D凝胶分析（适用于DNA/RNA和蛋白质凝胶电泳）：3.1.1打开图像：点击功能按钮 或者 出现对话框，在对话框内打开需要分析的图片3.1.2 图像旋转：点击对话框中的功能按钮 ，可对倾斜的图像进行校正进行校正。方法如图：

19、快捷调整方法：直接将鼠标移至图像上，将出现旋转符号，旋转网格，让网格横轴与样品条带呈水平即可。提 示:在拍摄前，最好将凝胶在紫外台或白光透射板中放正，从而可省去旋转这一步骤直接进行下一步分析操作。3.1.3 图像调整： 点击功能按钮 对图片的有效分析区域进行矩形裁剪。 然后在工具栏中点击编辑中的复制、粘贴并新建或者直接生成新图像。出现裁剪的图片后，可关闭原始图片。提 示：拍摄图片之前，最好把样品尽量放大到整个屏幕，以确保剪切后的图片有足够多的像素。 3.1.4 图像增强：点击功能按钮 ，将出现对比增强对话框：可手动对图像进行后期增强或者点击自动对图像进行增强。另可点击取消增强。3.1.5 分析

20、设置： 点击功能按钮 将出现右侧对话框3.1.6 泳道识别：点击对话框中的泳道，程序将自动识别泳道，并生成泳道轮廓图。 如果有的泳道未能识别，或者识别错误，可以在对话框中进行删除或者添加。另外，可统一修改泳道宽度，可直接在图像上调整单一泳道的宽度，也在图像上直接调整泳道识别区域的上下沿。3.1.7 初始井设置： 通过初始井可自行定义每个泳道的起点。3.1.8 条带识别：点击对话框中的条带进行条带自动识别。点击寻找条带，软件将进行自动查找。通过最小条带高度可自动添加和删除条带；也可通过添加条带和删除条带的功能进行手动操作。对于微笑条带，可通过弯曲条带的功能进行调整。可用鼠标直接在图像上调整条带的

21、识别范围可用鼠标在泳道轮廓上调整条带的识别范围，准确度高于在图像上调整的方法。3.1.9 背景校准：点击对话框中的背景进行背景校准。可选择不同的背景扣除方法生成新图像，新图像的质量将有所提高。选择扣背景方法后，请点击对话框中的显示校准图像，程序将生成一张扣除背景的新图像 。3.1.10 标准分子量选择：点击对话框中的标准分子量进行MAKER泳道的选择与分子量标准的选择。程序默认的MAKER泳道为1号泳道，如果样品的MAKER不是1号泳道，可在对话框中点击重置，再点击选择/取消选择，然后在图片单击MAKER泳道。对话框中将显示正确为MARKER泳道。另外，如果样品中有两个或两个以上的MARKER

22、泳道，请在选择时进行多选。可在分子量标准数据库中调用已存有的MARKER.如果数据库中没有所需的分子量标准，就点击新建对话框。输入当前使用的MARKER分子量标准，包括名称、单位的选择、遗传物质的选择、扩散的选择、分子量的数据的输入。最后：必须点击自动定位。注意：敏感度的数值调整将影响AFLP/RFLP及遗传树分析的结果。3.1.11 倾斜（双MAKER或多MARKER校准）：如果样品中有两个以上MARKER的：请点击倾斜来进行MAKER校正，可在对话框中选择自动倾斜校准，也可通过手动方式添加倾斜线。如果样品是单MARKER的话：无需使用倾斜功能，可直接进入结果分析。3.1.12 结果：程序将

23、自动计算出所有条带的分子量、IOD、最大OD值、百分比等数据。可自行选择显示的方式。在文件中有多种数据导出方式供选择。如需计算条带含量，请在结果中点击校准，选择校准质量， 用鼠标选择MARKER泳道上的条带进行点击。然后在对话框中质量一栏中输入该条带的质量，在单位一栏中输入单位，如：ug、mg、ng、pg等。（最少输入3个已知质量才能画出标准曲线），最后点击确定。可保存含量曲线，今后只需点击载入调用。在结果中选择把条带含量，表格中将显示所有条带的含量。3.1.13 遗传树分析：点击对话框中遗传树分析,可选择遗传树分析方法。可在报告中输入实验信息直接生成实验报告，并可打印3.1.14 VNTRs

24、分析：VNTRs多态性分析是一种常用的遗传分析方法，可用于群体间遗传关系的研究亲缘相关程度的分析，群体近交程度的分析等等。本软件中VNTRs功能用于对数目可变串联重复位点（Variable number of tandem repeats，VNTRs）进行分析和计算，此功能可以根据电泳软件分析PCR产物各条带的分子量大小,再根据每一个特异位点重复单元的大小以及特异引物扩增产物边缘序列的长短,进一步确定每个实验样品VNTR特异位点重复单元的重复次数。点击对话框中的VNTRs，调整重复单元大小和侧翼序列大小，可直接计算出遗传基因的频率。可在报告中输入实验信息直接生成实验报告，并可打印3.1.15 视图选择：点击对话框中的选择视图可对泳道、条带、轮廓图等显示、指示的方式进行选择。比如：泳道颜色、条带颜色、字体颜色和大小、数据显示等。3.1.16 报告的生成：点击对话框中的报告，选择报告输出的方式，并输入实验信息。泳道图像报告轮廓图报告结果报告泳道-条带报告3.1.17 保存实验：点击保存，对当前的实验及数据进行存储3.2 Western Blot分析3.2.1 打开图像： 请查看3.1.13.2.2 图像旋转： 请查看 3.1.23.2.3 图像调整： 请查看 3.1.33.2.4 图像增强： 请查看3.1.43.2.5 噪点去除： ECL Wester