丙型肝炎病毒p7病毒维罗哌啶的结构和功能特性.docx
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1、丙型肝炎病毒p7病毒维罗哌咤的结构和功能特性抽象丙型肝炎病毒(HCV)感染在人群中的高患病率引发了密集的研究工作,从而导致了治愈性抗病毒疗法的开展。此外,HCVB 成为研究控制正链RNA病毒复制周期的基本原理的典范。事实上,对于大多数HCV蛋白,已经建立了基于高分辨率X射线和 NMR (核磁共振)的结构,并且对其生化和生物学特性有了深刻的了解。一个例子是p7, 一种小型疏水性蛋白质,对于RNA 复制是可有可无的,但对于感染细胞中传染性HCV颗粒的产生和释放至关重要。由于其能够插入膜并组装成作为极简离子通道 的均聚低聚物,HCV p7是维罗波林家族的成员。本综述综述了不同HCV基因型p7的结构和
2、双孑L/离子通道活性的最新发现。 详细描述和讨论了 HCV p7在其单体和低聚态下提出的替代构象和拓扑结构。我们还总结了 p7在HCV复制周期中可能发挥的 不同作用,并强调了离子通道/孔样功能以及p7与其通道活性无关的其他作用。最后,我们讨论了利用维罗哌汀抑制剂拮抗p7 离子通道/孔样活性的可能性。关键字:丙型肝炎病毒;p7蛋白;维罗波林斯;小膜蛋白;离子通道活性;低聚结构;毛孔样功能;病毒组装和释放;抗病毒靶标引言丙型肝炎病毒(HCV).在黄病毒科中彩位肝病毒膜。HCV是一种正链RNA病毒,编码单个多蛋白前体,该前体由粗 糙内质网(ER)处的RNA翻译产生。该多蛋白以优先但不是强制性的顺序蛋
3、白水解加工成10种成熟蛋白质(图1) 2, 3o 其中,p7将结构蛋白(助核心和包膜糖蛋白E1和E2)与非结构蛋白别离,这些非结构蛋白对病毒RNA复制至关重要(NS3, NS4A, NS4B, NS5A和NS5B)。重要的是,多蛋白加工是产生裂解中间体的调节事件,p7对此进行了最好的说明。事实 上,p7作为别离产物的鉴定并不明显或不可预测。这是由于E2-p7-NS2和E2-p7前体在ER处的信号肽酶裂解效率低下5, 6, 7(图 1)。由于缺乏足够的细胞培养模型在培养细胞中繁殖HCV以及识别p7的可靠抗体的可用性有限,最初将p7的不同功能归因 于病毒生命周期的尝试变得复杂。基于HCV复制因子(
4、解NS3, NS4A, NS4B, NS5A, NS5B和NTRs)的自我复制亚基因 组relicon的初始开发说明,结构蛋白和p7对于病毒RNA复制是可有可无的8。然而,由于这些再克隆子仅概括HCV复制周 期的细胞内步骤,因此无法解决p7在病毒产生中的可能作用。到那时,人们推测p7可能是一种膜通透蛋白,并参与病毒的产生/释放9。这一假设基于对p7膜拓扑影外勃预测,该拓 扑结构与相关鼠疫病毒的p7蛋白和。病毒的6K蛋白相似,后者是经过充分研究的病毒科成员10, 11。逋过体力研究获得了 对HCV p7的离子通道/孔样活性的强支持,证明了对阳离子的局部选择性,但也对小分子具有选择性12, 13,
5、 14, 15, 16, 17。然而,关于HCV p7在病毒产生中的作用的研究只有在对一名日本爆发性肝炎患者进行基因型(Gt) 2a别离株(指定为 JFH-1)的分子克隆后才成为可能18, 19。这种别离株在人肝癌细胞系中有效复制并产生感染性病毒颗粒,用于证明p7对于 颗粒组装和释放至关重要20, 21,这一发现与早期一项研究说明p7对于伏的生产性HCV传播至关重要的研究一致22.通过 使用一系列基因内和基因间嵌合HCV基因组,这些观察结果被扩展到许多其他HCV Gts20, 21。有趣的是,通过使用HCV 样颗粒和p7抑制剂,已经提出了 p7作为病毒进入的增强子的贡献23, 24o然而,在感
6、染性病毒颗粒中检测p7的困难,以及 p7缺失不影响HCV特异性感染性的观察结果引起了争议20, 25o5NTRHCVssRNA AUGPolyprotein processingH2N9.6 KbE2 同 NS2 ) NS3 网 NS4751 81410301662 1716NS2p7 precursorsViroporinNS2NS3图1.HCV基因组组织,多蛋白处理和p7前体。HCV RNA基因组的示意图,包括5和3,末端的非翻译区域(NTR)以及编码 区域显示在顶部。AUG和UGA分别表示长开放阅读框的起始和停止密码子。由IRES依赖性RNA翻译和裂解产物产生的多蛋 白前体如下所示。数字
7、是指JFH-1别离株的氨基酸位置(GenBank加入编号AB047639)。非结构蛋白以粉红色描绘,p7以 黄色描绘,结构蛋白以绿色描绘。负责多蛋白裂解的细胞和病毒蛋白酶由剪刀表示并在框中指定。SPP,信号肽肽酶;SP,信号 肽酶。突出显示p7前体和p7oViroporins是由RNA和DNA病毒中鉴定的不断增长的病毒蛋白家族形成的。这些蛋白质能够低聚,在宿主细胞膜中形成 亲水性孔/离子通道26, 27。Viroporins具有共同的特征,例如它们的小尺寸,疏水性,至少一个两相跨膜结构域的存在和细胞 致病性。感染期间维罗波林表达的主要后果是靶膜上的离子梯度破坏,从而改变生理细胞功能27, 28
8、。另一方面,维罗波林作 用导致为病毒生命周期的不同步骤建立有利的环境,通常但不完全是病毒粒子的组装及其从感染细胞中释放26。例如,在HIV-1 VPU、avirus 6K,甲型流感病毒M2、SARS-CoV (严重急性呼吸综合征冠状病毒)E和HCVp7的情况下,删除维罗蛋白编码 序列会降低传染性病毒颗粒的产生和致病性22, 29, 30, 31, 32, 33。在以下局部中,我们将讨论与HCVp7维罗蛋白的结构和功能相关的主要发现,以及其在抗病毒治疗中的可能用途。1. HCV p7拓扑结构和结构基于蛋白质结构和膜拓扑结构,已经定义了两个主要类(I和II)和两个子类(a和b)的玻璃体。还提出了第
9、三类包括具 有3个疏水结构域的维罗波林26。在这方面,HCV p7是IIA类维罗哌咤;它具有63个氨基酸残基的长度,形成两个跨膜跨区 域,这些区域由碱性细胞质环隔开,N-和C-末端都面向ER管腔9(图2A)。然而,已经提出了一种将C端暴露于细胞质的 替代拓扑结构,作为从E2-p7前体蛋白的表达中推导出来的34。一些实验室报告了 p7在伏力形成均聚物并组装成离子通道样 结构的倾向12, 13, 14, 15, 16, 17, 35o这些结果基于使用插入人工脂质双层的重组p7或合成肽、非洲爪蟾卵母细胞中 p7的过表达和电生理记录技术,包括膜片钳和双电极电压钳12, 13, 14, 15, 17,
10、35o在电子显微镜(EM),生化数据和 计算建模技术的支持下,在HCV p7序列的才裳物分析中预测了单体的发夹状结构,N端跨膜结构域(TMD)衬里在孔隙的管 腔内12, 36, 37(图2A)。使用透射EM (TEM)和基于计算机的图像分析的初步研究说明,p7融合蛋白在脂质体中形成六 聚体和七聚糖复合物的混合物12, 15。p7平衡沉降实验的结果与包含6个1亚基的不同p7低聚态的形成一致,其异质性强 烈依赖于洗涤剂17。因此,在生物膜中,p7可能以可变尺寸的低聚物混合物的形式存在。随后的TEM研究结合化学合成的 Gt2a全长p7的单颗粒重建,在pH7.0下在短链DHPC(1, 2-二庚酰基-松
11、果酸甘油-3-磷酸胆碱)洗涤剂胶束中溶解,以16A 的分辨率提供了六聚体p7通道的第一个3D结构16。发现p7通道以花形复合体的形式存在,其中6个花瓣从圆锥形基部出现。 通过本研究生成第一个EM密度图,可以将模拟的p7单体建模为具有高拟合值(97.3%)的六聚体体积,并预测它们在通道下 部的相互作用。此外,该复合物的拓扑结构说明每个单体中的N-和C-末端暴露于花瓣的尖端,可以通过用p7特异性抗体进行 免疫金标记来确认。因此,建议将通道的更开放局部突出到ER管腔中(图2B)。这种基于EM的3D模型随后被用作从NMR 求解的单体结构中重建其他Gts的p7通道的有用模板38。目前,已经报道了 HCV
12、 p7单体的四种基于NMR的结构(图2A)。首先,Monserret及其同事从溶解在三氟乙醇/水混 合物中的Gt1b获得了 p7的第二个TMD的结构,并根据膜模拟实验的结构数据提出了 p7单体的模型17。Foster及其同事在 甲醇中获得了全长p7的NMR结构39。Cook及其同事的结构揭示了 pH 4.0时的Gt1b p7单体,并重组为由含有短酰基链的 DHPC形成的胶束40。有趣的是,欧阳及其同事报告的基于NMR的结构在DPC胶束(解含有更长酰基链的十二烷基磷胆碱) 中用p7测定,并根据平行负染色EM实验假设具有六聚体低聚物尺寸35。虽然在Gt1b的不同HCVp7亚型之间发现了明显的相似性
13、,但Gt5ap7的结构存在明显的差异35(图2A, B)。Gt1b 的单体表现出经典的“发夹状”构象,而Gt5a p7单体表现出以不寻常的方式倾斜的。螺旋元件的扩展和更复杂的分布(图2A, B) o在发夹模型中,可以根据报告的结构通过可变定位来区分三个或四个螺旋段(图2C)。在Opella和Penin组的结构中, 己经提出了通过柔性转弯连接到第一个TM螺旋的N端。螺旋,以与分子动力学模拟推导出的脂质双层的头基相互作用17,40。 膜界面处的螺旋区域可能与随后的跨膜螺旋采用几乎垂直的角度40。在Ghffin基团的结构中,Gt1bp7 (别离物J4)的前两个 螺旋段表现为单个跨膜螺旋39(图2A)
14、。此外,在所有Gt1b结构中,胞质环将第一跨膜区域与第二跨膜区域分开,后者表现 出一定的变异性,包括位于不同位置的一个或两个螺旋元件17, 39, 40o大多数C端部件被建议为结构化或包括一个短而灵 活的螺旋(图2A, C)。总体而言,p7似乎是一种灵活的蛋白质,由不同组观察到的结构差异支持。需要注意的是脂质或有机 溶剂的作用,它们决定了膜的组成和厚度,从而影响p7的最终构象37, 41。p7 Gt 1bStrain:HCV-JJ4J4(FLER membraneER lumenCytoplasm图2.p7单体和六聚体的结构。(A)从核磁共振结构17推导出的HCVp7Gt1b (HCV-J)的
15、膜拓扑结构如左图所示。基于核 磁共振的p7结构(2MTS;中间。经40许可改编。版权2013美国化学学会)和Gt1b别离株J4的Flag-p7 (3ZD0;右) 在中间面板中显示为色带39, 40o从NMR结构推导出的HCVp7 Gt5a膜拓扑结构的示意图如图35所示。标明了为每个结 构提出的。螺旋。Gt1b p7的胞质环或Gt5a p7的螺旋2中的基本保守残基以蓝色粗体字母表示。Flag-p7结构中的黄色区域 表示FLAG。螺旋和额外的残留物。请注意,所示的Gt1b p7的单体结构表现出“发夹”构象,而Gt5a的p7单体采用“订书钉” 构象(B)上图:Gt2a HCV别离物的p7六聚体的EM
16、密度图,垂直(左)和上(右)视图16。将模拟的p7单体(紫 色和蓝色)安装到花形图中,其N和C端面向花瓣尖端。p7的拓扑结构如描述中所述,N端和C端均暴露于ER管腔9, 16。 中间面板:基于NMR的Gt5a HCV别离株(2M6X)的p7的六聚体结构35。单体结构中的。螺旋以颜色突出显示。残 留物Gly34驻留在保守的碱性残基之间,对应于第二。螺旋中的扭结。底板;从核磁共振数据(3ZD0)推导出的Gt1b HCV分 离物J4的p7的七烷基模型39。突出显示His17和Phe25的侧链;(C)来自代表性Gts的p7序列的多重比对,包括(A)和 (C)中显示的两个菌株的p7o数字是指用作参考的G
17、t2a (JFH-1) p7中的氨基酸位置。保守的基本残留物以蓝色和粗体表示。 以粗体和黑色字母突出显示的残基己被建议参与离子门控并驻留在低聚通道的孔腔中。顶部和底局部别显示了与(A)和(B) (相同颜色)中p7单体结构相对应的。螺旋,转弯和环区域的示意图。尽管Gt1bp7单体中二级结构元素的数量和分布存在差异,但令人惊讶的是,所有这些通道亚基都具有发夹构象,并且反 平行TM区域略微倾斜到脂质双层(图2A, C) o在这方面,尚不清楚为什么Gt5a的p7单体呈现出不寻常且独特的构象(图 2A,右图)。然而,该结构代表了从基于NMR的六聚体复合物中提取p7亚基构象的第一个例子35。它揭示了三个以
18、锐角倾 斜的。螺旋区域,并采用弯曲的“钉状”构象,其中第一个和第三个螺旋通过Gly 34处扭结的第二个螺旋别离(图2B)。有趣的 是,该残基位于两个高度保守的碱性氨基酸残基(K/R33, R35)之间,这两个残基对病毒颗粒在鑫内的传染性至关重要,对 p7离子通道活性也很重要22, 42o与Gt1bp7的模型相比,不同Gts的p7蛋白之间的螺旋元件的不同定位以及组装通道内单 体的更扩展排列揭示了意想不到的特征,例如缺乏连接两个跨膜区域的非结构化环或嵌入脂质双层的C端区域(图2B)。欧阳及其同事的研究还提供了有关孔隙整体结构的重要细节。有趣的是,嵌入膜中的p7低聚物表现出类似于花状形状模 型的漏斗
19、状形状,并且具有高精度(相关系数0.94)的EM图谱,即使用于重建用于NMR和EM分析的p7的洗涤剂浓度不相 同。这种六聚体结构通过单体之间的多重相互作用来稳定,使得一个单体的第三个C端螺旋(H3)与相邻单体的第二个螺旋(H2) 和连续单体的第一个N端螺旋(H1)相互作用(图2B)。这种亚基的复杂重排可能引起共折叠过程,至少在DPC存在下蛋白 质“复性”期间使用的林条件下43。然而,这种结构是否可以在生理背景下获得仍然是一个谜,因为这种共折叠不能用我们目 前对纤维索蛋白质折叠的理解来解释。先前基于NMR和EM的研究说明,单体内相互作用在这种结构中不存在,这一事实是新 颖且值得注意的。在该NMR
20、结构中,亲水通道的较窄局部由H1螺旋(N-termini)的紧密结合形成,随后由H2螺旋形成的更 宽的区域形成。根据这项研究,结构突起或“花瓣”主要对应于围绕和包装中心腔的H3螺旋,而H2螺旋和H2-H3互连区域的后 半局部代表花瓣尖端。因此,这种花朵状的架构呈现出与前面描述的拓扑结构不同的拓扑结构16, 35(图2B) o来自Gt1b 和Gt5a的p7单体之间存在替代结构,至少局部可以通过氨基酸序列的遗传多样性和每项研究中使用的实验条件来解释。但是, 其他可能性可能会解释与Gt相关的明显结构差异。在感染不同Gts的HCV的细胞中理想地进一步表征p7结构将有助于证实这 一新发现。Gt1a、1b
21、和2a的六聚体或七聚体p7通道的模型是通过分子动力学获得的,这些结构是使用插入脂质双层的相应单体的 预测结构或基于NMR的结构37, 38, 39, 40。在这些研究中,p7束显示第一个TMD的腔方向,其中C端TM区域面向膜 疏水相并围绕通道(图2B)。引人注目的是,塞干才算物的Gt5ap7单体二级结构研究中,预测了发夹状褶皱,让人联想到 Gt1bp7的NMR结构38。在此基础上,报道的组装到通道中的Gt5a单体的弯曲“订书钉状”构象无法先麴地预测。同样,欧阳 及其同事报告的完整Gt5a低聚p7复合物的结构在计算机预测的p7单体构象下也是不可预测的。因此,可以预期在齐聚时在 单体p7发夹中诱导
22、构象变化。在这种情况下,与低聚物相比,p7单体可能发挥不同的功能,这与HCV生命周期中p7的不同 报告功能一致,这些功能依赖于或独立于离子通道活性(见以下各节)。然而,对Gt5a p7六聚体的其他分析揭示了反对在生 理膜环境中存在这种结构的特征。其中之一是存在18个带正电的侧链,对应于暴露于疏水膜相的精氨酸残基44。虽然这可能 是由于胶束的组成和形状,但在细胞膜环境中很难调和。另一个例子是在p7六聚体中存在几个嵌入脂质膜疏水核心的亲水空腔 41 o因此,鉴于p7的非常灵活的结构及其与脂质的相互作用,获得生理上相关的结构将需要在真正的膜样环境中研究p7,模 拟ER的组成和厚度。尽管已经确定不同H
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