基因重组和基因工程培训课程zni.pptx
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1、目录目录 基因重组和基因工程基因重组和基因工程 Genetic Recombination and Genetic Engineering目录目录第一节第一节自然界自然界DNA重组和基因转移重组和基因转移是经常发生的是经常发生的 DNA Recombination and Gene Transfer Occur Frequently in Nature目录目录DNA重组重组接合作用接合作用(conjugation)转化作用转化作用(transformation)转导作用转导作用(transduction)转转 座座(transposition)同源重组同源重组(homologous recom
2、bination)位点特异的重组位点特异的重组(site-specific recombination)目录目录发发生生在在同同源源序序列列间间的的重重组组称称为为同同源源重重组组(homologous recombination),又又称称基基本本重重组组(general recombination)。是是最最基基本本的的DNA重重组组方方式式,通通过过链链的的断断裂裂和和再再连连接接,在在两两个个DNA分分子子同同源源序序列列间间进进行行单单链链或或双双链片段的交换。链片段的交换。以以E.coli的的同同源源重重组组为为例例,了了解解同同源源重重组组机机制的制的Holliday模型。模型。
3、一、同源重组是最基本的一、同源重组是最基本的DNA重组方式重组方式目录目录nHolliday模型的模型的4个关键步骤:个关键步骤:两个同源染色体两个同源染色体DNA排列整齐;排列整齐;片段重组体片段重组体(patch recombinant)拼接重组体拼接重组体(splice recombinant)一个一个DNA的一条链断裂、并与另一个的一条链断裂、并与另一个DNA对应的链连接,形成对应的链连接,形成Holliday中间体;中间体;通过分支移动产生异源双链通过分支移动产生异源双链DNA;Holliday中间体切开并修复,形成两个双链中间体切开并修复,形成两个双链重组体重组体DNA,分别为:,
4、分别为:目录目录片段重组体片段重组体(见模型图左边产物):(见模型图左边产物):切开的链与原来断裂的是同一条链,重组切开的链与原来断裂的是同一条链,重组 体含有一段异源双链区,其两侧来自同一亲体含有一段异源双链区,其两侧来自同一亲本本DNA。拼接重组体拼接重组体(见模型图右边产物):(见模型图右边产物):切开的链并非原来断裂的链,重组体异源双切开的链并非原来断裂的链,重组体异源双链区的两侧来自不同亲本链区的两侧来自不同亲本DNA。目录目录 内切酶内切酶(recBCD)DNA侵扰侵扰(recA)分支迁移分支迁移 (recA)内切酶内切酶(recBCD)DNA 连接酶连接酶535353535353
5、535353535353535333535335535353Holiday中间体中间体53535353目录目录Holiday中间体中间体535353535535533335555333355553335555333355553333内切酶内切酶(ruvC)内切酶内切酶(ruvC)DNA连接酶连接酶 DNA连接酶连接酶片段重组体片段重组体拼接重组体拼接重组体目录目录二、细菌的基因转移与重组有四种方式二、细菌的基因转移与重组有四种方式(一)接合作用(一)接合作用当当细细胞胞与与细细胞胞、或或细细菌菌通通过过菌菌毛毛相相互互接接触触时时,质质粒粒DNA从从一一个个细细胞胞(细细菌菌)转转移移至至另另
6、一一细细胞胞(细细菌菌)的的DNA转转移移称称为为接接合作用合作用(conjugation)。目录目录可接合质粒如可接合质粒如 F 因子因子(F factor)细菌染色体外的小型环状双链细菌染色体外的小型环状双链DNA分子。分子。质粒质粒目录目录(二)转化作用(二)转化作用通通过过自自动动获获取取或或人人为为地地供供给给外外源源DNA,使使细细胞胞或或培培养养的的受受体体细细胞胞获获得得新新的的遗遗传传表表型型,称称为为转转化化作作用用(transformation)。目录目录例:例:溶菌时,裂解的溶菌时,裂解的DNA片段被另一细菌摄取。片段被另一细菌摄取。目录目录(三)转导作用(三)转导作用
7、当当病病毒毒从从被被感感染染的的(供供体体)细细胞胞释释放放出出来来、再再次次感感染染另另一一(供供体体)细细胞胞时时,发发生生在在供供体体细细胞胞与与受受体体细细胞胞之之间间的的DNA转转移移及基因重组即为及基因重组即为转导作用转导作用(transduction)。目录目录噬菌体的生活史噬菌体的生活史溶菌生长途径溶菌生长途径(lysis pathway)溶源菌生长途径溶源菌生长途径(lysogenic pathway)目录目录三、位点特异重组,即特异位点间三、位点特异重组,即特异位点间发生的整合发生的整合位点特异重组位点特异重组(site-specific recombination)是由整
8、合酶催化,在两个是由整合酶催化,在两个DNA序列的特异序列的特异位点间发生的整合。位点间发生的整合。目录目录噬噬菌菌体体的的整整合合酶酶识识别别噬噬菌菌体体和和宿宿主主染染色色体体的的特特异异靶靶位位点点发发生生选选择择性性整整合合;反反转转录录病病毒毒整整合合酶酶可可特特异异地地识识别别、整整合合反反转转录录病病毒毒cDNA的的 长长 末末 端端 重重 复复 序序 列列(long terminal repeat,LTR)。(一)(一)噬菌体噬菌体DNA的整合的整合目录目录(二)细菌的特异位点重组(二)细菌的特异位点重组沙门菌沙门菌H片段倒位决定鞭毛相转变。片段倒位决定鞭毛相转变。目录目录hi
9、x为为反反向向重重复复序序列列,它它们们之之间间的的H片片段段可可在在Hin控控制制下下进进行行特特异异位位点点重重组组(倒倒位位)。H片片段段上上有有两两个个启启动动子子P,其其一一驱驱动动hin基基因因表表达达,另另一一正正向向时时驱驱动动H2和和rH1基基因因表表达达,反反向向(倒倒位位)时时H2和和rH1不不表表达达。rH1为为H1的阻遏蛋白基因。的阻遏蛋白基因。目录目录 H2鞭毛素鞭毛素 阻遏蛋白阻遏蛋白Hin重组酶重组酶转位片段转位片段hinH2IH1 H1鞭毛素鞭毛素hinH2IDNA启动序列启动序列H1启动序列启动序列沙门菌沙门菌H H片段倒位决定鞭毛相转变片段倒位决定鞭毛相转
10、变目录目录(三)免疫球蛋白基因的重排(三)免疫球蛋白基因的重排免免疫疫球球蛋蛋白白(Ig),由由两两条条轻轻链链(L链链)和和两两条条重重链链(H链链)组组成成,分分别别由由三三个个独独立立的的基基因因族族编编码码,其中两个编码轻链其中两个编码轻链(和和),一个编码重链。,一个编码重链。轻链的基因片段:轻链的基因片段:重链的基因片段:重链的基因片段:L V J C L V D J C 目录目录重重链链(IgH)基基因因的的V-D-J重重排排和和轻轻链链(IgL)基基因因的的V-J重重排排均均发发生生在在特特异异位位点点上上。在在V片片段段的的下下游游,J片片段段的的上上游游以以及及D片片段段的
11、的两两侧侧均均存存在在保保守守的的重重组组信信号号序序列列(recombination signal sequence,RSS)。此此重重排排的的重重组组酶酶基基因因rag(recombination activating gene)共共有有两个,分别产生蛋白质两个,分别产生蛋白质RAG1和和RAG2。CACAGTG(12/23)ACAAAAACCGTGTCCAC TGTTTTTGG重组信号序列重组信号序列基因片段基因片段目录目录V片段片段J片段片段RSSRSS间插间插DNAOHOHVJ单链切开单链切开RAG1RAG2分子内转酯反应分子内转酯反应单链切开单链切开转移核苷酸转移核苷酸修复、连接修
12、复、连接免疫球蛋白基因重排过程免疫球蛋白基因重排过程目录目录四、转座重组四、转座重组由由插插入入序序列列和和转转座座子子介介导导的的基基因因移移位位或或重重排称为排称为转座转座(transposition)。大多数基因在基因组内的位置是固定的,大多数基因在基因组内的位置是固定的,但有些基因可以从一个位置移动到另一位但有些基因可以从一个位置移动到另一位置。这些可移动的置。这些可移动的DNA序列包括插入序序列包括插入序列和转座子。列和转座子。目录目录 插入序列插入序列(insertion sequences,IS)组成:组成:IRTransposase GeneIR(一)插入序列转座(一)插入序列
13、转座二个分离的反向重复二个分离的反向重复(inverted repeats,IR)序列序列特有的正向重复序列特有的正向重复序列一个转座酶(一个转座酶(transposase)编码基因编码基因目录目录插入序列发生转座的形式:插入序列发生转座的形式:保守性转座保守性转座(conservative transposition)复制性转座复制性转座(duplicative transposition)目录目录插入序列的复制性转座插入序列的复制性转座目录目录转座子转座子(transposons)可从一个染色体可从一个染色体位点转移到另一位点的分散重复序列。位点转移到另一位点的分散重复序列。IRIRTra
14、nsposase Gene有用基因有用基因(二)转座子转座(二)转座子转座转座子组成:转座子组成:反向重复序列反向重复序列转座酶编码基因转座酶编码基因抗生素抗性等有用的基因抗生素抗性等有用的基因目录目录 细菌的可流动性元件细菌的可流动性元件A插入序列:转座酶编码基因两侧连接反向末端重复序列插入序列:转座酶编码基因两侧连接反向末端重复序列(箭头所示箭头所示)B转座子转座子Tn3:含有转座酶、:含有转座酶、-内酰胺酶及阻遏蛋白编码基因内酰胺酶及阻遏蛋白编码基因C转座子转座子Tn10:含四环素抗性基因及两个相同的插入序列:含四环素抗性基因及两个相同的插入序列IS10L目录目录由转座子介导的转座由转座
15、子介导的转座目录目录第二节第二节 重组重组DNA技术技术又称又称DNA克隆或分子克隆克隆或分子克隆 DNA Recombination Technique is also Called DNA Cloning or Molecular Clone 目录目录重组重组DNA技术的发展史技术的发展史1865年年 G.J.Mendel的豌豆杂交试验。的豌豆杂交试验。1944年年 O.T.Avery的肺炎球菌转化实验。的肺炎球菌转化实验。1973年年 美国斯坦福大学的科学家构建第一个重组美国斯坦福大学的科学家构建第一个重组DNA分子。分子。1977年年 美国南旧金山由博耶和斯旺森建立世界上第一家遗传美国
16、南旧金山由博耶和斯旺森建立世界上第一家遗传工程公司,专门应用重组工程公司,专门应用重组DNA技术制造医学上重要的技术制造医学上重要的药物。药物。1980年年 开始建造第一家应用重组开始建造第一家应用重组DNA技术生产胰岛素的工厂。技术生产胰岛素的工厂。1997年年 英国罗林研究所成功的克隆了多莉。英国罗林研究所成功的克隆了多莉。目录目录相关概念相关概念 DNA克隆克隆 工具酶工具酶 目的基因目的基因 基因载体基因载体基本原理基本原理 重组重组DNA技术与医学的关系技术与医学的关系本节主要内容:本节主要内容:目录目录一、重组一、重组DNA技术相关概念技术相关概念克隆克隆(clone):来自同一始
17、祖的相同副本或拷贝来自同一始祖的相同副本或拷贝的集合。的集合。获取同一拷贝的过程称为克隆化获取同一拷贝的过程称为克隆化(cloning),即无性繁殖。即无性繁殖。(一)(一)DNA克隆克隆目录目录技术水平:技术水平:分子克隆分子克隆(molecular clone)(即(即DNA 克隆)克隆)细胞克隆细胞克隆 个体克隆(动物或植物)个体克隆(动物或植物)目录目录应应用用酶酶学学的的方方法法,在在体体外外将将各各种种来来源源的的遗遗传传物物质质(同同源源的的或或异异源源的的、原原核核的的或或真真核核的的、天天然然的的或或人人工工的的DNA)与与载载体体DNA接接合合成成一一具具有有 自自 我我
18、复复 制制 能能 力力 的的 DNA分分 子子 复复 制制 子子(replicon),继继而而通通过过转转化化或或转转染染宿宿主主细细胞胞,筛筛选选出出含含有有目目的的基基因因的的转转化化子子细细胞胞,再再进进行行扩扩增增提提取取获获得得大大量量同同一一DNA分分子子,也也称称基基因因克克隆隆或或重重组组DNA(recombinant DNA)。DNA克隆克隆目录目录生物技术工程生物技术工程:基因工程、蛋白质工程、酶工基因工程、蛋白质工程、酶工程、细胞工程等程、细胞工程等 目的:目的:分离获得某一感兴趣的基因或分离获得某一感兴趣的基因或DNA 获得感兴趣基因的表达产物(蛋白质)获得感兴趣基因的
19、表达产物(蛋白质)基因工程基因工程(genetic engineering)实现基因实现基因克隆所用的方法及相关的工作称基因工程,克隆所用的方法及相关的工作称基因工程,又称重组又称重组DNA工艺学。工艺学。目录目录(二)工具酶(二)工具酶 限制性核酸内切酶限制性核酸内切酶 DNA聚合酶聚合酶 逆转录酶逆转录酶 T4DNA连接酶连接酶 碱性磷酸酶碱性磷酸酶 末端转移酶末端转移酶 Taq DNA聚合酶聚合酶目录目录重组重组DNA技术中常用的工具酶技术中常用的工具酶工工 具具 酶酶功功 能能限制性核酸内切酶限制性核酸内切酶识别特异序列,切割识别特异序列,切割DNADNA连接酶连接酶催化催化DNA中相
20、邻的中相邻的5磷酸基和磷酸基和3羟基末端之间形成磷酸二羟基末端之间形成磷酸二酯键,使酯键,使DNA切口封合或使两个切口封合或使两个DNA分子或片段连接分子或片段连接DNA聚合酶聚合酶合成双链合成双链cDNA分子或片段连接分子或片段连接缺口平移制作高比活探针缺口平移制作高比活探针DNA序列分析序列分析填补填补3末端末端Klenow片段片段又名又名DNA聚合酶聚合酶I大片段,具有完整大片段,具有完整DNA聚合酶聚合酶I的的53 聚合、聚合、35 外切活性,而无外切活性,而无53 外切活外切活性。常用于性。常用于cDNA第二链合成,双链第二链合成,双链DNA 3 末端标记等末端标记等反转录酶反转录酶
21、合成合成cDNA替代替代DNA聚合酶聚合酶I进行填补,标记或进行填补,标记或DNA序列分析序列分析多聚核苷酸激酶多聚核苷酸激酶催化多聚核苷酸催化多聚核苷酸5羟基末端磷酸化,或标记探针羟基末端磷酸化,或标记探针末端转移酶末端转移酶在在3羟基末端进行同质多聚物加尾羟基末端进行同质多聚物加尾碱性磷酸酶碱性磷酸酶切除末端磷酸基切除末端磷酸基目录目录限制性核酸内切酶限制性核酸内切酶(restriction endonuclease)限限 制制 性性 核核 酸酸 内内 切切 酶酶(restriction endonuclease,RE)是是识识别别DNA的的特特异异序序列列,并并在在识别位点或其周围切割双
22、链识别位点或其周围切割双链DNA的一类内切酶。的一类内切酶。GGATCCCCTAGGGCCTAGGATCC G+Bam H定义:定义:目录目录与与甲甲基基化化酶酶共共同同构构成成细细菌菌的的限限制制修修饰饰系统,限制外源系统,限制外源DNA,保护自身,保护自身DNA。、(基因工程技术中常用(基因工程技术中常用型)型)分类:分类:作用:作用:目录目录第一个字母取自产生该酶的细菌属名,用大写;第一个字母取自产生该酶的细菌属名,用大写;第二、第三个字母是该细菌的种名,用小写;第二、第三个字母是该细菌的种名,用小写;第四个字母代表株;第四个字母代表株;用罗马数字表示发现的先后次序。用罗马数字表示发现的
23、先后次序。命名:命名:Hin d 属属 系系 株株 序序Haemophilus influenzae d株株流感嗜血杆菌流感嗜血杆菌d株的第三种酶株的第三种酶目录目录类酶识别序列特点类酶识别序列特点 回文结构回文结构(palindrome)切口切口 :平端切口平端切口、粘端切口粘端切口GGGGA AT TCCCCCCCCT TA AGGGG目录目录Bam HGTCCAGGCCTAGGATCC G+GGATCCCCTAGGHindGTCGACCAGCTGGACCTG+平端切口平端切口粘端切口粘端切口目录目录来来源源不不同同的的限限制制酶酶,但但能能识识别别和和切切割割同一位点,这些酶称同一位点,
24、这些酶称同功异源酶同功异源酶。GGATCCCCTAGGGCCTAGGATCC G+Bam HGGATCCCCTAGGGCCTAGGATCC G+Bst同功异源酶:同功异源酶:目录目录有有些些限限制制性性内内切切酶酶虽虽然然识识别别序序列列不不完完全全相相同同,但但切切割割DNA后后,产产生生相相同同的的粘粘性性末末端端,称称为为同同尾尾酶酶。这这两两个个相相同同的的粘粘性性末末端端称称为为配配伍未端伍未端(compatible end)。Bam Bam HHBg Bg l l GGATCC CCTAGG AGATCT TCTAGAGCCTAG GATCC G+ATCTAG GATCT A 同尾
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