核酸生物化学.ppt
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1、关于核酸的生物化学第一张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月脱氧核糖核酸脱氧核糖核酸 DNA (细胞核中)(细胞核中)核糖体核糖体RNA(rRNA)核糖核酸核糖核酸 RNA 信使信使RNA (mRNA)转运转运RNA (tRNA)核酸的分类核酸核酸Deoxyribonucleic acidRibonucleic acid(细细胞胞质质中中)核酸分子的主要功能:遗传信息的贮存和传递。核酸分子的主要功能:遗传信息的贮存和传递。第二张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月中心法则1.1957年年Crick最初提出的中心法则最初提出的中心法则3遗传信息在细胞内的生物大分子间转移的基本法则遗传
2、信息在细胞内的生物大分子间转移的基本法则2.1970年发现了逆转录现象后,年发现了逆转录现象后,Crick修改的中心法则。修改的中心法则。3.现在的中心法则现在的中心法则第三张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月第二节 核酸的分子组成核糖核糖碱基碱基核苷酸核苷酸核糖核酸核糖核酸 RNA核苷核苷磷酸磷酸聚合聚合脱氧核糖脱氧核糖 碱基碱基 脱氧脱氧核苷酸核苷酸 脱氧脱氧核糖核酸核糖核酸 DNA脱氧脱氧核苷核苷磷酸磷酸聚合聚合(单体)(单体)(单体)(单体)(大分子聚合物)(大分子聚合物)(大分子聚合物)(大分子聚合物)第四张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月碱基种类第五张,PPT共一
3、百零八页,创作于2022年6月碱基酮式和烯醇式的互变异构尿嘧啶尿嘧啶鸟嘌呤鸟嘌呤 酮式酮式 烯醇式烯醇式第六张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月核糖和脱氧核糖结构式核糖(链式)核糖(链式)核糖(环式)核糖(环式)2-2-脱氧核糖(链式)脱氧核糖(链式)2-2-脱氧核糖(环式)脱氧核糖(环式)第七张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月磷酸结构式第八张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月核苷和脱氧核苷结构式糖糖 苷苷 键键第九张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA和RNA中的各种碱基第十张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月3种磷酸位置不同的核苷酸磷酸酯键磷酸
4、酯键第十一张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月一磷酸、二磷酸、三磷酸腺苷酸酐酸酐第十二张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月第三节 核酸的分子结构核苷酸之间以磷酸二核苷酸之间以磷酸二酯键连接酯键连接5353第十三张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月核酸序列简单表示法DNA 5 AGTCGACT 3RNA 5 AGUCGACU 3第十四张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月由单链DNA形成双链DNA两条链反平行两条链反平行碱基之间形成氢键碱基之间形成氢键AT之间两个氢键之间两个氢键GC之间三个氢键之间三个氢键 一一个个与与电电负负性性高高的的原原子子X共共价价结结合合
5、的的氢氢原原子子(XH)带带有有部部分分正正电电荷荷,能能再再与与另另一一个个电电负负性性高高的的原原子子(如如Y)结结合合,形形成成一一个个聚聚集集体体XHY,这这种种化化学学结结合合作作用叫做氢键。用叫做氢键。第十五张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月两条单链核酸分子碱基间氢键连接配对第十六张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月核酸分子的空间结构一级结构:一级结构:碱基序列碱基序列二级结构:二级结构:各种螺旋各种螺旋三级结构:三级结构:空间上的各种弯曲空间上的各种弯曲第十七张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA双螺旋模型和示意图(二级结构)(二级结构)(二级结构)
6、(二级结构)第十八张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月碱基堆积力使DNA成为双螺旋 第十九张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月B型DNA中大沟和小沟第二十张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月表1-2 DNA双螺旋结构类型及主要差别第二十一张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月 左手螺旋DNA 右手螺旋DNADNA第二十二张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA分子的三种形式 线状线状 DNA 共价闭合环状共价闭合环状DNA 开环开环DNA第二十三张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月环状DNA分子的超螺旋(三级结构)(三级结构)有超螺旋有超螺旋无超
7、螺旋无超螺旋无超螺旋第二十四张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月电话线的超螺旋第二十五张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月连环数 连连环环数数是是环环状状DNA的的一一个个很很重重要要的的特特征征。连连环环数数指指的的是是在在双双螺螺旋旋DNA中中,一一条条链链以以右右手手螺螺旋旋绕绕另另一一条条链链缠缠绕绕的的圈圈数数,以以字字母母L表表示示。L值值不不同同但但其其他他方方面面结结构构相相同同DNA分分子子称称为为拓拓扑扑异异构构体体。拓拓扑扑异异构构酶酶可可以以催催化化拓拓扑扑异构体之间的转变。异构体之间的转变。第二十六张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月拓扑异构酶
8、 拓拓扑扑异异构构酶酶可可以以改改变变DNA双双螺螺旋旋的的连连环环数数,其其功功能能是是引引入超螺旋或解开超螺旋。入超螺旋或解开超螺旋。拓拓扑扑异异构构酶酶可可分分为为两两类类:类类型型的的酶酶能能使使DNA的的一一条条链链发发生生断断裂裂和和再再连连接接,反反应应无无需需提提供供能能量量;类类型型的的酶酶能能使使DNA的的两两条条链链同同时时发发生生断断裂裂和和再再连连接接,当当它它引引入入超超螺螺旋时需要由旋时需要由ATP提供能量。提供能量。第二十七张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月拓扑异构酶 拓拓扑扑异异构构酶酶属属于于类类型型。它它只只能能消消除除负负超超螺螺旋旋,对对正超
9、螺旋不起作用。正超螺旋不起作用。拓拓扑扑异异构构酶酶在在使使DNA的的一一条条链链断断裂裂时时,由由于于酶酶与与DNA结结合合,DNA链链不不能能自自由由转转动动,超超螺螺旋旋的的扭扭曲曲张张力力不不会会自自动动消消失失。但但是是酶酶分分子子可可牵牵引引另另一一条条链链通通过过切切口口,然然后后使使断断链链重重新连接起来,从而改变新连接起来,从而改变DNA的连环数和超螺旋数。的连环数和超螺旋数。第二十八张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月拓扑异构酶 拓拓 扑扑 异异 构构 酶酶属属 于于 类类 型型,又又 叫叫 旋旋 转转 酶酶(gyrase)。它它可可连连续续引引入入负负超超螺螺旋旋
10、,反反应应需需要要消消耗耗ATP。在在无无ATP存存在在时时,它它可可以以松松弛弛负负超超螺螺旋旋,但但不不作作用于正超螺旋。用于正超螺旋。第二十九张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月细菌中的细菌中的DNA第三十张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月细菌拟核的突环结构第三十一张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月黑腹果蝇染色质的电镜照片第三十二张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月真核生物染色体的核小体结构 染染色色质质的的基基本本结结构构单单位位是是核核小小体体(nucleosome),核核小小体体的的核核心心是是一一个个蛋蛋白白质质八八聚聚体体,由由组组蛋蛋白白H
11、2A、H2B、H3和和H4各各2个个组组成成,DNA以以左左手手螺螺旋旋在在组组蛋蛋白白核核心心上上盘盘绕绕1.8圈圈,共共146bp。核核小小体体之之间间连连接接DNA的的长长度度随随不不同同核核小小体体而而略略有有不不同同,平均每个核小体占平均每个核小体占DNA200bp。第三十三张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月染色体的组装层次第三十四张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月rRNA的二级结构原核原核原核原核16S rRNA 16S rRNA 真核真核真核真核18SrRNA18SrRNA第三十五张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月酵母丙氨酸tRNA的三叶草样二级结构
12、双双HU环环反密码环反密码环反密码子反密码子额外环额外环TC环环氨基酸臂氨基酸臂氨基酸氨基酸腺嘌呤腺嘌呤35第三十六张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月二氢尿嘧啶核苷和假尿嘧啶核苷结构式二氢尿嘧啶核苷二氢尿嘧啶核苷 假尿嘧啶核苷假尿嘧啶核苷DHU 第三十七张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月tRNA三级结构示意图反密码环反密码环DHU环环TC环环5末端末端3末端末端第三十八张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月第四节 核酸的理化性质核酸的酸碱性质 两性电解质,酸性较强两性电解质,酸性较强 加盐后可用乙醇或加盐后可用乙醇或 异丙醇沉淀异丙醇沉淀核酸的高分子性质 粘性粘性 D
13、NA粘性比粘性比RNA大大 线性分子粘性比环形分子大线性分子粘性比环形分子大 核酸分子变性后粘性变小核酸分子变性后粘性变小 第三十九张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月核酸的紫外吸收 核酸的最大吸收波长为核酸的最大吸收波长为260nm 蛋白质的最大吸收波长为蛋白质的最大吸收波长为280nm 通过测定核酸溶液通过测定核酸溶液OD260的值可以测出核酸溶液的浓度。的值可以测出核酸溶液的浓度。50g/ml的双链的双链DNA溶液其溶液其OD260的值等于的值等于1 1。利用利用OD260/OD280的比值可鉴定提取核酸的纯度的比值可鉴定提取核酸的纯度核酸的变性 核酸双链间的氢键断裂、变成单链称
14、为变性核酸双链间的氢键断裂、变成单链称为变性 有热变有热变性,酸碱变性,变性剂(甲醛、尿素)变性等性,酸碱变性,变性剂(甲醛、尿素)变性等。核酸的理化性质第四十张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA分子的热变性和复性第四十一张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月核酸的热变性增色效应与解链温度(熔点)第四十二张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月退火、复性与杂交两条单链缓慢冷却形成双链的过程称为退火。两条单链缓慢冷却形成双链的过程称为退火。相同来源的两条单链形成双链叫复性。相同来源的两条单链形成双链叫复性。不同来源的两条单链形成双链叫杂交。不同来源的两条单链形成双链叫杂交
15、。带带有有标标记记的的一一条条单单链链与与待待检检测测的的单单链链形形成成双双链链叫叫杂杂交交,其其中中带带有有标标记记的的那那条条单单链链叫叫探探针针,探探针针是是人人造造的的一一种种工工具具,用用来来检检测测能能与与之之互互补补的的单单链链核核酸酸分分子子是是否否存存在在及及量量的多少。的多少。第四十三张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月第五节 DNA的生物合成1.DNA指导的指导的DNA合成(复制)合成(复制)2.RNA指导的指导的DNA合成(反转录)合成(反转录)3.修复合成修复合成第四十四张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA聚合酶催化的聚合反应5 端端3 端端第
16、四十五张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA聚合酶的反应特点 以以4种种dNTP作底物;作底物;反应需要接受模板的指导;反应需要接受模板的指导;反应需要有引物反应需要有引物3-羟基存在;羟基存在;DNA链的延长方向为链的延长方向为53;产物产物DNA的性质与模板相同。的性质与模板相同。第四十六张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月大肠杆菌DNA聚合酶 1955年年,Arthur Kornberg等等发发现现了了大大肠肠杆杆菌菌DNA聚聚合合酶酶,后后来来又又发发现现了了4种种DNA聚聚合合酶酶,分分别别称称为为DNA聚合酶聚合酶、和和,它们有各自不同的用途。,它们有各自不同的
17、用途。(DNA polymerase)第四十七张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月大肠杆菌DNA聚合酶 大大肠肠杆杆菌菌DNA聚聚合合酶酶由由一一条条肽肽链链(928个个氨氨基基酸酸残残基基)组组成成,含含有有一一个个锌锌原原子子,分分子子量量103kD。它是一个多功能酶,具有以下活性:。它是一个多功能酶,具有以下活性:53聚合活性聚合活性 35外切活性(校对活性)外切活性(校对活性)53外切活性(只作用于双链外切活性(只作用于双链DNA)第四十八张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月大肠杆菌DNA聚合酶 Klenow片段 用用枯枯草草杆杆菌菌蛋蛋白白酶酶裂裂解解完完整整的的大大
18、肠肠杆杆菌菌DNA聚聚合合酶酶,得得到到C端端324928氨氨基基酸酸残残基基的的片片段段,称称为为Klenow片片段段。1-323氨氨基基酸酸残残基基为为小小片片段段。小小片片段段具具有有53外外切切活活性性,Klenow片片段段具具有有聚聚合合酶酶活活性性和和35外切活性。外切活性。酶切位点酶切位点Klenow片段片段第四十九张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA聚合酶的校对作用 在在正正常常聚聚合合条条件件下下,35外外切切活活性性不不能能作作用用于于生生长长链链;一一旦旦出出现现错错配配碱碱基基时时,聚聚合合反反应应立立即即停停止止,生生长长链链的的3末末端端核核苷苷酸酸落
19、落入入35外外切切活活性性位位点点,错错配配核核苷苷酸酸被被迅迅速速切切去去,然后继续进行聚合反应。然后继续进行聚合反应。35外切活性起着校对的作用。外切活性起着校对的作用。校校对对作作用用越越强强,DNA复复制制的的准准确确性性越越高高。适适当当的的错错配配有有利利于于发发生生突突变变,有有利利于于物物种种的的进进化化。突突变变率率太太高高也也不不利利于于保保持物种的稳定性。持物种的稳定性。第五十张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA聚合酶的切口平移作用第五十一张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月关于大肠杆菌DNA聚合酶的研究 根根据据对对各各种种DNA聚聚合合酶酶在在大
20、大肠肠杆杆菌菌细细胞胞中中的的活活性性、合合成成DNA的的速速度度、该该酶酶基基因因突突变变对对DNA复复制制的的影影响响的的研研究究,发发现现DNA聚聚合合酶酶是是大大肠肠杆杆菌菌细细胞胞中中DNA复复制制的的主主酶酶,而而DNA聚合酶聚合酶和和的功能只是参与的功能只是参与DNA损伤的修复。损伤的修复。第五十二张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月大肠杆菌中3种DNA聚合酶性质的比较第五十三张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月大肠杆菌DNA聚合酶第五十四张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA聚合酶全酶的结构与与结结合合两两个个亚亚基基各各催催化化复复制制叉叉处处一条
21、链的合成。一条链的合成。第五十五张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月哺乳动物的DNA聚合酶PCNA:proliferating cell nuclear antigen,增殖细胞核抗原增殖细胞核抗原第五十六张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA复制的几种类型单向复制单向复制双向复制双向复制第五十七张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA的复制方式直线双向直线双向多起点双向多起点双向(真核细胞染色体)(真核细胞染色体)型双向型双向型单向型单向 大大肠肠杆杆菌菌染染色色体体DNA即即是是双双向向复复制制,噬噬菌菌体体的的早早期期复复制制也也是是双向复制。双向复制。第五
22、十八张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月DNA的复制方式滚环复制滚环复制噬菌体噬菌体DNA的后期复制即是此种方式。的后期复制即是此种方式。第五十九张,PPT共一百零八页,创作于2022年6月 先先以以轻轻链链为为模模板板复复制制一一条条重重链链,而而原原来来的的亲亲本本重重链链被被置置换换出出来来称称为为D loop。当当D loop扩扩大大到到整整个个线线粒粒体体DNA的的大大约约67%的的位位置置时时,被被置置换换出出来来的的亲亲本本重重链链上上的的轻轻链链复复制制原原点点OL才才暴暴露露出出来来,然然后后开开始始轻轻链链的的合成。合成。DNA的复制方式D环复制环复制 最最典典型型
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