酶生物化学.ppt
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1、酶生物化学现在学习的是第1页,共120页酶的化学本质,单纯酶、结合酶、全酶、辅酶与辅基的概念,酶的化学本质,单纯酶、结合酶、全酶、辅酶与辅基的概念,金属离子的作用;酶的辅助因子与水溶性维生素的关系,维生金属离子的作用;酶的辅助因子与水溶性维生素的关系,维生素的概念、分类;素的概念、分类;酶的活性中心的概念。必需基团的分类及酶的活性中心的概念。必需基团的分类及其作用;酶促反应的特点:高效性、高特异性和可调节性;底其作用;酶促反应的特点:高效性、高特异性和可调节性;底物浓度对酶促反应的影响:米一曼氏方程,物浓度对酶促反应的影响:米一曼氏方程,Km值的意义;抑值的意义;抑制剂对酶促反应的影响:不可逆
2、抑制的作用,可逆性抑制包括竞制剂对酶促反应的影响:不可逆抑制的作用,可逆性抑制包括竞争性抑制、争性抑制、非竞争性抑制、反竞争性抑制的动力学特征;酶原非竞争性抑制、反竞争性抑制的动力学特征;酶原与酶原激活的过程与生理意义;变构酶、变构调节、共价修饰和与酶原激活的过程与生理意义;变构酶、变构调节、共价修饰和同工酶的概念。同工酶的概念。本章教学重点本章教学重点现在学习的是第2页,共120页酶的概念酶的概念n酶是一类由活细胞产生的,对其特异底物具有高酶是一类由活细胞产生的,对其特异底物具有高效催化作用的蛋白质。效催化作用的蛋白质。n目前将生物催化剂分为两类目前将生物催化剂分为两类:酶、核酶酶、核酶(脱
3、氧核酶脱氧核酶)现在学习的是第3页,共120页n酶学研究简史酶学研究简史公元前两千多年,我国已有酿酒记载。公元前两千多年,我国已有酿酒记载。一一百百余余年年前前,Pasteur认认为为发发酵酵是是酵酵母母细细胞胞生生命命活活动动的的结结果。果。1878年,年,Khne首次提出首次提出Enzyme一词。一词。1897年年,Eduard Buchner用用不不含含细细胞胞的的酵酵母母提提取取液液,实实现了发酵。现了发酵。1926年,年,Sumner首次从刀豆中提纯出脲酶结晶首次从刀豆中提纯出脲酶结晶。现在学习的是第4页,共120页1982年年,Cech首首次次发发现现RNA也也具具有有酶酶的的催催
4、化化活活性性,提提出出核酶核酶(ribozyme)的概念。的概念。1995年年,Jack W.Szostak研研究究室室首首先先报报道道了了具具有有DNA连接酶活性连接酶活性DNA片段,称为脱氧核酶片段,称为脱氧核酶(deoxyribozyme)。现在学习的是第5页,共120页第一节第一节酶的分子结构与功能酶的分子结构与功能The Molecular Structure and Function of Enzyme 现在学习的是第6页,共120页n酶的不同形式酶的不同形式:单体酶单体酶(monomeric enzyme):仅有三级结构的酶。:仅有三级结构的酶。寡寡聚聚酶酶(oligomeric
5、 enzyme):由由多多个个相相同同或或不不同同亚亚基基以以非非共共价价键连接组成的酶。键连接组成的酶。多多酶酶体体系系(multienzyme system):由由几几种种不不同同功功能能的的酶酶彼彼此此聚聚合合形形成成的多酶复合物的多酶复合物(如丙酮酸脱氢酶复合体如丙酮酸脱氢酶复合体)。多多功功能能酶酶(multifunctional enzyme)或或串串联联酶酶(tandem enzyme):一一些些多多酶酶体体系系在在进进化化过过程程中中由由于于基基因因的的融融合合,多多种种不不同同催催化化功功能能存存在于一条多肽链中,这类酶称为多功能酶在于一条多肽链中,这类酶称为多功能酶(如逆转
6、录酶如逆转录酶)。现在学习的是第7页,共120页一、酶的分子组成一、酶的分子组成蛋白质部分:酶蛋白蛋白质部分:酶蛋白(apoenzyme)辅助因子辅助因子(cofactor)金属离子金属离子小分子有机化合物小分子有机化合物全酶全酶(holoenzyme)结合酶结合酶(conjugated enzyme)n n单纯酶单纯酶单纯酶单纯酶 (simple enzyme)(simple enzyme)现在学习的是第8页,共120页n全酶分子中各部分在催化反应中的作用全酶分子中各部分在催化反应中的作用:酶蛋白决定反应的特异性酶蛋白决定反应的特异性辅助因子决定反应的种类与性质辅助因子决定反应的种类与性质现
7、在学习的是第9页,共120页金属酶金属酶(metalloenzyme)金属离子与酶结合紧密,提取过程中不易金属离子与酶结合紧密,提取过程中不易丢失。丢失。金属激活酶金属激活酶(metal-activated enzyme)金属离子为酶的活性所必需,但与酶的结合金属离子为酶的活性所必需,但与酶的结合不甚紧密。不甚紧密。金属离子是最多见的辅助因子金属离子是最多见的辅助因子现在学习的是第10页,共120页金属金属离子的作用:离子的作用:参与催化反应,传递电子;参与催化反应,传递电子;在酶与底物间起桥梁作用;在酶与底物间起桥梁作用;稳定酶的构象;稳定酶的构象;中和阴离子,降低反应中的静电斥力等。中和阴
8、离子,降低反应中的静电斥力等。现在学习的是第11页,共120页小分子有机化合物是一些化学稳定的小分子物质,称小分子有机化合物是一些化学稳定的小分子物质,称为辅酶为辅酶(coenzyme)。其主要作用是参与酶的催化过程,在反应中传其主要作用是参与酶的催化过程,在反应中传递电子、质子或一些基团。递电子、质子或一些基团。辅酶的种类不多,且分子结构中常含有辅酶的种类不多,且分子结构中常含有维生素维生素或维生素类物质或维生素类物质。现在学习的是第12页,共120页转移的基团转移的基团小分子有机化合物小分子有机化合物(辅酶或辅基辅酶或辅基)名称名称所含的维生素所含的维生素氢原子氢原子(质子质子)NAD(尼
9、克酰胺腺嘌呤二核苷尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸,辅酶酸,辅酶I)尼克酰胺尼克酰胺(维生素维生素PP)之一之一NADP(尼克酰胺腺嘌呤二核尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸,辅酶苷酸磷酸,辅酶II)尼克酰胺尼克酰胺(维生素维生素PP)之一之一FMN(黄素单核苷酸黄素单核苷酸)维生素维生素B2(核黄素核黄素)FAD(黄素腺嘌呤二核苷酸黄素腺嘌呤二核苷酸)维生素维生素B2(核黄素核黄素)醛基醛基TPP(焦磷酸硫胺素焦磷酸硫胺素)维生素维生素B1(硫胺素硫胺素)酰基酰基辅酶辅酶A(CoA)泛酸泛酸硫辛酸硫辛酸硫辛酸硫辛酸烷基烷基钴胺素辅酶类钴胺素辅酶类维生素维生素B12二氧化碳二氧化碳生物素生物素生物素生物素氨基氨
10、基磷酸吡哆醛磷酸吡哆醛吡哆醛吡哆醛(维生素维生素B6之一之一)甲基、甲烯基、甲炔基、甲基、甲烯基、甲炔基、甲酰基等一碳单位甲酰基等一碳单位四氢叶酸四氢叶酸叶酸叶酸某些辅酶某些辅酶(辅基辅基)在催化中的作用在催化中的作用现在学习的是第13页,共120页辅酶中与酶蛋白共价结合的辅酶又称为辅基辅酶中与酶蛋白共价结合的辅酶又称为辅基(prosthetic group)。n辅基和酶蛋白结合紧密,不能通过透析或超滤等辅基和酶蛋白结合紧密,不能通过透析或超滤等方法将其除去,在反应中不能离开酶蛋白,如方法将其除去,在反应中不能离开酶蛋白,如FAD、FMN、生物素等。、生物素等。现在学习的是第14页,共120页
11、二、酶的活性中心二、酶的活性中心酶分子中氨基酸残基酶分子中氨基酸残基侧链的化学基团中,一些侧链的化学基团中,一些与酶活性密切相关的化学与酶活性密切相关的化学基团。基团。n必需基团必需基团(essential group)现在学习的是第15页,共120页指必需基团在空间结构上彼此靠近,组成具指必需基团在空间结构上彼此靠近,组成具有特定空间结构的区域,能与底物特异结合并将有特定空间结构的区域,能与底物特异结合并将底物转化为产物。底物转化为产物。n酶的活性中心酶的活性中心(active center/site)现在学习的是第16页,共120页活性中心内的必需基团活性中心内的必需基团结合基团结合基团(
12、binding group)与底物相结合与底物相结合催化基团催化基团(catalytic group)催化底物转变成产物催化底物转变成产物 位于活性中心以外,维持酶活性中心应有的空位于活性中心以外,维持酶活性中心应有的空间构象和(或)作为调节剂的结合部位所必需。间构象和(或)作为调节剂的结合部位所必需。活性中心外的必需基团活性中心外的必需基团现在学习的是第17页,共120页底底 物物 活性中心以外的活性中心以外的必需基团必需基团结合基团结合基团催化基团催化基团 活性中心活性中心 现在学习的是第18页,共120页三、同工酶三、同工酶同同工工酶酶(isoenzyme)是是指指催催化化相相同同的的化
13、化学学反反应应,而而酶酶蛋蛋白白的的分分子子结结构构理理化化性性质质乃乃至至免免疫疫学性质不同的一组酶。学性质不同的一组酶。n定义定义现在学习的是第20页,共120页根据国际生化学会的建议,同工酶是由根据国际生化学会的建议,同工酶是由不同基因编码不同基因编码的多肽链,或由的多肽链,或由同一基因同一基因转录生成的转录生成的不同不同mRNA所所翻译的翻译的不同多肽链不同多肽链组成的蛋白质。组成的蛋白质。同工酶存在于同一种属或同一个体的同工酶存在于同一种属或同一个体的不同组织不同组织或同或同一细胞的一细胞的不同亚细胞不同亚细胞结构中,它使不同的组织、器结构中,它使不同的组织、器官和不同的亚细胞结构具
14、有不同的代谢特征。这为同官和不同的亚细胞结构具有不同的代谢特征。这为同工酶用来诊断不同器官的疾病提供了理论依据。工酶用来诊断不同器官的疾病提供了理论依据。现在学习的是第21页,共120页乳酸脱氢酶的同工酶乳酸脱氢酶的同工酶n举例举例 1HHHHHHH MHHMMHMMMMMMMLDH1 (H4)LDH2(H3M)LDH3(H2M2)LDH4(HM3)LDH5 (M4)HM心肌型心肌型骨骼肌型骨骼肌型(碱性碱性AA较多较多)(在碱性缓冲液中电泳速率递减)(在碱性缓冲液中电泳速率递减)血清血清%273421126器官分布器官分布心肌心肌心肾心肾肺肺肝、肌肝、肌骨骼肌骨骼肌现在学习的是第22页,共1
15、20页n举例举例 2B BB BB BMMMMMM CK1(BB)CK2(MB)CK3(MM)脑脑 心肌心肌 骨骼肌骨骼肌肌酸激酶肌酸激酶(creatine kinase,CK)同工酶同工酶现在学习的是第23页,共120页第二节第二节 酶的工作原理酶的工作原理The Mechanism of Enzyme Action现在学习的是第24页,共120页在反应前后没有质和量的变化;在反应前后没有质和量的变化;只能催化热力学允许的化学反应;只能催化热力学允许的化学反应;只能加速可逆反应的进程,而不改变反应的平衡只能加速可逆反应的进程,而不改变反应的平衡点。点。n酶与一般催化剂的共同点:酶与一般催化剂
16、的共同点:现在学习的是第25页,共120页(一)酶促反应具有极高的效率(一)酶促反应具有极高的效率 一、酶促反应的特点一、酶促反应的特点酶的催化效率通常比非催化反应高酶的催化效率通常比非催化反应高1081020倍,比倍,比一般催化剂高一般催化剂高1071013倍。倍。酶的催化不需要较高的反应温度。酶的催化不需要较高的反应温度。酶和一般催化剂加速反应的机理都是降低反应的酶和一般催化剂加速反应的机理都是降低反应的活化活化能能(activation energy)。酶比一般催化剂更有效地降低。酶比一般催化剂更有效地降低反应的活化能。反应的活化能。现在学习的是第26页,共120页酶酶 的的 催催 化化
17、 效效 率率 可可 用用酶酶 的的 转转 换换 数数 (turnover number)来来表表示示。酶酶的的转转换换数数是是指指在在酶酶被被底底物物饱饱和和的的条条件件下下,每每个个酶酶分分子子每每秒秒钟钟将将底底物物转转化化为为产产物的分子数。物的分子数。现在学习的是第27页,共120页一一种种酶酶仅仅作作用用于于一一种种或或一一类类化化合合物物,或或一一定定的的化化学学键键,催催化化一一定定的的化化学学反反应应并并生生成成一一定定的的产产物物。酶酶的的这这种种特特性性称称为为酶酶的的特特异异性性或或专专一一性性。n酶的特异性酶的特异性(specificity)(二)酶促反应具有高度的特异
18、性(二)酶促反应具有高度的特异性现在学习的是第28页,共120页n根据酶对其底物结构选择的严格程度不同,酶的特异根据酶对其底物结构选择的严格程度不同,酶的特异性可大致分为以下性可大致分为以下3种类型:种类型:绝对特异性绝对特异性(absolute specificity):只能作用于特定结:只能作用于特定结构的底物,进行一种专一的反应,生成一种特定结构的底物,进行一种专一的反应,生成一种特定结构的产物构的产物。相对特异性相对特异性(relative specificity):作用于一类化合:作用于一类化合物或一种化学键。物或一种化学键。立体结构特异性立体结构特异性(stereospecific
19、ity):作用于立体异:作用于立体异构体中的一种。构体中的一种。现在学习的是第29页,共120页(三)酶促反应的可调节性(三)酶促反应的可调节性酶促反应受多种因素的调控,以适应机体对酶促反应受多种因素的调控,以适应机体对不断变化的内外环境和生命活动的需要。不断变化的内外环境和生命活动的需要。区域化分布与基因分化区域化分布与基因分化/融合融合/编辑编辑酶原激活酶原激活对酶生成与降解量的调节对酶生成与降解量的调节酶催化效率的调节酶催化效率的调节通过改变底物浓度对酶进行调节等通过改变底物浓度对酶进行调节等现在学习的是第30页,共120页二、酶促进反应速率的机制二、酶促进反应速率的机制(一)酶比一般催
20、化剂更有效地降低反应活化能(一)酶比一般催化剂更有效地降低反应活化能酶和一般催化剂一样,加速反应的作用都酶和一般催化剂一样,加速反应的作用都是通过降低反应的是通过降低反应的活化能活化能(activation energy)实实现的。现的。活化能:底物分子从初态转变到活化态所需活化能:底物分子从初态转变到活化态所需的能量。的能量。现在学习的是第31页,共120页反应总能量改变反应总能量改变 非催化反应活化能非催化反应活化能 酶促反应酶促反应 活化能活化能 一般催化剂催一般催化剂催化反应的活化能化反应的活化能 能能量量反反 应应 过过 程程 底物底物 产物产物 酶促反应活化能的改变酶促反应活化能的
21、改变 现在学习的是第32页,共120页(二)酶(二)酶-底物复合物的形成底物复合物的形成酶底物复合物酶底物复合物(过渡态过渡态过渡态过渡态)E+SE+PES现在学习的是第33页,共120页1诱导契合作用使酶与底物密切结合诱导契合作用使酶与底物密切结合酶与底物相互接近时,其结构相互诱导、相互变形酶与底物相互接近时,其结构相互诱导、相互变形和相互适应,进而相互结合。这一过程称为酶和相互适应,进而相互结合。这一过程称为酶-底物底物结合的诱导契合结合的诱导契合(induced-fit)。现在学习的是第34页,共120页现在学习的是第35页,共120页酶受底物诱导发生构象改变,特别是活性中心的功酶受底物
22、诱导发生构象改变,特别是活性中心的功能基团位移或改向,呈现一种高活性功能状态。能基团位移或改向,呈现一种高活性功能状态。加之,由于酶的活性中心关键性电荷基团可使底物加之,由于酶的活性中心关键性电荷基团可使底物分子电子云密度改变,产生张力作用使底物扭曲,分子电子云密度改变,产生张力作用使底物扭曲,削弱有关的化学键,从而使底物从基态转变成过渡削弱有关的化学键,从而使底物从基态转变成过渡态,有利于反应进行。态,有利于反应进行。现在学习的是第37页,共120页X-射线晶体衍射证明,溶菌酶与底物结合后,底物中的乙射线晶体衍射证明,溶菌酶与底物结合后,底物中的乙酰氨基葡糖中吡喃环可从椅式扭曲成沙发式,导致
23、糖苷键酰氨基葡糖中吡喃环可从椅式扭曲成沙发式,导致糖苷键断裂,实现溶菌酶的催化作用断裂,实现溶菌酶的催化作用 现在学习的是第38页,共120页2.邻近效应与定向排列邻近效应与定向排列酶在反应中将诸底物结合到酶的活性中心,使它们相互酶在反应中将诸底物结合到酶的活性中心,使它们相互接近接近并形成有利于反应的正确并形成有利于反应的正确定向定向关系。关系。这种邻近效应这种邻近效应(proximity effect)与定向排列与定向排列(orientation arrange)实际上是将实际上是将分子间反应分子间反应变成类似于变成类似于分子内的反分子内的反应应,从而提高反应速率。,从而提高反应速率。现在
24、学习的是第39页,共120页n邻近效应与定向排列:邻近效应与定向排列:现在学习的是第40页,共120页两个基团邻近和定向示意图两个基团邻近和定向示意图 a.a.不靠近不定向;不靠近不定向;b.b.靠近不定向;靠近不定向;c.c.靠近定向靠近定向现在学习的是第41页,共120页酶的活性中心多位于酶分子的疏水酶的活性中心多位于酶分子的疏水“口袋口袋”,酶反应在,酶反应在此疏水环境中进行,使底物分子脱溶剂化此疏水环境中进行,使底物分子脱溶剂化(desolvation),排除周围大量水分子对酶和底物分子,排除周围大量水分子对酶和底物分子中功能基团的干扰性吸引和排斥,防止水化膜的形成,中功能基团的干扰性
25、吸引和排斥,防止水化膜的形成,利于底物与酶分子的密切接触和结合。这种现象称为利于底物与酶分子的密切接触和结合。这种现象称为表面效应表面效应(surface effect)。3.表面效应使底物分子去溶剂化表面效应使底物分子去溶剂化现在学习的是第42页,共120页(三)酶催化作用的多样性(三)酶催化作用的多样性.一般酸一般酸-碱催化作用碱催化作用(general acid-base catalysis)酶的活性中心具有某些氨基酸残基的酶的活性中心具有某些氨基酸残基的R基团,其中有许基团,其中有许多是酸碱基团(如氨基、羧基等)它们在体液条件下,往往多是酸碱基团(如氨基、羧基等)它们在体液条件下,往往
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- 生物化学
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