蛋白质的三维结构 (2)讲稿.ppt
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1、关于蛋白质的三维结构(2)第一页,讲稿共四十一页哦一、稳定蛋白质三维结构的作用力一、稳定蛋白质三维结构的作用力(1)主要是一些非共价键(或称次级键)主要是一些非共价键(或称次级键):包括包括氢键、范德华力、氢键、范德华力、疏水相互作用、盐键(离子键)。疏水相互作用、盐键(离子键)。第二页,讲稿共四十一页哦a.氢氢键键:大大多多数数蛋蛋白白质质采采取取的的折折叠叠策策略略是是使使主主链链肽肽基基之之间间形形成成最最大大数数目目的的分分子子内内氢氢键键(如如-螺螺旋旋、-折折叠叠),同同时时保保持持大大部部分分能能成成氢氢键键的的侧侧链链处处于于蛋蛋白白质质分分子表面,与水相互作用。子表面,与水相
2、互作用。b.疏疏水水相相互互作作用用:球球状状蛋蛋白白质质中中的的疏疏水水残残基基(非非极极性性)有有一一种种自自然然的的避避开开水水相相互互相相聚聚集集在在分分子子内内部部的的趋趋势势,这这种种现现象象称称为为疏疏水水相相互互作作用用。它它在在维持蛋白质的三维结构方面占有突出的地位。维持蛋白质的三维结构方面占有突出的地位。c.离离子子键键(盐盐键键):是是蛋蛋白白质质中中带带有有正正、负负电电荷荷的的侧侧链链之之间间的的一一种种静静电电相相互互作作用用。生生理理pH下下,酸酸性性氨氨基基酸酸(Asp、Glu)侧侧链链解解离离成成负负离离子子,碱碱性性氨氨基基酸酸(ys、Arg、His)离离解
3、解成成正正离离子子,多多数数情情况况下下,这这些些基基团团分分布布在在球球状状蛋蛋白白质质分分子子的的表表面面,与与水水分分子子形形成成排排列列有有序序的的水水化化层层。偶偶尔尔有有少少数数带带相相反反电电荷的侧链在分子的疏水内部形成盐键。荷的侧链在分子的疏水内部形成盐键。d.范德华力范德华力:极性分子间及极性基团间作用力极性分子间及极性基团间作用力,比氢键和离子键都弱。比氢键和离子键都弱。第三页,讲稿共四十一页哦(2)此外,二硫键在稳定某些蛋白质的构象方面)此外,二硫键在稳定某些蛋白质的构象方面起着重要作用起着重要作用二硫键不指导多肽链的折叠,三维结构形成后,二硫键不指导多肽链的折叠,三维结
4、构形成后,二硫键可稳定此构象。二硫键可稳定此构象。第四页,讲稿共四十一页哦维持三维结构的作用力维持三维结构的作用力第五页,讲稿共四十一页哦二、二、二级结构的基本类型二级结构的基本类型二级结构:二级结构:蛋白质多肽主链本身折叠和盘旋形成蛋白质多肽主链本身折叠和盘旋形成的构象。的构象。类型:类型:螺旋、螺旋、-折叠、折叠、-转角、无规则卷曲转角、无规则卷曲第六页,讲稿共四十一页哦(一)(一)螺旋(螺旋(helix)螺螺旋旋是是蛋蛋白白质质中中最最常常见见最最典典型型含含量量最最丰丰富富的的二二级级结结构构元元件件,肽肽链链主主链链骨骨架架围围绕绕中中心心轴轴盘盘绕绕成成螺螺旋旋状状称为称为螺旋。螺
5、旋。1.1.螺旋的结构特征:螺旋的结构特征:蛋蛋白白质质多多肽肽链链象象螺螺旋旋状状盘盘曲曲,每每隔隔3.6个个氨氨基基酸酸残残基基沿沿中中心心轴轴螺螺旋旋上上升升一一圈圈,每每上上升升一一圈圈沿沿螺螺旋旋轴轴方方向向上上升升0.54nm(螺螺距距),即即每每个个氨氨基基酸酸残残基基向向上上升升高高0.15nm,每个氨基酸残基绕中心轴旋转,每个氨基酸残基绕中心轴旋转100;螺螺旋旋中中氨氨基基酸酸残残基基的的侧侧链链伸伸向向外外侧侧;螺螺旋旋的的直径直径0.5nm;螺螺旋旋的的稳稳定定性性是是靠靠链链内内氢氢键键维维持持的的。相相邻邻螺螺圈圈之之间间形形成成链链内内氢氢键键,氢氢键键的的取取向
6、向几几乎乎与与中中心心轴轴平平行行;氢氢键键是是由由肽肽键键上上C=O氧氧与与它它后后面面第第四四个个残残基基上上的的N-H氢氢间间形形成成氢氢键键;肽肽链链上上所所有有的的肽肽键键都都参参与与氢键的形成,因此氢键的形成,因此螺旋相当稳定。螺旋相当稳定。第七页,讲稿共四十一页哦2.螺旋的手性:螺旋的手性:螺螺旋旋有有左左手手螺螺旋旋和和右右手手螺螺旋旋两两种种,但但天天然然蛋蛋白白质质的的螺螺旋旋几几乎乎都都是是右右手手螺螺旋旋,右右手手螺螺旋旋比比左左手手螺螺旋旋稳稳定定(均均为为L氨氨基酸残基组成)基酸残基组成)。但但在在嗜嗜热热菌菌蛋蛋白白酶酶中中有有很很短短的的一一段段左左手手螺旋。螺
7、旋。-螺螺旋旋具具有有旋旋光光能能力力(碳碳原原子子构构型型的的不不对对称称性性和和-螺螺旋旋构构象象本本身身的的不不对对称称性性引引起起的的)。-螺螺旋旋的的比比旋旋不不等等于于构构成成其其本本身身的的氨氨基基酸比旋的加和。酸比旋的加和。第八页,讲稿共四十一页哦3.影响影响螺旋形成的因素:螺旋形成的因素:R侧链和侧链和pH对对螺旋的影响螺旋的影响大的大的R基(如基(如Ile)造成空间阻碍不能形成造成空间阻碍不能形成螺旋。螺旋。Pro(吡吡咯咯环环,不不具具有有酰酰胺胺氢氢,不不能能形形成成链链内内氢键)中止氢键)中止螺旋。螺旋。多多肽肽链链上上连连续续出出现现带带同同种种电电荷荷基基团团的的
8、氨氨基基酸酸残残基基,不不能能形形成成稳稳定定的的螺螺旋旋,如如多多聚聚Lys、多多聚聚Glu。总总之之R基基较较小小,且且不不带带电电荷荷的的氨氨基基酸酸利利于于螺螺旋旋的的形形成成。如如多多聚聚丙丙氨氨酸酸在在pH7的的水水溶溶液液中中自自发发卷卷曲曲成成螺旋。螺旋。第九页,讲稿共四十一页哦 (二)(二)-折叠(折叠(pleatedsheet)两两条条或或多多条条几几乎乎完完全全伸伸展展的的多多肽肽链链(或或同同一一肽肽链链的的不不同同肽肽段段)侧侧向向聚聚集集在在一一起起,相相邻邻肽肽链链主主链链上上的的NH和和C=O之之间间形形成成氢氢键键,这这样样的的多多肽肽构构象象就就是是-折叠片
9、。折叠片。特点:特点:(1 1)氢键与肽链的长轴接近垂直;)氢键与肽链的长轴接近垂直;(2 2)多肽主链呈锯齿状折叠构象;)多肽主链呈锯齿状折叠构象;(3 3)侧链)侧链R基交替分布在片层平面的两侧。基交替分布在片层平面的两侧。-折叠两种形式折叠两种形式(按多肽主链中按多肽主链中NC的指向的指向):平行式:平行式:所有参与所有参与-折叠的肽链的折叠的肽链的N端均在同一侧。端均在同一侧。反平行式:反平行式:即肽链的即肽链的N末端一顺一反的排列着。末端一顺一反的排列着。第十页,讲稿共四十一页哦在纤维状蛋白质在纤维状蛋白质中中-折叠主要是反平行式,氢键主要是在肽链之间形成;折叠主要是反平行式,氢键主
10、要是在肽链之间形成;在球状蛋白质在球状蛋白质中反平行和平行两种方式都存在。中反平行和平行两种方式都存在。-折叠既可在肽链折叠既可在肽链间形成,也可在同一肽链的不同部分间形成。间形成,也可在同一肽链的不同部分间形成。第十一页,讲稿共四十一页哦 (三)(三)-转角(转角(turn)又又称称-回回折折(reverse reverse turnturn)、-弯弯曲曲(-bend-bend)等等。非非重重复复性性结结构构,球球状状蛋蛋白质分子中出现的白质分子中出现的180180回折。回折。目目前前发发现现的的转转角角多多数数在在球球状状蛋蛋白白质质分分子子表表面面,转转角角在在球球状状蛋蛋白白质质中中含
11、含量量十十分分丰丰富富,占全部残基的占全部残基的1/4。转角的特征:转角的特征:由多肽链上由多肽链上4个连续的氨基酸残基组成;个连续的氨基酸残基组成;第一个第一个a.a残基的残基的C=O与第四个与第四个a.a残基的残基的N-H生成氢键,稳定结构;生成氢键,稳定结构;主链骨架以主链骨架以180旋转折叠;旋转折叠;pro和和Gly常出现在常出现在转角。转角。第十二页,讲稿共四十一页哦 (四)(四)无规则卷曲(无规则卷曲(randoncoil)指指没没有有规规则则的的那那部部分分肽肽链链构构象象,不不能能归归入入明明确确的的二二级级结结构构如如螺螺旋旋或或折折叠叠的的多多肽肽区区段段,但但为为稳稳定
12、定结结构构,经经常常构构成成酶酶活活性性部部位位和和蛋蛋白白质质的的特异功能部位,往往与生物活性有关。特异功能部位,往往与生物活性有关。第十三页,讲稿共四十一页哦三三.纤维状蛋白质纤维状蛋白质纤纤维维状状蛋蛋白白质质的的氨氨基基酸酸序序列列很很有有规规律律,它它们们形形成成比比较较单单一一的的、有有规规律律的的二二级级结结构构,结结果果整整个个分分子子形形成成有有规规律律的的线线形形结结构构,呈呈现现纤纤维维状状或或细棒状。细棒状。含大量的含大量的-螺旋,螺旋,-折叠片;广泛分布于脊椎和无脊椎动物体折叠片;广泛分布于脊椎和无脊椎动物体内,占脊椎动物体内蛋白质总量的内,占脊椎动物体内蛋白质总量的
13、50%以上以上,起起支架和保护支架和保护作用;作用;不溶性蛋白:角蛋白、胶原蛋白、弹性蛋白等;不溶性蛋白:角蛋白、胶原蛋白、弹性蛋白等;可溶蛋白:肌球蛋白、血纤蛋白原等。可溶蛋白:肌球蛋白、血纤蛋白原等。第十四页,讲稿共四十一页哦1.1.角蛋白(角蛋白(keratinkeratin)l源于外胚层细胞,包括皮肤及皮肤的衍生物(发、毛、鳞、源于外胚层细胞,包括皮肤及皮肤的衍生物(发、毛、鳞、羽、甲、蹄、角、爪、丝等羽、甲、蹄、角、爪、丝等)。)。l-角蛋白和角蛋白和角蛋白两大类。角蛋白两大类。第十五页,讲稿共四十一页哦(1 1)-角蛋白(毛发)角蛋白(毛发)l主主要要由由-螺螺旋旋结结构构组组成成
14、,三三股股右右手手-螺螺旋旋向向左左缠缠绕绕形形成成初初原原纤纤维维,初初原原纤纤维维排排列列成成“9+2”“9+2”的的电电缆缆式式结结构构称称微微原原纤纤维维,成成百百根根微微原原纤纤维维结结合合成成大原纤微。大原纤微。第十六页,讲稿共四十一页哦 -角蛋白的伸缩性能很好,当角蛋白的伸缩性能很好,当-角蛋白被过度角蛋白被过度-拉伸时,则氢键被拉伸时,则氢键被破坏而不能复原。此时破坏而不能复原。此时-角蛋白转变成角蛋白转变成-折叠结构,称为折叠结构,称为-角蛋白。角蛋白。角蛋白的二硫键角蛋白的二硫键毛发的纤维是由多个原纤维平行排毛发的纤维是由多个原纤维平行排列,并由列,并由氢键和二硫键氢键和二
15、硫键作为交联键作为交联键将它们聚集成不溶性的蛋白质。初将它们聚集成不溶性的蛋白质。初原纤维的肽链之间有二硫键交联以原纤维的肽链之间有二硫键交联以维持其稳定性。维持其稳定性。第十七页,讲稿共四十一页哦卷发卷发(烫发烫发)的生物化学基础的生物化学基础烫发是烫发是 角蛋白在湿热条件下可以伸展转变为角蛋白在湿热条件下可以伸展转变为 构象,但在冷构象,但在冷却干燥时又可自发地恢复原状。却干燥时又可自发地恢复原状。这是因为这是因为 角蛋白的侧链角蛋白的侧链R基基一般都比较大,不适于一般都比较大,不适于处在处在 构象状态;构象状态;二硫键二硫键是外力解除后使肽链恢复原状是外力解除后使肽链恢复原状(螺旋构象螺
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