生物学信息分析幻灯片.ppt
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1、生物生物学学信息分析信息分析第1页,共81页,编辑于2022年,星期一实验目的实验目的 了解相关的生物信息了解相关的生物信息学数据库(学数据库(NCBI数数据库等)和掌握数据据库等)和掌握数据库检索方法,学会相库检索方法,学会相关软件的使用,并利关软件的使用,并利用生物信息学软件根用生物信息学软件根据研究目的和对象设据研究目的和对象设计引物。计引物。第2页,共81页,编辑于2022年,星期一方法方法v根据酶或基因的名根据酶或基因的名称(称(GenBank登登录号)找到需要的基录号)找到需要的基因的核苷酸序列,根因的核苷酸序列,根据序列和据序列和PCR的目的目的设计获得该基因的设计获得该基因的的
2、CDS的引物的引物(注意注意引物设计时引物酶切引物设计时引物酶切位点位点)。第3页,共81页,编辑于2022年,星期一目的基因序列的检索目的基因序列的检索第4页,共81页,编辑于2022年,星期一主要数据库介绍主要数据库介绍GenebankEMBLDDBJ第5页,共81页,编辑于2022年,星期一vGenebank Genebank库库包含了所有已知的核酸序列包含了所有已知的核酸序列和蛋白和蛋白质质序列,以及序列,以及与它们与它们相相关关的文的文献献著作著作和生物和生物学学注注释释。它它是由美是由美国国国国立生物技立生物技术术信信息中心息中心(NCBI)建立和建立和维护维护的。的。vNCBI的
3、的网网址是:址是:http:/www.ncbi.nlm.nih.gov第6页,共81页,编辑于2022年,星期一vEMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核维护的核酸序列数据构成,查询检索可以通过通酸序列数据构成,查询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完服务完成。成。v数据库网址是:数据库网址是:http:/www.ebi.ac.uk/embl/第7页,共81页,编辑于2022年,星期一vDDBJ数据库日本日本DNA数据仓库数据仓库(DDBJ)也是一个全面也是一个全面的核酸序列数据库,与的核酸序列数据库,与Ge
4、nbank和和EMBL核酸库合作交换数据。使用其主页核酸库合作交换数据。使用其主页上提供的上提供的SRS工具进行数据检索和序列分工具进行数据检索和序列分析。析。vDDBJ的网址是:的网址是:http:/www.ddbj.nig.ac.jp/第8页,共81页,编辑于2022年,星期一vvNCBINCBI介绍:介绍:NCBINCBINCBINCBI建立在建立在建立在建立在1988198819881988年年年年,作为一种公共分子生物学信作为一种公共分子生物学信作为一种公共分子生物学信作为一种公共分子生物学信息资源息资源息资源息资源,而创建的公开数据库。而创建的公开数据库。而创建的公开数据库。而创建
5、的公开数据库。vvNCBINCBI的的计划计划:1.1.1.1.基本基本基本基本研究;研究;研究;研究;2.2.2.2.数据库;数据库;数据库;数据库;3.3.3.3.软件的开发;软件的开发;软件的开发;软件的开发;4.4.4.4.教育教育教育教育和训练和训练和训练和训练第9页,共81页,编辑于2022年,星期一vv现现现现在我在我在我在我们们们们以以以以查查查查找甘薯找甘薯找甘薯找甘薯异异戊戊烯氯喹烯氯喹异构异构酶(酶(Ipomoea batatas Ipomoea batatas isopentenyl diphosphate isopentenyl diphosphate isomera
6、se isomerase,ipiipi)的)的)的)的 编码编码编码编码序序序序列列列列为为为为例,介例,介例,介例,介绍绍绍绍如何如何如何如何从从从从中中中中在在在在线获线获线获线获取所需要的核酸序列取所需要的核酸序列取所需要的核酸序列取所需要的核酸序列应应用用举举例例第10页,共81页,编辑于2022年,星期一1.进入第11页,共81页,编辑于2022年,星期一2.选择数据库3.查询关键词4.开始查询第12页,共81页,编辑于2022年,星期一显示格式符合条件的记录数每页显示数目第13页,共81页,编辑于2022年,星期一相关记录点击进入第14页,共81页,编辑于2022年,星期一Genb
7、ank格式的序列记录第15页,共81页,编辑于2022年,星期一第16页,共81页,编辑于2022年,星期一FASTA格式的序列记录第17页,共81页,编辑于2022年,星期一基因表达的基因表达的ORF分析分析第18页,共81页,编辑于2022年,星期一aagcaagacg ccaagggcca aggctggctg caagaagcaa agaggaacga acactgtgaa 61 tatcccaatg aagcaagacg ccaagggcca aggctggctg caagaagcaa agaggaacga acactgtgaa 61 tatcccaatg aagcaagacg cc
8、aagggcca aggctggctg caagaagcaa agaggaacga acactgtgaa 61 tatcccaatg aagcaagacg ccaagggcca aggctggctg caagaagcaa agaggaacga acactgtgaa 61 tatcccaatg tcgatgatgg cttctgttca aatctgtcgg agattctctc ccctagtcgc 121 ccggccggcg tcgatgatgg cttctgttca aatctgtcgg agattctctc ccctagtcgc 121 ccggccggcg tcgatgatgg ct
9、tctgttca aatctgtcgg agattctctc ccctagtcgc 121 ccggccggcg tcgatgatgg cttctgttca aatctgtcgg agattctctc ccctagtcgc 121 ccggccggcg atttactctg ccaattcttc attcctctca ccagtctctt tcgcctcttc 181 ttctctttca atttactctg ccaattcttc attcctctca ccagtctctt tcgcctcttc 181 ttctctttca atttactctg ccaattcttc attcctctca
10、ccagtctctt tcgcctcttc 181 ttctctttca atttactctg ccaattcttc attcctctca ccagtctctt tcgcctcttc 181 ttctctttca attatgccga tccgcctccg ctgcagagct tcagtacact ctgtccgcgc 241 cgcctccacc attatgccga tccgcctccg ctgcagagct tcagtacact ctgtccgcgc 241 cgcctccacc attatgccga tccgcctccg ctgcagagct tcagtacact ctgtccgcg
11、c 241 cgcctccacc attatgccga tccgcctccg ctgcagagct tcagtacact ctgtccgcgc 241 cgcctccacc atgggggaca ccatcactga tgccaacatg gatgctgtcc agcgccgcct 301 catgtttgac atgggggaca ccatcactga tgccaacatg gatgctgtcc agcgccgcct 301 catgtttgac atgggggaca ccatcactga tgccaacatg gatgctgtcc agcgccgcct 301 catgtttgac atg
12、ggggaca ccatcactga tgccaacatg gatgctgtcc agcgccgcct 301 catgtttgac gacgagtgta ttttggtgga tgagaatgac cgtgttgttg gtcatgatac 361 caagtataat gacgagtgta ttttggtgga tgagaatgac cgtgttgttg gtcatgatac 361 caagtataat gacgagtgta ttttggtgga tgagaatgac cgtgttgttg gtcatgatac 361 caagtataat gacgagtgta ttttggtgga t
13、gagaatgac cgtgttgttg gtcatgatac 361 caagtataat tgtcatctta tggagaagat tgaatctgag aatctgcttc acagagcttt 421 cagtgttttc tgtcatctta tggagaagat tgaatctgag aatctgcttc acagagcttt 421 cagtgttttc tgtcatctta tggagaagat tgaatctgag aatctgcttc acagagcttt 421 cagtgttttc tgtcatctta tggagaagat tgaatctgag aatctgcttc
14、 acagagcttt 421 cagtgttttc ttatttaatt caaactatga gttgcttctt cagcaacgat ctgcgacaaa 481 ggtcaccttc ttatttaatt caaactatga gttgcttctt cagcaacgat ctgcgacaaa 481 ggtcaccttc ttatttaatt caaactatga gttgcttctt cagcaacgat ctgcgacaaa 481 ggtcaccttc ttatttaatt caaactatga gttgcttctt cagcaacgat ctgcgacaaa 481 ggtc
15、accttc cctttggtgt ggactaacac ctgctgcagc catcctctgt accgggagtc 541 tgagttgatt cctttggtgt ggactaacac ctgctgcagc catcctctgt accgggagtc 541 tgagttgatt cctttggtgt ggactaacac ctgctgcagc catcctctgt accgggagtc 541 tgagttgatt cctttggtgt ggactaacac ctgctgcagc catcctctgt accgggagtc 541 tgagttgatt gaagagaatg ct
16、cttggtgt gaggaatgct gcacaaagaa agcttcttga 601 tgaactgggg gaagagaatg ctcttggtgt gaggaatgct gcacaaagaa agcttcttga 601 tgaactgggg gaagagaatg ctcttggtgt gaggaatgct gcacaaagaa agcttcttga 601 tgaactgggg gaagagaatg ctcttggtgt gaggaatgct gcacaaagaa agcttcttga 601 tgaactgggg attcctgcag aggatgtccc agttgatgaa
17、ttcacaacat tgggccgtat 661 cctgtataaa attcctgcag aggatgtccc agttgatgaa ttcacaacat tgggccgtat 661 cctgtataaa attcctgcag aggatgtccc agttgatgaa ttcacaacat tgggccgtat 661 cctgtataaa attcctgcag aggatgtccc agttgatgaa ttcacaacat tgggccgtat 661 cctgtataaa gcaccttctg atgggagatg gggagagcat gaacttgatt atcttctct
18、t 721 cattgtgagg gcaccttctg atgggagatg gggagagcat gaacttgatt atcttctctt 721 cattgtgagg gcaccttctg atgggagatg gggagagcat gaacttgatt atcttctctt 721 cattgtgagg gcaccttctg atgggagatg gggagagcat gaacttgatt atcttctctt 721 cattgtgagg gatgttggca tgcacccaaa cccggatgag gttgcagatg ttaaatatgt 781 gaatagggaa gat
19、gttggca tgcacccaaa cccggatgag gttgcagatg ttaaatatgt 781 gaatagggaa gatgttggca tgcacccaaa cccggatgag gttgcagatg ttaaatatgt 781 gaatagggaa gatgttggca tgcacccaaa cccggatgag gttgcagatg ttaaatatgt 781 gaatagggaa cagctgaaag agatcttgag gaaagcaaat gctggagagg atggtataaa 841 gctttcccct cagctgaaag agatcttgag g
20、aaagcaaat gctggagagg atggtataaa 841 gctttcccct cagctgaaag agatcttgag gaaagcaaat gctggagagg atggtataaa 841 gctttcccct cagctgaaag agatcttgag gaaagcaaat gctggagagg atggtataaa 841 gctttcccct tggttcagat tagtcgtcga aaatttcttg ttcaaatggt gggatcatgt 901 cgagaaaggc tggttcagat tagtcgtcga aaatttcttg ttcaaatggt
21、 gggatcatgt 901 cgagaaaggc tggttcagat tagtcgtcga aaatttcttg ttcaaatggt gggatcatgt 901 cgagaaaggc tggttcagat tagtcgtcga aaatttcttg ttcaaatggt gggatcatgt 901 cgagaaaggc accctaatgg aagctgcaga tatgaaaacc attcacaagt tggcctaaac 961 agccattggc accctaatgg aagctgcaga tatgaaaacc attcacaagt tggcctaaac 961 agcc
22、attggc accctaatgg aagctgcaga tatgaaaacc attcacaagt tggcctaaac 961 agccattggc accctaatgg aagctgcaga tatgaaaacc attcacaagt tggcctaaac 961 agccattggc tgagcttttg ttaaaccctt acatctacca ttcacttaac tgagcaaaaa 1021 tatattctat tgagcttttg ttaaaccctt acatctacca ttcacttaac tgagcaaaaa 1021 tatattctat tgagcttttg
23、ttaaaccctt acatctacca ttcacttaac tgagcaaaaa 1021 tatattctat tgagcttttg ttaaaccctt acatctacca ttcacttaac tgagcaaaaa 1021 tatattctat ggtcttctgc ttagtttcat gcttcatgct tgaactttca agttttatgt 1081 tacttttggc ggtcttctgc ttagtttcat gcttcatgct tgaactttca agttttatgt 1081 tacttttggc ggtcttctgc ttagtttcat gcttc
24、atgct tgaactttca agttttatgt 1081 tacttttggc ggtcttctgc ttagtttcat gcttcatgct tgaactttca agttttatgt 1081 tacttttggc tgttaggaac tagtaatata tgtgaacttg ctatcaaaaa aaaaaaaaaa 1141 aaaaaaaaaa aaaaa/tgttaggaac tagtaatata tgtgaacttg ctatcaaaaa aaaaaaaaaa 1141 aaaaaaaaaa aaaaa/tgttaggaac tagtaatata tgtgaactt
25、g ctatcaaaaa aaaaaaaaaa 1141 aaaaaaaaaa aaaaa/tgttaggaac tagtaatata tgtgaacttg ctatcaaaaa aaaaaaaaaa 1141 aaaaaaaaaa aaaaa/第19页,共81页,编辑于2022年,星期一基因表达的基因表达的ORF分析分析vv利用计算机和互联网,对核酸序列的所有相位进行搜索可利用计算机和互联网,对核酸序列的所有相位进行搜索可利用计算机和互联网,对核酸序列的所有相位进行搜索可利用计算机和互联网,对核酸序列的所有相位进行搜索可以很快地获得结果。国际互联网上的分析资以很快地获得结果。国际互联网上的分
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